source/wham/src-NEWSC/COMMON.EMP

   1 c! Variable Declarations
   2 c! Charge of i-th residue, charge of j-th residue,...
   3       INTEGER Qi, Qj, Qij, ii, jj, itypi, itypj
   4
   5 c! STUFF FROM EMOMO
   6
   7 c! why do *I* have to declare those guys, when it is used throughout the whole code...
   8       REAL*8 evdw, evdw_p, evdw_m
   9       double precision xi, yi, zi, ctail(3,2), chead(3,2)
  10 c! FOLLOWING ARE ***NOT*** in common block!!!
  11 c! They are here just for their declarations
  12       REAL*8 ecl,elj,equad,epol
  13       INTEGER istate
  14 c! intermediates
  15       REAL*8 c1, c2, fac, pom
  16 c! switch in the selector choosing which electrostatic energy/gradient function to call
  17       INTEGER isel
  18 c! sigma factors
  19       REAL*8 sig, sig0ij, sig1, sig2
  20 c! intermediates related to distance
  21       REAL*8 rij_shift, rrij, R1, R2, RR1, RR2
  22 c! intermediates related to angles
  23       REAL*8 sinth1sq, sinth2sq
  24 c! intermediates of Fgb
  25       REAL*8 fgb, ee, ee1, ee2, eps0, pis
  26
  27 c! squares of om1, om2 and om12 (those hold cosines of angles
  28 c! theta)
  29       REAL*8 sqom1, sqom2, sqom12
  30
  31 c! Geometry and general stuff
  32 c! a12sq = ai*aj from fgb which is present in Egbpol/Fgbpol,
  33 c! Epol/Gpol and others, ee is an intermediate.
  34 c! three dimensions for X, Y and Z Cartesians
  35       REAL*8 a12sq
  36
  37 c! square distance and cartesian distances of polar/charged heads of sidechains
  38       REAL*8 Rhead, Rhead_distance(3), Rhead_sq
  39 c! square distance and cartesian distances of tail(hydrophobic centre of interaction)
  40 c! of a given pair of sidechains
  41       REAL*8 Rtail, Rtail_distance(3)
  42 c! intermediates used in dXhead/dXtail
  43       REAL*8 erhead(3), ertail(3), facd1, facd2, erdxi, erdxj
  44
  45 c! unit vectors used to calculate R's
  46       REAL*8 d1sq, d2sq, d1d2
  47       REAL*8 d1, d2
  48
  49 c! intermediates (hold different meanining in different places)
  50       REAL*8 bat, hawk, eagle, condor, sparrow, rosella
  51       REAL*8 tuna(3)
  52
  53 c! holds 1/eps_in - 1/eps_out which appears in EGBpol Makowski et al JPCB 2011
  54 c! p. 6122
  55       REAL*8 eps_inout_fac, eps_in
  56
  57 c! DERIVATIVES
  58 c! intermediates
  59       Real*8 dFdR, dFdL, dFdOM1, dFdOM2, dFdOM12
  60 c! Kronecker Delta used for dXhead/dXtail derivatives
  61       Real*8 kro_delta
  62 c! Gcl
  63       REAL*8 Gelconst
  64       REAL*8 dGCLdR, dGCLdOM1, dGCLdOM2, dGCLdOM12
  65
  66 c! Ggbpol
  67 c! energy
  68       REAL*8 Egb, dGGBdFGB, dGGBdR
  69       REAL*8 dFGBdR, alphapol1, alphapol2
  70
  71 c! Gpol
  72       REAL*8 fgb1, fgb2
  73       REAL*8 dPOLdOM1, dPOLdOM2, dPOLdR1, dPOLdR2
  74       REAL*8 dFGBdOM1, dFGBdOM2, dFGBdR1, dFGBdR2
  75       REAL*8 dPOLdFGB1, dPOLdFGB2, MomoFac1, MomoFac2
  76       REAL*8 erhead_tail(3,2)
  77
  78 c! Gisocav
  79       REAL*8 Fisocav, dGCVdR
  80 c! alpha parameters for Fisocav/Gisocav
  81       REAL*8 al1, al2, al3, al4, csig
  82
  83 c! Gcav
  84 c! energy
  85       REAL*8 Fcav
  86 c! alphas from the equation
  87       REAL*8 b1, b2, b3, b4
  88 c! intermediates
  89       Real*8 chif, lambf, chilambf
  90       REAL*8 top, bot, dtop, dbot, botsq
  91       REAL*8 chis1, chis2, chis12
  92 c! final value
  93       REAL*8 dCAVdOM1, dCAVdOM2, dCAVdOM12
  94
  95 c! Gquad stuff
  96 c! intermediates
  97       REAL*8 wqd, w1, w2, beta1
  98 c! final value
  99       REAl*8 dQUADdR, dQUADdOM1, dQUADdOM2, dQUADdOM12
 100
 101 c! Glj
 102 c! parameter, radial derivative
 103       REAL*8 eps_head, dGLJdR
 104
 105 c! Sum of states
 106       REAL*8 BetaT, eheadtail, weightbol, sumweight
 107 c! this thing holds intermediates and final value
 108 c! (dimensions, gvdw(c/x)(i/j),intermediate(1) or final(2))
 109       REAL*8 gheadtail(3,4,2)
 110
 111 c! Now Commonize what we need to
 112       COMMON /emp/ Qi, Qj, Qij, ii, jj, itypi, itypj, xi, yi, zi
 113      & , sqom1, sqom2, sqom12, chead, ctail
 114      & , al1, al2, al3, al4
 115      & , b1, b2, b3, b4
 116      & , Rhead, Rhead_distance, Rtail, Rtail_distance
 117      & , R1, R2, RR1, RR2
 118      & , d1sq, d2sq, d1, d2, d1d2
 119      & , eps_inout_fac, eps_in, wqd, eps_head, a12sq
 120      & , chis1, chis2, chis12, sig1, sig2, sig0ij
 121      & , BetaT
 122      & , dFdR, dFdL, dFdOM1, dFdOM2, dFdOM12
 123      & , dCAVdOM1, dCAVdOM2, dCAVdOM12
 124      & , dGCLdOM1, dGCLdOM2, dGCLdOM12
 125      & , dPOLdOM1, dPOLdOM2
 126      & , dQUADdR, dQUADdOM1, dQUADdOM2, dQUADdOM12