source/unres/src_MD/CMakeLists.txt

   1 #
   2 # CMake project file for UNRES with MD for single chains
   3 #
   4
   5 enable_language (Fortran)
   6
   7
   8 #================================
   9 # Set source file lists
  10 #================================
  11 set(UNRES_MD_SRC0
  12         add.f
  13         arcos.f
  14         banach.f
  15         blas.f
  16         bond_move.f
  17         cartder.F
  18         cartprint.f
  19         check_sc_distr.f
  20         check_bond.f
  21         chainbuild.F
  22         checkder_p.F
  23         compare_s1.F
  24         contact.f
  25         convert.f
  26         cored.f
  27         dihed_cons.F
  28         djacob.f
  29         econstr_local.F
  30         eigen.f
  31         elecont.f
  32         energy_split-sep.F
  33         entmcm.F
  34         fitsq.f
  35         gauss.f
  36         gen_rand_conf.F
  37         geomout.F
  38         gnmr1.f
  39         intcartderiv.F
  40         initialize_p.F
  41         int_to_cart.f
  42         intcor.f
  43         intlocal.f
  44         kinetic_lesyng.f
  45         lagrangian_lesyng.F
  46         local_move.f
  47         map.f
  48         matmult.f
  49         mc.F
  50         mcm.F
  51         MD_A-MTS.F
  52         minimize_p.F
  53         minim_mcmf.F
  54         misc.f
  55         moments.f
  56         MP.F
  57         MREMD.F
  58         muca_md.f
  59         parmread.F
  60         pinorm.f
  61         printmat.f
  62         prng_32.F
  63         q_measure.F
  64         randgens.f
  65         rattle.F
  66         readpdb.F
  67         readrtns.F
  68         refsys.f
  69         regularize.F
  70         rescode.f
  71         rmdd.f
  72         rmsd.F
  73         sc_move.F
  74         sort.f
  75         stochfric.F
  76         sumsld.f
  77         surfatom.f
  78         test.F
  79         timing.F
  80         thread.F
  81         unres.F
  82         ssMD.F
  83 )
  84
  85 set(UNRES_MD_SRC3
  86         energy_p_new_barrier.F
  87         energy_p_new-sep_barrier.F
  88         gradient_p.F )
  89
  90 set(UNRES_MD_PP_SRC
  91         cartder.F
  92         chainbuild.F
  93         checkder_p.F
  94         compare_s1.F
  95         dihed_cons.F
  96         econstr_local.F
  97         energy_p_new_barrier.F
  98         energy_p_new-sep_barrier.F
  99         energy_split-sep.F
 100         entmcm.F
 101         gen_rand_conf.F
 102         geomout.F
 103         gradient_p.F
 104         initialize_p.F
 105         intcartderiv.F
 106         lagrangian_lesyng.F
 107         mc.F
 108         mcm.F
 109         MD_A-MTS.F
 110         minimize_p.F
 111         minim_mcmf.F
 112         MP.F
 113         MREMD.F
 114         parmread.F
 115         prng_32.F
 116         q_measure1.F
 117         q_measure3.F
 118         q_measure.F
 119         rattle.F
 120         readpdb.F
 121         readrtns.F
 122         regularize.F
 123         rmsd.F
 124         sc_move.F
 125         stochfric.F
 126         test.F
 127         thread.F
 128         timing.F
 129         unres.F
 130         proc_proc.c
 131 )
 132
 133 #================================================
 134 # Set comipiler flags for different sourcefiles
 135 #================================================
 136 if (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 137   set(FFLAGS0 "-ip -w" )
