source/wham/src-M/CMakeLists.txt

   1 #
   2 # CMake project file for WHAM multichain version
   3 #
   4
   5 enable_language (Fortran)
   6
   7 #================================
   8 # Set source file lists
   9 #================================
  10 set(UNRES_WHAM_M_SRC0
  11         wham_multparm.F
  12         bxread.F
  13         xread.F
  14         cxread.F
  15         enecalc1.F
  16         energy_p_new.F
  17         initialize_p.F
  18         molread_zs.F
  19         openunits.F
  20         readrtns.F
  21         arcos.f
  22         cartder.f
  23         cartprint.f
  24         chainbuild.F
  25         geomout.F
  26         gnmr1.f
  27         icant.f
  28         intcor.f
  29         int_from_cart.f
  30         make_ensemble1.F
  31         matmult.f
  32         misc.f
  33         mygetenv.F
  34         parmread.F
  35         permut.F
  36         pinorm.f
  37         printmat.f
  38         rescode.f
  39         setup_var.f
  40         slices.F
  41         store_parm.F
  42         timing.F
  43         wham_calc1.F
  44         readrtns_compar.F
  45         read_dist_constr.F
  46         readpdb.f
  47         fitsq.f
  48         contact.f
  49         elecont.f
  50         contfunc.f
  51         cont_frag.f
  52         conf_compar.F
  53         match_contact.f
  54         angnorm.f
  55         odlodc.f
  56         promienie.f
  57         qwolynes.f
  58         read_ref_str.F
  59         rmscalc.f
  60         secondary.f
  61         proc_cont.f
  62         define_pairs.f
  63         mysort.f
  64         ssMD.F
  65         oligomer.F
  66 )
  67
  68 set(UNRES_WHAM_M_PP_SRC
  69         bxread.F
  70         chainbuild.F
  71         conf_compar.F
  72         cxread.F
  73         enecalc1.F
  74         energy_p_new.F
  75         geomout.F
  76         initialize_p.F
  77         make_ensemble1.F
  78         molread_zs.F
  79         mygetenv.F
  80         openunits.F
  81         parmread.F
  82         permut.F
  83         read_ref_str.F
  84         read_dist_constr.F
  85         readrtns_compar.F
  86         readrtns.F
  87         slices.F
  88         store_parm.F
  89         timing.F
  90         wham_calc1.F
  91         wham_multparm.F
  92         xread.F
  93         proc_proc.c
  94         oligomer.F
  95 )
  96
  97
  98 #================================================
  99 # Set comipiler flags for different sourcefiles
 100 #================================================
 101 if (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 102   set(FFLAGS0 "-mcmodel=medium -shared-intel -I. -I${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/include_unres" )
 103 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "gfortran")
 104   set(FFLAGS0 "-mcmodel=medium -std=legacy -I. -I${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/include_unres" )
 105 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "pgf90")
 106   set(FFLAGS0 "-mcmodel=medium -Mlarge_arrays -I. -I${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/include_unres" )
 107 else ()
 108   set(FFLAGS0 "-g -mcmodel=medium -I. -I${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/include_unres" )
 109 endif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 110
 111
 112 #=========================================
 113 # Add MPI compiler flags
 114 #=========================================
 115 if(UNRES_WITH_MPI)
 116   set(FFLAGS0 "${FFLAGS0} -I${MPI_Fortran_INCLUDE_PATH}")
 117 endif(UNRES_WITH_MPI)
 118
 119 set_property(SOURCE ${UNRES_WHAM_M_SRC0} PROPERTY COMPILE_FLAGS ${FFLAGS0} )
 120
 121 #=========================================
 122 #  Settings for GAB force field
 123 #=========================================
 124 if(UNRES_MD_FF STREQUAL "GAB" )
 125   # set preprocesor flags
 126   set(CPPFLAGS "PROCOR  -DSPLITELE -DCRYST_BOND -DCRYST_THETA -DCRYST_SC  -DSCCORPDB" )
 127
 128 #=========================================
 129 #  Settings for E0LL2Y force field
 130 #=========================================
 131 elseif(UNRES_MD_FF STREQUAL "E0LL2Y")
 132   # set preprocesor flags
 133   set(CPPFLAGS "PROCOR  -DSPLITELE -DSCCORPDB" )
 134 elseif(UNRES_MD_FF STREQUAL "4P")
