source/unres/src_MIN/CMakeLists.txt

   1 #
   2 # CMake project file for UNRES with Minimazation
   3 #
   4
   5 enable_language (Fortran)
   6
   7 #================================
   8 # Set source file lists
   9 #================================
  10 # sources used with FFLAGS0
  11 set(UNRES_MIN_SRC0
  12         arcos.f
  13         cartder.F
  14         cartprint.f
  15         chainbuild.F
  16         checkder_p.F
  17         convert.f
  18         djacob.f
  19         econstr_local.F
  20         gen_rand_conf.F
  21         geomout_min.F
  22         initialize_p.F
  23         intcartderiv.F
  24         intcor.f
  25         intlocal.f
  26         int_to_cart.f
  27         matmult.f
  28         minimize_p.F
  29         misc.f
  30         MP.F
  31         parmread.F
  32         pinorm.f
  33         printmat.f
  34         randgens.f
  35         readrtns_min.F
  36         rescode.f
  37         refsys.f
  38         rmdd.f
  39         sc_move.F
  40         sumsld.f
  41         timing.F
  42         unres_min.F
  43
  44 )
  45 # sources used with FFLAGS1
  46 set(UNRES_MIN_SRC1
  47         cored.f
  48 )
  49
  50 # sources used with FFLAGS2
  51 set(UNRES_MIN_SRC2
  52         readpdb.F
  53 )
  54
  55 # sources used with FFLAGS3
  56 set(UNRES_MIN_SRC3
  57         energy_p_new_barrier.F
  58         gradient_p.F
  59 )
  60
  61 # sources used with preprocesor flags (should also be listed above with FFLAGSX)
  62 set(UNRES_MIN_PP_SRC
  63         bank.F
  64         cartder.F
  65         chainbuild.F
  66         checkder_p.F
  67         compare_s1.F
  68         cored.f
  69         csa.f
  70         dihed_cons.F
  71         diff12.f
  72         econstr_local.F
  73         energy_p_new.F
  74         energy_p_new_barrier.F
  75         energy_split-sep.F
  76         entmcm.F
  77         gen_rand_conf.F
  78         geomout_min.F
  79         gradient_p.F
  80         intcor.f
  81         initialize_p.F
  82         intcartderiv.F
  83         lagrangian_lesyng.F
  84         matmult.f
  85         mc.F
  86         mcm.F
  87         MD_A-MTS.F
  88         minimize_p.F
  89         minim_jlee.F
  90         minim_mcmf.F
  91         MP.F
  92         MREMD.F
  93         newconf.f
  94         parmread.F
  95         permut.F
  96         prng_32.F
  97         q_measure1.F
  98         q_measure3.F
  99         q_measure.F
 100         ran.f
 101         rattle.F
 102         readpdb.F
 103         readrtns_min.F
 104         regularize.F
 105         rmdd.f
 106         rmsd.F
 107         sc_move.F
 108         shift.F
 109         stochfric.F
 110         sumsld.f
 111         test.F
 112         thread.F
 113         timing.F
 114         together.F
 115         unres.F
 116 )
 117
 118
 119 #================================================
 120 # Set comipiler flags for different sourcefiles
 121 #================================================
 122 if (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 123   find_package (Threads)
 124   set(FFLAGS0 "-g -ip -w" )
 125   set(FFLAGS1 "-w -g -d2 -CA -CB" )
 126   set(FFLAGS2 "-w -g -00 ")
 127   set(FFLAGS3 "-g -w -ipo " )
 128 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "gfortran")
 129   set(FFLAGS0 "-std=legacy -O " )
 130   set(FFLAGS1 "-std=legacy -g -C" )
 131   set(FFLAGS2 "-std=legacy -g -O0 ")
 132   set(FFLAGS3 "-std=legacy -O3" )
 133 endif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 134
 135
 136 set_property(SOURCE ${UNRES_MIN_SRC0} PROPERTY COMPILE_FLAGS ${FFLAGS0} )
 137 set_property(SOURCE ${UNRES_MIN_SRC1} PROPERTY COMPILE_FLAGS ${FFLAGS1} )
 138 set_property(SOURCE ${UNRES_MIN_SRC2} PROPERTY COMPILE_FLAGS ${FFLAGS2} )
 139 set_property(SOURCE ${UNRES_MIM_SRC3} PROPERTY COMPILE_FLAGS ${FFLAGS3} )
 140
