6/11/2012 by Adam
xdrf-m corrected (list of arguments); changes in manual required!

DFA is switched off by default

6/11/2012 Changes of the CSA version

6/11/2012 Update of the CSA version

5/29/2012 by Adam

1. Fixed NaNs in wham (more stable computation of window free energies).
2. Minor fixes in cluster
3. Added exmaple with minimization in MD examples

5/20/2012 by Adam
1. Added distance restraints to wham and cluster
2. Fixed the bug in angle restraints to wham and added angle restraints to cluster
3. Introduced more stable procedure to calculate the dependence of ensemble averages on temperature in wham (for each temperature the lowest "free energy" is a reference to compute Boltzmann factors)

5/13/2012 by Adam
Minor bugs in the code related to distance restraints fixed: readrtns.F

5/13/2012 by Adam

1. Added options to run simulations with NMR-type distance restraints;
introduced array dhpb1 to store right borders of distance restraints
(left borders stored in dhpb, if dhpb1(i).eq.0 ith restraint is harmonic type,
> 0, quartic (NMR-like) type).

2. Added option to imposed either Calpha or SC (Cbeta) restraints; the pertinent
array is ibecacarb.

3. The above changes have been introduced in readrtns.F and energy_p_new_barrier.F
Cleaned excessive output in MREMD.F (energies at exchange)

4. prng.f replaces prng_32.F in Intel Makefiles; program hangs up with prng_32

5/10/2012 by Adam
1. Added C-shell scripts for the GAB and E0LL2Y force field
2. Added examples for multichain calculations

New files added

Makefiles for specific compilers and force fields created

Added example files (1L2Y)

Example input files for 1L2Y added

Unnecessary object files removed

Makefile_single_gfortran_oldparm corrected to include new directory structure

path for executable corrected

compilation of new CSA version

new files for tmscore and reminimization

cleaning - unecessary files deleted
tmscore has been added to CSA as alternative of angular difference
reminimization is working in CSA version

final changes to remove CSA from MD version of the code
new executable

removal of CSA from MD version of code
backup *~ files deleted
other minor changes in the code

old unecessary files are deleted

xdrf2pdb-M.F: corrected order of reading

plik1 deleted by Adam

dodalem pusty plik

added source code