source/unres/src_MD/CMakeLists.txt

   1 #
   2 # CMake project file for UNRES with MD for single chains
   3 #
   4
   5 enable_language (Fortran)
   6
   7 #================================
   8 # build the xdrf library
   9 #================================
  10 add_subdirectory(xdrf)
  11
  12 #================================
  13 # Set source file lists
  14 #================================
  15 set(UNRES_MD_SRC0 unres.F arcos.f cartprint.f chainbuild.F convert.f
  16         initialize_p.F matmult.f readrtns.F parmread.F gen_rand_conf.F
  17         printmat.f map.f pinorm.f randgens.f rescode.f intcor.f timing.F
  18         misc.f intlocal.f cartder.F checkder_p.F econstr_local.F
  19         minimize_p.F sumsld.f cored.f rmdd.f geomout.F readpdb.F regularize.F
  20         thread.F fitsq.f mcm.F mc.F bond_move.f refsys.f check_sc_distr.f
  21         check_bond.f contact.f djacob.f eigen.f blas.f add.f entmcm.F
  22         minim_mcmf.F MP.F compare_s1.F prng_32.F banach.f rmsd.F elecont.f dihed_cons.F sc_move.F
  23         local_move.f intcartderiv.F lagrangian_lesyng.F stochfric.F kinetic_lesyng.f MD_A-MTS.F moments.f
  24         int_to_cart.f surfatom.f sort.f muca_md.f MREMD.F rattle.F gauss.f energy_split-sep.F
  25         q_measure.F gnmr1.f test.F )
  26
  27 set(UNRES_MD_SRC3 energy_p_new_barrier.F energy_p_new-sep_barrier.F gradient_p.F )
  28
  29 set(UNRES_MD_PP_SRC cartder.F chainbuild.F checkder_p.F compare_s1.F dihed_cons.F econstr_local.F
  30         energy_p_new_barrier.F energy_p_new-sep_barrier.F energy_split-sep.F entmcm.F gen_rand_conf.F
  31         geomout.F gradient_p.F initialize_p.F intcartderiv.F lagrangian_lesyng.F mc.F mcm.F MD_A-MTS.F
  32         minimize_p.F minim_mcmf.F MP.F MREMD.F parmread.F prng_32.F q_measure1.F q_measure3.F q_measure.F
  33         rattle.F readpdb.F readrtns.F regularize.F rmsd.F sc_move.F stochfric.F test.F thread.F timing.F
  34         unres.F )
  35
  36
  37 #================================================
  38 # Set comipiler flags for different sourcefiles
  39 #================================================
  40 if (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
  41   set(FFLAGS0 "-c -ip -w" )
  42   set(FFLAGS1 "-c -w -g -d2 -CA -CB" )
  43   set(FFLAGS2 "-c -w -g -00 ")
  44   #set(FFLAGS3 "-c -w -O3 -ipo -ipo_obj -opt_report" )
  45   set(FFLAGS3 "-c -w -ipo " )
  46 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "gfortran")
  47   set(FFLAGS0 "-c -I. " )
  48   set(FFLAGS1 "-c -g -I. " )
  49   set(FFLAGS2 "-c -I. ")
  50   #set(FFLAGS3 "-c -w -O3 -ipo -ipo_obj -opt_report" )
  51   set(FFLAGS3 "-c -I. " )
  52 endif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
  53
  54
  55 # Add MPI compiler flags
  56 if(UNRES_WITH_MPI)
  57   set(FFLAGS0 "${FFLAGS0} -I${MPIF_INCLUDE_DIRECTORIES}")
  58   set(FFLAGS1 "${FFLAGS1} -I${MPIF_INCLUDE_DIRECTORIES}")
  59   set(FFLAGS2 "${FFLAGS2} -I${MPIF_INCLUDE_DIRECTORIES}")
  60   set(FFLAGS3 "${FFLAGS3} -I${MPIF_INCLUDE_DIRECTORIES}")
  61 endif(UNRES_WITH_MPI)
  62
  63 set_property(SOURCE ${UNRES_MD_SRC0} APPEND PROPERTY COMPILE_FLAGS ${FFLAGS0} )
  64 #set_property(SOURCE ${UNRES_MD_SRC1} PROPERTY COMPILE_FLAGS ${FFLAGS1} )
  65 #set_property(SOURCE ${UNRES_MD_SRC2} PROPERTY COMPILE_FLAGS ${FFLAGS2} )
  66 set_property(SOURCE ${UNRES_MD_SRC3} PROPERTY COMPILE_FLAGS ${FFLAGS3} )
  67
  68 #=========================================
  69 # Settings for GAB force field
  70 #=========================================
  71 if(UNRES_FF STREQUAL "GAB" )
  72   # set preprocesor flags
  73   set(CPPFLAGS "PROCOR -DLINUX -DUNRES -DISNAN -DSPLITELE -DLANGO -DCRYST_BOND -DCRYST_THETA -DCRYST_SC" )
