source/unres/src_MD/CMakeLists.txt

   1 #
   2 # CMake project file for UNRES with MD for single chains
   3 #
   4
   5 enable_language (Fortran)
   6
   7
   8 #================================
   9 # Set source file lists
  10 #================================
  11 set(UNRES_MD_SRC0
  12         add.f
  13         arcos.f
  14         banach.f
  15         blas.f
  16         bond_move.f
  17         cartder.F
  18         cartprint.f
  19         check_sc_distr.f
  20         check_bond.f
  21         chainbuild.F
  22         checkder_p.F
  23         compare_s1.F
  24         contact.f
  25         convert.f
  26         cored.f
  27         dihed_cons.F
  28         djacob.f
  29         econstr_local.F
  30         eigen.f
  31         elecont.f
  32         energy_split-sep.F
  33         entmcm.F
  34         fitsq.f
  35         gauss.f
  36         gen_rand_conf.F
  37         geomout.F
  38         gnmr1.f
  39         intcartderiv.F
  40         initialize_p.F
  41         int_to_cart.f
  42         intcor.f
  43         intlocal.f
  44         kinetic_lesyng.f
  45         lagrangian_lesyng.F
  46         local_move.f
  47         map.f
  48         matmult.f
  49         mc.F
  50         mcm.F
  51         MD_A-MTS.F
  52         minimize_p.F
  53         minim_mcmf.F
  54         misc.f
  55         moments.f
  56         MP.F
  57         MREMD.F
  58         muca_md.f
  59         parmread.F
  60         pinorm.f
  61         printmat.f
  62         q_measure.F
  63         randgens.f
  64         rattle.F
  65         readpdb.F
  66         readrtns.F
  67         refsys.f
  68         regularize.F
  69         rescode.f
  70         rmdd.f
  71         rmsd.F
  72         sc_move.F
  73         sort.f
  74         stochfric.F
  75         sumsld.f
  76         surfatom.f
  77         test.F
  78         timing.F
  79         thread.F
  80         unres.F
  81 )
  82
  83 if(Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
  84   set(UNRES_MD_SRC0 ${UNRES_MD_SRC0} prng.f )
  85 else()
  86   set(UNRES_MD_SRC0 ${UNRES_MD_SRC0} prng_32.F )
  87 endif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
  88
  89
  90 set(UNRES_MD_SRC3
  91         energy_p_new_barrier.F
  92         energy_p_new-sep_barrier.F
  93         gradient_p.F )
  94
  95 set(UNRES_MD_PP_SRC
  96         cartder.F
  97         chainbuild.F
  98         checkder_p.F
  99         compare_s1.F
 100         dihed_cons.F
 101         econstr_local.F
 102         energy_p_new_barrier.F
 103         energy_p_new-sep_barrier.F
 104         energy_split-sep.F
 105         entmcm.F
 106         gen_rand_conf.F
 107         geomout.F
 108         gradient_p.F
 109         initialize_p.F
 110         intcartderiv.F
 111         lagrangian_lesyng.F
 112         mc.F
 113         mcm.F
 114         MD_A-MTS.F
 115         minimize_p.F
 116         minim_mcmf.F
 117         MP.F
 118         MREMD.F
 119         parmread.F
 120         prng_32.F
 121         q_measure1.F
 122         q_measure3.F
 123         q_measure.F
 124         rattle.F
 125         readpdb.F
 126         readrtns.F
 127         regularize.F
 128         rmsd.F
 129         sc_move.F
 130         stochfric.F
 131         test.F
 132         thread.F
 133         timing.F
 134         unres.F
 135         proc_proc.c
 136 )
 137
 138
 139 if(NOT Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 140   set(UNRES_MD_PP_SRC ${UNRES_MD_PP_SRC} prng_32.F)
 141 endif(NOT Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 142
 143 #================================================
 144 # Set comipiler flags for different sourcefiles
 145 #================================================
 146 if (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 147   set(FFLAGS0 "-ip -w" )
 148   set(FFLAGS1 "-w -g -d2 -CA -CB" )
 149   set(FFLAGS2 "-w -g -00 ")
 150   #set(FFLAGS3 "-c -w -O3 -ipo -ipo_obj -opt_report" )
 151   set(FFLAGS3 "-w -ipo " )
 152 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "gfortran")
 153   set(FFLAGS0 "-I. " )
 154   set(FFLAGS1 "-g -I. " )
 155   set(FFLAGS2 "-I. ")
 156   #set(FFLAGS3 "-c -w -O3 -ipo -ipo_obj -opt_report" )
 157   set(FFLAGS3 "-I. " )
 158 endif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 159
 160
 161 # Add MPI compiler flags
 162 if(UNRES_WITH_MPI)