 138   set(FFLAGS1 "-w -g -d2 -CA -CB" )
 139   set(FFLAGS2 "-w -g -00 ")
 140   #set(FFLAGS3 "-c -w -O3 -ipo -ipo_obj -opt_report" )
 141   set(FFLAGS3 "-w -ipo " )
 142 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "gfortran")
 143   set(FFLAGS0 "-std=legacy -I. " )
 144   set(FFLAGS1 "-std=legacy -g -I. " )
 145   set(FFLAGS2 "-std=legacy -I. ")
 146   #set(FFLAGS3 "-c -w -O3 -ipo -ipo_obj -opt_report" )
 147   set(FFLAGS3 "-std=legacy -I. " )
 148 endif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 149
 150
 151 # Add MPI compiler flags
 152 if(UNRES_WITH_MPI)
 153   set(FFLAGS0 "${FFLAGS0} -I${MPIF_INCLUDE_DIRECTORIES}")
 154   set(FFLAGS1 "${FFLAGS1} -I${MPIF_INCLUDE_DIRECTORIES}")
 155   set(FFLAGS2 "${FFLAGS2} -I${MPIF_INCLUDE_DIRECTORIES}")
 156   set(FFLAGS3 "${FFLAGS3} -I${MPIF_INCLUDE_DIRECTORIES}")
 157 endif(UNRES_WITH_MPI)
 158
 159 set_property(SOURCE ${UNRES_MD_SRC0} APPEND PROPERTY COMPILE_FLAGS ${FFLAGS0} )
 160 #set_property(SOURCE ${UNRES_MD_SRC1} PROPERTY COMPILE_FLAGS ${FFLAGS1} )
 161 #set_property(SOURCE ${UNRES_MD_SRC2} PROPERTY COMPILE_FLAGS ${FFLAGS2} )
 162 set_property(SOURCE ${UNRES_MD_SRC3} PROPERTY COMPILE_FLAGS ${FFLAGS3} )
 163
 164 #=========================================
 165 # Settings for GAB force field
 166 #=========================================
 167 if(UNRES_MD_FF STREQUAL "GAB" )
 168   # set preprocesor flags
 169   set(CPPFLAGS "PROCOR -DUNRES -DISNAN -DSPLITELE -DLANG0 -DCRYST_BOND -DCRYST_THETA -DCRYST_SC" )
 170
 171 #=========================================
 172 #  Settings for E0LL2Y force field
 173 #=========================================
 174 elseif(UNRES_MD_FF STREQUAL "E0LL2Y")
 175   # set preprocesor flags
 176   set(CPPFLAGS "PROCOR -DUNRES -DISNAN -DSPLITELE -DLANG0" )
 177 endif(UNRES_MD_FF STREQUAL "GAB")
 178
 179 #=========================================
 180 # System specific flags
 181 #=========================================
 182 if(${CMAKE_SYSTEM_NAME} MATCHES "Linux")
 183   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DLINUX")
 184 endif(${CMAKE_SYSTEM_NAME} MATCHES "Linux")
 185
 186 #=========================================
 187 # Compiler specific flags
 188 #=========================================
 189
 190 if (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 191   # Add ifort preprocessor flags
 192   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DPGI")
 193 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "f95")
 194   # Add new gfortran flags
 195   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DG77")
 196 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "gfortran")
 197   # Add old gfortran flags
 198   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DG77")
 199 endif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 200
 201 #=========================================
 202 # Add MPI preprocessor flags
 203 #=========================================
 204 if (UNRES_WITH_MPI)
 205   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DMP -DMPI")
 206 endif(UNRES_WITH_MPI)
 207
 208 #=========================================
 209 # Apply preprocesor flags to *.F files
 210 #=========================================
 211 set_property(SOURCE ${UNRES_MD_PP_SRC} PROPERTY COMPILE_DEFINITIONS ${CPPFLAGS} )
 212
 213
 214 #========================================
 215 #  Setting binary name
 216 #========================================
