source/unres/src_MD/CMakeLists.txt

   1 #
   2 # CMake project file for UNRES with MD for single chains
   3 #
   4
   5 enable_language (Fortran)
   6
   7
   8 #================================
   9 # Set source file lists
  10 #================================
  11 set(UNRES_MD_SRC0
  12         add.f
  13         arcos.f
  14         banach.f
  15         blas.f
  16         bond_move.f
  17         cartder.F
  18         cartprint.f
  19         check_sc_distr.f
  20         check_bond.f
  21         chainbuild.F
  22         checkder_p.F
  23         compare_s1.F
  24         contact.f
  25         convert.f
  26         cored.f
  27         dihed_cons.F
  28         djacob.f
  29         econstr_local.F
  30         eigen.f
  31         elecont.f
  32         energy_split-sep.F
  33         entmcm.F
  34         fitsq.f
  35         gauss.f
  36         gen_rand_conf.F
  37         geomout.F
  38         gnmr1.f
  39         intcartderiv.F
  40         initialize_p.F
  41         int_to_cart.f
  42         intcor.f
  43         intlocal.f
  44         kinetic_lesyng.f
  45         lagrangian_lesyng.F
  46         local_move.f
  47         map.f
  48         matmult.f
  49         mc.F
  50         mcm.F
  51         MD_A-MTS.F
  52         minimize_p.F
  53         minim_mcmf.F
  54         misc.f
  55         moments.f
  56         MP.F
  57         MREMD.F
  58         muca_md.f
  59         parmread.F
  60         pinorm.f
  61         printmat.f
  62         q_measure.F
  63         randgens.f
  64         rattle.F
  65         readpdb.F
  66         readrtns.F
  67         refsys.f
  68         regularize.F
  69         rescode.f
  70         rmdd.f
  71         rmsd.F
  72         sc_move.F
  73         sort.f
  74         stochfric.F
  75         sumsld.f
  76         surfatom.f
  77         test.F
  78         timing.F
  79         thread.F
  80         unres.F
  81 )
  82
  83 if(Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
  84   set(UNRES_MD_SRC0 ${UNRES_MD_SRC0} prng.f )
  85 else()
  86   set(UNRES_MD_SRC0 ${UNRES_MD_SRC0} prng_32.F )
  87 endif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
  88
  89
  90 set(UNRES_MD_SRC3
  91         energy_p_new_barrier.F
  92         energy_p_new-sep_barrier.F
  93         gradient_p.F )
  94
  95 set(UNRES_MD_PP_SRC
  96         cartder.F
  97         chainbuild.F
  98         checkder_p.F
  99         compare_s1.F
 100         dihed_cons.F
 101         econstr_local.F
 102         energy_p_new_barrier.F
 103         energy_p_new-sep_barrier.F
 104         energy_split-sep.F
 105         entmcm.F
 106         gen_rand_conf.F
 107         geomout.F
 108         gradient_p.F
 109         initialize_p.F
 110         intcartderiv.F
 111         lagrangian_lesyng.F
 112         mc.F
 113         mcm.F
 114         MD_A-MTS.F
 115         minimize_p.F
 116         minim_mcmf.F
 117         MP.F
 118         MREMD.F
 119         parmread.F
 120         q_measure1.F
 121         q_measure3.F
 122         q_measure.F
 123         rattle.F
 124         readpdb.F
 125         readrtns.F
 126         regularize.F
 127         rmsd.F
 128         sc_move.F
 129         stochfric.F
 130         test.F
 131         thread.F
 132         timing.F
 133         unres.F
 134         proc_proc.c
 135 )
 136
 137
 138 if(NOT Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 139   set(UNRES_MD_PP_SRC ${UNRES_MD_PP_SRC} prng_32.F)
 140 endif(NOT Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 141