 135   set(CPPFLAGS "SPLITELE -DLANG0 -DCRYST_BOND -DCRYST_THETA -DCRYST_SC -DSCCORPDB" )
 136 endif(UNRES_MD_FF STREQUAL "GAB")
 137
 138 #=========================================
 139 # Additional flags
 140 #=========================================
 141 set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DUNRES -DISNAN")
 142
 143 #=========================================
 144 # System specific flags
 145 #=========================================
 146 if(${CMAKE_SYSTEM_NAME} MATCHES "Linux")
 147   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DLINUX")
 148 endif(${CMAKE_SYSTEM_NAME} MATCHES "Linux")
 149
 150 #=========================================
 151 # Compiler specific flags
 152 #=========================================
 153
 154 if (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 155   # Add ifort preprocessor flags
 156   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DPGI")
 157 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "f95")
 158   # Add new gfortran flags
 159   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DG77")
 160 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "gfortran")
 161   # Add old gfortran flags
 162   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DG77")
 163 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "pgf90")
 164   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DPGI")
 165   FILE(COPY ${CMAKE_SOURCE_DIR}/source/lib/isnan_pgi.f DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR} )
 166   list(APPEND UNRES_WHAM_M_SRC0 ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/isnan_pgi.f)
 167   set(CMAKE_EXE_LINKER_FLAGS "-Bdynamic")
 168 endif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 169
 170 #=========================================
 171 # Add MPI preprocessor flags
 172 #=========================================
 173 set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DMPI")
 174
 175 #=========================================
 176 # Add 64-bit specific preprocessor flags
 177 #=========================================
 178 if (architektura STREQUAL "64")
 179   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DAMD64")
 180 endif (architektura STREQUAL "64")
 181
 182 #=========================================
 183 # Apply preprocesor flags to *.F files
 184 #=========================================
 185 set_property(SOURCE ${UNRES_WHAM_M_PP_SRC} PROPERTY COMPILE_DEFINITIONS ${CPPFLAGS} )
 186
 187
 188 #========================================
 189 #  Setting binary name
 190 #========================================
 191 set(UNRES_WHAM_M_BIN "wham-mult_${Fortran_COMPILER_NAME}_MPI_${UNRES_MD_FF}.exe")
 192
 193 #=========================================
 194 # cinfo.f workaround for CMake
 195 #=========================================
 196 # get the current date
 197 TODAY(DATE)
 198 # generate cinfo.f
 199
 200 set(CINFO "${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cinfo.f")
 201 FILE(WRITE ${CINFO}
 202 "C CMake generated file
 203        subroutine cinfo
 204        include 'COMMON.IOUNITS'
 205        write(iout,*)'++++ Compile info ++++'
 206        write(iout,*)'Version ${UNRES_MAJOR}.${UNRES_MINOR} build ${UNRES_PATCH}'
 207 ")
 208
 209 CINFO_FORMAT(${CINFO} "Compiled" "${DATE}" )
 210 CINFO_FORMAT(${CINFO} "Compiled by" "$ENV{USER}@$ENV{HOST}" )
 211 CINFO_FORMAT(${CINFO} "OS name:" "${CMAKE_SYSTEM_NAME}" )
 212 CINFO_FORMAT(${CINFO} "OS release:" "${CMAKE_SYSTEM}" )
 213 CINFO_FORMAT(${CINFO} "Fortran Compiler:" "${CMAKE_Fortran_COMPILER}" )
 214 CINFO_FORMAT(${CINFO} "MD Force field:" "${UNRES_MD_FF}" )
 215 CINFO_FORMAT(${CINFO} "CPPFLAGS =" "${CPPFLAGS}")
 216
 217 FILE(APPEND ${CINFO}
 218 "       write(iout,*)'++++ End of compile info ++++'
 219        return
 220        end ")
 221
 222 # set include paths
 223 set_property(SOURCE ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cinfo.f PROPERTY COMPILE_FLAGS "${FFLAGS0} -I${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}"  )
 224
 225 #=========================================
 226 # Set full unres CSA sources
 227 #=========================================
 228 set(UNRES_WHAM_M_SRCS ${UNRES_WHAM_M_SRC0} ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cinfo.f proc_proc.c)