 141 #=========================================
 142 # Settings for GAB force field
 143 #=========================================
 144 if(UNRES_MD_FF STREQUAL "GAB" )
 145   # set preprocesor flags
 146   set(CPPFLAGS "PROCOR -DUNRES -DISNAN -DSPLITELE -DLANG0 -DCRYST_BOND -DCRYST_THETA -DCRYST_SC")
 147
 148 #=========================================
 149 #  Settings for E0LL2Y force field
 150 #=========================================
 151 elseif(UNRES_MD_FF STREQUAL "E0LL2Y")
 152   # set preprocesor flags
 153   set(CPPFLAGS "PROCOR -DUNRES -DISNAN -DSPLITELE -DLANG0" )
 154 elseif(UNRES_MD_FF STREQUAL "4P")
 155   set(CPPFLAGS "UNRES -DISNAN -DSPLITELE -DLANG0 -DCRYST_BOND -DCRYST_THETA -DCRYST_SC -DSCCORPDB" )
 156 endif(UNRES_MD_FF STREQUAL "GAB")
 157
 158 #=========================================
 159 # System specific flags
 160 #=========================================
 161 if(${CMAKE_SYSTEM_NAME} MATCHES "Linux")
 162   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DLINUX")
 163 endif(${CMAKE_SYSTEM_NAME} MATCHES "Linux")
 164
 165
 166 if (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 167   # Add ifort preprocessor flags
 168   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DPGI")
 169 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "f95")
 170   # Add gfortran flags
 171   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DG77")
 172 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "gfortran")
 173   # Add gfortran flags
 174   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DG77")
 175 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "pgf90")
 176   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DPGI")
 177   FILE(COPY ${CMAKE_SOURCE_DIR}/source/lib/isnan_pgi.f DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR} )
 178   list(APPEND UNRES_MIN_SRC0 ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/isnan_pgi.f)
 179 endif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 180
 181
 182 # add 64-bit specific preprocessor flags
 183 if (architektura STREQUAL "64")
 184   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DAMD64")
 185 endif (architektura STREQUAL "64")
 186
 187 # Apply preprocesor flags to *.F files
 188 set_property(SOURCE ${UNRES_MIN_PP_SRC} PROPERTY COMPILE_DEFINITIONS ${CPPFLAGS} )
 189
 190
 191
 192 #========================================
 193 #  Setting binary name
 194 #========================================
 195 set(UNRES_BIN "unres_${Fortran_COMPILER_NAME}_MIN_single_${UNRES_MD_FF}.exe")
 196
 197 #========================================
 198 #  cinfo.f workaround for Cmake
 199 #========================================
 200 # get the current date
 201 TODAY(DATE)
 202 # generate cinfo.f
 203
 204 set(CINFO "${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cinfo.f")
 205 FILE(WRITE ${CINFO}
 206 "C CMake generated file
 207        subroutine cinfo
 208        include 'COMMON.IOUNITS'
 209        write(iout,*)'++++ Compile info ++++'
 210        write(iout,*)'Version ${UNRES_MAJOR}.${UNRES_MINOR} build ${UNRES_PATCH}'
 211 ")
 212
 213 CINFO_FORMAT(${CINFO} "Compiled" "${DATE}" )
 214 CINFO_FORMAT(${CINFO} "Compiled by" "$ENV{USER}@$ENV{HOST}" )
 215 CINFO_FORMAT(${CINFO} "OS name:" "${CMAKE_SYSTEM_NAME}" )
 216 CINFO_FORMAT(${CINFO} "OS release:" "${CMAKE_SYSTEM}" )
 217 CINFO_FORMAT(${CINFO} "Fortran Compiler:" "${CMAKE_Fortran_COMPILER}" )
 218 CINFO_FORMAT(${CINFO} "CPPFLAGS =" "${CPPFLAGS}")
 219
 220 FILE(APPEND ${CINFO}
 221 "       write(iout,*)'Version MINI energy and minimalization only'
 222        write(iout,*)'++++ End of compile info ++++'
 223        return
 224        end ")
 225
 226 # add include path
 227 set_property(SOURCE ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cinfo.f PROPERTY COMPILE_FLAGS "${FFLAGS0} -I${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}")
