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summary | shortlog | log | commit | commitdiff | tree
raw | patch | inline | side by side (parent: 2fe9d69)
added/modified CMake files for all subdirs in source/unres + junkfiles cleanup
authorDawid Jagiela <lightnir@chem.univ.gda.pl>
Fri, 11 May 2012 21:52:22 +0000 (23:52 +0200)
committerDawid Jagiela <lightnir@chem.univ.gda.pl>
Fri, 11 May 2012 21:52:22 +0000 (23:52 +0200)
12 files changed:
CMakeLists.txt patch | blob | history
examples/unres/MD/ff_gab/fort.28 [deleted file] patch | blob | history
source/unres/src_CSA/CMakeLists.txt patch | blob | history
source/unres/src_CSA/cinfo.f.new [deleted file] patch | blob | history
source/unres/src_CSA/compinfo.c patch | blob | history
source/unres/src_MD-M/CMakeLists.txt patch | blob | history
source/unres/src_MD/CMakeLists.txt patch | blob | history
source/wham/src/.readrtns.F.swp [deleted file] patch | blob | history
source/wham/src/compinfo [deleted file] patch | blob | history
source/wham/src/err [deleted file] patch | blob | history
source/wham/src/log [deleted file] patch | blob | history
source/wham/src/tmptmp [deleted file] patch | blob | history

diff --git a/CMakeLists.txt b/CMakeLists.txt
index b959f48..e9cf242 100644 (file)
--- a/CMakeLists.txt
+++ b/CMakeLists.txt
@@ -35,7 +35,8 @@ SET(CMAKE_Fortran_COMPILE_OBJECT "<CMAKE_Fortran_COMPILER>  ${CMAKE_START_TEMP_F
    
 # make sure that the default is a RELEASE
 if (NOT CMAKE_BUILD_TYPE)
-  set (CMAKE_BUILD_TYPE RELEASE CACHE STRING "Choose the type of build, options are: None Debug Release." FORCE)
+  set (CMAKE_BUILD_TYPE "Release" CACHE STRING "Choose the type of build, options are: None Debug Release." FORCE)
+  set_property(CACHE CMAKE_BUILD_TYPE PROPERTY STRINGS "None" "Debug" "Release" )
 endif (NOT CMAKE_BUILD_TYPE)
    
 #=======================================  
@@ -44,31 +45,49 @@ endif (NOT CMAKE_BUILD_TYPE)
 
 # Set force field
 if (NOT UNRES_FF)
-  set(UNRES_FF "GAB" "E0LL2Y" CACHE STRING "Choose the force field, options are: GAB E0LL2Y" )
-  #message ( "Please set the Force field (UNRES_FF) to : GAB, 0ELE" )
+  set(UNRES_MD_FF "GAB" CACHE STRING "Choose the force field, options are: GAB E0LL2Y" )
+  set_property(CACHE UNRES_MD_FF PROPERTY STRINGS "GAB" "E0LL2Y")
 endif (NOT UNRES_FF)
 
+# Set CSA version force field
+if (NOT UNRES_CSA_FF)
+  set(UNRES_CSA_FF "4P" CACHE STRING "Choose the CSA version force field, options are: CASP3 ALPHA BETA ALPHABETA CASP5 3P 4P" )
+  set_property(CACHE UNRES_CSA_FF PROPERTY STRINGS "CASP3" "ALPHA" "BETA" "ALPHABETA" "CASP5" "3P" "4P" ) 
+endif (NOT UNRES_CSA_FF)
+
 # Use of MPI library (default ON)
 option(UNRES_WITH_MPI "Choose whether or not to use MPI library" ON )
 
+
+# Piasek cluster devel stuff
+option(UNRES_NA_MMCE "Kompilujemy na mmmce?" OFF )
+
+
 #=================================
 # MPI stuff
 #=================================
 
 # Note for the future - use finde package to get MPI 
-#find_package(MPI)
+find_package(MPI)
+
+#if(MPI_LIBRARY)
+
+#MPI_INCLUDE_PATH
+
 
 if(MPIF_LOCAL_DIR)
   find_library(MPIF_LIBRARY NAMES libmpich.a  NO_DEFAULT_PATH  PATHS  ${MPIF_LOCAL_DIR}/lib)
   find_path( MPIF_INCLUDE_DIRECTORIES  NAMES mpif.h  NO_DEFAULT_PATH  PATHS  ${MPIF_LOCAL_DIR}/include  )
 else(MPIF_LOCAL_DIR)
-  find_library(MPIF_LIBRARY NAMES mpich PATHS 
+  find_library(MPIF_LIBRARY NAMES mpich mpi PATHS 
+       ${MPI_LIBRARY}
        /users/local/mpi64/mpich-1.2.7p1/lib 
        /usr/lib
         /usr/local/lib
         /usr/local/mpi/lib
   )
   find_path( MPIF_INCLUDE_DIRECTORIES NAMES  mpif.h PATHS
+       ${MPI_INCLUDE_PATH}
        /users/local/mpi64/mpich-1.2.7p1/include
        /usr/include
        /usr/local/include   
@@ -81,10 +100,10 @@ set( MPIF_LIBRARIES  ${MPIF_LIBRARY})
 
 if ( MPIF_INCLUDE_DIRECTORIES )
   set( MPIF_FOUND TRUE )
-  message("MPIF found")
+  message("MPI found")
 else ( MPIF_INCLUDE_DIRECTORIES )
   set( MPIF_FOUND FALSE )
-  message("MPIF not found - disabling MPI compile flags ")
+  message("MPI not found - disabling MPI compile flags ")
   set ( UNRES_WITH_MPI "OFF")
 endif ( MPIF_INCLUDE_DIRECTORIES )
 
