source/unres/src_MD/CMakeLists.txt

   1 #
   2 # CMake project file for UNRES with MD for single chains
   3 #
   4
   5 enable_language (Fortran)
   6
   7 #================================
   8 # build the xdrf library
   9 #================================
  10 add_subdirectory(xdrf)
  11
  12 #================================
  13 # Set source file lists
  14 #================================
  15 set(UNRES_MD_SRC0 unres.F arcos.f cartprint.f chainbuild.F convert.f
  16         initialize_p.F matmult.f readrtns.F parmread.F gen_rand_conf.F
  17         printmat.f map.f pinorm.f randgens.f rescode.f intcor.f timing.F
  18         misc.f intlocal.f cartder.F checkder_p.F econstr_local.F
  19         minimize_p.F sumsld.f cored.f rmdd.f geomout.F readpdb.F regularize.F
  20         thread.F fitsq.f mcm.F mc.F bond_move.f refsys.f check_sc_distr.f
  21         check_bond.f contact.f djacob.f eigen.f blas.f add.f entmcm.F
  22         minim_mcmf.F MP.F compare_s1.F prng_32.F banach.f rmsd.F elecont.f dihed_cons.F sc_move.F
  23         local_move.f intcartderiv.F lagrangian_lesyng.F stochfric.F kinetic_lesyng.f MD_A-MTS.F moments.f
  24         int_to_cart.f surfatom.f sort.f muca_md.f MREMD.F rattle.F gauss.f energy_split-sep.F
  25         q_measure.F gnmr1.f test.F )
  26
  27 set(UNRES_MD_SRC3 energy_p_new_barrier.F energy_p_new-sep_barrier.F gradient_p.F )
  28
  29 set(UNRES_MD_PP_SRC cartder.F chainbuild.F checkder_p.F compare_s1.F dihed_cons.F econstr_local.F
  30         energy_p_new_barrier.F energy_p_new-sep_barrier.F energy_split-sep.F entmcm.F gen_rand_conf.F
  31         geomout.F gradient_p.F initialize_p.F intcartderiv.F lagrangian_lesyng.F mc.F mcm.F MD_A-MTS.F
  32         minimize_p.F minim_mcmf.F MP.F MREMD.F parmread.F prng_32.F q_measure1.F q_measure3.F q_measure.F
  33         rattle.F readpdb.F readrtns.F regularize.F rmsd.F sc_move.F stochfric.F test.F thread.F timing.F
  34         unres.F proc_proc.c )
  35
  36
  37 #================================================
  38 # Set comipiler flags for different sourcefiles
  39 #================================================
  40 if (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
  41   set(FFLAGS0 "-ip -w" )
  42   set(FFLAGS1 "-w -g -d2 -CA -CB" )
  43   set(FFLAGS2 "-w -g -00 ")
  44   #set(FFLAGS3 "-c -w -O3 -ipo -ipo_obj -opt_report" )
  45   set(FFLAGS3 "-w -ipo " )
  46 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "gfortran")
  47   set(FFLAGS0 "-I. " )
  48   set(FFLAGS1 "-g -I. " )
  49   set(FFLAGS2 "-I. ")
  50   #set(FFLAGS3 "-c -w -O3 -ipo -ipo_obj -opt_report" )
  51   set(FFLAGS3 "-I. " )
  52 endif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
  53
  54
  55 # Add MPI compiler flags
  56 if(UNRES_WITH_MPI)
  57   set(FFLAGS0 "${FFLAGS0} -I${MPIF_INCLUDE_DIRECTORIES}")
  58   set(FFLAGS1 "${FFLAGS1} -I${MPIF_INCLUDE_DIRECTORIES}")
  59   set(FFLAGS2 "${FFLAGS2} -I${MPIF_INCLUDE_DIRECTORIES}")
  60   set(FFLAGS3 "${FFLAGS3} -I${MPIF_INCLUDE_DIRECTORIES}")
  61 endif(UNRES_WITH_MPI)
  62
  63 set_property(SOURCE ${UNRES_MD_SRC0} APPEND PROPERTY COMPILE_FLAGS ${FFLAGS0} )
  64 #set_property(SOURCE ${UNRES_MD_SRC1} PROPERTY COMPILE_FLAGS ${FFLAGS1} )
  65 #set_property(SOURCE ${UNRES_MD_SRC2} PROPERTY COMPILE_FLAGS ${FFLAGS2} )
  66 set_property(SOURCE ${UNRES_MD_SRC3} PROPERTY COMPILE_FLAGS ${FFLAGS3} )
  67
  68 #=========================================
  69 # Settings for GAB force field
  70 #=========================================
  71 if(UNRES_MD_FF STREQUAL "GAB" )
  72   # set preprocesor flags
  73   set(CPPFLAGS "PROCOR -DUNRES -DISNAN -DSPLITELE -DLANG0 -DCRYST_BOND -DCRYST_THETA -DCRYST_SC" )
  74
  75 #=========================================
  76 #  Settings for E0LL2Y force field
  77 #=========================================