 142 #================================================
 143 # Set comipiler flags for different sourcefiles
 144 #================================================
 145 if (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 146   set(FFLAGS0 "-ip -w" )
 147   set(FFLAGS1 "-w -g -d2 -CA -CB" )
 148   set(FFLAGS2 "-w -g -00 ")
 149   #set(FFLAGS3 "-c -w -O3 -ipo -ipo_obj -opt_report" )
 150   set(FFLAGS3 "-w -ipo " )
 151 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "gfortran")
 152   set(FFLAGS0 "-I. " )
 153   set(FFLAGS1 "-g -I. " )
 154   set(FFLAGS2 "-I. ")
 155   #set(FFLAGS3 "-c -w -O3 -ipo -ipo_obj -opt_report" )
 156   set(FFLAGS3 "-I. " )
 157 endif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 158
 159
 160 # Add MPI compiler flags
 161 if(UNRES_WITH_MPI)
 162   set(FFLAGS0 "${FFLAGS0} -I${MPIF_INCLUDE_DIRECTORIES}")
 163   set(FFLAGS1 "${FFLAGS1} -I${MPIF_INCLUDE_DIRECTORIES}")
 164   set(FFLAGS2 "${FFLAGS2} -I${MPIF_INCLUDE_DIRECTORIES}")
 165   set(FFLAGS3 "${FFLAGS3} -I${MPIF_INCLUDE_DIRECTORIES}")
 166 endif(UNRES_WITH_MPI)
 167
 168 set_property(SOURCE ${UNRES_MD_SRC0} APPEND PROPERTY COMPILE_FLAGS ${FFLAGS0} )
 169 #set_property(SOURCE ${UNRES_MD_SRC1} PROPERTY COMPILE_FLAGS ${FFLAGS1} )
 170 #set_property(SOURCE ${UNRES_MD_SRC2} PROPERTY COMPILE_FLAGS ${FFLAGS2} )
 171 set_property(SOURCE ${UNRES_MD_SRC3} PROPERTY COMPILE_FLAGS ${FFLAGS3} )
 172
 173 #=========================================
 174 # Settings for GAB force field
 175 #=========================================
 176 if(UNRES_MD_FF STREQUAL "GAB" )
 177   # set preprocesor flags
 178   set(CPPFLAGS "PROCOR -DUNRES -DISNAN -DSPLITELE -DLANG0 -DCRYST_BOND -DCRYST_THETA -DCRYST_SC" )
 179
 180 #=========================================
 181 #  Settings for E0LL2Y force field
 182 #=========================================
 183 elseif(UNRES_MD_FF STREQUAL "E0LL2Y")
 184   # set preprocesor flags
 185   set(CPPFLAGS "PROCOR -DUNRES -DISNAN -DSPLITELE -DLANG0" )
 186 endif(UNRES_MD_FF STREQUAL "GAB")
 187
 188 #=========================================
 189 # System specific flags
 190 #=========================================
 191 if(${CMAKE_SYSTEM_NAME} MATCHES "Linux")
 192   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DLINUX")
 193 endif(${CMAKE_SYSTEM_NAME} MATCHES "Linux")
 194
 195 #=========================================
 196 # Compiler specific flags
 197 #=========================================
 198
 199 if (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 200   # Add ifort preprocessor flags
 201   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DPGI")
 202 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "f95")
 203   # Add new gfortran flags
 204   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DG77")
 205 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "gfortran")
 206   # Add old gfortran flags
 207   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DG77")
 208 endif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 209
 210 #=========================================
 211 # Add MPI preprocessor flags
 212 #=========================================
 213 if (UNRES_WITH_MPI)
 214   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DMP -DMPI")
 215 endif(UNRES_WITH_MPI)
 216
 217 #=========================================
 218 # Apply preprocesor flags to *.F files
 219 #=========================================
 220 set_property(SOURCE ${UNRES_MD_PP_SRC} PROPERTY COMPILE_DEFINITIONS ${CPPFLAGS} )
 221
