fixed binary names for cmake and make

Merge branch 'prerelease-3.2.1'

Merge branch 'master' of mmka.chem.univ.gda.pl:unres

fixed install binary paths

Conflicts:

bin/xdrf2ang
bin/xdrf2pdb
bin/xdrf2pdb-m
source/xdrfpdb/src/CMakeLists.txt

correction in readpdb (bugfix)

correction in readpdb (bugfix)

changes to avoid PMPI_Scatterv: Invalid buffer pointer in Intel MPI
for src_MD-M (multichain)

changes to avoid PMPI_Scatterv: Invalid buffer pointer in Intel MPI

Finding undefined tua...

zmiany przywracajace TURN dla dummy i rozszerzajace SCCORR

poprawka turn3 i turn4 uwaga moga byc wlaczone diagnostki

Merge branch 'prerelease-3.2.1'

EBE change in prerealese-3.2.1 make dummy atom idependent

poprawka w src_MD

Poprawiony src_MD-M gradient

Merge branch 'prerelease-3.2.1' of mmka:unres into prerelease-3.2.1

rozgrzebana minimalizacja

intro of SCCOR into src_MIN

Corrected refsys.f in src_MD-M

Conflicts:
bin/unres/MD/unres-mult-symetr_ifort_MPICH_E0LL2Y.exe
source/unres/src_MD-M/cinfo.f

removed maxlik paths from cmake sources

refsys

Merge branch 'prerelease-3.2.1' of mmka.chem.univ.gda.pl:unres into prerelease-3.2.1

Conflicts:
source/unres/src_MD-M/cinfo.f
source/unres/src_MD-M/refsys.f

Corrected refsys.f in src_MD-M

Merge branch 'prerelease-3.2.1' of mmka:unres into prerelease-3.2.1

dzialajacy wham+poprawka w funckji energi+ poprawka w czytaniu

Makefiles for mpich2 and some corrections to Makefiles

Merge branch 'prerelease-3.2.1' of mmka.chem.univ.gda.pl:unres into prerelease-3.2.1

Conflicts:
source/unres/src_MD-M/cinfo.f
source/wham/src-M/cinfo.f

Added cinfo

MREMD corrected; Langevin mode (bcast instead of scatter i2rep)

poprawka gradientu w CSA

Naprawienie wham'a oraz wprowadzenie SCcorr do CSA

wprowadzenie do multichaina SCcorr

debug w poszukiwaniu bledu w ostatniej reszcie

dodanie czytania wagi wsccor do clustrowania-M

Conflicts:

bin/cluster/unres_clustMD-mult_MPICH-GAB.exe
source/cluster/wham/src-M/readrtns.o

Wstawnieni SCCOR dla clustrowania. Nie wiadomo czy jest czytana waga

Conflicts:

bin/cluster/unres_clustMD-mult_MPICH-GAB.exe
bin/wham_multparm-D-sccor-oldparm
source/cluster/wham/src-M/COMMON.SCCOR
source/cluster/wham/src-M/chainbuild.o
source/cluster/wham/src-M/convert.o
source/cluster/wham/src-M/energy_p_new.F
source/cluster/wham/src-M/energy_p_new.o
source/cluster/wham/src-M/geomout.o
source/cluster/wham/src-M/initialize_p.o
source/cluster/wham/src-M/int_from_cart1.o
source/cluster/wham/src-M/main_clust.o
source/cluster/wham/src-M/parmread.o
source/cluster/wham/src-M/permut.o
source/cluster/wham/src-M/read_coords.o
source/cluster/wham/src-M/read_ref_str.o
source/cluster/wham/src-M/readpdb.o
source/cluster/wham/src-M/readrtns.o
source/cluster/wham/src-M/setup_var.o
source/cluster/wham/src-M/wrtclust.o
source/cluster/wham/src-M/xdrf/libxdrf.a

Wprowadzenie SCCOR dla wham-M

Conflicts:

bin/unres/MD-M/unres_Tc_procor_oldparm_em64-D-symetr.exe
bin/wham_multparm-D-sccor-oldparm
source/unres/src_MD-M/cinfo.f
source/wham/src-M/COMMON.ALLPARM
source/wham/src-M/cinfo.f
source/wham/src-M/energy_p_new.F
source/wham/src-M/include_unres/COMMON.LOCAL
source/wham/src-M/include_unres/COMMON.SCCOR
source/wham/src/include_unres/COMMON.SCCOR

Rozgrzebany SCCOR dla wham-M

Conflicts:

source/wham/src-M/energy_p_new.F

Poprawiony SCR_MD-M i dzialajacy

Conflicts:

source/unres/src_MD-M/initialize_p.F
source/unres/src_MD-M/parmread.F

Wprowadznie potencjalow SC-COR do multichain oraz ich pseudosymetrii dla
D aminokwasow

