Merge branch 'feature-cmake' into devel

another ascii art frame fix

fix for gfortran build of source/cluster/unres

fixed typo

added CMake files to build cluster/wham/src-M

added missig wham/src-M source files to cmake build

Added CMake files for building source/wham/src-M

ascii frames closed:   unres/src_MD-M/energy_p_new_barrier.F
ascii frames closed:   wham/src/energy_p_new.F

1) ASCII art frame fix in unres/src_MD-M/energy_p_new_barrier.F
2) added gfortran build flags for wham/src

added cmake files to build source/wham/src under ifort

fixed more typos

fixed typo

prng_32.F/prng.f fix for intel compiler

1) moved xdrf library to source/lib/xdrf - CMake files link this location when required by build binaries (Makefiles dont!)
2) added cmake files for building source/xdrfpdb/src and  source/xdrfpdb/src-M

linking pthreads for unres/src_MIN

modified:   energy_p_new_barrier.F - closed ascii art frames
modified:   ../src_MD-M/together.F - changed imax to overcome aretmitic overflow bug in gfortran

Additional MPI libraries search path added

fix of production code that requires MPI

added/modified CMake files for all subdirs in source/unres + junkfiles cleanup

added piasek cluster specific compile conditioning in main cmake file

closing asci-art frames in energy_p_new_barrier.F files removed some warnings in gfortran

fixes for unres/src_MIN build in ifort

- added UNRES Multichain examples
- CMake for src_MIN
- junkfiles cleanup

added 32/64-bit architecture detection

deleted:    source/unres/src_MD-M/xdrf_em64/libxdrf.m4~

src_MD-M CMake build files + junkfiles cleanup

compilation of DFA/CSA code

Merge branch 'devel' of mmka:unres into devel

DFA is switched off by default

deleted:    CTestConfig.cmake

fixed test_single_ala.sh to run binary from current build dir

fixed "rm tmptmp" of notexisting file in compinfo.c

fixed drop side on CTestConfig.cmake

gfortran 4.5.2 (f95) compile definitions fix

new gfortran fix

fixed ctest/cmake files for src_MD build

Added test MPI preprocessor compile definitions

Revert "Revert "CMake file for xdrf library""

This reverts commit 4dd6545a13d055f8b951dd893270dc722212dd60.

Revert "CMake file for xdrf library"

This reverts commit 154f05b81b221aecfb80de0cc515c23b65909c85.

CMake file for xdrf library

CMake project files added

minimization in csa code is working now correctly

tag updated to v.3.1

updated Changelog

Added Changelog

New files added

Makefiles for specific compilers and force fields created

Added example files (1L2Y)

Example input files for 1L2Y added

Unnecessary object files removed

Makefile_single_gfortran_oldparm corrected to include new directory structure

path for executable corrected

compilation of new CSA version

new files for tmscore and reminimization

cleaning - unecessary files deleted
tmscore has been added to CSA as alternative of angular difference
reminimization is working in CSA version

final changes to remove CSA from MD version of the code
new executable

removal of CSA from MD version of code
backup *~ files deleted
other minor changes in the code

old unecessary files are deleted

xdrf2pdb-M.F: corrected order of reading

plik1 deleted by Adam

dodalem pusty plik

added source code