 228
 229 #=========================================
 230 # Set full unres MIN sources
 231 #=========================================
 232 set(UNRES_MIN_SRCS ${UNRES_MIN_SRC0} ${UNRES_MIN_SRC1} ${UNRES_MIN_SRC2} ${UNRES_MIN_SRC3} ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cinfo.f )
 233
 234 #=========================================
 235 # Build the binary
 236 #=========================================
 237 add_executable(UNRES_MIN_BIN ${UNRES_MIN_SRCS} )
 238 set_target_properties(UNRES_MIN_BIN PROPERTIES OUTPUT_NAME ${UNRES_BIN})
 239
 240 if (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 241   target_link_libraries (UNRES_MIN_BIN ${CMAKE_THREAD_LIBS_INIT})
 242 endif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 243 set_property(TARGET UNRES_MIN_BIN PROPERTY RUNTIME_OUTPUT_DIRECTORY ${CMAKE_BINARY_DIR}/bin )
 244
 245
 246 #=========================================
 247 # Install Path
 248 #=========================================
 249 install(TARGETS UNRES_MIN_BIN DESTINATION ${CMAKE_INSTALL_PREFIX}/unres/MINIM)
 250
 251 #=========================================
 252 # TESTS
 253 #=========================================
 254
 255 #=========================================
 256 # Generate data test files
 257 #=========================================
 258 #  test_single_ala.sh
 259 #=========================================
 260
 261 FILE(WRITE ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/scripts/test_single_ala.sh
 262 "#!/bin/sh
 263 export POT=GB
 264 export PREFIX=ala10
 265 #-----------------------------------------------------------------------------
 266 UNRES_BIN=${CMAKE_BINARY_DIR}/bin/${UNRES_BIN}
 267 #-----------------------------------------------------------------------------
 268 DD=${CMAKE_SOURCE_DIR}/PARAM
 269 export BONDPAR=$DD/bond.parm
 270 export THETPAR=$DD/thetaml.5parm
 271 export ROTPAR=$DD/scgauss.parm
 272 export TORPAR=$DD/torsion_631Gdp.parm
 273 export TORDPAR=$DD/torsion_double_631Gdp.parm
 274 export ELEPAR=$DD/electr_631Gdp.parm
 275 export SIDEPAR=$DD/sc_GB_opt.1gab_3S_qclass5no310-shan2-sc-16-10-8k
 276 export FOURIER=$DD/fourier_opt.parm.1igd_hc_iter3_3
 277 export SCPPAR=$DD/scp.parm
 278 export SCCORPAR=$DD/sccor_pdb_shelly.dat
 279 export PATTERN=$DD/patterns.cart
 280 #-----------------------------------------------------------------------------
 281 $UNRES_BIN
 282 ")
 283
 284 #
 285 # File permissions workaround
 286 #
 287 FILE(   COPY ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/scripts/test_single_ala.sh
 288         DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}
 289         FILE_PERMISSIONS OWNER_READ OWNER_WRITE OWNER_EXECUTE GROUP_READ GROUP_EXECUTE WORLD_READ WORLD_EXECUTE
 290 )
 291
 292
 293
 294 #=========================================
 295 #  ala10.inp
 296 #=========================================
 297
 298 file(WRITE ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/ala10.inp
 299 "ala10 unblocked
 300 SEED=-1111333 MD ONE_LETTER rescale_mode=2
 301 nstep=15000 ntwe=100 ntwx=1000 dt=0.1 lang=0 tbf t_bath=300 damax=1.0          &
 302 reset_moment=1000 reset_vel=1000
 303 WLONG=1.35279 WSCP=1.59304 WELEC=0.71534 WBOND=1.00000 WANG=1.13873            &
 304 WSCLOC=0.16258 WTOR=1.98599 WTORD=1.57069 WCORRH=0.42887 WCORR5=0.00000        &
 305 WCORR6=0.00000 WEL_LOC=0.16036 WTURN3=1.68722 WTURN4=0.66230 WTURN6=0.00000    &
 306 WVDWPP=0.11371 WHPB=1.00000                                                    &
 307 CUTOFF=7.00000 WCORR4=0.00000
 308 12
 309 XAAAAAAAAAAX
 310  0
 311  0
 312    90.0000   90.0000   90.0000  90.000   90.000   90.000   90.000   90.000
 313    90.0000   90.0000
 314   180.0000  180.0000  180.0000 180.000  180.000  180.000  180.000  180.000
 315   180.0000