 229
 230 #=========================================
 231 # Build the binary
 232 #=========================================
 233 add_executable(UNRES_WHAM_M_BIN ${UNRES_WHAM_M_SRCS} )
 234 set_target_properties(UNRES_WHAM_M_BIN PROPERTIES OUTPUT_NAME ${UNRES_WHAM_M_BIN})
 235 set_property(TARGET UNRES_WHAM_M_BIN PROPERTY RUNTIME_OUTPUT_DIRECTORY ${CMAKE_BINARY_DIR}/bin )
 236 #add_dependencies (${UNRES_BIN} ${UNRES_XDRFLIB})
 237
 238 #=========================================
 239 # Link libraries
 240 #=========================================
 241 # link MPI library (libmpich.a)
 242 target_link_libraries( UNRES_WHAM_M_BIN ${MPI_Fortran_LIBRARIES} )
 243 # link libxdrf.a
 244 target_link_libraries( UNRES_WHAM_M_BIN xdrf )
 245
 246
 247 #=========================================
 248 # Install Path
 249 #=========================================
 250 install(TARGETS UNRES_WHAM_M_BIN DESTINATION ${CMAKE_INSTALL_PREFIX}/wham)
 251
 252
 253 #=========================================
 254 # TESTS
 255 #=========================================
 256
 257 #  MESSAGE (STATUS "${MPI_Fortran_LIBRARIES}")
 258   if ("${MPI_Fortran_LIBRARIES}"  MATCHES "lam")
 259      MESSAGE (STATUS "LAM MPI library detected")
 260      set (boot_lam "-boot")
 261   else()
 262      set (boot_lam "")
 263   endif()
 264
 265   if (UNRES_SRUN)
 266    set (np "-n")
 267    set (mpiexec "srun")
 268   elseif(UNRES_MPIRUN)
 269    set (np "-np")
 270    set (mpiexec "mpirun")
 271   else()
 272    set (np "-np")
 273    set (mpiexec "mpiexec")
 274   endif()
 275
 276 FILE(WRITE ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/scripts/wham_mpi_E0LL2Y.sh
 277 "#!/bin/sh
 278 export POT=GB
 279 export PREFIX=$1
 280 #-----------------------------------------------------------------------------
 281 WHAM_BIN=${CMAKE_BINARY_DIR}/bin/${UNRES_WHAM_M_BIN}
 282 #-----------------------------------------------------------------------------
 283 DD=${CMAKE_SOURCE_DIR}/PARAM
 284 export BONDPAR=$DD/bond_AM1_ext_dum.parm
 285 export THETPAR=$DD/theta_abinitio_old_ext.parm
 286 export ROTPAR=$DD/rotamers_AM1_aura_ext.10022007.parm
 287 export TORPAR=$DD/torsion_631Gdp_old_ext.parm
 288 export TORDPAR=$DD/torsion_double_631Gdp_old_ext.parm
 289 export ELEPAR=$DD/electr_631Gdp_ext.parm
 290 export SIDEPAR=$DD/scinter_GB_ext_lip.parm
 291 export FOURIER=$DD/fourier_opt_ext.parm.1igd_hc_iter3_3
 292 export SCPPAR=$DD/scp_ext.parm
 293 export SCCORPAR=$DD/sccor_am1_pawel_ext.dat
 294 export THETPARPDB=$DD/thetaml_ext.5parm
 295 export ROTPARPDB=$DD/scgauss_ext.parm
 296 export PATTERN=$DD/patterns.cart
 297 export LIPTRANPAR=$DD/Lip_tran_initial_ext.parm
 298 export CONTFUNC=GB
 299 export SIDEP=$DD/contact_ext.3.parm
 300 export SCRATCHDIR=.
 301 #-----------------------------------------------------------------------------
 302 echo CTEST_FULL_OUTPUT
 303 ${mpiexec} ${boot_lam} ${np} $2 $WHAM_BIN
 304 ./wham_check.sh $1
 305 ")
 306
 307 #
 308 # File permissions workaround
 309 #
 310 FILE(   COPY ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/scripts/wham_mpi_E0LL2Y.sh
 311         DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}
 312         FILE_PERMISSIONS OWNER_READ OWNER_WRITE OWNER_EXECUTE GROUP_READ GROUP_EXECUTE WORLD_READ WORLD_EXECUTE
 313 )
 314
 315 FILE(COPY ${CMAKE_SOURCE_DIR}/ctest/wham_check.sh
 316         DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}
 317         FILE_PERMISSIONS OWNER_READ OWNER_WRITE OWNER_EXECUTE GROUP_READ GROUP_EXECUTE WORLD_READ WORLD_EXECUTE
 318 )
 319
 320 FILE(COPY ${CMAKE_SOURCE_DIR}/ctest/1L2Y_wham.inp
 321         DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR} )
 322
 323 FILE(COPY ${CMAKE_SOURCE_DIR}/ctest/1L2Y_remd_MD000.cx
 324         DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR} )
 325
 326 FILE(COPY ${CMAKE_SOURCE_DIR}/ctest/1L2Y.pdb
 327         DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR} )
 328
 329
 330 if(UNRES_MD_FF STREQUAL "E0LL2Y")
 331     add_test(NAME WHAM_M_remd COMMAND sh ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/wham_mpi_E0LL2Y.sh 1L2Y_wham 2 )
 332 endif(UNRES_MD_FF STREQUAL "E0LL2Y")