changelog

Merge branch 'prerelease-3.2.1'

Conflicts:
bin/unres/MD/unres_ifort_MPICH_E0LL2Y.exe
bin/wham/wham-mult_ifort_MPICH-GAB.exe
source/cluster/unres/src/arcos.f
source/cluster/wham/src-M/arcos.f
source/cluster/wham/src/arcos.f
source/wham/src-M/arcos.f
source/wham/src/arcos.f
source/xdrfpdb/src-M/arcos.f
source/xdrfpdb/src/arcos.f

gfortran segmentation fault checkgrad cart src_MD-M

gfortran segmentation fault checkgrad cart

ctest correction to the last commit

ctest gfortran mpi correction

ctest - more checkgrad tests added

checkgrad added to ctest

numerical gradient delta 10e-4

cmake multichain wham cluster_wham -mcmodel=medium

cmake and ctest corrections for mpi and srun

cmake changes for pgf90

isnand() used instead of isnan() for pgf90
cleaning of double common files in cluster_wham include_unres

Small fixes in dimensions for memory in piasek.

Cluster-M structure and maximum residue changes.

Extended maximum residue number and number of temperatures.

Memory overflow correction.

Number of temperatures in WHAM changed from 32 to 36 and WHPB name changed to WSTRAIN (to be the same as in UNRES and cluster).

ctest -DUNRES_MPIRUN=1 for tryton

cmake -mcmodel=medium for gfortran wham and cluster_wham

ctest for empty stat files

Addition to the last commit.

Added maxlik potentials for CASP12 and protein dimensions has been set to 800 residues in wham and cluster.

ctest relax test criteria

AIX xdrfint_

ctest correct path for xdrf2* tools

ctest on cray with srun all tests

ctest on cray with srun

ctest csa for E0LL2Y

ctest works with lam mpi

first and last GLY in seq gives correct energy in unres and wham

1st GLY in seq gives correct energy in unres and wham

ctest the first static disulfide test ene/min cart

cluster_wham src-M agrees with src for single chain

ctest wham and cluster_wham correction

wham & cluster_wham energy correction to match unres src_MD

wham thermal format $ correction for gfortran

ctest microcanoninal energy fluctuations limits adjusted

imax0 replaced with max0

imax0 uses integer*2 and is not implemented in gfortran

ctest wham checks energy differs

ctest multichain protein-peptide complex

Merge branch 'prerelease-3.2.1' of mmka.chem.univ.gda.pl:unres into prerelease-3.2.1

energy_dec for esccor and some other debug printout

Merge branch 'prerelease-3.2.1' of mmka.chem.univ.gda.pl:unres into prerelease-3.2.1

arcos = 0.5D0*(PI-DSIGN(1.0D0,X)*PI)

Adam's corrections to wham from homology branch

src_MIN sum_gradient from src_MD

nosearchsc in src_MIN as in other versions

src_MIN eback_sc_corr do intertyp=1,3

ctest added ene tests with FGPROCS=1

ctest update of ref energy with correct sccor values

last corrections copied to src_MD-M

corretion .ge.-pi instead of .gt.-pi in intcartderiv

eback_sc_corr  do intertyp=1,3

ctest wsccor 0.25 wtor 1.34316 in all tests

ctest ENE changed to minimize unres_pdb structure

native pdb had too large vdw energy which can cover
changes of other energy components

ctest cluster int for csa output

cmake corrections to unres/src_MIN

corrections to unres src_MIN

ctest unres src_MIN and changes for the same energy as src_MD

ctest cluster_wham src-M

ctest correction to previous commit

ctest cluster_wham

cleaning of cluster_wham

correction after cherry-pick and merge in last commit

Adam's changes to wham and cluster following previous commit

XG.. and ..GX sequence is automatically corrected

also in cluster_wham it is possible to select number of clusters
instead of cutoff

Conflicts:
source/cluster/wham/src/COMMON.CONTROL
source/cluster/wham/src/energy_p_new.F
source/cluster/wham/src/probabl.F
source/cluster/wham/src/readpdb.F
source/cluster/wham/src/readrtns.F
source/wham/src/energy_p_new.F

corrections to cluster_wham

wham src-M correction to make it working

correction to previous commit again

correction to previous commit

ctest wham in src-M

Merge branch 'prerelease-3.2.1' of mmka.chem.univ.gda.pl:unres into prerelease-3.2.1

ctest wham

revert DIMENSIONS corrected maxterm_sccor=6

error was in wham COMMON.SCCOR

Merge branch 'prerelease-3.2.1' of mmka.chem.univ.gda.pl:unres into prerelease-3.2.1

wham cmake ifort options for larger data

DIMENSIONS corrected maxterm_sccor=20

ctest update for src_MD-M test to match src_MD

ctest corrections to mpi script and remd test

ctest for remd

checks average ACC, plots histograms of energy for each bath
temperature and energy v.s bath temperature

minimization in internal coordinates works in src_MD-M

ctest correction to previous commit

ctest for Nose-Hoover removed from srcMD-M

there is no code for this thermostat in srcMD-M

corrections to src_MD-M for the same energy as src_MD

ctest for src_MD-M copied from src_MD

ctest local csa added with 4P force field

ctest correction to previous commit

ctest for thermostats: Langevin, Nose-Hoover and Berendsen

with plotting of temperature distribution using python matplotlib

Adam's changes to avoid wrong XG.. or ..GX sequence input

ctest tolerance for csa emin inreased to 5.0

ctest for CSA global with 4P force field

ctest works with lam and mpich

ctest for internal coordinates and regular minimization

ctest for minimization and microcanonical MD

test of minimization of protein A compares final energy and SUMSL return code
test of microcanonical MD of 1L2Y calculates average total energy and its standard deviation

correction to previous commit CTEST_FULL_OUTPUT

added echo CTEST_FULL_OUTPUT (Avoid ctest truncation of output)

ctest for E0LL2Y with MPI now using FGPROCS=2

ctest for E0LL2Y with reference energy diff

adding correction in cluster debug

Fixed arcos

Merge branch 'prerelease-3.2.1' of mmka.chem.univ.gda.pl:unres into prerelease-3.2.1