  74
  75   if (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
  76     # Add ifort preprocessor flags
  77     set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DPGI")
  78   elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "gfortran")
  79     # Add gfortran flags
  80     set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DG77")
  81   endif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
  82
  83 #=========================================
  84 #  Settings for E0LL2Y force field
  85 #=========================================
  86 elseif(UNRES_FF STREQUAL "E0LL2Y")
  87   # set preprocesor flags
  88   set(CPPFLAGS "PROCOR -DLINUX -DUNRES -DISNAN -DSPLITELE -DLANG0" )
  89
  90   if (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
  91     # Add ifort preprocessor flags
  92     set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DPGI")
  93   endif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
  94
  95 endif(UNRES_FF STREQUAL "GAB")
  96
  97 # Add MPI preprocessor flags
  98 if (UNRES_WITH_MPI)
  99   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DMP -DMPI")
 100 endif(UNRES_WITH_MPI)
 101
 102 # Apply preprocesor flags to *.F files
 103 set_property(SOURCE ${UNRES_MD_PP_SRC} PROPERTY COMPILE_DEFINITIONS ${CPPFLAGS} )
 104
 105
 106 #========================================
 107 #  Setting binary name
 108 #========================================
 109 if(UNRES_WITH_MPI)
 110   # binary with mpi
 111   set(UNRES_BIN "unres_${Fortran_COMPILER_NAME}_MPICH_${UNRES_FF}.exe")
 112 else(UNRES_WITH_MPI)
 113   # binary without mpi
 114   set(UNRES_BIN "unres_${Fortran_COMPILER_NAME}_single_${UNRES_FF}.exe")
 115 endif(UNRES_WITH_MPI)
 116
 117 #=========================================
 118 # cinfo.f stupid workaround for cmake
 119 #  - shame on me ]:)
 120 #=========================================
 121 set_property(SOURCE compinfo.c PROPERTY CMAKE_C_FLAGS "-c" )
 122 add_executable(compinfo compinfo.c)
 123 set(UNRES_CINFO_DIR "${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}" )
 124 add_custom_command(OUTPUT ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cinfo.f
 125         COMMAND ${CMAKE_COMMAND} -E copy ${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/cinfo.f ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cinfo.f
 126         COMMAND ${CMAKE_COMMAND} -E copy ${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/COMMON.IOUNITS ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/COMMON.IOUNITS
 127         COMMAND ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/compinfo | true
 128         DEPENDS ${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/cinfo.f )
 129 set_property(SOURCE ${UNRES_CINFO_DIR}/cinfo.f PROPERTY COMPILE_FLAGS ${FFLAGS0} )
 130
 131 #=========================================
 132 # Set full unres MD sources
 133 #=========================================
 134 set(UNRES_MD_SRCS ${UNRES_MD_SRC0} ${UNRES_MD_SRC3} ${UNRES_CINFO_DIR}/cinfo.f )
 135
 136
 137
 138 #=========================================
 139 # Build the binary
 140 #=========================================
 141 add_executable(${UNRES_BIN} ${UNRES_MD_SRCS} )
 142 #set_property(TARGET ${UNRES_BIN} PROPERTY RUNTIME_OUTPUT_DIRECTORY ${CMAKE_BINARY_DIR}/bin/unres/MD )
 143 #add_dependencies (${UNRES_BIN} ${UNRES_XDRFLIB})
 144
 145 #=========================================
 146 # Link libraries
 147 #=========================================
 148 # link MPI library (libmpich.a)
 149 if(UNRES_WITH_MPI)
 150   target_link_libraries( ${UNRES_BIN} ${MPIF_LIBRARIES} )
 151 endif(UNRES_WITH_MPI)
