source/unres/src_MD_DFA/CMakeLists.txt

   1 #
   2 # CMake project file for UNRES with MD for single chains
   3 #
   4
   5 enable_language (Fortran)
   6
   7
   8 #================================
   9 # Set source file lists
  10 #================================
  11 set(UNRES_MD_DFA_SRC0
  12         add.f
  13         arcos.f
  14         banach.f
  15         blas.f
  16         bond_move.f
  17         cartder.F
  18         cartprint.f
  19         check_sc_distr.f
  20         check_bond.f
  21         chainbuild.F
  22         checkder_p.F
  23         compare_s1.F
  24         contact.f
  25         convert.f
  26         cored.f
  27         dfa.F
  28         dihed_cons.F
  29         djacob.f
  30         econstr_local.F
  31         eigen.f
  32         elecont.f
  33         energy_split-sep.F
  34         entmcm.F
  35         fitsq.f
  36         gauss.f
  37         gen_rand_conf.F
  38         geomout.F
  39         gnmr1.f
  40         intcartderiv.F
  41         initialize_p.F
  42         int_to_cart.f
  43         intcor.f
  44         intlocal.f
  45         kinetic_lesyng.f
  46         lagrangian_lesyng.F
  47         local_move.f
  48         map.f
  49         matmult.f
  50         mc.F
  51         mcm.F
  52         MD_A-MTS.F
  53         minimize_p.F
  54         minim_mcmf.F
  55         misc.f
  56         moments.f
  57         MP.F
  58         MREMD.F
  59         muca_md.f
  60         parmread.F
  61         pinorm.f
  62         printmat.f
  63         q_measure.F
  64         randgens.f
  65         rattle.F
  66         readpdb.F
  67         readrtns.F
  68         refsys.f
  69         regularize.F
  70         rescode.f
  71         rmdd.f
  72         rmsd.F
  73         sc_move.F
  74         sort.f
  75         stochfric.F
  76         sumsld.f
  77         surfatom.f
  78         test.F
  79         timing.F
  80         thread.F
  81         unres.F
  82 )
  83
  84 if(Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
  85   set(UNRES_MD_DFA_SRC0 ${UNRES_MD_DFA_SRC0} prng.f )
  86 elseif(Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "mpif90")
  87   set(UNRES_MD_SRC0 ${UNRES_MD_SRC0} prng.f )
  88 else()
  89   set(UNRES_MD_DFA_SRC0 ${UNRES_MD_DFA_SRC0} prng_32.F )
  90 endif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
  91
  92
  93 set(UNRES_MD_DFA_SRC3
  94         energy_p_new_barrier.F
  95         energy_p_new-sep_barrier.F
  96         gradient_p.F )
  97
  98 set(UNRES_MD_DFA_PP_SRC
  99         cartder.F
 100         chainbuild.F
 101         checkder_p.F
 102         compare_s1.F
 103         dihed_cons.F
 104         dfa.F
 105         econstr_local.F
 106         energy_p_new_barrier.F
 107         energy_p_new-sep_barrier.F
 108         energy_split-sep.F
 109         entmcm.F
 110         gen_rand_conf.F
 111         geomout.F
 112         gradient_p.F
 113         initialize_p.F
 114         intcartderiv.F
 115         lagrangian_lesyng.F
 116         mc.F
 117         mcm.F
 118         MD_A-MTS.F
 119         minimize_p.F
 120         minim_mcmf.F
 121         MP.F
 122         MREMD.F
 123         parmread.F
 124         q_measure1.F
 125         q_measure3.F
 126         q_measure.F
 127         rattle.F
 128         readpdb.F
 129         readrtns.F
 130         regularize.F
 131         rmsd.F
 132         sc_move.F
 133         stochfric.F
 134         test.F
 135         thread.F
 136         timing.F
 137         unres.F
 138         proc_proc.c
 139 )
 140
 141
