source/unres/src_MD/CMakeLists.txt

   1 #
   2 # CMake project file for UNRES with MD for single chains
   3 #
   4
   5 enable_language (Fortran)
   6
   7
   8 #================================
   9 # Set source file lists
  10 #================================
  11 set(UNRES_MD_SRC0
  12         add.f
  13         arcos.f
  14         banach.f
  15         blas.f
  16         bond_move.f
  17         cartder.F
  18         cartprint.f
  19         check_sc_distr.f
  20         check_bond.f
  21         chainbuild.F
  22         checkder_p.F
  23         compare_s1.F
  24         contact.f
  25         convert.f
  26         cored.f
  27         dihed_cons.F
  28         djacob.f
  29         econstr_local.F
  30         eigen.f
  31         elecont.f
  32         energy_split-sep.F
  33         entmcm.F
  34         fitsq.f
  35         gauss.f
  36         gen_rand_conf.F
  37         geomout.F
  38         gnmr1.f
  39         intcartderiv.F
  40         initialize_p.F
  41         int_to_cart.f
  42         intcor.f
  43         intlocal.f
  44         kinetic_lesyng.f
  45         lagrangian_lesyng.F
  46         local_move.f
  47         map.f
  48         matmult.f
  49         mc.F
  50         mcm.F
  51         MD_A-MTS.F
  52         minimize_p.F
  53         minim_mcmf.F
  54         misc.f
  55         moments.f
  56         MP.F
  57         MREMD.F
  58         muca_md.f
  59         parmread.F
  60         pinorm.f
  61         printmat.f
  62         q_measure.F
  63         randgens.f
  64         rattle.F
  65         readpdb.F
  66         readrtns.F
  67         refsys.f
  68         regularize.F
  69         rescode.f
  70         rmdd.f
  71         rmsd.F
  72         sc_move.F
  73         sort.f
  74         stochfric.F
  75         sumsld.f
  76         surfatom.f
  77         test.F
  78         timing.F
  79         thread.F
  80         unres.F
  81 )
  82
  83 if(Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
  84   set(UNRES_MD_SRC0 ${UNRES_MD_SRC0} prng.f )
  85 else()
  86   set(UNRES_MD_SRC0 ${UNRES_MD_SRC0} prng_32.F )
  87 endif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
  88
  89
  90 set(UNRES_MD_SRC3
  91         energy_p_new_barrier.F
  92         energy_p_new-sep_barrier.F
  93         gradient_p.F )
  94
  95 set(UNRES_MD_PP_SRC
  96         cartder.F
  97         chainbuild.F
  98         checkder_p.F
  99         compare_s1.F
 100         dihed_cons.F
 101         econstr_local.F
 102         energy_p_new_barrier.F
 103         energy_p_new-sep_barrier.F
 104         energy_split-sep.F
 105         entmcm.F
 106         gen_rand_conf.F
 107         geomout.F
 108         gradient_p.F
 109         initialize_p.F
 110         intcartderiv.F
 111         lagrangian_lesyng.F
 112         mc.F
 113         mcm.F
 114         MD_A-MTS.F
 115         minimize_p.F
 116         minim_mcmf.F
 117         MP.F
 118         MREMD.F
 119         parmread.F
 120         q_measure1.F
 121         q_measure3.F
 122         q_measure.F
 123         rattle.F
 124         readpdb.F
 125         readrtns.F
 126         regularize.F
 127         rmsd.F
 128         sc_move.F
 129         stochfric.F
 130         test.F
 131         thread.F
 132         timing.F
 133         unres.F
 134         proc_proc.c
 135 )
 136
 137
 138 if(NOT Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 139   set(UNRES_MD_PP_SRC ${UNRES_MD_PP_SRC} prng_32.F)