  78 elseif(UNRES_MD_FF STREQUAL "E0LL2Y")
  79   # set preprocesor flags
  80   set(CPPFLAGS "PROCOR -DUNRES -DISNAN -DSPLITELE -DLANG0" )
  81 endif(UNRES_MD_FF STREQUAL "GAB")
  82
  83 #=========================================
  84 # System specific flags
  85 #=========================================
  86 if(${CMAKE_SYSTEM_NAME} MATCHES "Linux")
  87   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DLINUX")
  88 endif(${CMAKE_SYSTEM_NAME} MATCHES "Linux")
  89
  90 #=========================================
  91 # Compiler specific flags
  92 #=========================================
  93
  94 if (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
  95   # Add ifort preprocessor flags
  96   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DPGI")
  97 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "f95")
  98   # Add new gfortran flags
  99   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DG77")
 100 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "gfortran")
 101   # Add old gfortran flags
 102   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DG77")
 103 endif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 104
 105 #=========================================
 106 # Add MPI preprocessor flags
 107 #=========================================
 108 if (UNRES_WITH_MPI)
 109   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DMP -DMPI")
 110 endif(UNRES_WITH_MPI)
 111
 112 # Apply preprocesor flags to *.F files
 113 set_property(SOURCE ${UNRES_MD_PP_SRC} PROPERTY COMPILE_DEFINITIONS ${CPPFLAGS} )
 114
 115
 116 #========================================
 117 #  Setting binary name
 118 #========================================
 119 if(UNRES_WITH_MPI)
 120   # binary with mpi
 121   set(UNRES_BIN "unres_${Fortran_COMPILER_NAME}_MPICH_${UNRES_FF}.exe")
 122 else(UNRES_WITH_MPI)
 123   # binary without mpi
 124   set(UNRES_BIN "unres_${Fortran_COMPILER_NAME}_single_${UNRES_FF}.exe")
 125 endif(UNRES_WITH_MPI)
 126
 127 #=========================================
 128 # cinfo.f stupid workaround for cmake
 129 #  - shame on me ]:)
 130 #=========================================
 131 set_property(SOURCE compinfo.c PROPERTY CMAKE_C_FLAGS "-c" )
 132 add_executable(compinfo-md compinfo.c)
 133 set_target_properties(compinfo-md PROPERTIES OUTPUT_NAME compinfo)
 134
 135 set(UNRES_CINFO_DIR "${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}" )
 136 add_custom_command(OUTPUT ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cinfo.f
 137         COMMAND ${CMAKE_COMMAND} -E copy ${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/cinfo.f ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cinfo.f
 138         COMMAND ${CMAKE_COMMAND} -E copy ${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/COMMON.IOUNITS ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/COMMON.IOUNITS
 139         COMMAND ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/compinfo | true
 140         DEPENDS compinfo-md )
 141 set_property(SOURCE ${UNRES_CINFO_DIR}/cinfo.f PROPERTY COMPILE_FLAGS ${FFLAGS0} )
 142
 143 #=========================================
 144 # Set full unres MD sources
 145 #=========================================
 146 set(UNRES_MD_SRCS ${UNRES_MD_SRC0} ${UNRES_MD_SRC3} ${UNRES_CINFO_DIR}/cinfo.f )
 147
 148
 149 #=========================================
 150 # Build the binary
 151 #=========================================
 152 add_executable(UNRES_BIN-MD ${UNRES_MD_SRCS} )
 153 set_target_properties(UNRES_BIN-MD PROPERTIES OUTPUT_NAME ${UNRES_BIN})
 154 #set_property(TARGET ${UNRES_BIN} PROPERTY RUNTIME_OUTPUT_DIRECTORY ${CMAKE_BINARY_DIR}/bin/unres/MD )
 155 #add_dependencies (${UNRES_BIN} ${UNRES_XDRFLIB})
 156
 157
 158 #=========================================
 159 # Link libraries
 160 #=========================================