@@ -117,20 +136,29 @@ message("Detected ${architektura}-bit architecture")
 # Add source files
 #=======================================     
 
-if(UNRES_WITH_MPI EQUAL "ON")
-  # Brak MPI dla gfortrana, wiec tylko na ifort sie skompiluje
-  if (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
+
+if(UNRES_NA_MMCE EQUAL "ON")
+
+  if(UNRES_WITH_MPI EQUAL "ON")
+    # Brak MPI dla gfortrana, wiec tylko na ifort sie skompiluje
+    if (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
+      add_subdirectory(source/unres/src_MD)
+      add_subdirectory(source/unres/src_MD-M)
+      add_subdirectory(source/unres/src_CSA)
+    endif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
+  else()
     add_subdirectory(source/unres/src_MD)
-    add_subdirectory(source/unres/src_MD-M)
-#    add_subdirectory(source/unres/src_CSA)
-  endif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
+    # src_MD-M doesn't work yet witout MPI
+    # add_subdirectory(source/unres/src_MD-M)
+  endif()
+  add_subdirectory(source/unres/src_MIN)
 
 else()
-  add_subdirectory(source/unres/src_MD)
-  # src_MD-M doesn't work yet witout MPI
-  # add_subdirectory(source/unres/src_MD-M)
 
-endif()
+  add_subdirectory(source/unres/src_MD)
+  add_subdirectory(source/unres/src_MD-M)
+  add_subdirectory(source/unres/src_MIN)
+  add_subdirectory(source/unres/src_CSA)
 
-add_subdirectory(source/unres/src_MIN)
+endif(UNRES_NA_MMCE EQUAL "ON")
 
diff --git a/examples/unres/MD/ff_gab/fort.28 b/examples/unres/MD/ff_gab/fort.28
deleted file mode 100644 (file)
index e69de29..0000000
diff --git a/source/unres/src_CSA/CMakeLists.txt b/source/unres/src_CSA/CMakeLists.txt
index f7609d5..85e8ca5 100644 (file)
--- a/source/unres/src_CSA/CMakeLists.txt
+++ b/source/unres/src_CSA/CMakeLists.txt
@@ -7,25 +7,96 @@ enable_language (Fortran)
 #================================
 # Set source file lists
 #================================
-set(UNRES_CSA_SRC0 unres_csa.F arcos.f cartprint.f chainbuild.F convert.f 
-       initialize_p.F matmult.f parmread.F gen_rand_conf.F
-       printmat.f pinorm.f randgens.f rescode.f intcor.f timing.F
-       misc.f intlocal.f cartder.F checkder_p.F econstr_local.F
-       minimize_p.F sumsld.f cored.f rmdd.f readpdb.F 
-       fitsq.f 
-       contact.f djacob.f 
-       MP.F prng_32.F banach.f rmsd.F elecont.f sc_move.F 
-       local_move.f intcartderiv.F 
-       int_to_cart.f test.F )
+set(UNRES_CSA_SRC0 
+       arcos.f
+       banach.f
+       bank.F
+       cartder.F
+       cartprint.f
+       chainbuild.F
+       checkder_p.F
+       cinfo.f
+       contact.f
+       convert.f
+       cored.f
+       csa.f
+       dfa.F
+       diff12.f
+       distfit.f
+       djacob.f
+       econstr_local.F
+       elecont.f
+       energy_p_new_barrier.F
+       fitsq.f
+       gen_rand_conf.F
+       geomout_min.F
+       gradient_p.F
+       indexx.f
+       initialize_p.F
+       intcartderiv.F
+       intcor.f
+       intlocal.f
+       int_to_cart.f
+       local_move.f
+       matmult.f
+       minimize_p.F
+       minim_jlee.F
+       minim_mult.F
+       misc.f
+       MP.F
+       newconf.f
+       parmread.F
+       pinorm.f
+       printmat.f
+       prng_32.F
+       randgens.f
+       ran.f
+       readpdb.F
+       readrtns_csa.F
+       rescode.f
+       rmdd.f
+       rmsd.F
+       sc_move.F
+       shift.F
+       sumsld.f
+       test.F
+       timing.F
+       TMscore_subroutine.f
+       together.F
+       unres_csa.F
+)
 
 set(UNRES_CSA_SRC3 energy_p_new_barrier.F gradient_p.F )
 
-set(UNRES_CSA_PP_SRC cartder.F chainbuild.F checkder_p.F econstr_local.F 
-       energy_p_new_barrier.F gen_rand_conf.F
-       gradient_p.F initialize_p.F intcartderiv.F 
-       minimize_p.F MP.F parmread.F prng_32.F q_measure1.F q_measure3.F 
-       readpdb.F rmsd.F sc_move.F test.F timing.F
-       unresi_csa.F ) 
+set(UNRES_CSA_PP_SRC
+       bank.F
+       cartder.F
+       chainbuild.F
+       checkder_p.F
+       dfa.F
+       econstr_local.F
+       energy_p_new_barrier.F
+       gen_rand_conf.F
+       geomout_min.F
+       gradient_p.F
+       initialize_p.F
+       intcartderiv.F
+       minimize_p.F
+       minim_jlee.F
+       minim_mult.F
+       MP.F
+       parmread.F
+       prng_32.F
+       readpdb.F
+       readrtns_csa.F
+       rmsd.F
+       sc_move.F
+       shift.F
+       test.F
+       timing.F
+       together.F
+       unres_csa.F
+) 
 