 152 # link libxdrf.a
 153 #message("UNRES_XDRFLIB=${UNRES_XDRFLIB}")
 154 target_link_libraries( ${UNRES_BIN} xdrf )
 155
 156 #=========================================
 157 # TESTS
 158 #=========================================
 159
 160 #-- Copy all the data files from the test directory into the source directory
 161 #SET(UNRES_TEST_FILES
 162 #       ala10.inp
 163 #    )
 164
 165 #FOREACH (UNRES_TEST_FILE ${UNRES_TEST_FILES})
 166 #      SET (unres_test_dest "${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/${UNRES_TEST_FILE}")
 167 #      MESSAGE (STATUS " Copying ${UNRES_TEST_FILE} from ${CMAKE_SOURCE_DIR}/examples/unres/MD/ff_gab/${UNRES_TEST_FILE} to ${unres_test_dest}")
 168 #      ADD_CUSTOM_COMMAND (
 169 #          TARGET     ${UNRES_BIN}
 170 #          POST_BUILD
 171 #          COMMAND    ${CMAKE_COMMAND} -E copy ${CMAKE_SOURCE_DIR}/examples/unres/MD/ff_gab/${UNRES_TEST_FILE} ${unres_test_dest}
 172 #      )
 173 #ENDFOREACH (UNRES_TEST_FILE ${UNRES_TEST_FILES})
 174
 175 #=========================================
 176 # Generate data test files
 177 #=========================================
 178 #  test_single_ala.sh
 179 #=========================================
 180
 181 FILE(WRITE ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/test_single_ala.sh
 182 "#!/bin/sh
 183 export POT=GB
 184 export PREFIX=ala10
 185 #-----------------------------------------------------------------------------
 186 UNRES_BIN=${UNRES_BIN}
 187 #-----------------------------------------------------------------------------
 188 DD=${CMAKE_SOURCE_DIR}/PARAM
 189 export BONDPAR=$DD/bond.parm
 190 export THETPAR=$DD/thetaml.5parm
 191 export ROTPAR=$DD/scgauss.parm
 192 export TORPAR=$DD/torsion_631Gdp.parm
 193 export TORDPAR=$DD/torsion_double_631Gdp.parm
 194 export ELEPAR=$DD/electr_631Gdp.parm
 195 export SIDEPAR=$DD/sc_GB_opt.1gab_3S_qclass5no310-shan2-sc-16-10-8k
 196 export FOURIER=$DD/fourier_opt.parm.1igd_hc_iter3_3
 197 export SCPPAR=$DD/scp.parm
 198 export SCCORPAR=$DD/rotcorr_AM1.parm
 199 export PATTERN=$DD/patterns.cart
 200 #-----------------------------------------------------------------------------
 201 $UNRES_BIN
 202 ")
 203
 204 #=========================================
 205 #  ala10.inp
 206 #=========================================
 207
 208 file(WRITE ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/ala10.inp
 209 "ala10 unblocked
 210 SEED=-1111333 MD ONE_LETTER rescale_mode=2 PDBOUT
 211 nstep=15000 ntwe=100 ntwx=1000 dt=0.1 lang=0 tbf t_bath=300 damax=1.0          &
 212 reset_moment=1000 reset_vel=1000 MDPDB
 213 WLONG=1.35279 WSCP=1.59304 WELEC=0.71534 WBOND=1.00000 WANG=1.13873            &
 214 WSCLOC=0.16258 WTOR=1.98599 WTORD=1.57069 WCORRH=0.42887 WCORR5=0.00000        &
 215 WCORR6=0.00000 WEL_LOC=0.16036 WTURN3=1.68722 WTURN4=0.66230 WTURN6=0.00000    &
 216 WVDWPP=0.11371 WHPB=1.00000                                                    &
 217 CUTOFF=7.00000 WCORR4=0.00000
 218 12
 219 XAAAAAAAAAAX
 220  0
 221  0
 222    90.0000   90.0000   90.0000  90.000   90.000   90.000   90.000   90.000
 223    90.0000   90.0000
 224   180.0000  180.0000  180.0000 180.000  180.000  180.000  180.000  180.000
 225   180.0000
 226   110.0000  110.0000  110.0000 100.000  110.000  100.000  110.000  110.000
 227   110.0000  110.0000
 228  -120.0000 -120.0000 -120.000 -120.000 -120.000 -120.000 -120.000 -120.000
 229  -120.0000 -120.0000
 230 ")
 231
 232
 233 # Add tests
 234
 235 if(NOT UNRES_WITH_MPI)
 236
 237   add_test(NAME UNRES_MD_Ala10 COMMAND sh ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/test_single_ala.sh )
 238
 239 endif(NOT UNRES_WITH_MPI)
 240