 140 endif(NOT Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 141
 142 #================================================
 143 # Set comipiler flags for different sourcefiles
 144 #================================================
 145 if (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 146   set(FFLAGS0 "-ip -w" )
 147   set(FFLAGS1 "-w -g -d2 -CA -CB" )
 148   set(FFLAGS2 "-w -g -00 ")
 149   #set(FFLAGS3 "-c -w -O3 -ipo -ipo_obj -opt_report" )
 150   set(FFLAGS3 "-w -ipo " )
 151 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "gfortran")
 152   set(FFLAGS0 "-I. " )
 153   set(FFLAGS1 "-g -I. " )
 154   set(FFLAGS2 "-I. ")
 155   #set(FFLAGS3 "-c -w -O3 -ipo -ipo_obj -opt_report" )
 156   set(FFLAGS3 "-I. " )
 157 endif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 158
 159
 160 # Add MPI compiler flags
 161 if(UNRES_WITH_MPI)
 162   set(FFLAGS0 "${FFLAGS0} -I${MPIF_INCLUDE_DIRECTORIES}")
 163   set(FFLAGS1 "${FFLAGS1} -I${MPIF_INCLUDE_DIRECTORIES}")
 164   set(FFLAGS2 "${FFLAGS2} -I${MPIF_INCLUDE_DIRECTORIES}")
 165   set(FFLAGS3 "${FFLAGS3} -I${MPIF_INCLUDE_DIRECTORIES}")
 166 endif(UNRES_WITH_MPI)
 167
 168 set_property(SOURCE ${UNRES_MD_SRC0} APPEND PROPERTY COMPILE_FLAGS ${FFLAGS0} )
 169 #set_property(SOURCE ${UNRES_MD_SRC1} PROPERTY COMPILE_FLAGS ${FFLAGS1} )
 170 #set_property(SOURCE ${UNRES_MD_SRC2} PROPERTY COMPILE_FLAGS ${FFLAGS2} )
 171 set_property(SOURCE ${UNRES_MD_SRC3} PROPERTY COMPILE_FLAGS ${FFLAGS3} )
 172
 173 #=========================================
 174 # Settings for GAB force field
 175 #=========================================
 176 if(UNRES_MD_FF STREQUAL "GAB" )
 177   # set preprocesor flags
 178   set(CPPFLAGS "PROCOR -DUNRES -DISNAN -DSPLITELE -DLANG0 -DCRYST_BOND -DCRYST_THETA -DCRYST_SC" )
 179
 180 #=========================================
 181 #  Settings for E0LL2Y force field
 182 #=========================================
 183 elseif(UNRES_MD_FF STREQUAL "E0LL2Y")
 184   # set preprocesor flags
 185   set(CPPFLAGS "PROCOR -DUNRES -DISNAN -DSPLITELE -DLANG0" )
 186 endif(UNRES_MD_FF STREQUAL "GAB")
 187
 188 #=========================================
 189 # System specific flags
 190 #=========================================
 191 if(${CMAKE_SYSTEM_NAME} MATCHES "Linux")
 192   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DLINUX")
 193 endif(${CMAKE_SYSTEM_NAME} MATCHES "Linux")
 194
 195 #=========================================
 196 # Compiler specific flags
 197 #=========================================
 198
 199 if (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 200   # Add ifort preprocessor flags
 201   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DPGI")
 202 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "f95")
 203   # Add new gfortran flags
 204   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DG77")
 205 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "gfortran")
 206   # Add old gfortran flags
 207   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DG77")
 208 endif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 209
 210 #=========================================
 211 # Add MPI preprocessor flags
 212 #=========================================
 213 if (UNRES_WITH_MPI)
 214   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DMP -DMPI")
 215 endif(UNRES_WITH_MPI)
 216
 217 #=========================================