 142 if(NOT Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 143   set(UNRES_MD_PP_SRC ${UNRES_MD_PP_SRC} prng_32.F)
 144 endif(NOT Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 145
 146 #================================================
 147 # Set comipiler flags for different sourcefiles
 148 #================================================
 149 if (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 150   set(FFLAGS0 "-ip -w" )
 151   set(FFLAGS1 "-w -g -d2 -CA -CB" )
 152   set(FFLAGS2 "-w -g -00 ")
 153   #set(FFLAGS3 "-c -w -O3 -ipo -ipo_obj -opt_report" )
 154   set(FFLAGS3 "-w -ipo " )
 155 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "gfortran")
 156   set(FFLAGS0 "-std=legacy -I. " )
 157   set(FFLAGS1 "-std=legacy -g -I. " )
 158   set(FFLAGS2 "-std=legacy -I. ")
 159   #set(FFLAGS3 "-c -w -O3 -ipo -ipo_obj -opt_report" )
 160   set(FFLAGS3 "-std=legacy -I. " )
 161 endif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 162
 163
 164 # Add MPI compiler flags
 165 if(UNRES_WITH_MPI)
 166   set(FFLAGS0 "${FFLAGS0} -I${MPIF_INCLUDE_DIRECTORIES}")
 167   set(FFLAGS1 "${FFLAGS1} -I${MPIF_INCLUDE_DIRECTORIES}")
 168   set(FFLAGS2 "${FFLAGS2} -I${MPIF_INCLUDE_DIRECTORIES}")
 169   set(FFLAGS3 "${FFLAGS3} -I${MPIF_INCLUDE_DIRECTORIES}")
 170 endif(UNRES_WITH_MPI)
 171
 172 set_property(SOURCE ${UNRES_MD_DFA_SRC0} APPEND PROPERTY COMPILE_FLAGS ${FFLAGS0} )
 173 #set_property(SOURCE ${UNRES_MD_DFA_SRC1} PROPERTY COMPILE_FLAGS ${FFLAGS1} )
 174 #set_property(SOURCE ${UNRES_MD_DFA_SRC2} PROPERTY COMPILE_FLAGS ${FFLAGS2} )
 175 set_property(SOURCE ${UNRES_MD_DFA_SRC3} PROPERTY COMPILE_FLAGS ${FFLAGS3} )
 176
 177 #=========================================
 178 # Settings for GAB force field
 179 #=========================================
 180 if(UNRES_MD_FF STREQUAL "GAB" )
 181   # set preprocesor flags
 182   set(CPPFLAGS "PROCOR -DUNRES -DISNAN -DSPLITELE -DLANG0 -DCRYST_BOND -DCRYST_THETA -DCRYST_SC" )
 183
 184 #=========================================
 185 #  Settings for E0LL2Y force field
 186 #=========================================
 187 elseif(UNRES_MD_FF STREQUAL "E0LL2Y")
 188   # set preprocesor flags
 189   set(CPPFLAGS "PROCOR -DUNRES -DISNAN -DSPLITELE -DLANG0" )
 190 endif(UNRES_MD_FF STREQUAL "GAB")
 191
 192 #=========================================
 193 # System specific flags
 194 #=========================================
 195 if(${CMAKE_SYSTEM_NAME} MATCHES "Linux")
 196   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DLINUX")
 197 endif(${CMAKE_SYSTEM_NAME} MATCHES "Linux")
 198
 199 #=========================================
 200 # Compiler specific flags
 201 #=========================================
 202
 203 if (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 204   # Add ifort preprocessor flags
 205   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DPGI")
 206 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "f95")
 207   # Add new gfortran flags
 208   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DG77")
 209 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "gfortran")
 210   # Add old gfortran flags
 211   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DG77")
 212 endif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 213
 214 #=========================================
 215 # Add MPI preprocessor flags
 216 #=========================================
 217 if (UNRES_WITH_MPI)
 218   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DMP -DMPI")
 219 endif(UNRES_WITH_MPI)
 220
 221 #=========================================