 316   110.0000  110.0000  110.0000 100.000  110.000  100.000  110.000  110.000
 317   110.0000  110.0000
 318  -120.0000 -120.0000 -120.000 -120.000 -120.000 -120.000 -120.000 -120.000
 319  -120.0000 -120.0000
 320 ")
 321
 322 if(UNRES_MD_FF STREQUAL "E0LL2Y")
 323
 324 FILE(COPY ${CMAKE_SOURCE_DIR}/ctest/prota.pdb
 325         DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR} )
 326
 327 FILE(COPY ${CMAKE_SOURCE_DIR}/ctest/prota_unres.pdb
 328         DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR} )
 329
 330 FILE(COPY ${CMAKE_SOURCE_DIR}/ctest/prota_ENE.inp
 331         DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR} )
 332
 333 FILE(COPY ${CMAKE_SOURCE_DIR}/ctest/prota_MIN_CART.inp
 334         DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR} )
 335
 336 FILE(COPY ${CMAKE_SOURCE_DIR}/ctest/1l2y_MIN_INT.inp
 337         DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR} )
 338
 339 FILE(COPY ${CMAKE_SOURCE_DIR}/ctest/1L2Y.pdb
 340         DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR} )
 341
 342 FILE(COPY ${CMAKE_SOURCE_DIR}/ctest/prota_unres_energy_check.sh
 343         DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}
 344         FILE_PERMISSIONS OWNER_READ OWNER_WRITE OWNER_EXECUTE GROUP_READ GROUP_EXECUTE WORLD_READ WORLD_EXECUTE
 345 )
 346
 347
 348 #=========================================
 349 #  test_prota_E0LL2Y.sh
 350 #=========================================
 351
 352 FILE(WRITE ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/scripts/test_prota_E0LL2Y.sh
 353 "#!/bin/sh
 354 export POT=GB
 355 export FGPROCS=$2
 356 export PREFIX=$1
 357 #-----------------------------------------------------------------------------
 358 UNRES_BIN=${CMAKE_BINARY_DIR}/bin/${UNRES_BIN}
 359 #-----------------------------------------------------------------------------
 360 DD=${CMAKE_SOURCE_DIR}/PARAM
 361 export BONDPAR=$DD/bond_AM1.parm
 362 export THETPAR=$DD/theta_abinitio.parm
 363 export ROTPAR=$DD/rotamers_AM1_aura.10022007.parm
 364 export TORPAR=$DD/torsion_631Gdp.parm
 365 export TORDPAR=$DD/torsion_double_631Gdp.parm
 366 export ELEPAR=$DD/electr_631Gdp.parm
 367 export SIDEPAR=$DD/scinter_$POT.parm
 368 export FOURIER=$DD/fourier_opt.parm.1igd_hc_iter3_3
 369 export SCPPAR=$DD/scp.parm
 370 export SCCORPAR=$DD/sccor_am1_pawel.dat
 371 export THETPARPDB=$DD/thetaml.5parm
 372 export ROTPARPDB=$DD/scgauss.parm
 373 export PATTERN=$DD/patterns.cart
 374 #-----------------------------------------------------------------------------
 375 echo CTEST_FULL_OUTPUT
 376 $UNRES_BIN
 377 ./prota_unres_energy_check.sh $1 ${UNRES_BIN}
 378 ")
 379
 380 #
 381 # File permissions workaround
 382 #
 383 FILE(   COPY ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/scripts/test_prota_E0LL2Y.sh
 384         DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}
 385         FILE_PERMISSIONS OWNER_READ OWNER_WRITE OWNER_EXECUTE GROUP_READ GROUP_EXECUTE WORLD_READ WORLD_EXECUTE
 386 )
 387
 388 endif(UNRES_MD_FF STREQUAL "E0LL2Y")
 389
 390
 391
 392 # Add tests
 393
 394   if(UNRES_MD_FF STREQUAL "GAB")
 395 #    add_test(NAME UNRES-MIN_Ala10 COMMAND sh ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/test_single_ala.sh )
 396   endif(UNRES_MD_FF STREQUAL "GAB")
 397
 398   if(UNRES_MD_FF STREQUAL "E0LL2Y")
 399     add_test(NAME UNRES-MIN_ENE_prota COMMAND sh ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/test_prota_E0LL2Y.sh prota_ENE 1 )
 400     add_test(NAME UNRES-MIN_MIN_prota COMMAND sh ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/test_prota_E0LL2Y.sh prota_MIN_CART 1 )
 401     add_test(NAME UNRES-MIN_MIN_INT COMMAND sh ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/test_prota_E0LL2Y.sh 1l2y_MIN_INT 1 )
 402   endif(UNRES_MD_FF STREQUAL "E0LL2Y")
 403
 404