 218 # Apply preprocesor flags to *.F files
 219 #=========================================
 220 set_property(SOURCE ${UNRES_MD_PP_SRC} PROPERTY COMPILE_DEFINITIONS ${CPPFLAGS} )
 221
 222
 223 #========================================
 224 #  Setting binary name
 225 #========================================
 226 if(UNRES_WITH_MPI)
 227   # binary with mpi
 228   set(UNRES_BIN "unres_${Fortran_COMPILER_NAME}_MPICH_${UNRES_MD_FF}.exe")
 229 else(UNRES_WITH_MPI)
 230   # binary without mpi
 231   set(UNRES_BIN "unres_${Fortran_COMPILER_NAME}_single_${UNRES_MD_FF}.exe")
 232 endif(UNRES_WITH_MPI)
 233
 234 #=========================================
 235 # cinfo.f stupid workaround for cmake
 236 #  - shame on me ]:)
 237 #=========================================
 238 set_property(SOURCE compinfo.c PROPERTY CMAKE_C_FLAGS "-c" )
 239 add_executable(compinfo-md compinfo.c)
 240 set_target_properties(compinfo-md PROPERTIES OUTPUT_NAME compinfo)
 241
 242 set(UNRES_CINFO_DIR "${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}" )
 243 add_custom_command(OUTPUT ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cinfo.f
 244         COMMAND ${CMAKE_COMMAND} -E copy ${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/cinfo.f ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cinfo.f
 245         COMMAND ${CMAKE_COMMAND} -E copy ${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/COMMON.IOUNITS ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/COMMON.IOUNITS
 246         COMMAND ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/compinfo | true
 247         DEPENDS compinfo-md )
 248 set_property(SOURCE ${UNRES_CINFO_DIR}/cinfo.f PROPERTY COMPILE_FLAGS ${FFLAGS0} )
 249
 250 #=========================================
 251 # Set full unres MD sources
 252 #=========================================
 253 set(UNRES_MD_SRCS ${UNRES_MD_SRC0} ${UNRES_MD_SRC3} ${UNRES_CINFO_DIR}/cinfo.f )
 254
 255
 256 #=========================================
 257 # Build the binary
 258 #=========================================
 259 add_executable(UNRES_BIN-MD ${UNRES_MD_SRCS} )
 260 set_target_properties(UNRES_BIN-MD PROPERTIES OUTPUT_NAME ${UNRES_BIN})
 261 #set_property(TARGET ${UNRES_BIN} PROPERTY RUNTIME_OUTPUT_DIRECTORY ${CMAKE_BINARY_DIR}/bin/unres/MD )
 262 #add_dependencies (${UNRES_BIN} ${UNRES_XDRFLIB})
 263
 264
 265 #=========================================
 266 # Link libraries
 267 #=========================================
 268 # link MPI library (libmpich.a)
 269 if(UNRES_WITH_MPI)
 270   target_link_libraries( UNRES_BIN-MD ${MPIF_LIBRARIES} )
 271 endif(UNRES_WITH_MPI)
 272 # link libxdrf.a
 273 #message("UNRES_XDRFLIB=${UNRES_XDRFLIB}")
 274 target_link_libraries( UNRES_BIN-MD xdrf )
 275
 276 #=========================================
 277 # TESTS
 278 #=========================================
 279
 280 #-- Copy all the data files from the test directory into the source directory
 281 #SET(UNRES_TEST_FILES
 282 #       ala10.inp
 283 #    )
 284
 285 #FOREACH (UNRES_TEST_FILE ${UNRES_TEST_FILES})
 286 #      SET (unres_test_dest "${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/${UNRES_TEST_FILE}")
 287 #      MESSAGE (STATUS " Copying ${UNRES_TEST_FILE} from ${CMAKE_SOURCE_DIR}/examples/unres/MD/ff_gab/${UNRES_TEST_FILE} to ${unres_test_dest}")
 288 #      ADD_CUSTOM_COMMAND (
 289 #          TARGET     ${UNRES_BIN}
