source/unres/src_MD/CMakeLists.txt

   1 #
   2 # CMake project file for UNRES with MD for single chains
   3 #
   4
   5 enable_language (Fortran)
   6
   7
   8 #================================
   9 # Set source file lists
  10 #================================
  11 set(UNRES_MD_SRC0
  12         add.f
  13         arcos.f
  14         banach.f
  15         blas.f
  16         bond_move.f
  17         cartder.F
  18         cartprint.f
  19         check_sc_distr.f
  20         check_bond.f
  21         chainbuild.F
  22         checkder_p.F
  23         compare_s1.F
  24         contact.f
  25         convert.f
  26         cored.f
  27         dihed_cons.F
  28         djacob.f
  29         econstr_local.F
  30         eigen.f
  31         elecont.f
  32         energy_split-sep.F
  33         entmcm.F
  34         fitsq.f
  35         gauss.f
  36         gen_rand_conf.F
  37         geomout.F
  38         gnmr1.f
  39         intcartderiv.F
  40         initialize_p.F
  41         int_to_cart.f
  42         intcor.f
  43         intlocal.f
  44         kinetic_lesyng.f
  45         lagrangian_lesyng.F
  46         local_move.f
  47         map.f
  48         matmult.f
  49         mc.F
  50         mcm.F
  51         MD_A-MTS.F
  52         minimize_p.F
  53         minim_mcmf.F
  54         misc.f
  55         moments.f
  56         MP.F
  57         MREMD.F
  58         muca_md.f
  59         parmread.F
  60         pinorm.f
  61         printmat.f
  62         prng_32.F
  63         q_measure.F
  64         randgens.f
  65         rattle.F
  66         readpdb.F
  67         readrtns.F
  68         refsys.f
  69         regularize.F
  70         rescode.f
  71         rmdd.f
  72         rmsd.F
  73         sc_move.F
  74         sort.f
  75         stochfric.F
  76         sumsld.f
  77         surfatom.f
  78         test.F
  79         timing.F
  80         thread.F
  81         unres.F
  82 )
  83
  84 set(UNRES_MD_SRC3
  85         energy_p_new_barrier.F
  86         energy_p_new-sep_barrier.F
  87         gradient_p.F )
  88
  89 set(UNRES_MD_PP_SRC
  90         cartder.F
  91         chainbuild.F
  92         checkder_p.F
  93         compare_s1.F
  94         dihed_cons.F
  95         econstr_local.F
  96         energy_p_new_barrier.F
  97         energy_p_new-sep_barrier.F
  98         energy_split-sep.F
  99         entmcm.F
 100         gen_rand_conf.F
 101         geomout.F
 102         gradient_p.F
 103         initialize_p.F
 104         intcartderiv.F
 105         lagrangian_lesyng.F
 106         mc.F
 107         mcm.F
 108         MD_A-MTS.F
 109         minimize_p.F
 110         minim_mcmf.F
 111         MP.F
 112         MREMD.F
 113         parmread.F
 114         prng_32.F
 115         q_measure1.F
 116         q_measure3.F
 117         q_measure.F
 118         rattle.F
 119         readpdb.F
 120         readrtns.F
 121         regularize.F
 122         rmsd.F
 123         sc_move.F
 124         stochfric.F
 125         test.F
 126         thread.F
 127         timing.F
 128         unres.F
 129         proc_proc.c
 130 )
 131
 132
 133 #================================================
 134 # Set comipiler flags for different sourcefiles
 135 #================================================
 136 if (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 137   set(FFLAGS0 "-ip -w" )
 138   set(FFLAGS1 "-w -g -d2 -CA -CB" )
 139   set(FFLAGS2 "-w -g -00 ")
 140   #set(FFLAGS3 "-c -w -O3 -ipo -ipo_obj -opt_report" )
 141   set(FFLAGS3 "-w -ipo " )
 142 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "gfortran")
 143   set(FFLAGS0 "-I. " )
 144   set(FFLAGS1 "-g -I. " )
 145   set(FFLAGS2 "-I. ")
 146   #set(FFLAGS3 "-c -w -O3 -ipo -ipo_obj -opt_report" )
 147   set(FFLAGS3 "-I. " )
 148 endif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 149
 150
 151 # Add MPI compiler flags
 152 if(UNRES_WITH_MPI)
 153   set(FFLAGS0 "${FFLAGS0} -I${MPIF_INCLUDE_DIRECTORIES}")
 154   set(FFLAGS1 "${FFLAGS1} -I${MPIF_INCLUDE_DIRECTORIES}")
 155   set(FFLAGS2 "${FFLAGS2} -I${MPIF_INCLUDE_DIRECTORIES}")
 156   set(FFLAGS3 "${FFLAGS3} -I${MPIF_INCLUDE_DIRECTORIES}")
 157 endif(UNRES_WITH_MPI)
 158
