source/wham/src/CMakeLists.txt

   1 #
   2 # CMake project file for WHAM single chain version
   3 #
   4
   5 enable_language (Fortran)
   6
   7 #================================
   8 # Set source file lists
   9 #================================
  10 set(UNRES_WHAM_SRC0
  11         wham_multparm.F
  12         bxread.F
  13         xread.F
  14         cxread.F
  15         enecalc1.F
  16         energy_p_new.F
  17         initialize_p.F
  18         molread_zs.F
  19         openunits.F
  20         readrtns.F
  21         arcos.f
  22         cartder.f
  23         cartprint.f
  24         chainbuild.f
  25         geomout.F
  26         gnmr1.f
  27         icant.f
  28         intcor.f
  29         int_from_cart.f
  30         make_ensemble1.F
  31         matmult.f
  32         misc.f
  33         mygetenv.F
  34         parmread.F
  35         pinorm.f
  36         printmat.f
  37         rescode.f
  38         setup_var.f
  39         slices.F
  40         ssMD.F
  41         store_parm.F
  42         timing.F
  43         wham_calc1.F
  44         readrtns_compar.F
  45         readpdb.f
  46         fitsq.f
  47         contact.f
  48         elecont.f
  49         contfunc.f
  50         cont_frag.f
  51         conf_compar.F
  52         match_contact.f
  53         angnorm.f
  54         odlodc.f
  55         promienie.f
  56         qwolynes.f
  57         read_ref_str.F
  58         rmscalc.f
  59         secondary.f
  60         proc_cont.f
  61         define_pairs.f
  62         mysort.f
  63 )
  64
  65 set(UNRES_WHAM_PP_SRC
  66         bxread.F
  67         chainbuild.F
  68         conf_compar.F
  69         cxread.F
  70         enecalc1.F
  71         energy_p_new.F
  72         geomout.F
  73         initialize_p.F
  74         make_ensemble1.F
  75         molread_zs.F
  76         mygetenv.F
  77         openunits.F
  78         parmread.F
  79         read_ref_str.F
  80         readrtns_compar.F
  81         readrtns.F
  82         slices.F
  83         ssMD.F
  84         store_parm.F
  85         timing.F
  86         wham_calc1.F
  87         wham_multparm.F
  88         xread.F
  89         proc_proc.c
  90 )
  91
  92
  93 #================================================
  94 # Set comipiler flags for different sourcefiles
  95 #================================================
  96 if (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
  97   set(FFLAGS0 "-mcmodel=medium -shared-intel  -I. -I${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/include_unres" )
  98 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "gfortran")
  99   set(FFLAGS0 "-std=legacy -mcmodel=medium -g -I. -I${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/include_unres" )
 100 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "pgf90")
 101   set(FFLAGS0 "-mcmodel=medium -Mlarge_arrays -I. -I${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/include_unres" )
 102 else ()
 103   set(FFLAGS0 "-g -mcmodel=medium -I. -I${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/include_unres" )
 104 endif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 105
 106
 107 #=========================================
 108 # Add MPI compiler flags
 109 #=========================================
 110 if(UNRES_WITH_MPI)
 111   set(FFLAGS0 "${FFLAGS0} -I${MPI_Fortran_INCLUDE_PATH}")
 112 endif(UNRES_WITH_MPI)
 113
 114 set_property(SOURCE ${UNRES_WHAM_SRC0} PROPERTY COMPILE_FLAGS ${FFLAGS0} )
 115
 116 #=========================================
 117 #  Settings for GAB force field
 118 #=========================================
 119
 120 if(UNRES_MD_FF STREQUAL "GAB" )
 121   # set preprocesor flags
 122   set(CPPFLAGS "PROCOR -DSPLITELE -DCRYST_BOND -DCRYST_THETA -DCRYST_SC  -DSCCORPDB" )
 123
 124 #=========================================
 125 #  Settings for E0LL2Y force field
 126 #=========================================
 127 elseif(UNRES_MD_FF STREQUAL "E0LL2Y")
 128   # set preprocesor flags
 129   set(CPPFLAGS "PROCOR  -DSPLITELE -DSCCORPDB" )
 130 elseif(UNRES_MD_FF STREQUAL "4P")
