source/xdrfpdb/src-M/CMakeLists.txt

   1 # Set of programs to convert UNRES xdrf format (compressed Cartesian coordinates) to PDF
   2 # or raw-Cartesian format (*.x) or to extract backbone angular coordinates (*.ang)
   3 # The pdb files can be constructed from canonical or MREMD trajectories.
   4 #
   5 # The xdrf library is required
   6 #
   7 # Programs
   8 #
   9 # xdrf2pdb   : converts a single cx trajectory file to PDB format
  10 # xdrf2x     : converts a single cx trajectory file to raw-coordinate (x) format
  11 # xdrf2ang   : extracts backbone angles from a cx trajectory file
  12 # xdrf2pdb-m : converts a selected trajectory of a MREMD run dumpend into a cx file to PDB format
  13 #
  14 # removed xdrf2pdb1  : converts conformation(s) selected from a wham post-processing run into PDB format
  15 # removed xdrf2x1    : converts conformation(s) selected from a wham post-processing run into raw (x) format.
  16 #
  17 # 9/23/2010 A. Liwo
  18 #
  19 # CMake file by D. Jagie?a
  20 #
  21
  22 set(UNRES_XDRF_XDRF2PDB_SRC-M
  23         xdrf2pdb.F
  24         geomout.F
  25         misc.f
  26         rescode.f
  27         nazwy.f
  28         seq2chains.f
  29 )
  30
  31 set(UNRES_XDRF_XDRF2PDB-M_SRC-M
  32         xdrf2pdb-m.F
  33         geomout.F
  34         misc.f
  35         rescode.f
  36         nazwy.f
  37         seq2chains.f
  38 )
  39
  40
  41 set(UNRES_XDRF_PP_SRC-M
  42         geomout.F
  43         xdrf2pdb.F
  44         xdrf2pdb-m.F
  45         xdrf2x.F
  46 )
  47
  48 set(CPPFLAGS "PROCOR -DUNRES -DMP -DMPI -DSPLITELE -DNEWUNRES" )
  49
  50 #=========================================
  51 # System specific flags
  52 #=========================================
  53 if(${CMAKE_SYSTEM_NAME} MATCHES "Linux")
  54   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DLINUX")
  55 endif(${CMAKE_SYSTEM_NAME} MATCHES "Linux")
  56
  57 # Apply preprocesor flags to *.F files
  58 set_property(SOURCE ${UNRES_XDRF_PP_SRC-M} PROPERTY COMPILE_DEFINITIONS ${CPPFLAGS} )
  59
  60
  61 #=========================================
  62 # Build the binaries
  63 #=========================================
  64 add_executable(UNRES_XDRF2PDB_BIN-M   ${UNRES_XDRF_XDRF2PDB_SRC-M} )
  65 target_link_libraries(UNRES_XDRF2PDB_BIN-M xdrf )
  66 set_target_properties(UNRES_XDRF2PDB_BIN-M PROPERTIES OUTPUT_NAME xdrf2pdb )
  67 set_property(TARGET UNRES_XDRF2PDB_BIN-M PROPERTY RUNTIME_OUTPUT_DIRECTORY ${CMAKE_BINARY_DIR}/bin )
  68
  69 add_executable(UNRES_XDRF2PDBM_BIN-M ${UNRES_XDRF_XDRF2PDB-M_SRC-M} )
  70 target_link_libraries( UNRES_XDRF2PDBM_BIN-M xdrf )
  71 set_target_properties(UNRES_XDRF2PDBM_BIN-M PROPERTIES OUTPUT_NAME xdrf2pdb-m )
  72 set_property(TARGET UNRES_XDRF2PDBM_BIN-M PROPERTY RUNTIME_OUTPUT_DIRECTORY ${CMAKE_BINARY_DIR}/bin )
  73
  74
  75 #=========================================
  76 # Install Path
  77 #=========================================
  78 install(TARGETS UNRES_XDRF2PDB_BIN-M DESTINATION ${CMAKE_INSTALL_PREFIX}/xdrfpdb)
  79 install(TARGETS UNRES_XDRF2PDBM_BIN-M DESTINATION ${CMAKE_INSTALL_PREFIX}/xdrfpdb)
  80
  81
  82 #=========================================
  83 # TESTS
  84 #=========================================
  85
  86
  87 # Create files needed for tests
  88
  89 file(   COPY ${CMAKE_SOURCE_DIR}/ctest/ala10one.seq
  90         DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR} )
  91
  92 file(   COPY ${CMAKE_SOURCE_DIR}/ctest/ala10three.seq
  93         DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR} )
  94
  95 file(   COPY ${CMAKE_SOURCE_DIR}/ctest/1L2Yone.seq
  96         DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR} )
  97
  98 file(   COPY ${CMAKE_SOURCE_DIR}/ctest/1L2Ythree.seq
  99         DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR} )
 100
 101 file(   COPY ${CMAKE_SOURCE_DIR}/ctest/ala10MD.cx
 102         DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR} )
 103
 104 file(   COPY ${CMAKE_SOURCE_DIR}/ctest/1L2Y_MREMD_MD000.cx
 105         DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR} )
 106
 107
 108 # Test xdrf2pdb
 109 add_test(NAME XDRF2PDB-one   COMMAND ${CMAKE_BINARY_DIR}/bin/xdrf2pdb one ala10one.seq ala10MD.cx )
 110 add_test(NAME XDRF2PDB-three COMMAND ${CMAKE_BINARY_DIR}/bin/xdrf2pdb three ala10three.seq ala10MD.cx )
 111
 112 # Test xdrf2pdb-m
 113 add_test(NAME XDRF2PDB-M-one   COMMAND ${CMAKE_BINARY_DIR}/bin/xdrf2pdb-m one 1L2Yone.seq 1L2Y_MREMD_MD000.cx 32 30 )
 114 add_test(NAME XDRF2PDB-M-three COMMAND ${CMAKE_BINARY_DIR}/bin/xdrf2pdb-m three 1L2Ythree.seq 1L2Y_MREMD_MD000.cx 32 30 )
 115
 116 # Test xdrf2ang
 117 #add_test(NAME XDRF2ANG-one   COMMAND ${CMAKE_BINARY_DIR}/bin/xdrf2ang one ala10one.seq ala10MD.cx )
 118 #add_test(NAME XDRF2ANG-three COMMAND ${CMAKE_BINARY_DIR}/bin/xdrf2ang three ala10three.seq ala10MD.cx )
 119
 120
 121