source/unres/src_MD/CMakeLists.txt

   1 #
   2 # CMake project file for UNRES with MD for single chains
   3 #
   4
   5 enable_language (Fortran)
   6
   7 #================================
   8 # build the xdrf library
   9 #================================
  10 add_subdirectory(xdrf)
  11
  12 #================================
  13 # Set source file lists
  14 #================================
  15 set(UNRES_MD_SRC0 unres.F arcos.f cartprint.f chainbuild.F convert.f
  16         initialize_p.F matmult.f readrtns.F parmread.F gen_rand_conf.F
  17         printmat.f map.f pinorm.f randgens.f rescode.f intcor.f timing.F
  18         misc.f intlocal.f cartder.F checkder_p.F econstr_local.F
  19         minimize_p.F sumsld.f cored.f rmdd.f geomout.F readpdb.F regularize.F
  20         thread.F fitsq.f mcm.F mc.F bond_move.f refsys.f check_sc_distr.f
  21         check_bond.f contact.f djacob.f eigen.f blas.f add.f entmcm.F
  22         minim_mcmf.F MP.F compare_s1.F prng_32.F banach.f rmsd.F elecont.f dihed_cons.F sc_move.F
  23         local_move.f intcartderiv.F lagrangian_lesyng.F stochfric.F kinetic_lesyng.f MD_A-MTS.F moments.f
  24         int_to_cart.f surfatom.f sort.f muca_md.f MREMD.F rattle.F gauss.f energy_split-sep.F
  25         q_measure.F gnmr1.f test.F )
  26
  27 set(UNRES_MD_SRC3 energy_p_new_barrier.F energy_p_new-sep_barrier.F gradient_p.F )
  28
  29 set(UNRES_MD_PP_SRC cartder.F chainbuild.F checkder_p.F compare_s1.F dihed_cons.F econstr_local.F
  30         energy_p_new_barrier.F energy_p_new-sep_barrier.F energy_split-sep.F entmcm.F gen_rand_conf.F
  31         geomout.F gradient_p.F initialize_p.F intcartderiv.F lagrangian_lesyng.F mc.F mcm.F MD_A-MTS.F
  32         minimize_p.F minim_mcmf.F MP.F MREMD.F parmread.F prng_32.F q_measure1.F q_measure3.F q_measure.F
  33         rattle.F readpdb.F readrtns.F regularize.F rmsd.F sc_move.F stochfric.F test.F thread.F timing.F
  34         unres.F )
  35
  36
  37 #================================================
  38 # Set comipiler flags for different sourcefiles
  39 #================================================
  40 if (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
  41   set(FFLAGS0 "-ip -w" )
  42   set(FFLAGS1 "-w -g -d2 -CA -CB" )
  43   set(FFLAGS2 "-w -g -00 ")
  44   #set(FFLAGS3 "-c -w -O3 -ipo -ipo_obj -opt_report" )
  45   set(FFLAGS3 "-w -ipo " )
  46 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "gfortran")
  47   set(FFLAGS0 "-I. " )
  48   set(FFLAGS1 "-g -I. " )
  49   set(FFLAGS2 "-I. ")
  50   #set(FFLAGS3 "-c -w -O3 -ipo -ipo_obj -opt_report" )
  51   set(FFLAGS3 "-I. " )
  52 endif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
  53
  54
  55 # Add MPI compiler flags
  56 if(UNRES_WITH_MPI)
  57   set(FFLAGS0 "${FFLAGS0} -I${MPIF_INCLUDE_DIRECTORIES}")
  58   set(FFLAGS1 "${FFLAGS1} -I${MPIF_INCLUDE_DIRECTORIES}")
  59   set(FFLAGS2 "${FFLAGS2} -I${MPIF_INCLUDE_DIRECTORIES}")
  60   set(FFLAGS3 "${FFLAGS3} -I${MPIF_INCLUDE_DIRECTORIES}")
  61 endif(UNRES_WITH_MPI)
  62
  63 set_property(SOURCE ${UNRES_MD_SRC0} APPEND PROPERTY COMPILE_FLAGS ${FFLAGS0} )
  64 #set_property(SOURCE ${UNRES_MD_SRC1} PROPERTY COMPILE_FLAGS ${FFLAGS1} )
  65 #set_property(SOURCE ${UNRES_MD_SRC2} PROPERTY COMPILE_FLAGS ${FFLAGS2} )
  66 set_property(SOURCE ${UNRES_MD_SRC3} PROPERTY COMPILE_FLAGS ${FFLAGS3} )
  67
  68 #=========================================
  69 # Settings for GAB force field
  70 #=========================================
  71 if(UNRES_FF STREQUAL "GAB" )
  72   # set preprocesor flags
  73   set(CPPFLAGS "PROCOR -DLINUX -DUNRES -DISNAN -DSPLITELE -DLANGO -DCRYST_BOND -DCRYST_THETA -DCRYST_SC" )
  74
  75   if (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
  76     # Add ifort preprocessor flags