 222
 223 #========================================
 224 #  Setting binary name
 225 #========================================
 226 if(UNRES_WITH_MPI)
 227   # binary with mpi
 228   set(UNRES_BIN "unres_${Fortran_COMPILER_NAME}_MPICH_${UNRES_MD_FF}.exe")
 229 else(UNRES_WITH_MPI)
 230   # binary without mpi
 231   set(UNRES_BIN "unres_${Fortran_COMPILER_NAME}_single_${UNRES_MD_FF}.exe")
 232 endif(UNRES_WITH_MPI)
 233
 234 #=========================================
 235 # cinfo.f workaround for cmake
 236 #=========================================
 237 # get the current date
 238 TODAY(DATE)
 239 # generate cinfo.f
 240
 241 set(CINFO "${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cinfo.f")
 242 FILE(WRITE ${CINFO}
 243 "C CMake generated file
 244        subroutine cinfo
 245        include 'COMMON.IOUNITS'
 246        write(iout,*)'++++ Compile info ++++'
 247        write(iout,*)'Version ${UNRES_MAJOR}.${UNRES_MINOR} build ${UNRES_PATCH}'
 248 ")
 249
 250 CINFO_FORMAT(${CINFO} "Compiled" "${DATE}" )
 251 CINFO_FORMAT(${CINFO} "Compiled by" "$ENV{USER}@$ENV{HOST}" )
 252 CINFO_FORMAT(${CINFO} "OS name:" "${CMAKE_SYSTEM_NAME}" )
 253 CINFO_FORMAT(${CINFO} "OS release:" "${CMAKE_SYSTEM}" )
 254 CINFO_FORMAT(${CINFO} "Fortran Compiler:" "${CMAKE_Fortran_COMPILER}" )
 255 CINFO_FORMAT(${CINFO} "MD Force field:" "${UNRES_MD_FF}" )
 256 CINFO_FORMAT(${CINFO} "CPPFLAGS =" "${CPPFLAGS}")
 257
 258 FILE(APPEND ${CINFO}
 259 "       write(iout,*)'++++ End of compile info ++++'
 260        return
 261        end ")
 262
 263 #FILE(APPEND ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cinfo.f
 264 #       CINFO_FORMAT(CPPFLAGS)
 265 #)
 266 # add include path
 267 set_property(SOURCE ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cinfo.f PROPERTY COMPILE_FLAGS "${FFLAGS0} -I${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}")
 268
 269 #=========================================
 270 # Set full unres MD sources
 271 #=========================================
 272 set(UNRES_MD_SRCS ${UNRES_MD_SRC0} ${UNRES_MD_SRC3} ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cinfo.f )
 273
 274
 275 #=========================================
 276 # Build the binary
 277 #=========================================
 278 add_executable(UNRES_BIN-MD ${UNRES_MD_SRCS} )
 279 set_target_properties(UNRES_BIN-MD PROPERTIES OUTPUT_NAME ${UNRES_BIN})
 280 #set_property(TARGET ${UNRES_BIN} PROPERTY RUNTIME_OUTPUT_DIRECTORY ${CMAKE_BINARY_DIR}/bin/unres/MD )
 281 #add_dependencies (${UNRES_BIN} ${UNRES_XDRFLIB})
 282
 283
 284 #=========================================
 285 # Link libraries
 286 #=========================================
 287 # link MPI library (libmpich.a)
 288 if(UNRES_WITH_MPI)
 289   target_link_libraries( UNRES_BIN-MD ${MPIF_LIBRARIES} )
 290 endif(UNRES_WITH_MPI)
 291 # link libxdrf.a
 292 #message("UNRES_XDRFLIB=${UNRES_XDRFLIB}")
 293 target_link_libraries( UNRES_BIN-MD xdrf )
 294
 295 #=========================================
 296 # TESTS
 297 #=========================================
 298
 299 #-- Copy all the data files from the test directory into the source directory
 300 #SET(UNRES_TEST_FILES
 301 #       ala10.inp
 302 #    )
 303
 304 #FOREACH (UNRES_TEST_FILE ${UNRES_TEST_FILES})
 305 #      SET (unres_test_dest "${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/${UNRES_TEST_FILE}")
 306 #      MESSAGE (STATUS " Copying ${UNRES_TEST_FILE} from ${CMAKE_SOURCE_DIR}/examples/unres/MD/ff_gab/${UNRES_TEST_FILE} to ${unres_test_dest}")
