Documentation updated
authorAdam Liwo <adam@piasek4.chem.univ.gda.pl>
Fri, 12 Dec 2014 00:43:11 +0000 (01:43 +0100)
committerAdam Liwo <adam@piasek4.chem.univ.gda.pl>
Fri, 12 Dec 2014 00:43:11 +0000 (01:43 +0100)
doc/3.2.1/latex/installman.pdf
doc/3.2.1/latex/installman.tex
doc/3.2.1/latex/unresman.pdf
doc/3.2.1/latex/unresman.tex

index 46d17ef..8e958f0 100644 (file)
Binary files a/doc/3.2.1/latex/installman.pdf and b/doc/3.2.1/latex/installman.pdf differ
index 265d7d0..9e24906 100644 (file)
@@ -240,7 +240,8 @@ If option 1 fails or your MPI implementation does not come with a compiler wrapp
 \section{Step-by-step installation}
 \label{sect:stepbystep}
 
-For this installation, you will need to visit each source directory (see doc/UNRESPACK.txt
+For this installation, you will need to visit each source directory (see 
+Figure \ref{fig:distr} 
 for directory structure). Specific installation instructions are in the documentation of 
 of the particular components of the package (UNRES, WHAM, CLUSTER, XDRFPDB). Only general
 instructions are given here.
index 5bf0e0d..c67bc1c 100644 (file)
Binary files a/doc/3.2.1/latex/unresman.pdf and b/doc/3.2.1/latex/unresman.pdf differ
index caaa183..6ec0dc5 100644 (file)
@@ -958,13 +958,13 @@ to generate random conformations:
 THETPARPDB thetaml.5parm\\
 ROTPARPDB scgauss.parm
 
-For CSA, the best force field is 4P. For MD, the 1L2Y\_1LE1 force field is best for
+For CSA, the best force field is 4P. For MD, the E0LL2Y force field is best for
 ab initio prediction but provides medium resolution (5 A for 60-residue proteins) and 
 overemphasizes $\beta$-structures and has to be run with secondary-structure-prediction
 information. For prediction of the structure of mostly $\alpha$-protein, and for running
 dynamics of large proteins, the best is the GAB force field. All these force fields
 were trained by using our procedure of hierarchical optimization \cite{oldziej_2004,oldziej_2004_02}.
-The 4P and 1L2Y\_1LE1 force fields have considerable power independent of structural class. 
+The 4P and E0LL2Y force fields have considerable power independent of structural class. 
 The ALPHA, BETA, and ALPHABETA force fields (for CSA) were used in the CASP4 exercises
 and the CASP5 force field was used in the CASP5 exercise with some success; ALPHA 
 predicts reasonably the structure of $\alpha$-helical proteins and is still not obsolete,