 161 # link MPI library (libmpich.a)
 162 if(UNRES_WITH_MPI)
 163   target_link_libraries( UNRES_BIN-MD ${MPIF_LIBRARIES} )
 164 endif(UNRES_WITH_MPI)
 165 # link libxdrf.a
 166 #message("UNRES_XDRFLIB=${UNRES_XDRFLIB}")
 167 target_link_libraries( UNRES_BIN-MD xdrf )
 168
 169 #=========================================
 170 # TESTS
 171 #=========================================
 172
 173 #-- Copy all the data files from the test directory into the source directory
 174 #SET(UNRES_TEST_FILES
 175 #       ala10.inp
 176 #    )
 177
 178 #FOREACH (UNRES_TEST_FILE ${UNRES_TEST_FILES})
 179 #      SET (unres_test_dest "${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/${UNRES_TEST_FILE}")
 180 #      MESSAGE (STATUS " Copying ${UNRES_TEST_FILE} from ${CMAKE_SOURCE_DIR}/examples/unres/MD/ff_gab/${UNRES_TEST_FILE} to ${unres_test_dest}")
 181 #      ADD_CUSTOM_COMMAND (
 182 #          TARGET     ${UNRES_BIN}
 183 #          POST_BUILD
 184 #          COMMAND    ${CMAKE_COMMAND} -E copy ${CMAKE_SOURCE_DIR}/examples/unres/MD/ff_gab/${UNRES_TEST_FILE} ${unres_test_dest}
 185 #      )
 186 #ENDFOREACH (UNRES_TEST_FILE ${UNRES_TEST_FILES})
 187
 188 #=========================================
 189 # Generate data test files
 190 #=========================================
 191 #  test_single_ala.sh
 192 #=========================================
 193
 194 FILE(WRITE ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/test_single_ala.sh
 195 "#!/bin/sh
 196 export POT=GB
 197 export PREFIX=ala10
 198 #-----------------------------------------------------------------------------
 199 UNRES_BIN=./${UNRES_BIN}
 200 #-----------------------------------------------------------------------------
 201 DD=${CMAKE_SOURCE_DIR}/PARAM
 202 export BONDPAR=$DD/bond.parm
 203 export THETPAR=$DD/thetaml.5parm
 204 export ROTPAR=$DD/scgauss.parm
 205 export TORPAR=$DD/torsion_631Gdp.parm
 206 export TORDPAR=$DD/torsion_double_631Gdp.parm
 207 export ELEPAR=$DD/electr_631Gdp.parm
 208 export SIDEPAR=$DD/sc_GB_opt.1gab_3S_qclass5no310-shan2-sc-16-10-8k
 209 export FOURIER=$DD/fourier_opt.parm.1igd_hc_iter3_3
 210 export SCPPAR=$DD/scp.parm
 211 export SCCORPAR=$DD/rotcorr_AM1.parm
 212 export PATTERN=$DD/patterns.cart
 213 #-----------------------------------------------------------------------------
 214 $UNRES_BIN
 215 ")
 216
 217 #=========================================
 218 #  ala10.inp
 219 #=========================================
 220
 221 file(WRITE ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/ala10.inp
 222 "ala10 unblocked
 223 SEED=-1111333 MD ONE_LETTER rescale_mode=2 PDBOUT
 224 nstep=15000 ntwe=100 ntwx=1000 dt=0.1 lang=0 tbf t_bath=300 damax=1.0          &
 225 reset_moment=1000 reset_vel=1000 MDPDB
 226 WLONG=1.35279 WSCP=1.59304 WELEC=0.71534 WBOND=1.00000 WANG=1.13873            &
 227 WSCLOC=0.16258 WTOR=1.98599 WTORD=1.57069 WCORRH=0.42887 WCORR5=0.00000        &
 228 WCORR6=0.00000 WEL_LOC=0.16036 WTURN3=1.68722 WTURN4=0.66230 WTURN6=0.00000    &
 229 WVDWPP=0.11371 WHPB=1.00000                                                    &
 230 CUTOFF=7.00000 WCORR4=0.00000
 231 12
 232 XAAAAAAAAAAX
 233  0
 234  0
 235    90.0000   90.0000   90.0000  90.000   90.000   90.000   90.000   90.000
 236    90.0000   90.0000
 237   180.0000  180.0000  180.0000 180.000  180.000  180.000  180.000  180.000
 238   180.0000
 239   110.0000  110.0000  110.0000 100.000  110.000  100.000  110.000  110.000
 240   110.0000  110.0000
 241  -120.0000 -120.0000 -120.000 -120.000 -120.000 -120.000 -120.000 -120.000
 242  -120.0000 -120.0000
 243 ")
 244
 245
 246 # Add tests
 247
 248 if(NOT UNRES_WITH_MPI)
 249
 250   add_test(NAME UNRES_MD_Ala10 COMMAND sh ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/test_single_ala.sh )
 251
 252
 253 endif(NOT UNRES_WITH_MPI)
 254