 
 #================================================
@@ -54,47 +125,57 @@ if(UNRES_WITH_MPI)
   set(FFLAGS3 "${FFLAGS3} -I${MPIF_INCLUDE_DIRECTORIES}")
 endif(UNRES_WITH_MPI)
 
-set_property(SOURCE ${UNRES_CSA_SRC0} APPEND PROPERTY COMPILE_FLAGS ${FFLAGS0} )
-#set_property(SOURCE ${UNRES_MD_SRC1} PROPERTY COMPILE_FLAGS ${FFLAGS1} )
-#set_property(SOURCE ${UNRES_MD_SRC2} PROPERTY COMPILE_FLAGS ${FFLAGS2} )
+set_property(SOURCE ${UNRES_CSA_SRC0} PROPERTY COMPILE_FLAGS ${FFLAGS0} )
+set_property(SOURCE ${UNRES_CSA_SRC1} PROPERTY COMPILE_FLAGS ${FFLAGS1} )
+set_property(SOURCE ${UNRES_CSA_SRC2} PROPERTY COMPILE_FLAGS ${FFLAGS2} )
 set_property(SOURCE ${UNRES_CSA_SRC3} PROPERTY COMPILE_FLAGS ${FFLAGS3} )
 
 #=========================================
-# Settings for GAB force field 
+# Settings for CSA force fields 
 #=========================================
-if(UNRES_FF STREQUAL "GAB" )
-  # set preprocesor flags   
-  set(CPPFLAGS "PROCOR -DLINUX -DUNRES -DISNAN -DSPLITELE -DLANGO -DCRYST_BOND -DCRYST_THETA -DCRYST_SC" )
 
-  if (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
-    # Add ifort preprocessor flags
-    set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DPGI") 
-  elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "f95")
-    # Add gfortran flags
-    set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DG77") 
-  elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "gfortran")
-    # Add gfortran flags
-    set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DG77") 
-  endif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
+if(UNRES_CSA_FF STREQUAL "CASP3" )
+  set(CPPFLAGS "PROCOR -DUNRES -DISNAN -DSPLITELE -DLANG0 -DCRYST_TOR -DCRYST_BOND -DCRYST_THETA -DCRYST_SC -DMOMENT" )
+elseif(UNRES_CSA_FF STREQUAL "ALPHA")
+  set(CPPFLAGS "PROCOR -DUNRES -DISNAN -DSPLITELE -DLANG0 -DMOMENT -DCRYST_BOND -DCRYST_THETA -DCRYST_SC" )
+elseif(UNRES_CSA_FF STREQUAL "BETA")
+  set(CPPFLAGS "PROCOR -DUNRES -DISNAN -DSPLITELE -DLANG0 -DMOMENT -DCRYST_BOND -DCRYST_THETA -DCRYST_SC" )
+elseif(UNRES_CSA_FF STREQUAL "ALPHABETA")
+  set(CPPFLAGS "PROCOR -DUNRES -DISNAN -DSPLITELE -DLANG0 -DMOMENT -DCRYST_BOND -DCRYST_THETA -DCRYST_SC" )
+elseif(UNRES_CSA_FF STREQUAL "CASP5")
+  set(CPPFLAGS "PROCOR -DUNRES -DISNAN -DSPLITELE -DLANG0 -DCRYST_BOND -DCRYST_THETA -DCRYST_SC" )
+elseif(UNRES_CSA_FF STREQUAL "3P")
+  set(CPPFLAGS "PROCOR -DUNRES -DISNAN -DSPLITELE -DLANG0 -DCRYST_BOND -DCRYST_THETA -DCRYST_SC" )
+elseif(UNRES_CSA_FF STREQUAL "4P")
+  set(CPPFLAGS "PROCOR -DUNRES -DISNAN -DSPLITELE -DLANG0 -DCRYST_BOND -DCRYST_THETA -DCRYST_SC" )
+endif(UNRES_CSA_FF STREQUAL "CASP3")
 
 #=========================================
-#  Settings for E0LL2Y force field
+# System specific flags
 #=========================================
-elseif(UNRES_FF STREQUAL "E0LL2Y")
-  # set preprocesor flags   
-  set(CPPFLAGS "PROCOR -DLINUX -DUNRES -DISNAN -DSPLITELE -DLANG0" )
+if(${CMAKE_SYSTEM_NAME} MATCHES "Linux")
+  set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DLINUX") 
+endif(${CMAKE_SYSTEM_NAME} MATCHES "Linux")
 
-  if (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
-    # Add ifort preprocessor flags
-    set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DPGI")
-  endif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
+#=========================================
+# Compiler specific flags
+#=========================================
 
-endif(UNRES_FF STREQUAL "GAB")
+if (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
+  # Add ifort preprocessor flags
+  set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DPGI") 
+elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "f95")
+  # Add new gfortran flags
+  set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DG77") 
+elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "gfortran")
+  # Add old gfortran flags
+  set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DG77") 
+endif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 
+#=========================================
 # Add MPI preprocessor flags
-if (UNRES_WITH_MPI)
-  set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DMP -DMPI") 
-endif(UNRES_WITH_MPI)
+#=========================================
+set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DMP -DMPI") 
 