 131   set(CPPFLAGS "SPLITELE -DLANG0 -DCRYST_BOND -DCRYST_THETA -DCRYST_SC -DSCCORPDB" )
 132 endif(UNRES_MD_FF STREQUAL "GAB")
 133
 134
 135 #=========================================
 136 # Additional flags
 137 #=========================================
 138 set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DUNRES -DISNAN -DWHAM ")
 139
 140
 141 #=========================================
 142 # System specific flags
 143 #=========================================
 144 if(${CMAKE_SYSTEM_NAME} MATCHES "Linux")
 145   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DLINUX")
 146 endif(${CMAKE_SYSTEM_NAME} MATCHES "Linux")
 147
 148 #=========================================
 149 # Compiler specific flags
 150 #=========================================
 151
 152 if (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 153   # Add ifort preprocessor flags
 154   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DPGI")
 155 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "f95")
 156   # Add new gfortran flags
 157   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DG77")
 158 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "gfortran")
 159   # Add old gfortran flags
 160   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DG77")
 161 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "pgf90")
 162   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DPGI")
 163   FILE(COPY ${CMAKE_SOURCE_DIR}/source/lib/isnan_pgi.f DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR} )
 164   list(APPEND UNRES_WHAM_SRC0 ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/isnan_pgi.f)
 165   set(CMAKE_EXE_LINKER_FLAGS "-Bdynamic")
 166 endif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 167
 168 #=========================================
 169 # Add MPI preprocessor flags
 170 #=========================================
 171 set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DMPI")
 172
 173 #=========================================
 174 # Add 64-bit specific preprocessor flags
 175 #=========================================
 176 if (architektura STREQUAL "64")
 177   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DAMD64")
 178 endif (architektura STREQUAL "64")
 179
 180 #=========================================
 181 # Apply preprocesor flags to *.F files
 182 #=========================================
 183 set_property(SOURCE ${UNRES_WHAM_PP_SRC} PROPERTY COMPILE_DEFINITIONS ${CPPFLAGS} )
 184
 185
 186 #========================================
 187 #  Setting binary name
 188 #========================================
 189 set(UNRES_WHAM_BIN "wham_${Fortran_COMPILER_NAME}_MPI_${UNRES_MD_FF}.exe")
 190
 191 #=========================================
 192 # cinfo.f workaround for CMake
 193 #=========================================
 194 # get the current date
 195 TODAY(DATE)
 196 # generate cinfo.f
 197
 198 set(CINFO "${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cinfo.f")
 199 FILE(WRITE ${CINFO}
 200 "C CMake generated file
 201        subroutine cinfo
 202        include 'COMMON.IOUNITS'
 203        write(iout,*)'++++ Compile info ++++'
 204        write(iout,*)'Version ${UNRES_MAJOR}.${UNRES_MINOR} build ${UNRES_PATCH}'
 205 ")
 206
 207 CINFO_FORMAT(${CINFO} "Compiled" "${DATE}" )
 208 CINFO_FORMAT(${CINFO} "Compiled by" "$ENV{USER}@$ENV{HOST}" )
 209 CINFO_FORMAT(${CINFO} "OS name:" "${CMAKE_SYSTEM_NAME}" )
 210 CINFO_FORMAT(${CINFO} "OS release:" "${CMAKE_SYSTEM}" )
 211 CINFO_FORMAT(${CINFO} "Fortran Compiler:" "${CMAKE_Fortran_COMPILER}" )
 212 CINFO_FORMAT(${CINFO} "MD Force field:" "${UNRES_MD_FF}" )
 213 CINFO_FORMAT(${CINFO} "CPPFLAGS =" "${CPPFLAGS}")
 214
 215 FILE(APPEND ${CINFO}
 216 "       write(iout,*)'++++ End of compile info ++++'
 217        return
 218        end ")
 219
 220 # set include path
 221 set_property(SOURCE ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cinfo.f PROPERTY COMPILE_FLAGS "${FFLAGS0} -I${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}" )
 222
 223 #=========================================
 224 # Set full unres CSA sources
 225 #=========================================