 163   set(FFLAGS0 "${FFLAGS0} -I${MPIF_INCLUDE_DIRECTORIES}")
 164   set(FFLAGS1 "${FFLAGS1} -I${MPIF_INCLUDE_DIRECTORIES}")
 165   set(FFLAGS2 "${FFLAGS2} -I${MPIF_INCLUDE_DIRECTORIES}")
 166   set(FFLAGS3 "${FFLAGS3} -I${MPIF_INCLUDE_DIRECTORIES}")
 167 endif(UNRES_WITH_MPI)
 168
 169 set_property(SOURCE ${UNRES_MD_SRC0} APPEND PROPERTY COMPILE_FLAGS ${FFLAGS0} )
 170 #set_property(SOURCE ${UNRES_MD_SRC1} PROPERTY COMPILE_FLAGS ${FFLAGS1} )
 171 #set_property(SOURCE ${UNRES_MD_SRC2} PROPERTY COMPILE_FLAGS ${FFLAGS2} )
 172 set_property(SOURCE ${UNRES_MD_SRC3} PROPERTY COMPILE_FLAGS ${FFLAGS3} )
 173
 174 #=========================================
 175 # Settings for GAB force field
 176 #=========================================
 177 if(UNRES_MD_FF STREQUAL "GAB" )
 178   # set preprocesor flags
 179   set(CPPFLAGS "PROCOR -DUNRES -DISNAN -DSPLITELE -DLANG0 -DCRYST_BOND -DCRYST_THETA -DCRYST_SC" )
 180
 181 #=========================================
 182 #  Settings for E0LL2Y force field
 183 #=========================================
 184 elseif(UNRES_MD_FF STREQUAL "E0LL2Y")
 185   # set preprocesor flags
 186   set(CPPFLAGS "PROCOR -DUNRES -DISNAN -DSPLITELE -DLANG0" )
 187 endif(UNRES_MD_FF STREQUAL "GAB")
 188
 189 #=========================================
 190 # System specific flags
 191 #=========================================
 192 if(${CMAKE_SYSTEM_NAME} MATCHES "Linux")
 193   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DLINUX")
 194 endif(${CMAKE_SYSTEM_NAME} MATCHES "Linux")
 195
 196 #=========================================
 197 # Compiler specific flags
 198 #=========================================
 199
 200 if (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 201   # Add ifort preprocessor flags
 202   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DPGI")
 203 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "f95")
 204   # Add new gfortran flags
 205   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DG77")
 206 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "gfortran")
 207   # Add old gfortran flags
 208   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DG77")
 209 endif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 210
 211 #=========================================
 212 # Add MPI preprocessor flags
 213 #=========================================
 214 if (UNRES_WITH_MPI)
 215   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DMP -DMPI")
 216 endif(UNRES_WITH_MPI)
 217
 218 # Apply preprocesor flags to *.F files
 219 set_property(SOURCE ${UNRES_MD_PP_SRC} PROPERTY COMPILE_DEFINITIONS ${CPPFLAGS} )
 220
 221
 222 #========================================
 223 #  Setting binary name
 224 #========================================
 225 if(UNRES_WITH_MPI)
 226   # binary with mpi
 227   set(UNRES_BIN "unres_${Fortran_COMPILER_NAME}_MPICH_${UNRES_MD_FF}.exe")
 228 else(UNRES_WITH_MPI)
 229   # binary without mpi
 230   set(UNRES_BIN "unres_${Fortran_COMPILER_NAME}_single_${UNRES_MD_FF}.exe")
 231 endif(UNRES_WITH_MPI)
 232
 233 #=========================================
 234 # cinfo.f stupid workaround for cmake
 235 #  - shame on me ]:)
 236 #=========================================
 237 set_property(SOURCE compinfo.c PROPERTY CMAKE_C_FLAGS "-c" )
 238 add_executable(compinfo-md compinfo.c)
 239 set_target_properties(compinfo-md PROPERTIES OUTPUT_NAME compinfo)
 240
 241 set(UNRES_CINFO_DIR "${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}" )
 242 add_custom_command(OUTPUT ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cinfo.f
 243         COMMAND ${CMAKE_COMMAND} -E copy ${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/cinfo.f ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cinfo.f
 244         COMMAND ${CMAKE_COMMAND} -E copy ${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/COMMON.IOUNITS ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/COMMON.IOUNITS
 245         COMMAND ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/compinfo | true
 246         DEPENDS compinfo-md )
 247 set_property(SOURCE ${UNRES_CINFO_DIR}/cinfo.f PROPERTY COMPILE_FLAGS ${FFLAGS0} )
 248
 249 #=========================================
 250 # Set full unres MD sources
 251 #=========================================
 252 set(UNRES_MD_SRCS ${UNRES_MD_SRC0} ${UNRES_MD_SRC3} ${UNRES_CINFO_DIR}/cinfo.f )
 253
 254