 # Apply preprocesor flags to *.F files
 set_property(SOURCE ${UNRES_CSA_PP_SRC} PROPERTY COMPILE_DEFINITIONS ${CPPFLAGS} )  
@@ -103,13 +184,7 @@ set_property(SOURCE ${UNRES_CSA_PP_SRC} PROPERTY COMPILE_DEFINITIONS ${CPPFLAGS}
 #========================================
 #  Setting binary name
 #========================================
-if(UNRES_WITH_MPI) 
-  # binary with mpi
-  set(UNRES_BIN "unres_${Fortran_COMPILER_NAME}_MPICH_${UNRES_FF}.exe")
-else(UNRES_WITH_MPI)
-  # binary without mpi
-  set(UNRES_BIN "unres_${Fortran_COMPILER_NAME}_single_${UNRES_FF}.exe")
-endif(UNRES_WITH_MPI)  
+set(UNRES_BIN "unresCSA_${Fortran_COMPILER_NAME}_${UNRES_CSA_FF}.exe")
 
 #=========================================
 # cinfo.f stupid workaround for cmake
@@ -124,16 +199,14 @@ add_custom_command(OUTPUT ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cinfo.f
        COMMAND ${CMAKE_COMMAND} -E copy ${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/cinfo.f ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cinfo.f
        COMMAND ${CMAKE_COMMAND} -E copy ${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/COMMON.IOUNITS ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/COMMON.IOUNITS 
        COMMAND ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/compinfo | true     
-       DEPENDS ${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/cinfo.f )
+       DEPENDS compinfo-csa )
 set_property(SOURCE ${UNRES_CINFO_DIR}/cinfo.f PROPERTY COMPILE_FLAGS ${FFLAGS0} )
 
 #=========================================
-# Set full unres MD sources
+# Set full unres CSA sources
 #=========================================
 set(UNRES_CSA_SRCS ${UNRES_CSA_SRC0} ${UNRES_CSA_SRC3} ${UNRES_CINFO_DIR}/cinfo.f )
 
-
-
 #=========================================
 # Build the binary
 #=========================================
@@ -147,9 +220,7 @@ set_target_properties(UNRES_BIN-CSA PROPERTIES OUTPUT_NAME ${UNRES_BIN})
 # Link libraries
 #=========================================
 # link MPI library (libmpich.a)  
-if(UNRES_WITH_MPI)
-  target_link_libraries( UNRES_BIN-CSA ${MPIF_LIBRARIES} )
-endif(UNRES_WITH_MPI)
+target_link_libraries( UNRES_BIN-CSA ${MPIF_LIBRARIES} )
 # link libxdrf.a 
 #target_link_libraries( ${UNRES_BIN} xdrf )
 
diff --git a/source/unres/src_CSA/cinfo.f.new b/source/unres/src_CSA/cinfo.f.new
deleted file mode 100644 (file)
index e69de29..0000000
diff --git a/source/unres/src_CSA/compinfo.c b/source/unres/src_CSA/compinfo.c
index 813cf31..177dbd3 100644 (file)
--- a/source/unres/src_CSA/compinfo.c
+++ b/source/unres/src_CSA/compinfo.c
@@ -26,17 +26,19 @@ fprintf(out,"      write(iout,*)'++++ Compile info ++++'\n");
 fprintf(out,"      write(iout,*)'Version %d.%-d build %d'\n",iv1,iv2,iv3);
 uname(&Name);
 time(&Tp);
-system("rm tmptmp; whoami > tmptmp");
+system("whoami > tmptmp");
 in1=fopen("tmptmp","r");
 fscanf(in1,"%s",buf1);
 fclose(in1);
+system("rm tmptmp");
 p1=ctime(&Tp);
 p1[strlen(p1)-1]='\0';
 fprintf(out,"      write(iout,*)'compiled %s'\n",p1);
 fprintf(out,"      write(iout,*)'compiled by %s@%s'\n",buf1,Name.nodename);
 fprintf(out,"      write(iout,*)'OS name:    %s '\n",Name.sysname);
 fprintf(out,"      write(iout,*)'OS release: %s '\n",Name.release);
-fprintf(out,"      write(iout,*)'OS version: %s '\n",Name.version);
+fprintf(out,"      write(iout,*)'OS version:',\n");
+fprintf(out,"     & ' %s '\n",Name.version);
 fprintf(out,"      write(iout,*)'flags:'\n");
 in1=fopen("Makefile","r");
 while(fgets(buf,498,in1) != NULL)
diff --git a/source/unres/src_MD-M/CMakeLists.txt b/source/unres/src_MD-M/CMakeLists.txt
index e00a115..9b77dab 100644 (file)
--- a/source/unres/src_MD-M/CMakeLists.txt
+++ b/source/unres/src_MD-M/CMakeLists.txt
@@ -190,36 +190,46 @@ set_property(SOURCE ${UNRES_MDM_SRC3} PROPERTY COMPILE_FLAGS ${FFLAGS3} )
 #=========================================
 # Settings for GAB force field 
 #=========================================
-if(UNRES_FF STREQUAL "GAB" )
+if(UNRES_MD_FF STREQUAL "GAB" )
   # set preprocesor flags   
-  set(CPPFLAGS "PROCOR -DLINUX -DUNRES -DISNAN -DSPLITELE -DLANG0 -DCRYST_BOND -DCRYST_THETA -DCRYST_SC" )
-
-  if (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
-    # Add ifort preprocessor flags
-    set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DPGI") 
-  elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "f95")
-    # Add gfortran flags
-    set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DG77") 
-  elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "gfortran")
-    # Add gfortran flags
-    set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DG77") 
-  endif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
+  set(CPPFLAGS "PROCOR -DUNRES -DISNAN -DSPLITELE -DLANG0 -DCRYST_BOND -DCRYST_THETA -DCRYST_SC" )
 