  77     set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DPGI")
  78   elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "f95")
  79     # Add gfortran flags
  80     set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DG77")
  81   elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "gfortran")
  82     # Add gfortran flags
  83     set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DG77")
  84   endif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
  85
  86 #=========================================
  87 #  Settings for E0LL2Y force field
  88 #=========================================
  89 elseif(UNRES_FF STREQUAL "E0LL2Y")
  90   # set preprocesor flags
  91   set(CPPFLAGS "PROCOR -DLINUX -DUNRES -DISNAN -DSPLITELE -DLANG0" )
  92
  93   if (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
  94     # Add ifort preprocessor flags
  95     set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DPGI")
  96   endif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
  97
  98 endif(UNRES_FF STREQUAL "GAB")
  99
 100 # Add MPI preprocessor flags
 101 if (UNRES_WITH_MPI)
 102   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DMP -DMPI")
 103 endif(UNRES_WITH_MPI)
 104
 105 # Apply preprocesor flags to *.F files
 106 set_property(SOURCE ${UNRES_MD_PP_SRC} PROPERTY COMPILE_DEFINITIONS ${CPPFLAGS} )
 107
 108
 109 #========================================
 110 #  Setting binary name
 111 #========================================
 112 if(UNRES_WITH_MPI)
 113   # binary with mpi
 114   set(UNRES_BIN "unres_${Fortran_COMPILER_NAME}_MPICH_${UNRES_FF}.exe")
 115 else(UNRES_WITH_MPI)
 116   # binary without mpi
 117   set(UNRES_BIN "unres_${Fortran_COMPILER_NAME}_single_${UNRES_FF}.exe")
 118 endif(UNRES_WITH_MPI)
 119
 120 #=========================================
 121 # cinfo.f stupid workaround for cmake
 122 #  - shame on me ]:)
 123 #=========================================
 124 set_property(SOURCE compinfo.c PROPERTY CMAKE_C_FLAGS "-c" )
 125 add_executable(compinfo-md compinfo.c)
 126 set_target_properties(compinfo-md PROPERTIES OUTPUT_NAME compinfo)
 127
 128 set(UNRES_CINFO_DIR "${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}" )
 129 add_custom_command(OUTPUT ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cinfo.f
 130         COMMAND ${CMAKE_COMMAND} -E copy ${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/cinfo.f ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cinfo.f
 131         COMMAND ${CMAKE_COMMAND} -E copy ${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/COMMON.IOUNITS ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/COMMON.IOUNITS
 132         COMMAND ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/compinfo | true
 133         DEPENDS ${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/cinfo.f )
 134 set_property(SOURCE ${UNRES_CINFO_DIR}/cinfo.f PROPERTY COMPILE_FLAGS ${FFLAGS0} )
 135
 136 #=========================================
 137 # Set full unres MD sources
 138 #=========================================
 139 set(UNRES_MD_SRCS ${UNRES_MD_SRC0} ${UNRES_MD_SRC3} ${UNRES_CINFO_DIR}/cinfo.f )
 140
 141
 142
 143 #=========================================
 144 # Build the binary
 145 #=========================================
 146 add_executable(UNRES_BIN-MD ${UNRES_MD_SRCS} )
 147 set_target_properties(UNRES_BIN-MD PROPERTIES OUTPUT_NAME ${UNRES_BIN})
 148 #set_property(TARGET ${UNRES_BIN} PROPERTY RUNTIME_OUTPUT_DIRECTORY ${CMAKE_BINARY_DIR}/bin/unres/MD )
 149 #add_dependencies (${UNRES_BIN} ${UNRES_XDRFLIB})
 150
 151 #=========================================
 152 # Link libraries
 153 #=========================================
 154 # link MPI library (libmpich.a)
 155 if(UNRES_WITH_MPI)