 217 if(UNRES_WITH_MPI)
 218   # binary with mpi
 219   set(UNRES_BIN "unres_${Fortran_COMPILER_NAME}_MPICH_${UNRES_MD_FF}.exe")
 220 else(UNRES_WITH_MPI)
 221   # binary without mpi
 222   set(UNRES_BIN "unres_${Fortran_COMPILER_NAME}_single_${UNRES_MD_FF}.exe")
 223 endif(UNRES_WITH_MPI)
 224
 225 #=========================================
 226 # cinfo.f workaround for cmake
 227 #=========================================
 228 # get the current date
 229 TODAY(DATE)
 230 # generate cinfo.f
 231
 232 set(CINFO "${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cinfo.f")
 233 FILE(WRITE ${CINFO}
 234 "C CMake generated file
 235        subroutine cinfo
 236        include 'COMMON.IOUNITS'
 237        write(iout,*)'++++ Compile info ++++'
 238        write(iout,*)'Version ${UNRES_MAJOR}.${UNRES_MINOR} build ${UNRES_PATCH}'
 239 ")
 240
 241 CINFO_FORMAT(${CINFO} "Compiled" "${DATE}" )
 242 CINFO_FORMAT(${CINFO} "Compiled by" "$ENV{USER}@$ENV{HOST}" )
 243 CINFO_FORMAT(${CINFO} "OS name:" "${CMAKE_SYSTEM_NAME}" )
 244 CINFO_FORMAT(${CINFO} "OS release:" "${CMAKE_SYSTEM}" )
 245 CINFO_FORMAT(${CINFO} "Fortran Compiler:" "${CMAKE_Fortran_COMPILER}" )
 246 CINFO_FORMAT(${CINFO} "MD Force field:" "${UNRES_MD_FF}" )
 247 CINFO_FORMAT(${CINFO} "CPPFLAGS =" "${CPPFLAGS}")
 248
 249 FILE(APPEND ${CINFO}
 250 "       write(iout,*)'++++ End of compile info ++++'
 251        return
 252        end ")
 253
 254 # add include path
 255 set_property(SOURCE ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cinfo.f PROPERTY COMPILE_FLAGS "${FFLAGS0} -I${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}")
 256
 257 #=========================================
 258 # Set full unres MD sources
 259 #=========================================
 260 set(UNRES_MD_SRCS ${UNRES_MD_SRC0} ${UNRES_MD_SRC3} ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cinfo.f )
 261
 262
 263 #=========================================
 264 # Build the binary
 265 #=========================================
 266 add_executable(UNRES_BIN-MD ${UNRES_MD_SRCS} )
 267 set_target_properties(UNRES_BIN-MD PROPERTIES OUTPUT_NAME ${UNRES_BIN})
 268 #set_property(TARGET ${UNRES_BIN} PROPERTY RUNTIME_OUTPUT_DIRECTORY ${CMAKE_BINARY_DIR}/bin/unres/MD )
 269 #add_dependencies (${UNRES_BIN} ${UNRES_XDRFLIB})
 270
 271
 272 #=========================================
 273 # Link libraries
 274 #=========================================
 275 # link MPI library (libmpich.a)
 276 if(UNRES_WITH_MPI)
 277   target_link_libraries( UNRES_BIN-MD ${MPIF_LIBRARIES} )
 278 endif(UNRES_WITH_MPI)
 279 # link libxdrf.a
 280 #message("UNRES_XDRFLIB=${UNRES_XDRFLIB}")
 281 target_link_libraries( UNRES_BIN-MD xdrf )
 282
 283 #=========================================
 284 # TESTS
 285 #=========================================
 286
 287 #-- Copy all the data files from the test directory into the source directory
 288 #SET(UNRES_TEST_FILES
 289 #       ala10.inp
 290 #    )
 291
 292 #FOREACH (UNRES_TEST_FILE ${UNRES_TEST_FILES})
 293 #      SET (unres_test_dest "${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/${UNRES_TEST_FILE}")
 294 #      MESSAGE (STATUS " Copying ${UNRES_TEST_FILE} from ${CMAKE_SOURCE_DIR}/examples/unres/MD/ff_gab/${UNRES_TEST_FILE} to ${unres_test_dest}")
 295 #      ADD_CUSTOM_COMMAND (
 296 #          TARGET     ${UNRES_BIN}
 297 #          POST_BUILD