 #=========================================
 #  Settings for E0LL2Y force field
 #=========================================
-elseif(UNRES_FF STREQUAL "E0LL2Y")
+elseif(UNRES_MD_FF STREQUAL "E0LL2Y")
   # set preprocesor flags   
-  set(CPPFLAGS "PROCOR -DLINUX -DUNRES -DISNAN -DSPLITELE -DLANG0" )
+  set(CPPFLAGS "PROCOR -DUNRES -DISNAN -DSPLITELE -DLANG0" )
+endif(UNRES_MD_FF STREQUAL "GAB")
 
-  if (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
-    # Add ifort preprocessor flags
-    set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DPGI")
-  endif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 
-endif(UNRES_FF STREQUAL "GAB")
+#=========================================
+# System specific flags
+#=========================================
+if(${CMAKE_SYSTEM_NAME} MATCHES "Linux")
+  set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DLINUX") 
+endif(${CMAKE_SYSTEM_NAME} MATCHES "Linux")
 
+
+#=========================================
+# Compiler specific flags
+#=========================================
+
+if (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
+  # Add ifort preprocessor flags
+  set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DPGI") 
+elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "f95")
+  # Add new gfortran flags
+  set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DG77") 
+elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "gfortran")
+  # Add old gfortran flags
+  set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DG77") 
+endif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
+
+
+#=========================================
 # Add MPI preprocessor flags
+#=========================================
 if (UNRES_WITH_MPI)
   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DMP -DMPI") 
 endif(UNRES_WITH_MPI)
diff --git a/source/unres/src_MD/CMakeLists.txt b/source/unres/src_MD/CMakeLists.txt
index 95a7a06..30b3e71 100644 (file)
--- a/source/unres/src_MD/CMakeLists.txt
+++ b/source/unres/src_MD/CMakeLists.txt
@@ -31,7 +31,7 @@ set(UNRES_MD_PP_SRC cartder.F chainbuild.F checkder_p.F compare_s1.F dihed_cons.
        geomout.F gradient_p.F initialize_p.F intcartderiv.F lagrangian_lesyng.F mc.F mcm.F MD_A-MTS.F
        minimize_p.F minim_mcmf.F MP.F MREMD.F parmread.F prng_32.F q_measure1.F q_measure3.F q_measure.F
        rattle.F readpdb.F readrtns.F regularize.F rmsd.F sc_move.F stochfric.F test.F thread.F timing.F
-       unres.F ) 
+       unres.F proc_proc.c ) 
 
 
 #================================================
@@ -68,36 +68,43 @@ set_property(SOURCE ${UNRES_MD_SRC3} PROPERTY COMPILE_FLAGS ${FFLAGS3} )
 #=========================================
 # Settings for GAB force field 
 #=========================================
-if(UNRES_FF STREQUAL "GAB" )
+if(UNRES_MD_FF STREQUAL "GAB" )
   # set preprocesor flags   
-  set(CPPFLAGS "PROCOR -DLINUX -DUNRES -DISNAN -DSPLITELE -DLANG0 -DCRYST_BOND -DCRYST_THETA -DCRYST_SC" )
-
-  if (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
-    # Add ifort preprocessor flags
-    set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DPGI") 
-  elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "f95")
-    # Add gfortran flags
-    set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DG77") 
-  elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "gfortran")
-    # Add gfortran flags
-    set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DG77") 
-  endif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
+  set(CPPFLAGS "PROCOR -DUNRES -DISNAN -DSPLITELE -DLANG0 -DCRYST_BOND -DCRYST_THETA -DCRYST_SC" )
 
 #=========================================
 #  Settings for E0LL2Y force field
 #=========================================
-elseif(UNRES_FF STREQUAL "E0LL2Y")
+elseif(UNRES_MD_FF STREQUAL "E0LL2Y")
   # set preprocesor flags   
-  set(CPPFLAGS "PROCOR -DLINUX -DUNRES -DISNAN -DSPLITELE -DLANG0" )
+  set(CPPFLAGS "PROCOR -DUNRES -DISNAN -DSPLITELE -DLANG0" )
+endif(UNRES_MD_FF STREQUAL "GAB")
 
-  if (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
-    # Add ifort preprocessor flags
-    set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DPGI")
-  endif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
+#=========================================
+# System specific flags
+#=========================================
+if(${CMAKE_SYSTEM_NAME} MATCHES "Linux")
+  set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DLINUX") 
+endif(${CMAKE_SYSTEM_NAME} MATCHES "Linux")
 
-endif(UNRES_FF STREQUAL "GAB")
+#=========================================
+# Compiler specific flags
+#=========================================
+
+if (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
+  # Add ifort preprocessor flags
+  set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DPGI") 
+elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "f95")
+  # Add new gfortran flags
+  set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DG77") 
+elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "gfortran")
+  # Add old gfortran flags
+  set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DG77") 
+endif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 
+#=========================================
 # Add MPI preprocessor flags
+#=========================================
 if (UNRES_WITH_MPI)
   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DMP -DMPI") 
 endif(UNRES_WITH_MPI)
@@ -139,7 +146,6 @@ set_property(SOURCE ${UNRES_CINFO_DIR}/cinfo.f PROPERTY COMPILE_FLAGS ${FFLAGS0}
 set(UNRES_MD_SRCS ${UNRES_MD_SRC0} ${UNRES_MD_SRC3} ${UNRES_CINFO_DIR}/cinfo.f )
 