 307 #      ADD_CUSTOM_COMMAND (
 308 #          TARGET     ${UNRES_BIN}
 309 #          POST_BUILD
 310 #          COMMAND    ${CMAKE_COMMAND} -E copy ${CMAKE_SOURCE_DIR}/examples/unres/MD/ff_gab/${UNRES_TEST_FILE} ${unres_test_dest}
 311 #      )
 312 #ENDFOREACH (UNRES_TEST_FILE ${UNRES_TEST_FILES})
 313
 314 #=========================================
 315 # Generate data test files
 316 #=========================================
 317 #  test_single_ala.sh
 318 #=========================================
 319
 320 FILE(WRITE ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/scripts/test_single_ala.sh
 321 "#!/bin/sh
 322 export POT=GB
 323 export PREFIX=ala10
 324 #-----------------------------------------------------------------------------
 325 UNRES_BIN=./${UNRES_BIN}
 326 #-----------------------------------------------------------------------------
 327 DD=${CMAKE_SOURCE_DIR}/PARAM
 328 export BONDPAR=$DD/bond.parm
 329 export THETPAR=$DD/thetaml.5parm
 330 export ROTPAR=$DD/scgauss.parm
 331 export TORPAR=$DD/torsion_631Gdp.parm
 332 export TORDPAR=$DD/torsion_double_631Gdp.parm
 333 export ELEPAR=$DD/electr_631Gdp.parm
 334 export SIDEPAR=$DD/sc_GB_opt.1gab_3S_qclass5no310-shan2-sc-16-10-8k
 335 export FOURIER=$DD/fourier_opt.parm.1igd_hc_iter3_3
 336 export SCPPAR=$DD/scp.parm
 337 export SCCORPAR=$DD/rotcorr_AM1.parm
 338 export PATTERN=$DD/patterns.cart
 339 #-----------------------------------------------------------------------------
 340 $UNRES_BIN
 341 ")
 342
 343 #
 344 # File permissions workaround
 345 #
 346 FILE(   COPY ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/scripts/test_single_ala.sh
 347         DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}
 348         FILE_PERMISSIONS OWNER_READ OWNER_WRITE OWNER_EXECUTE GROUP_READ GROUP_EXECUTE WORLD_READ WORLD_EXECUTE
 349 )
 350
 351
 352
 353 #=========================================
 354 #  ala10.inp
 355 #=========================================
 356
 357 file(WRITE ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/ala10.inp
 358 "ala10 unblocked
 359 SEED=-1111333 MD ONE_LETTER rescale_mode=2
 360 nstep=15000 ntwe=100 ntwx=1000 dt=0.1 lang=0 tbf t_bath=300 damax=1.0          &
 361 reset_moment=1000 reset_vel=1000
 362 WLONG=1.35279 WSCP=1.59304 WELEC=0.71534 WBOND=1.00000 WANG=1.13873            &
 363 WSCLOC=0.16258 WTOR=1.98599 WTORD=1.57069 WCORRH=0.42887 WCORR5=0.00000        &
 364 WCORR6=0.00000 WEL_LOC=0.16036 WTURN3=1.68722 WTURN4=0.66230 WTURN6=0.00000    &
 365 WVDWPP=0.11371 WHPB=1.00000                                                    &
 366 CUTOFF=7.00000 WCORR4=0.00000
 367 12
 368 XAAAAAAAAAAX
 369  0
 370  0
 371    90.0000   90.0000   90.0000  90.000   90.000   90.000   90.000   90.000
 372    90.0000   90.0000
 373   180.0000  180.0000  180.0000 180.000  180.000  180.000  180.000  180.000
 374   180.0000
 375   110.0000  110.0000  110.0000 100.000  110.000  100.000  110.000  110.000
 376   110.0000  110.0000
 377  -120.0000 -120.0000 -120.000 -120.000 -120.000 -120.000 -120.000 -120.000
 378  -120.0000 -120.0000
 379 ")
 380
 381
 382 # Add tests
 383
 384 if(NOT UNRES_WITH_MPI)
 385
 386   add_test(NAME UNRES_MD_Ala10 COMMAND sh ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/test_single_ala.sh )
 387
 388 else(NOT UNRES_WITH_MPI)
 389
 390
 391   add_test(NAME UNRES_MD_MPI_Ala10 COMMAND mpiexec -boot ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/test_single_ala.sh )
 392
 393 endif(NOT UNRES_WITH_MPI)
 394