 159 set_property(SOURCE ${UNRES_MD_SRC0} APPEND PROPERTY COMPILE_FLAGS ${FFLAGS0} )
 160 #set_property(SOURCE ${UNRES_MD_SRC1} PROPERTY COMPILE_FLAGS ${FFLAGS1} )
 161 #set_property(SOURCE ${UNRES_MD_SRC2} PROPERTY COMPILE_FLAGS ${FFLAGS2} )
 162 set_property(SOURCE ${UNRES_MD_SRC3} PROPERTY COMPILE_FLAGS ${FFLAGS3} )
 163
 164 #=========================================
 165 # Settings for GAB force field
 166 #=========================================
 167 if(UNRES_MD_FF STREQUAL "GAB" )
 168   # set preprocesor flags
 169   set(CPPFLAGS "PROCOR -DUNRES -DISNAN -DSPLITELE -DLANG0 -DCRYST_BOND -DCRYST_THETA -DCRYST_SC" )
 170
 171 #=========================================
 172 #  Settings for E0LL2Y force field
 173 #=========================================
 174 elseif(UNRES_MD_FF STREQUAL "E0LL2Y")
 175   # set preprocesor flags
 176   set(CPPFLAGS "PROCOR -DUNRES -DISNAN -DSPLITELE -DLANG0" )
 177 endif(UNRES_MD_FF STREQUAL "GAB")
 178
 179 #=========================================
 180 # System specific flags
 181 #=========================================
 182 if(${CMAKE_SYSTEM_NAME} MATCHES "Linux")
 183   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DLINUX")
 184 endif(${CMAKE_SYSTEM_NAME} MATCHES "Linux")
 185
 186 #=========================================
 187 # Compiler specific flags
 188 #=========================================
 189
 190 if (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 191   # Add ifort preprocessor flags
 192   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DPGI")
 193 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "f95")
 194   # Add new gfortran flags
 195   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DG77")
 196 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "gfortran")
 197   # Add old gfortran flags
 198   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DG77")
 199 endif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 200
 201 #=========================================
 202 # Add MPI preprocessor flags
 203 #=========================================
 204 if (UNRES_WITH_MPI)
 205   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DMP -DMPI")
 206 endif(UNRES_WITH_MPI)
 207
 208 # Apply preprocesor flags to *.F files
 209 set_property(SOURCE ${UNRES_MD_PP_SRC} PROPERTY COMPILE_DEFINITIONS ${CPPFLAGS} )
 210
 211
 212 #========================================
 213 #  Setting binary name
 214 #========================================
 215 if(UNRES_WITH_MPI)
 216   # binary with mpi
 217   set(UNRES_BIN "unres_${Fortran_COMPILER_NAME}_MPICH_${UNRES_FF}.exe")
 218 else(UNRES_WITH_MPI)
 219   # binary without mpi
 220   set(UNRES_BIN "unres_${Fortran_COMPILER_NAME}_single_${UNRES_FF}.exe")
 221 endif(UNRES_WITH_MPI)
 222
 223 #=========================================
 224 # cinfo.f stupid workaround for cmake
 225 #  - shame on me ]:)
 226 #=========================================
 227 set_property(SOURCE compinfo.c PROPERTY CMAKE_C_FLAGS "-c" )
 228 add_executable(compinfo-md compinfo.c)
 229 set_target_properties(compinfo-md PROPERTIES OUTPUT_NAME compinfo)
 230
 231 set(UNRES_CINFO_DIR "${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}" )
 232 add_custom_command(OUTPUT ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cinfo.f
 233         COMMAND ${CMAKE_COMMAND} -E copy ${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/cinfo.f ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cinfo.f
 234         COMMAND ${CMAKE_COMMAND} -E copy ${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/COMMON.IOUNITS ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/COMMON.IOUNITS
 235         COMMAND ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/compinfo | true
 236         DEPENDS compinfo-md )
 237 set_property(SOURCE ${UNRES_CINFO_DIR}/cinfo.f PROPERTY COMPILE_FLAGS ${FFLAGS0} )
 238
 239 #=========================================
 240 # Set full unres MD sources
 241 #=========================================
 242 set(UNRES_MD_SRCS ${UNRES_MD_SRC0} ${UNRES_MD_SRC3} ${UNRES_CINFO_DIR}/cinfo.f )
 243
 244
 245 #=========================================
 246 # Build the binary
 247 #=========================================
 248 add_executable(UNRES_BIN-MD ${UNRES_MD_SRCS} )
