source/unres/src_MD/CMakeLists.txt

   1 #
   2 # CMake project file for UNRES with MD for single chains
   3 #
   4
   5 enable_language (Fortran)
   6
   7
   8 #================================
   9 # Set source file lists
  10 #================================
  11 set(UNRES_MD_SRC0
  12         add.f
  13         arcos.f
  14         banach.f
  15         blas.f
  16         bond_move.f
  17         cartder.F
  18         cartprint.f
  19         check_sc_distr.f
  20         check_bond.f
  21         chainbuild.F
  22         checkder_p.F
  23         compare_s1.F
  24         contact.f
  25         convert.f
  26         cored.f
  27         dihed_cons.F
  28         djacob.f
  29         econstr_local.F
  30         eigen.f
  31         elecont.f
  32         energy_split-sep.F
  33         entmcm.F
  34         fitsq.f
  35         gauss.f
  36         gen_rand_conf.F
  37         geomout.F
  38         gnmr1.f
  39         intcartderiv.F
  40         initialize_p.F
  41         int_to_cart.f
  42         intcor.f
  43         intlocal.f
  44         kinetic_lesyng.f
  45         lagrangian_lesyng.F
  46         local_move.f
  47         map.f
  48         matmult.f
  49         mc.F
  50         mcm.F
  51         MD_A-MTS.F
  52         minimize_p.F
  53         minim_mcmf.F
  54         misc.f
  55         moments.f
  56         MP.F
  57         MREMD.F
  58         muca_md.f
  59         parmread.F
  60         pinorm.f
  61         printmat.f
  62         q_measure.F
  63         randgens.f
  64         rattle.F
  65         readpdb.F
  66         readrtns.F
  67         refsys.f
  68         regularize.F
  69         rescode.f
  70         rmdd.f
  71         rmsd.F
  72         sc_move.F
  73         sort.f
  74         stochfric.F
  75         sumsld.f
  76         surfatom.f
  77         test.F
  78         timing.F
  79         thread.F
  80         unres.F
  81         ssMD.F
  82 )
  83
  84 if(Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
  85   set(UNRES_MD_SRC0 ${UNRES_MD_SRC0} prng.f )
  86 elseif(Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "mpif90")
  87   set(UNRES_MD_SRC0 ${UNRES_MD_SRC0} prng.f )
  88 elseif(Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "f95")
  89   set(UNRES_MD_SRC0 ${UNRES_MD_SRC0} prng.f )
  90 elseif(Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "gfortran")
  91   set(UNRES_MD_SRC0 ${UNRES_MD_SRC0} prng.f )
  92 else()
  93   set(UNRES_MD_SRC0 ${UNRES_MD_SRC0} prng_32.F )
  94 endif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
  95
  96
  97 set(UNRES_MD_SRC3
  98         energy_p_new_barrier.F
  99         energy_p_new-sep_barrier.F
 100         gradient_p.F )
 101
 102 set(UNRES_MD_PP_SRC
 103         cartder.F
 104         chainbuild.F
 105         checkder_p.F
 106         compare_s1.F
 107         dihed_cons.F
 108         econstr_local.F
 109         energy_p_new_barrier.F
 110         energy_p_new-sep_barrier.F
 111         energy_split-sep.F
 112         entmcm.F
 113         gen_rand_conf.F
 114         geomout.F
 115         gradient_p.F
 116         initialize_p.F
 117         intcartderiv.F
 118         lagrangian_lesyng.F
 119         mc.F
 120         mcm.F
 121         MD_A-MTS.F
 122         minimize_p.F
 123         minim_mcmf.F
 124         MP.F
 125         MREMD.F
 126         parmread.F
 127         q_measure1.F
 128         q_measure3.F
 129         q_measure.F
 130         rattle.F
 131         readpdb.F
 132         readrtns.F
 133         regularize.F
 134         rmsd.F
 135         sc_move.F
 136         stochfric.F