 226 set(UNRES_WHAM_SRCS ${UNRES_WHAM_SRC0} ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cinfo.f proc_proc.c)
 227
 228 #=========================================
 229 # Build the binary
 230 #=========================================
 231 add_executable(UNRES_WHAM_BIN ${UNRES_WHAM_SRCS} )
 232 set_target_properties(UNRES_WHAM_BIN PROPERTIES OUTPUT_NAME ${UNRES_WHAM_BIN})
 233 set_property(TARGET UNRES_WHAM_BIN PROPERTY RUNTIME_OUTPUT_DIRECTORY ${CMAKE_BINARY_DIR}/bin )
 234 #add_dependencies (${UNRES_BIN} ${UNRES_XDRFLIB})
 235
 236 #=========================================
 237 # Link libraries
 238 #=========================================
 239 # link MPI libraries
 240 target_link_libraries( UNRES_WHAM_BIN ${MPI_Fortran_LIBRARIES} )
 241 # link libxdrf.a
 242 target_link_libraries( UNRES_WHAM_BIN xdrf )
 243
 244 #=========================================
 245 # Install Path
 246 #=========================================
 247 install(TARGETS UNRES_WHAM_BIN DESTINATION ${CMAKE_INSTALL_PREFIX}/wham)
 248
 249
 250 #=========================================
 251 # TESTS
 252 #=========================================
 253
 254 #  MESSAGE (STATUS "${MPI_Fortran_LIBRARIES}")
 255   if ("${MPI_Fortran_LIBRARIES}"  MATCHES "lam")
 256      MESSAGE (STATUS "LAM MPI library detected")
 257      set (boot_lam "-boot")
 258   else()
 259      set (boot_lam "")
 260   endif()
 261
 262   if (UNRES_SRUN)
 263    set (np "-n")
 264    set (mpiexec "srun")
 265   elseif(UNRES_MPIRUN)
 266    set (np "-np")
 267    set (mpiexec "mpirun")
 268   else()
 269    set (np "-np")
 270    set (mpiexec "mpiexec")
 271   endif()
 272
 273
 274 FILE(WRITE ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/scripts/wham_mpi_E0LL2Y.sh
 275 "#!/bin/sh
 276 export POT=GB
 277 export PREFIX=$1
 278 #-----------------------------------------------------------------------------
 279 WHAM_BIN=${CMAKE_BINARY_DIR}/bin/${UNRES_WHAM_BIN}
 280 #-----------------------------------------------------------------------------
 281 DD=${CMAKE_SOURCE_DIR}/PARAM
 282 export BONDPAR=$DD/bond_AM1.parm
 283 export THETPAR=$DD/theta_abinitio.parm
 284 export ROTPAR=$DD/rotamers_AM1_aura.10022007.parm
 285 export TORPAR=$DD/torsion_631Gdp.parm
 286 export TORDPAR=$DD/torsion_double_631Gdp.parm
 287 export ELEPAR=$DD/electr_631Gdp.parm
 288 export SIDEPAR=$DD/scinter_$POT.parm
 289 export FOURIER=$DD/fourier_opt.parm.1igd_hc_iter3_3
 290 export SCPPAR=$DD/scp.parm
 291 export SCCORPAR=$DD/sccor_am1_pawel.dat
 292 export THETPARPDB=$DD/thetaml.5parm
 293 export ROTPARPDB=$DD/scgauss.parm
 294 export PATTERN=$DD/patterns.cart
 295 export CONTFUNC=GB
 296 export SIDEP=$DD/contact.3.parm
 297 export SCRATCHDIR=.
 298 #-----------------------------------------------------------------------------
 299 echo CTEST_FULL_OUTPUT
 300 ${mpiexec} ${boot_lam} ${np} $2 $WHAM_BIN
 301 ./wham_check.sh $1
 302 ")
 303
 304 #
 305 # File permissions workaround
 306 #
 307 FILE(   COPY ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/scripts/wham_mpi_E0LL2Y.sh
 308         DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}
 309         FILE_PERMISSIONS OWNER_READ OWNER_WRITE OWNER_EXECUTE GROUP_READ GROUP_EXECUTE WORLD_READ WORLD_EXECUTE
 310 )
 311
 312 FILE(COPY ${CMAKE_SOURCE_DIR}/ctest/wham_check.sh
 313         DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}
 314         FILE_PERMISSIONS OWNER_READ OWNER_WRITE OWNER_EXECUTE GROUP_READ GROUP_EXECUTE WORLD_READ WORLD_EXECUTE
 315 )
 316
 317 FILE(COPY ${CMAKE_SOURCE_DIR}/ctest/1L2Y_wham.inp
 318         DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR} )
 319
 320 FILE(COPY ${CMAKE_SOURCE_DIR}/ctest/1L2Y_remd_MD000.cx
 321         DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR} )
 322
 323 FILE(COPY ${CMAKE_SOURCE_DIR}/ctest/1L2Y.pdb
 324         DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR} )
 325
 326
 327 if(UNRES_MD_FF STREQUAL "E0LL2Y")
 328     add_test(NAME WHAM_remd COMMAND sh ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/wham_mpi_E0LL2Y.sh 1L2Y_wham 2 )
 329 endif(UNRES_MD_FF STREQUAL "E0LL2Y")