 249 set_target_properties(UNRES_BIN-MD PROPERTIES OUTPUT_NAME ${UNRES_BIN})
 250 #set_property(TARGET ${UNRES_BIN} PROPERTY RUNTIME_OUTPUT_DIRECTORY ${CMAKE_BINARY_DIR}/bin/unres/MD )
 251 #add_dependencies (${UNRES_BIN} ${UNRES_XDRFLIB})
 252
 253
 254 #=========================================
 255 # Link libraries
 256 #=========================================
 257 # link MPI library (libmpich.a)
 258 if(UNRES_WITH_MPI)
 259   target_link_libraries( UNRES_BIN-MD ${MPIF_LIBRARIES} )
 260 endif(UNRES_WITH_MPI)
 261 # link libxdrf.a
 262 #message("UNRES_XDRFLIB=${UNRES_XDRFLIB}")
 263 target_link_libraries( UNRES_BIN-MD xdrf )
 264
 265 #=========================================
 266 # TESTS
 267 #=========================================
 268
 269 #-- Copy all the data files from the test directory into the source directory
 270 #SET(UNRES_TEST_FILES
 271 #       ala10.inp
 272 #    )
 273
 274 #FOREACH (UNRES_TEST_FILE ${UNRES_TEST_FILES})
 275 #      SET (unres_test_dest "${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/${UNRES_TEST_FILE}")
 276 #      MESSAGE (STATUS " Copying ${UNRES_TEST_FILE} from ${CMAKE_SOURCE_DIR}/examples/unres/MD/ff_gab/${UNRES_TEST_FILE} to ${unres_test_dest}")
 277 #      ADD_CUSTOM_COMMAND (
 278 #          TARGET     ${UNRES_BIN}
 279 #          POST_BUILD
 280 #          COMMAND    ${CMAKE_COMMAND} -E copy ${CMAKE_SOURCE_DIR}/examples/unres/MD/ff_gab/${UNRES_TEST_FILE} ${unres_test_dest}
 281 #      )
 282 #ENDFOREACH (UNRES_TEST_FILE ${UNRES_TEST_FILES})
 283
 284 #=========================================
 285 # Generate data test files
 286 #=========================================
 287 #  test_single_ala.sh
 288 #=========================================
 289
 290 FILE(WRITE ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/test_single_ala.sh
 291 "#!/bin/sh
 292 export POT=GB
 293 export PREFIX=ala10
 294 #-----------------------------------------------------------------------------
 295 UNRES_BIN=./${UNRES_BIN}
 296 #-----------------------------------------------------------------------------
 297 DD=${CMAKE_SOURCE_DIR}/PARAM
 298 export BONDPAR=$DD/bond.parm
 299 export THETPAR=$DD/thetaml.5parm
 300 export ROTPAR=$DD/scgauss.parm
 301 export TORPAR=$DD/torsion_631Gdp.parm
 302 export TORDPAR=$DD/torsion_double_631Gdp.parm
 303 export ELEPAR=$DD/electr_631Gdp.parm
 304 export SIDEPAR=$DD/sc_GB_opt.1gab_3S_qclass5no310-shan2-sc-16-10-8k
 305 export FOURIER=$DD/fourier_opt.parm.1igd_hc_iter3_3
 306 export SCPPAR=$DD/scp.parm
 307 export SCCORPAR=$DD/rotcorr_AM1.parm
 308 export PATTERN=$DD/patterns.cart
 309 #-----------------------------------------------------------------------------
 310 $UNRES_BIN
 311 ")
 312
 313 #=========================================
 314 #  ala10.inp
 315 #=========================================
 316
 317 file(WRITE ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/ala10.inp
 318 "ala10 unblocked
 319 SEED=-1111333 MD ONE_LETTER rescale_mode=2 PDBOUT
 320 nstep=15000 ntwe=100 ntwx=1000 dt=0.1 lang=0 tbf t_bath=300 damax=1.0          &
 321 reset_moment=1000 reset_vel=1000 MDPDB
 322 WLONG=1.35279 WSCP=1.59304 WELEC=0.71534 WBOND=1.00000 WANG=1.13873            &
 323 WSCLOC=0.16258 WTOR=1.98599 WTORD=1.57069 WCORRH=0.42887 WCORR5=0.00000        &
 324 WCORR6=0.00000 WEL_LOC=0.16036 WTURN3=1.68722 WTURN4=0.66230 WTURN6=0.00000    &
 325 WVDWPP=0.11371 WHPB=1.00000                                                    &
 326 CUTOFF=7.00000 WCORR4=0.00000
 327 12
 328 XAAAAAAAAAAX
 329  0
 330  0
 331    90.0000   90.0000   90.0000  90.000   90.000   90.000   90.000   90.000
 332    90.0000   90.0000
 333   180.0000  180.0000  180.0000 180.000  180.000  180.000  180.000  180.000
 334   180.0000
 335   110.0000  110.0000  110.0000 100.000  110.000  100.000  110.000  110.000
 336   110.0000  110.0000
 337  -120.0000 -120.0000 -120.000 -120.000 -120.000 -120.000 -120.000 -120.000
 338  -120.0000 -120.0000
 339 ")
 340
 341
 342 # Add tests
 343
 344 if(NOT UNRES_WITH_MPI)
 345
 346   add_test(NAME UNRES_MD_Ala10 COMMAND sh ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/test_single_ala.sh )
 347
 348
 349 endif(NOT UNRES_WITH_MPI)
 350