 137         test.F
 138         thread.F
 139         timing.F
 140         unres.F
 141         proc_proc.c
 142 )
 143
 144
 145 if(NOT Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 146   set(UNRES_MD_PP_SRC ${UNRES_MD_PP_SRC} prng_32.F)
 147 endif(NOT Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 148
 149 #================================================
 150 # Set comipiler flags for different sourcefiles
 151 #================================================
 152 if (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 153   set(FFLAGS0 "-ip -w" )
 154   set(FFLAGS1 "-w -g -d2 -CA -CB" )
 155   set(FFLAGS2 "-w -g -00 ")
 156   #set(FFLAGS3 "-c -w -O3 -ipo -ipo_obj -opt_report" )
 157   set(FFLAGS3 "-w -ipo " )
 158 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "gfortran")
 159   set(FFLAGS0 "-std=legacy -I. " )
 160   set(FFLAGS1 "-std=legacy -g -I. " )
 161   set(FFLAGS2 "-std=legacy -I. ")
 162   #set(FFLAGS3 "-c -w -O3 -ipo -ipo_obj -opt_report" )
 163   set(FFLAGS3 "-std=legacy -I. " )
 164 endif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 165
 166
 167 # Add MPI compiler flags
 168 if(UNRES_WITH_MPI)
 169   set(FFLAGS0 "${FFLAGS0} -I${MPIF_INCLUDE_DIRECTORIES}")
 170   set(FFLAGS1 "${FFLAGS1} -I${MPIF_INCLUDE_DIRECTORIES}")
 171   set(FFLAGS2 "${FFLAGS2} -I${MPIF_INCLUDE_DIRECTORIES}")
 172   set(FFLAGS3 "${FFLAGS3} -I${MPIF_INCLUDE_DIRECTORIES}")
 173 endif(UNRES_WITH_MPI)
 174
 175 set_property(SOURCE ${UNRES_MD_SRC0} APPEND PROPERTY COMPILE_FLAGS ${FFLAGS0} )
 176 #set_property(SOURCE ${UNRES_MD_SRC1} PROPERTY COMPILE_FLAGS ${FFLAGS1} )
 177 #set_property(SOURCE ${UNRES_MD_SRC2} PROPERTY COMPILE_FLAGS ${FFLAGS2} )
 178 set_property(SOURCE ${UNRES_MD_SRC3} PROPERTY COMPILE_FLAGS ${FFLAGS3} )
 179
 180 #=========================================
 181 # Settings for GAB force field
 182 #=========================================
 183 if(UNRES_MD_FF STREQUAL "GAB" )
 184   # set preprocesor flags
 185   set(CPPFLAGS "PROCOR -DUNRES -DISNAN -DSPLITELE -DLANG0 -DCRYST_BOND -DCRYST_THETA -DCRYST_SC" )
 186
 187 #=========================================
 188 #  Settings for E0LL2Y force field
 189 #=========================================
 190 elseif(UNRES_MD_FF STREQUAL "E0LL2Y")
 191   # set preprocesor flags
 192   set(CPPFLAGS "PROCOR -DUNRES -DISNAN -DSPLITELE -DLANG0" )
 193 endif(UNRES_MD_FF STREQUAL "GAB")
 194
 195 #=========================================
 196 # System specific flags
 197 #=========================================
 198 if(${CMAKE_SYSTEM_NAME} MATCHES "Linux")
 199   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DLINUX")
 200 endif(${CMAKE_SYSTEM_NAME} MATCHES "Linux")
 201
 202 #=========================================
 203 # Compiler specific flags
 204 #=========================================
 205
 206 if (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 207   # Add ifort preprocessor flags
 208   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DPGI")
 209 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "f95")
 210   # Add new gfortran flags
 211   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DG77")
 212 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "gfortran")
 213   # Add old gfortran flags
 214   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DG77")
 215 endif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 216
 217 #=========================================
 218 # Add MPI preprocessor flags
 219 #=========================================
 220 if (UNRES_WITH_MPI)
 221   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DMP -DMPI")