 
-
 #=========================================
 # Build the binary
 #=========================================
@@ -148,6 +154,7 @@ set_target_properties(UNRES_BIN-MD PROPERTIES OUTPUT_NAME ${UNRES_BIN})
 #set_property(TARGET ${UNRES_BIN} PROPERTY RUNTIME_OUTPUT_DIRECTORY ${CMAKE_BINARY_DIR}/bin/unres/MD )
 #add_dependencies (${UNRES_BIN} ${UNRES_XDRFLIB})
 
+
 #=========================================
 # Link libraries
 #=========================================
@@ -242,5 +249,6 @@ if(NOT UNRES_WITH_MPI)
 
   add_test(NAME UNRES_MD_Ala10 COMMAND sh ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/test_single_ala.sh )
 
+
 endif(NOT UNRES_WITH_MPI)
  
diff --git a/source/wham/src/.readrtns.F.swp b/source/wham/src/.readrtns.F.swp
deleted file mode 100644 (file)
index ae0379b..0000000
Binary files a/source/wham/src/.readrtns.F.swp and /dev/null differ
diff --git a/source/wham/src/compinfo b/source/wham/src/compinfo
deleted file mode 100755 (executable)
index a9d3c1d..0000000
Binary files a/source/wham/src/compinfo and /dev/null differ
diff --git a/source/wham/src/err b/source/wham/src/err
deleted file mode 100644 (file)
index d2249ae..0000000
--- a/source/wham/src/err
+++ /dev/null
@@ -1,471 +0,0 @@
-       mpxlf90  -qlistopt -qfixed -w -c -q64  -g -C  -I./include_unres  -WF,-DMPI -WF,-DAIX -WF,-DUNRES -WF,-DSPLITELE -WF,-DPROCOR -WF,-DISNAN enecalc1.F
-"enecalc1.F", line 1.33: 1515-019 (S) Syntax is incorrect.
-"enecalc1.F", line 2.6: 1514-050 (S) Specification statement is out of order.  Statement is ignored.
-"DIMENSIONS", line 15.6: 1514-050 (S) Specification statement is out of order.  Statement is ignored.
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-"DIMENSIONS", line 59.6: 1514-050 (S) Specification statement is out of order.  Statement is ignored.
-"DIMENSIONS", line 60.6: 1514-050 (S) Specification statement is out of order.  Statement is ignored.
-"DIMENSIONS", line 62.6: 1514-050 (S) Specification statement is out of order.  Statement is ignored.
-"DIMENSIONS", line 63.6: 1514-050 (S) Specification statement is out of order.  Statement is ignored.
-"DIMENSIONS", line 65.6: 1514-050 (S) Specification statement is out of order.  Statement is ignored.
-"DIMENSIONS", line 66.6: 1514-050 (S) Specification statement is out of order.  Statement is ignored.
-"DIMENSIONS", line 68.6: 1514-050 (S) Specification statement is out of order.  Statement is ignored.
-"DIMENSIONS", line 69.6: 1514-050 (S) Specification statement is out of order.  Statement is ignored.
-"DIMENSIONS", line 71.6: 1514-050 (S) Specification statement is out of order.  Statement is ignored.
-"DIMENSIONS", line 72.6: 1514-050 (S) Specification statement is out of order.  Statement is ignored.
-"DIMENSIONS", line 74.6: 1514-050 (S) Specification statement is out of order.  Statement is ignored.
-"DIMENSIONS", line 75.6: 1514-050 (S) Specification statement is out of order.  Statement is ignored.
-"DIMENSIONS", line 77.6: 1514-050 (S) Specification statement is out of order.  Statement is ignored.
-"DIMENSIONS", line 78.6: 1514-050 (S) Specification statement is out of order.  Statement is ignored.
-"DIMENSIONS", line 78.46: 1516-050 (S) Expression or initial value must be evaluated at compile time.
-"DIMENSIONS", line 80.6: 1514-050 (S) Specification statement is out of order.  Statement is ignored.
-"DIMENSIONS", line 81.6: 1514-050 (S) Specification statement is out of order.  Statement is ignored.
-"DIMENSIONS", line 83.6: 1514-050 (S) Specification statement is out of order.  Statement is ignored.
-"DIMENSIONS", line 84.6: 1514-050 (S) Specification statement is out of order.  Statement is ignored.
-"DIMENSIONS", line 84.50: 1516-050 (S) Expression or initial value must be evaluated at compile time.
-"DIMENSIONS", line 86.6: 1514-050 (S) Specification statement is out of order.  Statement is ignored.
-"DIMENSIONS", line 87.6: 1514-050 (S) Specification statement is out of order.  Statement is ignored.
-"DIMENSIONS", line 89.6: 1514-050 (S) Specification statement is out of order.  Statement is ignored.
-"DIMENSIONS", line 90.6: 1514-050 (S) Specification statement is out of order.  Statement is ignored.
-"DIMENSIONS", line 90.25: 1516-050 (S) Expression or initial value must be evaluated at compile time.
-"DIMENSIONS", line 92.6: 1514-050 (S) Specification statement is out of order.  Statement is ignored.
-"DIMENSIONS", line 93.6: 1514-050 (S) Specification statement is out of order.  Statement is ignored.
-"DIMENSIONS", line 95.6: 1514-050 (S) Specification statement is out of order.  Statement is ignored.
-"DIMENSIONS", line 96.6: 1514-050 (S) Specification statement is out of order.  Statement is ignored.
-"DIMENSIONS", line 98.6: 1514-050 (S) Specification statement is out of order.  Statement is ignored.
-"DIMENSIONS", line 99.6: 1514-050 (S) Specification statement is out of order.  Statement is ignored.
-"DIMENSIONS", line 101.6: 1514-050 (S) Specification statement is out of order.  Statement is ignored.
