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[unres.git] / examples / unres / CSA / GAB / CSA / global / restrained / jpred_prediction / jp_fSt_H_1.html
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--- a/examples/unres/CSA/GAB/CSA/global/restrained/jpred_prediction/jp_fSt_H_1.html
+++ /dev/null
@@ -1,50 +0,0 @@
-<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 3.2//EN"><html><head><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1"><title>Jpred secondary structure prediction results</title></head><body bgcolor="#ffffff"><pre><code>jp_fSt_H_1 : NLYIQWLKDGGPSSGRPPPS : jp_fSt_H_1 
-
-           : 1---------11-------- :
-OrigSeq    : NLYIQWLKDGGPSSGRPPPS : OrigSeq
-
-Jnet       : --<font color=e90055>H</font><font color=e90055>H</font><font color=e90055>H</font><font color=e90055>H</font><font color=e90055>H</font><font color=e90055>H</font>------------ : Jnet
-jhmm       : --<font color=e90055>H</font><font color=e90055>H</font><font color=e90055>H</font><font color=e90055>H</font><font color=e90055>H</font><font color=e90055>H</font>------------ : jhmm
-
-Lupas 14   : -------------------- : Lupas 14
-Lupas 21   : -------------------- : Lupas 21
-Lupas 28   : -------------------- : Lupas 28
-
-Jnet_25    : -<font color=aa0000>B</font><font color=aa0000>B</font><font color=aa0000>B</font>-<font color=aa0000>B</font><font color=aa0000>B</font>---<font color=aa0000>B</font>--------- : Jnet_25
-Jnet_5     : ---<font color=aa0000>B</font>--<font color=aa0000>B</font>------------- : Jnet_5
-Jnet_0     : -------------------- : Jnet_0
-Jnet Rel   : <font color=00aa00>9</font>211555336<font color=00aa00>7</font><font color=00aa00>7</font><font color=00aa00>7</font><font color=00aa00>7</font><font color=00aa00>7</font><font color=00aa00>8</font><font color=00aa00>8</font><font color=00aa00>8</font><font color=00aa00>9</font><font color=00aa00>9</font> : Jnet Rel
-</code></pre><hr><pre><code><b>
-Notes
-Key:</b>
-Colour code for alignment:
-Blue            - Complete identity at a position
-Shades of red   - The more red a position is, the higher the level of
-                  conservation of chemical properties of the amino acids
-Jnet            - Final secondary structure prediction for query
-jalign          - Jnet alignment prediction
-jhmm            - Jnet hmm profile prediction
-jpssm           - Jnet PSIBLAST pssm profile prediction
-
-Lupas           - Lupas Coil prediction (window size of 14, 21 and 28)
-
-Note on coiled coil predictions  - = less than 50% probability
-                                 c = between 50% and 90% probability
-                                 C = greater than 90% probability
-
-Jnet_25         - Jnet prediction of burial, less than 25% solvent accesibility
-Jnet_5          - Jnet prediction of burial, less than 5% exposure
-Jnet_0          - Jnet prediction of burial, 0% exposure
-Jnet Rel        - Jnet reliability of prediction accuracy, ranges from 0 to 9, bigger is better.
-</code></pre>
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-</body></html>
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