 255 #=========================================
 256 # Build the binary
 257 #=========================================
 258 add_executable(UNRES_BIN-MD ${UNRES_MD_SRCS} )
 259 set_target_properties(UNRES_BIN-MD PROPERTIES OUTPUT_NAME ${UNRES_BIN})
 260 #set_property(TARGET ${UNRES_BIN} PROPERTY RUNTIME_OUTPUT_DIRECTORY ${CMAKE_BINARY_DIR}/bin/unres/MD )
 261 #add_dependencies (${UNRES_BIN} ${UNRES_XDRFLIB})
 262
 263
 264 #=========================================
 265 # Link libraries
 266 #=========================================
 267 # link MPI library (libmpich.a)
 268 if(UNRES_WITH_MPI)
 269   target_link_libraries( UNRES_BIN-MD ${MPIF_LIBRARIES} )
 270 endif(UNRES_WITH_MPI)
 271 # link libxdrf.a
 272 #message("UNRES_XDRFLIB=${UNRES_XDRFLIB}")
 273 target_link_libraries( UNRES_BIN-MD xdrf )
 274
 275 #=========================================
 276 # TESTS
 277 #=========================================
 278
 279 #-- Copy all the data files from the test directory into the source directory
 280 #SET(UNRES_TEST_FILES
 281 #       ala10.inp
 282 #    )
 283
 284 #FOREACH (UNRES_TEST_FILE ${UNRES_TEST_FILES})
 285 #      SET (unres_test_dest "${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/${UNRES_TEST_FILE}")
 286 #      MESSAGE (STATUS " Copying ${UNRES_TEST_FILE} from ${CMAKE_SOURCE_DIR}/examples/unres/MD/ff_gab/${UNRES_TEST_FILE} to ${unres_test_dest}")
 287 #      ADD_CUSTOM_COMMAND (
 288 #          TARGET     ${UNRES_BIN}
 289 #          POST_BUILD
 290 #          COMMAND    ${CMAKE_COMMAND} -E copy ${CMAKE_SOURCE_DIR}/examples/unres/MD/ff_gab/${UNRES_TEST_FILE} ${unres_test_dest}
 291 #      )
 292 #ENDFOREACH (UNRES_TEST_FILE ${UNRES_TEST_FILES})
 293
 294 #=========================================
 295 # Generate data test files
 296 #=========================================
 297 #  test_single_ala.sh
 298 #=========================================
 299
 300 FILE(WRITE ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/test_single_ala.sh
 301 "#!/bin/sh
 302 export POT=GB
 303 export PREFIX=ala10
 304 #-----------------------------------------------------------------------------
 305 UNRES_BIN=./${UNRES_BIN}
 306 #-----------------------------------------------------------------------------
 307 DD=${CMAKE_SOURCE_DIR}/PARAM
 308 export BONDPAR=$DD/bond.parm
 309 export THETPAR=$DD/thetaml.5parm
 310 export ROTPAR=$DD/scgauss.parm
 311 export TORPAR=$DD/torsion_631Gdp.parm
 312 export TORDPAR=$DD/torsion_double_631Gdp.parm
 313 export ELEPAR=$DD/electr_631Gdp.parm
 314 export SIDEPAR=$DD/sc_GB_opt.1gab_3S_qclass5no310-shan2-sc-16-10-8k
 315 export FOURIER=$DD/fourier_opt.parm.1igd_hc_iter3_3
 316 export SCPPAR=$DD/scp.parm
 317 export SCCORPAR=$DD/rotcorr_AM1.parm
 318 export PATTERN=$DD/patterns.cart
 319 #-----------------------------------------------------------------------------
 320 $UNRES_BIN
 321 ")
 322
 323 #=========================================
 324 #  ala10.inp
 325 #=========================================
 326
 327 file(WRITE ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/ala10.inp
 328 "ala10 unblocked
 329 SEED=-1111333 MD ONE_LETTER rescale_mode=2 PDBOUT
 330 nstep=15000 ntwe=100 ntwx=1000 dt=0.1 lang=0 tbf t_bath=300 damax=1.0          &
 331 reset_moment=1000 reset_vel=1000 MDPDB
 332 WLONG=1.35279 WSCP=1.59304 WELEC=0.71534 WBOND=1.00000 WANG=1.13873            &
 333 WSCLOC=0.16258 WTOR=1.98599 WTORD=1.57069 WCORRH=0.42887 WCORR5=0.00000        &
 334 WCORR6=0.00000 WEL_LOC=0.16036 WTURN3=1.68722 WTURN4=0.66230 WTURN6=0.00000    &
 335 WVDWPP=0.11371 WHPB=1.00000                                                    &
 336 CUTOFF=7.00000 WCORR4=0.00000
 337 12
 338 XAAAAAAAAAAX
 339  0
 340  0
 341    90.0000   90.0000   90.0000  90.000   90.000   90.000   90.000   90.000
 342    90.0000   90.0000
 343   180.0000  180.0000  180.0000 180.000  180.000  180.000  180.000  180.000
 344   180.0000
 345   110.0000  110.0000  110.0000 100.000  110.000  100.000  110.000  110.000
 346   110.0000  110.0000
 347  -120.0000 -120.0000 -120.000 -120.000 -120.000 -120.000 -120.000 -120.000
 348  -120.0000 -120.0000
 349 ")
 350
 351
 352 # Add tests
 353
 354 if(NOT UNRES_WITH_MPI)
 355
 356   add_test(NAME UNRES_MD_Ala10 COMMAND sh ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/test_single_ala.sh )
 357
 358
 359 endif(NOT UNRES_WITH_MPI)
 360