 222 endif(UNRES_WITH_MPI)
 223
 224 #=========================================
 225 # Apply preprocesor flags to *.F files
 226 #=========================================
 227 set_property(SOURCE ${UNRES_MD_PP_SRC} PROPERTY COMPILE_DEFINITIONS ${CPPFLAGS} )
 228
 229
 230 #========================================
 231 #  Setting binary name
 232 #========================================
 233 if(UNRES_WITH_MPI)
 234   # binary with mpi
 235   set(UNRES_BIN "unres_${Fortran_COMPILER_NAME}_MPICH_${UNRES_MD_FF}.exe")
 236 else(UNRES_WITH_MPI)
 237   # binary without mpi
 238   set(UNRES_BIN "unres_${Fortran_COMPILER_NAME}_single_${UNRES_MD_FF}.exe")
 239 endif(UNRES_WITH_MPI)
 240
 241 #=========================================
 242 # cinfo.f workaround for cmake
 243 #=========================================
 244 # get the current date
 245 TODAY(DATE)
 246 # generate cinfo.f
 247
 248 set(CINFO "${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cinfo.f")
 249 FILE(WRITE ${CINFO}
 250 "C CMake generated file
 251        subroutine cinfo
 252        include 'COMMON.IOUNITS'
 253        write(iout,*)'++++ Compile info ++++'
 254        write(iout,*)'Version ${UNRES_MAJOR}.${UNRES_MINOR} build ${UNRES_PATCH}'
 255 ")
 256
 257 CINFO_FORMAT(${CINFO} "Compiled" "${DATE}" )
 258 CINFO_FORMAT(${CINFO} "Compiled by" "$ENV{USER}@$ENV{HOST}" )
 259 CINFO_FORMAT(${CINFO} "OS name:" "${CMAKE_SYSTEM_NAME}" )
 260 CINFO_FORMAT(${CINFO} "OS release:" "${CMAKE_SYSTEM}" )
 261 CINFO_FORMAT(${CINFO} "Fortran Compiler:" "${CMAKE_Fortran_COMPILER}" )
 262 CINFO_FORMAT(${CINFO} "MD Force field:" "${UNRES_MD_FF}" )
 263 CINFO_FORMAT(${CINFO} "CPPFLAGS =" "${CPPFLAGS}")
 264
 265 FILE(APPEND ${CINFO}
 266 "       write(iout,*)'++++ End of compile info ++++'
 267        return
 268        end ")
 269
 270 # add include path
 271 set_property(SOURCE ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cinfo.f PROPERTY COMPILE_FLAGS "${FFLAGS0} -I${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}")
 272
 273 #=========================================
 274 # Set full unres MD sources
 275 #=========================================
 276 set(UNRES_MD_SRCS ${UNRES_MD_SRC0} ${UNRES_MD_SRC3} ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cinfo.f )
 277
 278
 279 #=========================================
 280 # Build the binary
 281 #=========================================
 282 add_executable(UNRES_BIN-MD ${UNRES_MD_SRCS} )
 283 set_target_properties(UNRES_BIN-MD PROPERTIES OUTPUT_NAME ${UNRES_BIN})
 284 #set_property(TARGET ${UNRES_BIN} PROPERTY RUNTIME_OUTPUT_DIRECTORY ${CMAKE_BINARY_DIR}/bin/unres/MD )
 285 #add_dependencies (${UNRES_BIN} ${UNRES_XDRFLIB})
 286
 287
 288 #=========================================
 289 # Link libraries
 290 #=========================================
 291 # link MPI library (libmpich.a)
 292 if(UNRES_WITH_MPI)
 293   target_link_libraries( UNRES_BIN-MD ${MPIF_LIBRARIES} )
 294 endif(UNRES_WITH_MPI)
 295 # link libxdrf.a
 296 #message("UNRES_XDRFLIB=${UNRES_XDRFLIB}")
 297 target_link_libraries( UNRES_BIN-MD xdrf )
 298
 299 #=========================================
 300 # TESTS
 301 #=========================================
 302
 303 #-- Copy all the data files from the test directory into the source directory
 304 #SET(UNRES_TEST_FILES
 305 #       ala10.inp
 306 #    )
 307
 308 #FOREACH (UNRES_TEST_FILE ${UNRES_TEST_FILES})
 309 #      SET (unres_test_dest "${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/${UNRES_TEST_FILE}")