-"DIMENSIONS", line 102.6: 1514-050 (S) Specification statement is out of order.  Statement is ignored.
-"DIMENSIONS", line 104.6: 1514-050 (S) Specification statement is out of order.  Statement is ignored.
-"DIMENSIONS", line 105.6: 1514-050 (S) Specification statement is out of order.  Statement is ignored.
-"DIMENSIONS", line 107.6: 1514-050 (S) Specification statement is out of order.  Statement is ignored.
-"DIMENSIONS", line 108.6: 1514-050 (S) Specification statement is out of order.  Statement is ignored.
-"DIMENSIONS", line 110.6: 1514-050 (S) Specification statement is out of order.  Statement is ignored.
-"DIMENSIONS", line 111.6: 1514-050 (S) Specification statement is out of order.  Statement is ignored.
-"DIMENSIONS", line 113.6: 1514-050 (S) Specification statement is out of order.  Statement is ignored.
-"DIMENSIONS", line 114.6: 1514-050 (S) Specification statement is out of order.  Statement is ignored.
-"DIMENSIONS", line 114.24: 1516-050 (S) Expression or initial value must be evaluated at compile time.
-"DIMENSIONS", line 116.6: 1514-050 (S) Specification statement is out of order.  Statement is ignored.
-"DIMENSIONS", line 117.6: 1514-050 (S) Specification statement is out of order.  Statement is ignored.
-"DIMENSIONS", line 119.6: 1514-050 (S) Specification statement is out of order.  Statement is ignored.
-"DIMENSIONS", line 120.6: 1514-050 (S) Specification statement is out of order.  Statement is ignored.
-"DIMENSIONS", line 122.6: 1514-050 (S) Specification statement is out of order.  Statement is ignored.
-"DIMENSIONS", line 123.6: 1514-050 (S) Specification statement is out of order.  Statement is ignored.
-"DIMENSIONS", line 125.6: 1514-050 (S) Specification statement is out of order.  Statement is ignored.
-"DIMENSIONS", line 126.6: 1514-050 (S) Specification statement is out of order.  Statement is ignored.
-"DIMENSIONS.ZSCOPT", line 1.6: 1514-050 (S) Specification statement is out of order.  Statement is ignored.
-"DIMENSIONS.ZSCOPT", line 8.6: 1514-050 (S) Specification statement is out of order.  Statement is ignored.
-"DIMENSIONS.ZSCOPT", line 10.6: 1514-050 (S) Specification statement is out of order.  Statement is ignored.
-"DIMENSIONS.ZSCOPT", line 12.6: 1514-050 (S) Specification statement is out of order.  Statement is ignored.
-"DIMENSIONS.ZSCOPT", line 14.6: 1514-050 (S) Specification statement is out of order.  Statement is ignored.
-"DIMENSIONS.ZSCOPT", line 15.6: 1514-050 (S) Specification statement is out of order.  Statement is ignored.
-"DIMENSIONS.ZSCOPT", line 17.6: 1514-050 (S) Specification statement is out of order.  Statement is ignored.
-"DIMENSIONS.ZSCOPT", line 18.6: 1514-050 (S) Specification statement is out of order.  Statement is ignored.
-"DIMENSIONS.ZSCOPT", line 20.6: 1514-050 (S) Specification statement is out of order.  Statement is ignored.
-"DIMENSIONS.ZSCOPT", line 21.6: 1514-050 (S) Specification statement is out of order.  Statement is ignored.
-"DIMENSIONS.ZSCOPT", line 21.27: 1516-050 (S) Expression or initial value must be evaluated at compile time.
-"DIMENSIONS.ZSCOPT", line 23.6: 1514-050 (S) Specification statement is out of order.  Statement is ignored.
-"DIMENSIONS.ZSCOPT", line 23.25: 1516-050 (S) Expression or initial value must be evaluated at compile time.
-"DIMENSIONS.ZSCOPT", line 23.32: 1516-050 (S) Expression or initial value must be evaluated at compile time.
-"DIMENSIONS.ZSCOPT", line 23.40: 1516-050 (S) Expression or initial value must be evaluated at compile time.
-"DIMENSIONS.ZSCOPT", line 25.6: 1514-050 (S) Specification statement is out of order.  Statement is ignored.
-"DIMENSIONS.ZSCOPT", line 27.6: 1514-050 (S) Specification statement is out of order.  Statement is ignored.
-"DIMENSIONS.ZSCOPT", line 28.6: 1514-050 (S) Specification statement is out of order.  Statement is ignored.
-"DIMENSIONS.ZSCOPT", line 30.6: 1514-050 (S) Specification statement is out of order.  Statement is ignored.
-"DIMENSIONS.ZSCOPT", line 31.6: 1514-050 (S) Specification statement is out of order.  Statement is ignored.
-"DIMENSIONS.ZSCOPT", line 33.6: 1514-050 (S) Specification statement is out of order.  Statement is ignored.
-"DIMENSIONS.ZSCOPT", line 34.6: 1514-050 (S) Specification statement is out of order.  Statement is ignored.
-"DIMENSIONS.ZSCOPT", line 39.6: 1514-050 (S) Specification statement is out of order.  Statement is ignored.
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-"COMMON.ENERGIES", line 1.6: 1514-050 (S) Specification statement is out of order.  Statement is ignored.
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-"enecalc1.F", line 57.13: 1515-025 (S) Only a name of a variable, array element, or character substring is permitted on the left hand side of an assignment statement.
-"enecalc1.F", line 74.13: 1512-020 (S) Expression must not appear as input list item.  Statement is ignored.
-"enecalc1.F", line 75.13: 1512-020 (S) Expression must not appear as input list item.  Statement is ignored.