 298 #          COMMAND    ${CMAKE_COMMAND} -E copy ${CMAKE_SOURCE_DIR}/examples/unres/MD/ff_gab/${UNRES_TEST_FILE} ${unres_test_dest}
 299 #      )
 300 #ENDFOREACH (UNRES_TEST_FILE ${UNRES_TEST_FILES})
 301
 302 #=========================================
 303 # Generate data test files
 304 #=========================================
 305 #  test_single_ala.sh
 306 #=========================================
 307
 308 FILE(WRITE ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/scripts/test_single_ala.sh
 309 "#!/bin/sh
 310 export POT=GB
 311 export PREFIX=ala10
 312 #-----------------------------------------------------------------------------
 313 UNRES_BIN=./${UNRES_BIN}
 314 #-----------------------------------------------------------------------------
 315 DD=${CMAKE_SOURCE_DIR}/PARAM
 316 export BONDPAR=$DD/bond.parm
 317 export THETPAR=$DD/thetaml.5parm
 318 export ROTPAR=$DD/scgauss.parm
 319 export TORPAR=$DD/torsion_631Gdp.parm
 320 export TORDPAR=$DD/torsion_double_631Gdp.parm
 321 export ELEPAR=$DD/electr_631Gdp.parm
 322 export SIDEPAR=$DD/sc_GB_opt.1gab_3S_qclass5no310-shan2-sc-16-10-8k
 323 export FOURIER=$DD/fourier_opt.parm.1igd_hc_iter3_3
 324 export SCPPAR=$DD/scp.parm
 325 export SCCORPAR=$DD/sccor_pdb_shelly.dat
 326 export PATTERN=$DD/patterns.cart
 327 #-----------------------------------------------------------------------------
 328 $UNRES_BIN
 329 ")
 330
 331 #
 332 # File permissions workaround
 333 #
 334 FILE(   COPY ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/scripts/test_single_ala.sh
 335         DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}
 336         FILE_PERMISSIONS OWNER_READ OWNER_WRITE OWNER_EXECUTE GROUP_READ GROUP_EXECUTE WORLD_READ WORLD_EXECUTE
 337 )
 338
 339
 340
 341 #=========================================
 342 #  ala10.inp
 343 #=========================================
 344
 345 file(WRITE ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/ala10.inp
 346 "ala10 unblocked
 347 SEED=-1111333 MD ONE_LETTER rescale_mode=2
 348 nstep=15000 ntwe=100 ntwx=1000 dt=0.1 lang=0 tbf t_bath=300 damax=1.0          &
 349 reset_moment=1000 reset_vel=1000
 350 WLONG=1.35279 WSCP=1.59304 WELEC=0.71534 WBOND=1.00000 WANG=1.13873            &
 351 WSCLOC=0.16258 WTOR=1.98599 WTORD=1.57069 WCORRH=0.42887 WCORR5=0.00000        &
 352 WCORR6=0.00000 WEL_LOC=0.16036 WTURN3=1.68722 WTURN4=0.66230 WTURN6=0.00000    &
 353 WVDWPP=0.11371 WHPB=1.00000                                                    &
 354 CUTOFF=7.00000 WCORR4=0.00000
 355 12
 356 XAAAAAAAAAAX
 357  0
 358  0
 359    90.0000   90.0000   90.0000  90.000   90.000   90.000   90.000   90.000
 360    90.0000   90.0000
 361   180.0000  180.0000  180.0000 180.000  180.000  180.000  180.000  180.000
 362   180.0000
 363   110.0000  110.0000  110.0000 100.000  110.000  100.000  110.000  110.000
 364   110.0000  110.0000
 365  -120.0000 -120.0000 -120.000 -120.000 -120.000 -120.000 -120.000 -120.000
 366  -120.0000 -120.0000
 367 ")
 368
 369
 370 # Add tests
 371
 372 if(NOT UNRES_WITH_MPI)
 373
 374   add_test(NAME UNRES_MD_Ala10 COMMAND sh ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/test_single_ala.sh )
 375
 376 else(NOT UNRES_WITH_MPI)
 377
 378
 379   add_test(NAME UNRES_MD_MPI_Ala10 COMMAND mpiexec -boot ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/test_single_ala.sh )
 380
 381 endif(NOT UNRES_WITH_MPI)
 382