 222 # Apply preprocesor flags to *.F files
 223 #=========================================
 224 set_property(SOURCE ${UNRES_MD_DFA_PP_SRC} PROPERTY COMPILE_DEFINITIONS ${CPPFLAGS} )
 225
 226
 227 #========================================
 228 #  Setting binary name
 229 #========================================
 230 if(UNRES_WITH_MPI)
 231   # binary with mpi
 232   set(UNRES_BIN "unres_${Fortran_COMPILER_NAME}_MPICH_${UNRES_MD_FF}.exe")
 233 else(UNRES_WITH_MPI)
 234   # binary without mpi
 235   set(UNRES_BIN "unres_${Fortran_COMPILER_NAME}_single_${UNRES_MD_FF}.exe")
 236 endif(UNRES_WITH_MPI)
 237
 238 #=========================================
 239 # cinfo.f workaround for cmake
 240 #=========================================
 241 # get the current date
 242 TODAY(DATE)
 243 # generate cinfo.f
 244
 245 set(CINFO "${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cinfo.f")
 246 FILE(WRITE ${CINFO}
 247 "C CMake generated file
 248        subroutine cinfo
 249        include 'COMMON.IOUNITS'
 250        write(iout,*)'++++ Compile info ++++'
 251        write(iout,*)'Version ${UNRES_MAJOR}.${UNRES_MINOR} build ${UNRES_PATCH}'
 252 ")
 253
 254 CINFO_FORMAT(${CINFO} "Compiled" "${DATE}" )
 255 CINFO_FORMAT(${CINFO} "Compiled by" "$ENV{USER}@$ENV{HOST}" )
 256 CINFO_FORMAT(${CINFO} "OS name:" "${CMAKE_SYSTEM_NAME}" )
 257 CINFO_FORMAT(${CINFO} "OS release:" "${CMAKE_SYSTEM}" )
 258 CINFO_FORMAT(${CINFO} "Fortran Compiler:" "${CMAKE_Fortran_COMPILER}" )
 259 CINFO_FORMAT(${CINFO} "MD Force field:" "${UNRES_MD_FF}" )
 260 CINFO_FORMAT(${CINFO} "CPPFLAGS =" "${CPPFLAGS}")
 261
 262 FILE(APPEND ${CINFO}
 263 "       write(iout,*)'++++ End of compile info ++++'
 264        return
 265        end ")
 266
 267 # add include path
 268 set_property(SOURCE ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cinfo.f PROPERTY COMPILE_FLAGS "${FFLAGS0} -I${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}")
 269
 270 #=========================================
 271 # Set full unres MD sources
 272 #=========================================
 273 set(UNRES_MD_DFA_SRCS ${UNRES_MD_DFA_SRC0} ${UNRES_MD_DFA_SRC3} ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cinfo.f )
 274
 275
 276 #=========================================
 277 # Build the binary
 278 #=========================================
 279 add_executable(UNRES_BIN-MD-DFA ${UNRES_MD_DFA_SRCS} )
 280 set_target_properties(UNRES_BIN-MD-DFA PROPERTIES OUTPUT_NAME ${UNRES_BIN})
 281 #set_property(TARGET ${UNRES_BIN} PROPERTY RUNTIME_OUTPUT_DIRECTORY ${CMAKE_BINARY_DIR}/bin/unres/MD )
 282 #add_dependencies (${UNRES_BIN} ${UNRES_XDRFLIB})
 283
 284
 285 #=========================================
 286 # Link libraries
 287 #=========================================
 288 # link MPI library (libmpich.a)
 289 if(UNRES_WITH_MPI)
 290   target_link_libraries( UNRES_BIN-MD-DFA ${MPIF_LIBRARIES} )
 291 endif(UNRES_WITH_MPI)
 292 # link libxdrf.a
 293 #message("UNRES_XDRFLIB=${UNRES_XDRFLIB}")
 294 target_link_libraries( UNRES_BIN-MD-DFA xdrf )
 295
 296 #=========================================
 297 # TESTS
 298 #=========================================
 299
 300 #-- Copy all the data files from the test directory into the source directory
 301 #SET(UNRES_TEST_FILES
 302 #       ala10.inp
 303 #    )
 304
 305 #FOREACH (UNRES_TEST_FILE ${UNRES_TEST_FILES})
 306 #      SET (unres_test_dest "${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/${UNRES_TEST_FILE}")
 307 #      MESSAGE (STATUS " Copying ${UNRES_TEST_FILE} from ${CMAKE_SOURCE_DIR}/examples/unres/MD/ff_gab/${UNRES_TEST_FILE} to ${unres_test_dest}")