-"enecalc1.F", line 76.16: 1512-020 (S) Expression must not appear as input list item.  Statement is ignored.
-"enecalc1.F", line 76.24: 1512-020 (S) Expression must not appear as input list item.  Statement is ignored.
-"enecalc1.F", line 77.30: 1512-020 (S) Expression must not appear as input list item.  Statement is ignored.
-"enecalc1.F", line 81.16: 1515-025 (S) Only a name of a variable, array element, or character substring is permitted on the left hand side of an assignment statement.
-"enecalc1.F", line 85.14: 1515-025 (S) Only a name of a variable, array element, or character substring is permitted on the left hand side of an assignment statement.
-"enecalc1.F", line 87.12: 1515-025 (S) Only a name of a variable, array element, or character substring is permitted on the left hand side of an assignment statement.
-"enecalc1.F", line 98.13: 1515-025 (S) Only a name of a variable, array element, or character substring is permitted on the left hand side of an assignment statement.
-"enecalc1.F", line 105.13: 1515-025 (S) Only a name of a variable, array element, or character substring is permitted on the left hand side of an assignment statement.
-"enecalc1.F", line 106.26: 1513-041 (S) Arguments of the wrong type were specified for the INTRINSIC procedure "dexp".
-"enecalc1.F", line 106.38: 1513-041 (S) Arguments of the wrong type were specified for the INTRINSIC procedure "dexp".
-"enecalc1.F", line 114.13: 1515-025 (S) Only a name of a variable, array element, or character substring is permitted on the left hand side of an assignment statement.
-"enecalc1.F", line 155.43: 1515-025 (S) Only a name of a variable, array element, or character substring is permitted on the left hand side of an assignment statement.
-"enecalc1.F", line 161.32: 1516-040 (S) Item has not been defined with the EXTERNAL or INTRINSIC attribute.
-"enecalc1.F", line 165.35: 1516-040 (S) Item has not been defined with the EXTERNAL or INTRINSIC attribute.
-"enecalc1.F", line 181.37: 1516-040 (S) Item has not been defined with the EXTERNAL or INTRINSIC attribute.
-"enecalc1.F", line 188.18: 1513-041 (S) Arguments of the wrong type were specified for the INTRINSIC procedure "dabs".
-"enecalc1.F", line 205.23: 1511-034 (E) RETURN statement in a main program or function subprogram must not be specified with a value.  Value is ignored.
-"enecalc1.F", line 209.11: 1515-025 (S) Only a name of a variable, array element, or character substring is permitted on the left hand side of an assignment statement.
-"enecalc1.F", line 211.13: 1515-025 (S) Only a name of a variable, array element, or character substring is permitted on the left hand side of an assignment statement.
-"enecalc1.F", line 230.37: 1516-040 (S) Item has not been defined with the EXTERNAL or INTRINSIC attribute.
-"enecalc1.F", line 237.50: 1515-025 (S) Only a name of a variable, array element, or character substring is permitted on the left hand side of an assignment statement.
-"enecalc1.F", line 245.9: 1515-025 (S) Only a name of a variable, array element, or character substring is permitted on the left hand side of an assignment statement.
-"enecalc1.F", line 254.7: 1515-025 (S) Only a name of a variable, array element, or character substring is permitted on the left hand side of an assignment statement.
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-"enecalc1.F", line 260.7: 1515-025 (S) Only a name of a variable, array element, or character substring is permitted on the left hand side of an assignment statement.
-"enecalc1.F", line 262.9: 1515-025 (S) Only a name of a variable, array element, or character substring is permitted on the left hand side of an assignment statement.
-"enecalc1.F", line 263.9: 1515-025 (S) Only a name of a variable, array element, or character substring is permitted on the left hand side of an assignment statement.
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-"enecalc1.F", line 280.13: 1515-025 (S) Only a name of a variable, array element, or character substring is permitted on the left hand side of an assignment statement.
-"enecalc1.F", line 298.13: 1511-034 (E) RETURN statement in a main program or function subprogram must not be specified with a value.  Value is ignored.
-** _main   === End of Compilation 1 ===
-** write_dbase   === End of Compilation 2 ===
-1501-511  Compilation failed for file enecalc1.F.
-make: 1254-004 The error code from the last command is 1.
-
-
-Stop.
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deleted file mode 100644 (file)
index 74330a5..0000000
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@@ -1,17 +0,0 @@
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-       mpxlf90  -qlistopt -qfixed -w -c -q64  -O3  -I./include_unres  -WF,-DMPI -WF,-DAIX -WF,-DUNRES -WF,-DSPLITELE -WF,-DPROCOR -WF,-DISNAN make_ensemble.F
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deleted file mode 100644 (file)
index 54e7a36..0000000
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@@ -1 +0,0 @@
-adam
UNRESPACK 3.x