 156   target_link_libraries( UNRES_BIN-MD ${MPIF_LIBRARIES} )
 157 endif(UNRES_WITH_MPI)
 158 # link libxdrf.a
 159 #message("UNRES_XDRFLIB=${UNRES_XDRFLIB}")
 160 target_link_libraries( UNRES_BIN-MD xdrf )
 161
 162 #=========================================
 163 # TESTS
 164 #=========================================
 165
 166 #-- Copy all the data files from the test directory into the source directory
 167 #SET(UNRES_TEST_FILES
 168 #       ala10.inp
 169 #    )
 170
 171 #FOREACH (UNRES_TEST_FILE ${UNRES_TEST_FILES})
 172 #      SET (unres_test_dest "${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/${UNRES_TEST_FILE}")
 173 #      MESSAGE (STATUS " Copying ${UNRES_TEST_FILE} from ${CMAKE_SOURCE_DIR}/examples/unres/MD/ff_gab/${UNRES_TEST_FILE} to ${unres_test_dest}")
 174 #      ADD_CUSTOM_COMMAND (
 175 #          TARGET     ${UNRES_BIN}
 176 #          POST_BUILD
 177 #          COMMAND    ${CMAKE_COMMAND} -E copy ${CMAKE_SOURCE_DIR}/examples/unres/MD/ff_gab/${UNRES_TEST_FILE} ${unres_test_dest}
 178 #      )
 179 #ENDFOREACH (UNRES_TEST_FILE ${UNRES_TEST_FILES})
 180
 181 #=========================================
 182 # Generate data test files
 183 #=========================================
 184 #  test_single_ala.sh
 185 #=========================================
 186
 187 FILE(WRITE ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/test_single_ala.sh
 188 "#!/bin/sh
 189 export POT=GB
 190 export PREFIX=ala10
 191 #-----------------------------------------------------------------------------
 192 UNRES_BIN=./${UNRES_BIN}
 193 #-----------------------------------------------------------------------------
 194 DD=${CMAKE_SOURCE_DIR}/PARAM
 195 export BONDPAR=$DD/bond.parm
 196 export THETPAR=$DD/thetaml.5parm
 197 export ROTPAR=$DD/scgauss.parm
 198 export TORPAR=$DD/torsion_631Gdp.parm
 199 export TORDPAR=$DD/torsion_double_631Gdp.parm
 200 export ELEPAR=$DD/electr_631Gdp.parm
 201 export SIDEPAR=$DD/sc_GB_opt.1gab_3S_qclass5no310-shan2-sc-16-10-8k
 202 export FOURIER=$DD/fourier_opt.parm.1igd_hc_iter3_3
 203 export SCPPAR=$DD/scp.parm
 204 export SCCORPAR=$DD/rotcorr_AM1.parm
 205 export PATTERN=$DD/patterns.cart
 206 #-----------------------------------------------------------------------------
 207 $UNRES_BIN
 208 ")
 209
 210 #=========================================
 211 #  ala10.inp
 212 #=========================================
 213
 214 file(WRITE ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/ala10.inp
 215 "ala10 unblocked
 216 SEED=-1111333 MD ONE_LETTER rescale_mode=2 PDBOUT
 217 nstep=15000 ntwe=100 ntwx=1000 dt=0.1 lang=0 tbf t_bath=300 damax=1.0          &
 218 reset_moment=1000 reset_vel=1000 MDPDB
 219 WLONG=1.35279 WSCP=1.59304 WELEC=0.71534 WBOND=1.00000 WANG=1.13873            &
 220 WSCLOC=0.16258 WTOR=1.98599 WTORD=1.57069 WCORRH=0.42887 WCORR5=0.00000        &
 221 WCORR6=0.00000 WEL_LOC=0.16036 WTURN3=1.68722 WTURN4=0.66230 WTURN6=0.00000    &
 222 WVDWPP=0.11371 WHPB=1.00000                                                    &
 223 CUTOFF=7.00000 WCORR4=0.00000
 224 12
 225 XAAAAAAAAAAX
 226  0
 227  0
 228    90.0000   90.0000   90.0000  90.000   90.000   90.000   90.000   90.000
 229    90.0000   90.0000
 230   180.0000  180.0000  180.0000 180.000  180.000  180.000  180.000  180.000
 231   180.0000
 232   110.0000  110.0000  110.0000 100.000  110.000  100.000  110.000  110.000
 233   110.0000  110.0000
 234  -120.0000 -120.0000 -120.000 -120.000 -120.000 -120.000 -120.000 -120.000
 235  -120.0000 -120.0000
 236 ")
 237
 238
 239 # Add tests
 240
 241 if(NOT UNRES_WITH_MPI)
 242
 243   add_test(NAME UNRES_MD_Ala10 COMMAND sh ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/test_single_ala.sh )
 244
 245 endif(NOT UNRES_WITH_MPI)
 246