 308 #      ADD_CUSTOM_COMMAND (
 309 #          TARGET     ${UNRES_BIN}
 310 #          POST_BUILD
 311 #          COMMAND    ${CMAKE_COMMAND} -E copy ${CMAKE_SOURCE_DIR}/examples/unres/MD/ff_gab/${UNRES_TEST_FILE} ${unres_test_dest}
 312 #      )
 313 #ENDFOREACH (UNRES_TEST_FILE ${UNRES_TEST_FILES})
 314
 315 #=========================================
 316 # Generate data test files
 317 #=========================================
 318 #  test_single_ala.sh
 319 #=========================================
 320
 321 FILE(WRITE ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/scripts/test_single_ala.sh
 322 "#!/bin/sh
 323 export POT=GB
 324 export PREFIX=ala10
 325 #-----------------------------------------------------------------------------
 326 UNRES_BIN=./${UNRES_BIN}
 327 #-----------------------------------------------------------------------------
 328 DD=${CMAKE_SOURCE_DIR}/PARAM
 329 export BONDPAR=$DD/bond.parm
 330 export THETPAR=$DD/thetaml.5parm
 331 export ROTPAR=$DD/scgauss.parm
 332 export TORPAR=$DD/torsion_631Gdp.parm
 333 export TORDPAR=$DD/torsion_double_631Gdp.parm
 334 export ELEPAR=$DD/electr_631Gdp.parm
 335 export SIDEPAR=$DD/sc_GB_opt.1gab_3S_qclass5no310-shan2-sc-16-10-8k
 336 export FOURIER=$DD/fourier_opt.parm.1igd_hc_iter3_3
 337 export SCPPAR=$DD/scp.parm
 338 export SCCORPAR=$DD/rotcorr_AM1.parm
 339 export PATTERN=$DD/patterns.cart
 340 #-----------------------------------------------------------------------------
 341 $UNRES_BIN
 342 ")
 343
 344 #
 345 # File permissions workaround
 346 #
 347 FILE(   COPY ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/scripts/test_single_ala.sh
 348         DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}
 349         FILE_PERMISSIONS OWNER_READ OWNER_WRITE OWNER_EXECUTE GROUP_READ GROUP_EXECUTE WORLD_READ WORLD_EXECUTE
 350 )
 351
 352
 353
 354 #=========================================
 355 #  ala10.inp
 356 #=========================================
 357
 358 file(WRITE ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/ala10.inp
 359 "ala10 unblocked
 360 SEED=-1111333 MD ONE_LETTER rescale_mode=2
 361 nstep=15000 ntwe=100 ntwx=1000 dt=0.1 lang=0 tbf t_bath=300 damax=1.0          &
 362 reset_moment=1000 reset_vel=1000
 363 WLONG=1.35279 WSCP=1.59304 WELEC=0.71534 WBOND=1.00000 WANG=1.13873            &
 364 WSCLOC=0.16258 WTOR=1.98599 WTORD=1.57069 WCORRH=0.42887 WCORR5=0.00000        &
 365 WCORR6=0.00000 WEL_LOC=0.16036 WTURN3=1.68722 WTURN4=0.66230 WTURN6=0.00000    &
 366 WVDWPP=0.11371 WHPB=1.00000                                                    &
 367 CUTOFF=7.00000 WCORR4=0.00000
 368 12
 369 XAAAAAAAAAAX
 370  0
 371  0
 372    90.0000   90.0000   90.0000  90.000   90.000   90.000   90.000   90.000
 373    90.0000   90.0000
 374   180.0000  180.0000  180.0000 180.000  180.000  180.000  180.000  180.000
 375   180.0000
 376   110.0000  110.0000  110.0000 100.000  110.000  100.000  110.000  110.000
 377   110.0000  110.0000
 378  -120.0000 -120.0000 -120.000 -120.000 -120.000 -120.000 -120.000 -120.000
 379  -120.0000 -120.0000
 380 ")
 381
 382
 383 # Add tests
 384
 385 if(NOT UNRES_WITH_MPI)
 386
 387   add_test(NAME UNRES_MD_Ala10 COMMAND sh ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/test_single_ala.sh )
 388
 389 else(NOT UNRES_WITH_MPI)
 390
 391
 392   add_test(NAME UNRES_MD_MPI_Ala10 COMMAND mpiexec -boot ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/test_single_ala.sh )
 393
 394 endif(NOT UNRES_WITH_MPI)
 395