Conflicts:

bin/unres/MD-M/unres_Tc_procor_oldparm_em64-D-symetr.exe
source/unres/src_MD-M/COMMON.SCCOR
source/unres/src_MD-M/Makefile
source/unres/src_MD-M/cinfo.f
source/unres/src_MD-M/energy_p_new_barrier.F
source/unres/src_MD-M/lagrangian_lesyng.F
source/unres/src_MD-M/moments.f
source/unres/src_MD-M/parmread.F
source/unres/src_MD-M/stochfric.F
source/unres/src_MD/COMMON.SCCOR

Merge branch 'prerelease-3.2.1' of mmka:unres into prerelease-3.2.1

removed source/maxlik/src_CSA dir from CMake

Again, documentation updated

Documentation updated

Minor change in documentation (installman)

Updated changelog, added minimization-only version binaries

Created binaries and fixed bugs when compiling single-processor version of the multichain code.

removed CSA_DiL sources from CMake

correction to 4P energy and csa examples

corrected example CSA run with 4P

new options for mpich2 with gfortran Makefile

src_CSA_DiL removed from prerelease,  current version in devel

Added the change docs by Adam

Merge branch 'prerelease-3.2.1' of mmka.chem.univ.gda.pl:unres into prerelease-3.2.1

Yet more changes in the documentation ( by Adam)

Revised documentation by Adam

changed FF preprocesor flags in src_CSA_DiL/CMakeLists.txt

Merge branch 'prerelease-3.2.1' of mmka:unres into prerelease-3.2.1

Updated INSTALL

Merge branch 'prerelease-3.2.1' of mmka.chem.univ.gda.pl:unres into prerelease-3.2.1

fixed FF preprocesor flags for src_CSA/CMakeLists.txt

Updated INSTALL
By Adam

changed csa.f to csa.F in src_CSA/CMakeLists.txt sources

Trying to bring files - continued
By Adam

Trying to bring the csa.F file to the repository.
By Adam.

Additional fix of xdrfpdb binaries (creation of bin/xdrf and putting
binaries there acc. to documentation.
By Adam

Fixed Makefiles, handle all force fields thru appropriate options
By Adam

Merge branch 'prerelease-3.2.1' of mmka:unres into prerelease-3.2.1

ctest ala10 binary location fix

Added CMake build instructions

fix for multiple MPI include paths passed by MPI wrapper

1) binaries are compiled into /bin subdirectory of build directory
2) added "make install" support costumizable with CMAKE_INSTALL_PREFIX

1) Threading cleanup in src_CSA & src_CSA_DiL
2) Makefile verbose turned off for "Release" builds
3) fixed missing printmat.f in cluster/wham/src/CMakeLists.txt

switched to CMake FindMPI module in all source files that use MPI

added missing preprocessor flags for prng_32.F

prng.f unification

64-bit fix for unres/CSA and unres/CSA_DiL code

Merge branch 'prerelease-3.2.1' of mmka:unres into prerelease-3.2.1

fixed CMake variable typo

correct default option for compilers in cluster CmakeList.txt

correct default option for compilers in wham CmakeList.txt

dodanie parametrow

1) added warnings suppression if find_package(MPI) failes to find MPI
2) removed non-standardold MPI paths - should be passed by cmake variables directly

Poprawione przyklady w polu ff_gab (zmieniony potencjal SIDEPAR na:
sc_GB_opt.1gab_3S_qclass5no310-shan2-sc-16-10-8k).

Poprawione przyklady do pola ff_gab (zmieniony potencjal SIDEPAR na: sc_GB_opt.1gab_3S_qclass5no310-shan2-sc-16-10-8k).

Debug part 1

small correctian in wham

Merge branch 'prerelease-3.2.1' of mmka:unres into prerelease-3.2.1

dynamic disulfides in multichain

wylaczenie diagnostyki

Merge branch 'prerelease-3.2.1' of mmka.chem.univ.gda.pl:unres into prerelease-3.2.1

zmiany w prereleasie drobne

changes for DIMENSION for smaller size MEMory

Merge branch 'prerelease-3.2.1' of mmka:unres into prerelease-3.2.1

decrease of Max_Parm to 32 necessary for 4GB machine

merge...
Merge branch 'prerelease-3.2.1' of mmka:unres into prerelease-3.2.1

Conflicts:

source/wham/src/energy_p_new.F

usuniecie diagnostyki

Merge branch 'prerelease-3.2.1' of mmka:unres into prerelease-3.2.1

only new xdrf2pdb binary

fixed WHAM for gfortran: src/energy_p_new.F

Just few comments added to WHAM to clarify