source/xdrfpdb/src/CMakeLists.txt

   1 # Set of programs to convert UNRES xdrf format (compressed Cartesian coordinates) to PDF
   2 # or raw-Cartesian format (*.x) or to extract backbone angular coordinates (*.ang)
   3 # The pdb files can be constructed from canonical or MREMD trajectories.
   4 #
   5 # The xdrf library is required
   6 #
   7 # Programs
   8 #
   9 # xdrf2pdb   : converts a single cx trajectory file to PDB format
  10 # xdrf2x     : converts a single cx trajectory file to raw-coordinate (x) format
  11 # xdrf2ang   : extracts backbone angles from a cx trajectory file
  12 # xdrf2pdb-m : converts a selected trajectory of a MREMD run dumpend into a cx file to PDB format
  13 #
  14 # xdrf2pdb1  : converts conformation(s) selected from a wham post-processing run into PDB format
  15 # xdrf2x1    : converts conformation(s) selected from a wham post-processing run into raw (x) format.
  16 #
  17 # 9/23/2010 A. Liwo
  18 #
  19 # CMake file by D. Jagieła
  20 #
  21
  22 set(UNRES_XDRF_XDRF2PDB_SRC
  23         xdrf2pdb.F
  24         geomout.F
  25         misc.f
  26         rescode.f
  27         nazwy.f
  28 )
  29
  30 set(UNRES_XDRF_XDRF2PDB-M_SRC
  31         xdrf2pdb-m.F
  32         geomout.F
  33         misc.f
  34         rescode.f
  35         nazwy.f
  36 )
  37
  38
  39 set(UNRES_XDRF_XDRF2X_SRC
  40         xdrf2x.F
  41 )
  42
  43
  44 set(UNRES_XDRF_XDRF2XANG_SRC
  45         xdrf2ang.f
  46         misc.f
  47         rescode.f
  48         nazwy.f
  49         intcor.f
  50         arcos.f
  51 )
  52
  53 set(UNRES_XDRF_PP_SRC
  54         geomout.F
  55         xdrf2pdb.F
  56         xdrf2pdb-m.F
  57         xdrf2x.F
  58 )
  59
  60 set(CPPFLAGS "PROCOR -DUNRES -DSPLITELE -DNEWUNRES" )
  61
  62 #=========================================
  63 # System specific flags
  64 #=========================================
  65 if(${CMAKE_SYSTEM_NAME} MATCHES "Linux")
  66   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DLINUX")
  67 endif(${CMAKE_SYSTEM_NAME} MATCHES "Linux")
  68
  69 # Apply preprocesor flags to *.F files
  70 set_property(SOURCE ${UNRES_XDRF_PP_SRC} PROPERTY COMPILE_DEFINITIONS ${CPPFLAGS} )
  71
  72
  73 #=========================================
  74 # Build the binaries
  75 #=========================================
  76 add_executable(xdrf2pdb   ${UNRES_XDRF_XDRF2PDB_SRC} )
  77 set_property(TARGET xdrf2pdb PROPERTY RUNTIME_OUTPUT_DIRECTORY ${CMAKE_BINARY_DIR}/bin )
  78 target_link_libraries( xdrf2pdb xdrf )
  79
  80 add_executable(xdrf2pdb-m ${UNRES_XDRF_XDRF2PDB-M_SRC} )
  81 set_property(TARGET xdrf2pdb-m PROPERTY RUNTIME_OUTPUT_DIRECTORY ${CMAKE_BINARY_DIR}/bin )
  82 target_link_libraries( xdrf2pdb-m xdrf )
  83
  84 add_executable(xdrf2x     ${UNRES_XDRF_XDRF2X_SRC} )
  85 set_property(TARGET xdrf2x PROPERTY RUNTIME_OUTPUT_DIRECTORY ${CMAKE_BINARY_DIR}/bin )
  86 target_link_libraries( xdrf2x xdrf )
  87
  88 add_executable(xdrf2ang   ${UNRES_XDRF_XDRF2XANG_SRC} )
  89 set_property(TARGET xdrf2ang PROPERTY RUNTIME_OUTPUT_DIRECTORY ${CMAKE_BINARY_DIR}/bin )
  90 target_link_libraries( xdrf2ang xdrf )
  91
  92
  93 #=========================================
  94 # Install Path
  95 #=========================================
  96 install(TARGETS xdrf2pdb        DESTINATION ${CMAKE_INSTALL_PREFIX}/xdrfpdb)
  97 install(TARGETS xdrf2pdb-m      DESTINATION ${CMAKE_INSTALL_PREFIX}/xdrfpdb)
  98 install(TARGETS xdrf2x          DESTINATION ${CMAKE_INSTALL_PREFIX}/xdrfpdb)
  99 install(TARGETS xdrf2ang        DESTINATION ${CMAKE_INSTALL_PREFIX}/xdrfpdb)
 100
 101
 102 #=========================================
 103 # TESTS
 104 #=========================================
 105
 106   if (UNRES_SRUN)
 107    set (SRUN "srun")
 108   else()
 109    set (SRUN "")
 110   endif()
 111
 112
 113
 114 # Create files needed for tests
 115
 116 file(   COPY ${CMAKE_SOURCE_DIR}/ctest/ala10one.seq
 117         DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR} )
 118
 119 file(   COPY ${CMAKE_SOURCE_DIR}/ctest/ala10three.seq
 120         DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR} )
 121
 122 file(   COPY ${CMAKE_SOURCE_DIR}/ctest/1L2Yone.seq
 123         DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR} )
 124
 125 file(   COPY ${CMAKE_SOURCE_DIR}/ctest/1L2Ythree.seq
 126         DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR} )
 127
 128 file(   COPY ${CMAKE_SOURCE_DIR}/ctest/ala10MD.cx
 129         DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR} )
 130
 131 file(   COPY ${CMAKE_SOURCE_DIR}/ctest/1L2Y_MREMD_MD000.cx
 132         DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR} )
 133
 134
 135 # Test xdrf2pdb
 136 add_test(NAME XDRF2PDB-one   COMMAND ${SRUN} ${CMAKE_BINARY_DIR}/bin/xdrf2pdb one ala10one.seq ala10MD.cx )
 137 add_test(NAME XDRF2PDB-three COMMAND ${SRUN} ${CMAKE_BINARY_DIR}/bin/xdrf2pdb three ala10three.seq ala10MD.cx )
 138
 139 # Test xdrf2pdb-m
 140 add_test(NAME XDRF2PDB-M-one   COMMAND ${SRUN} ${CMAKE_BINARY_DIR}/bin/xdrf2pdb-m one 1L2Yone.seq 1L2Y_MREMD_MD000.cx 32 30 )
 141 add_test(NAME XDRF2PDB-M-three COMMAND ${SRUN} ${CMAKE_BINARY_DIR}/bin/xdrf2pdb-m three 1L2Ythree.seq 1L2Y_MREMD_MD000.cx 32 30 )
 142
 143 # Test xdrf2ang
 144 add_test(NAME XDRF2ANG-one   COMMAND ${SRUN} ${CMAKE_BINARY_DIR}/bin/xdrf2ang one ala10one.seq ala10MD.cx )
 145 add_test(NAME XDRF2ANG-three COMMAND ${SRUN} ${CMAKE_BINARY_DIR}/bin/xdrf2ang three ala10three.seq ala10MD.cx )
 146
 147
 148