 310 #      MESSAGE (STATUS " Copying ${UNRES_TEST_FILE} from ${CMAKE_SOURCE_DIR}/examples/unres/MD/ff_gab/${UNRES_TEST_FILE} to ${unres_test_dest}")
 311 #      ADD_CUSTOM_COMMAND (
 312 #          TARGET     ${UNRES_BIN}
 313 #          POST_BUILD
 314 #          COMMAND    ${CMAKE_COMMAND} -E copy ${CMAKE_SOURCE_DIR}/examples/unres/MD/ff_gab/${UNRES_TEST_FILE} ${unres_test_dest}
 315 #      )
 316 #ENDFOREACH (UNRES_TEST_FILE ${UNRES_TEST_FILES})
 317
 318 #=========================================
 319 # Generate data test files
 320 #=========================================
 321 #  test_single_ala.sh
 322 #=========================================
 323
 324 FILE(WRITE ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/scripts/test_single_ala.sh
 325 "#!/bin/sh
 326 export POT=GB
 327 export PREFIX=ala10
 328 #-----------------------------------------------------------------------------
 329 UNRES_BIN=./${UNRES_BIN}
 330 #-----------------------------------------------------------------------------
 331 DD=${CMAKE_SOURCE_DIR}/PARAM
 332 export BONDPAR=$DD/bond.parm
 333 export THETPAR=$DD/thetaml.5parm
 334 export ROTPAR=$DD/scgauss.parm
 335 export TORPAR=$DD/torsion_631Gdp.parm
 336 export TORDPAR=$DD/torsion_double_631Gdp.parm
 337 export ELEPAR=$DD/electr_631Gdp.parm
 338 export SIDEPAR=$DD/sc_GB_opt.1gab_3S_qclass5no310-shan2-sc-16-10-8k
 339 export FOURIER=$DD/fourier_opt.parm.1igd_hc_iter3_3
 340 export SCPPAR=$DD/scp.parm
 341 export SCCORPAR=$DD/sccor_pdb_shelly.dat
 342 export PATTERN=$DD/patterns.cart
 343 #-----------------------------------------------------------------------------
 344 $UNRES_BIN
 345 ")
 346
 347 #
 348 # File permissions workaround
 349 #
 350 FILE(   COPY ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/scripts/test_single_ala.sh
 351         DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}
 352         FILE_PERMISSIONS OWNER_READ OWNER_WRITE OWNER_EXECUTE GROUP_READ GROUP_EXECUTE WORLD_READ WORLD_EXECUTE
 353 )
 354
 355
 356
 357 #=========================================
 358 #  ala10.inp
 359 #=========================================
 360
 361 file(WRITE ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/ala10.inp
 362 "ala10 unblocked
 363 SEED=-1111333 MD ONE_LETTER rescale_mode=2
 364 nstep=15000 ntwe=100 ntwx=1000 dt=0.1 lang=0 tbf t_bath=300 damax=1.0          &
 365 reset_moment=1000 reset_vel=1000
 366 WLONG=1.35279 WSCP=1.59304 WELEC=0.71534 WBOND=1.00000 WANG=1.13873            &
 367 WSCLOC=0.16258 WTOR=1.98599 WTORD=1.57069 WCORRH=0.42887 WCORR5=0.00000        &
 368 WCORR6=0.00000 WEL_LOC=0.16036 WTURN3=1.68722 WTURN4=0.66230 WTURN6=0.00000    &
 369 WVDWPP=0.11371 WHPB=1.00000                                                    &
 370 CUTOFF=7.00000 WCORR4=0.00000
 371 12
 372 XAAAAAAAAAAX
 373  0
 374  0
 375    90.0000   90.0000   90.0000  90.000   90.000   90.000   90.000   90.000
 376    90.0000   90.0000
 377   180.0000  180.0000  180.0000 180.000  180.000  180.000  180.000  180.000
 378   180.0000
 379   110.0000  110.0000  110.0000 100.000  110.000  100.000  110.000  110.000
 380   110.0000  110.0000
 381  -120.0000 -120.0000 -120.000 -120.000 -120.000 -120.000 -120.000 -120.000
 382  -120.0000 -120.0000
 383 ")
 384
 385
 386 # Add tests
 387
 388 if(NOT UNRES_WITH_MPI)
 389
 390   add_test(NAME UNRES_MD_Ala10 COMMAND sh ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/test_single_ala.sh )
 391
 392 else(NOT UNRES_WITH_MPI)
 393
 394
 395   add_test(NAME UNRES_MD_MPI_Ala10 COMMAND mpiexec -boot ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/test_single_ala.sh )
 396
 397 endif(NOT UNRES_WITH_MPI)
 398