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[unres.git] / examples / unres / CSA / GAB / global / restrained / jpred_prediction / jp_fSt_H_1.html
diff --git a/examples/unres/CSA/GAB/global/restrained/jpred_prediction/jp_fSt_H_1.html b/examples/unres/CSA/GAB/global/restrained/jpred_prediction/jp_fSt_H_1.html

new file mode 100644 (file)

index 0000000..33f4667
--- /dev/null
+++ b/examples/unres/CSA/GAB/global/restrained/jpred_prediction/jp_fSt_H_1.html
@@ -0,0 +1,50 @@
+<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 3.2//EN"><html><head><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1"><title>Jpred secondary structure prediction results</title></head><body bgcolor="#ffffff"><pre><code>jp_fSt_H_1 : NLYIQWLKDGGPSSGRPPPS : jp_fSt_H_1 
+
+           : 1---------11-------- :
+OrigSeq    : NLYIQWLKDGGPSSGRPPPS : OrigSeq
+
+Jnet       : --<font color=e90055>H</font><font color=e90055>H</font><font color=e90055>H</font><font color=e90055>H</font><font color=e90055>H</font><font color=e90055>H</font>------------ : Jnet
+jhmm       : --<font color=e90055>H</font><font color=e90055>H</font><font color=e90055>H</font><font color=e90055>H</font><font color=e90055>H</font><font color=e90055>H</font>------------ : jhmm
+
+Lupas 14   : -------------------- : Lupas 14
+Lupas 21   : -------------------- : Lupas 21
+Lupas 28   : -------------------- : Lupas 28
+
+Jnet_25    : -<font color=aa0000>B</font><font color=aa0000>B</font><font color=aa0000>B</font>-<font color=aa0000>B</font><font color=aa0000>B</font>---<font color=aa0000>B</font>--------- : Jnet_25
+Jnet_5     : ---<font color=aa0000>B</font>--<font color=aa0000>B</font>------------- : Jnet_5
+Jnet_0     : -------------------- : Jnet_0
+Jnet Rel   : <font color=00aa00>9</font>211555336<font color=00aa00>7</font><font color=00aa00>7</font><font color=00aa00>7</font><font color=00aa00>7</font><font color=00aa00>7</font><font color=00aa00>8</font><font color=00aa00>8</font><font color=00aa00>8</font><font color=00aa00>9</font><font color=00aa00>9</font> : Jnet Rel
+</code></pre><hr><pre><code><b>
+Notes
+Key:</b>
+Colour code for alignment:
+Blue            - Complete identity at a position
+Shades of red   - The more red a position is, the higher the level of
+                  conservation of chemical properties of the amino acids
+Jnet            - Final secondary structure prediction for query
+jalign          - Jnet alignment prediction
+jhmm            - Jnet hmm profile prediction
+jpssm           - Jnet PSIBLAST pssm profile prediction
+
+Lupas           - Lupas Coil prediction (window size of 14, 21 and 28)
+
+Note on coiled coil predictions  - = less than 50% probability
+                                 c = between 50% and 90% probability
+                                 C = greater than 90% probability
+
+Jnet_25         - Jnet prediction of burial, less than 25% solvent accesibility
+Jnet_5          - Jnet prediction of burial, less than 5% exposure
+Jnet_0          - Jnet prediction of burial, 0% exposure
+Jnet Rel        - Jnet reliability of prediction accuracy, ranges from 0 to 9, bigger is better.
+</code></pre>
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+         var gaJsHost = (("https:" == document.location.protocol) ? "https://ssl." : "http://www.");
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+         try{
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+</body></html>
\ No newline at end of file