 290 #          POST_BUILD
 291 #          COMMAND    ${CMAKE_COMMAND} -E copy ${CMAKE_SOURCE_DIR}/examples/unres/MD/ff_gab/${UNRES_TEST_FILE} ${unres_test_dest}
 292 #      )
 293 #ENDFOREACH (UNRES_TEST_FILE ${UNRES_TEST_FILES})
 294
 295 #=========================================
 296 # Generate data test files
 297 #=========================================
 298 #  test_single_ala.sh
 299 #=========================================
 300
 301 FILE(WRITE ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/scripts/test_single_ala.sh
 302 "#!/bin/sh
 303 export POT=GB
 304 export PREFIX=ala10
 305 #-----------------------------------------------------------------------------
 306 UNRES_BIN=./${UNRES_BIN}
 307 #-----------------------------------------------------------------------------
 308 DD=${CMAKE_SOURCE_DIR}/PARAM
 309 export BONDPAR=$DD/bond.parm
 310 export THETPAR=$DD/thetaml.5parm
 311 export ROTPAR=$DD/scgauss.parm
 312 export TORPAR=$DD/torsion_631Gdp.parm
 313 export TORDPAR=$DD/torsion_double_631Gdp.parm
 314 export ELEPAR=$DD/electr_631Gdp.parm
 315 export SIDEPAR=$DD/sc_GB_opt.1gab_3S_qclass5no310-shan2-sc-16-10-8k
 316 export FOURIER=$DD/fourier_opt.parm.1igd_hc_iter3_3
 317 export SCPPAR=$DD/scp.parm
 318 export SCCORPAR=$DD/rotcorr_AM1.parm
 319 export PATTERN=$DD/patterns.cart
 320 #-----------------------------------------------------------------------------
 321 $UNRES_BIN
 322 ")
 323
 324 #
 325 # File permissions workaround
 326 #
 327 FILE(   COPY ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/scripts/test_single_ala.sh
 328         DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}
 329         FILE_PERMISSIONS OWNER_READ OWNER_WRITE OWNER_EXECUTE GROUP_READ GROUP_EXECUTE WORLD_READ WORLD_EXECUTE
 330 )
 331
 332
 333
 334 #=========================================
 335 #  ala10.inp
 336 #=========================================
 337
 338 file(WRITE ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/ala10.inp
 339 "ala10 unblocked
 340 SEED=-1111333 MD ONE_LETTER rescale_mode=2
 341 nstep=15000 ntwe=100 ntwx=1000 dt=0.1 lang=0 tbf t_bath=300 damax=1.0          &
 342 reset_moment=1000 reset_vel=1000
 343 WLONG=1.35279 WSCP=1.59304 WELEC=0.71534 WBOND=1.00000 WANG=1.13873            &
 344 WSCLOC=0.16258 WTOR=1.98599 WTORD=1.57069 WCORRH=0.42887 WCORR5=0.00000        &
 345 WCORR6=0.00000 WEL_LOC=0.16036 WTURN3=1.68722 WTURN4=0.66230 WTURN6=0.00000    &
 346 WVDWPP=0.11371 WHPB=1.00000                                                    &
 347 CUTOFF=7.00000 WCORR4=0.00000
 348 12
 349 XAAAAAAAAAAX
 350  0
 351  0
 352    90.0000   90.0000   90.0000  90.000   90.000   90.000   90.000   90.000
 353    90.0000   90.0000
 354   180.0000  180.0000  180.0000 180.000  180.000  180.000  180.000  180.000
 355   180.0000
 356   110.0000  110.0000  110.0000 100.000  110.000  100.000  110.000  110.000
 357   110.0000  110.0000
 358  -120.0000 -120.0000 -120.000 -120.000 -120.000 -120.000 -120.000 -120.000
 359  -120.0000 -120.0000
 360 ")
 361
 362
 363 # Add tests
 364
 365 if(NOT UNRES_WITH_MPI)
 366
 367   add_test(NAME UNRES_MD_Ala10 COMMAND sh ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/test_single_ala.sh )
 368
 369 else(NOT UNRES_WITH_MPI)
 370
 371
 372   add_test(NAME UNRES_MD_MPI_Ala10 COMMAND mpiexec -boot ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/test_single_ala.sh )
 373
 374 endif(NOT UNRES_WITH_MPI)
 375