source/unres/src_MD/CMakeLists.txt

   1 #
   2 # CMake project file for UNRES with MD for single chains
   3 #
   4
   5 enable_language (Fortran)
   6
   7
   8 #================================
   9 # Set source file lists
  10 #================================
  11 set(UNRES_MD_SRC0
  12         add.f
  13         arcos.f
  14         banach.f
  15         blas.f
  16         bond_move.f
  17         cartder.F
  18         cartprint.f
  19         check_sc_distr.f
  20         check_bond.f
  21         chainbuild.F
  22         checkder_p.F
  23         compare_s1.F
  24         contact.f
  25         convert.f
  26         cored.f
  27         dihed_cons.F
  28         djacob.f
  29         econstr_local.F
  30         eigen.f
  31         elecont.f
  32         energy_split-sep.F
  33         entmcm.F
  34         fitsq.f
  35         gauss.f
  36         gen_rand_conf.F
  37         geomout.F
  38         gnmr1.f
  39         intcartderiv.F
  40         initialize_p.F
  41         int_to_cart.f
  42         intcor.f
  43         intlocal.f
  44         kinetic_lesyng.f
  45         lagrangian_lesyng.F
  46         local_move.f
  47         map.f
  48         matmult.f
  49         mc.F
  50         mcm.F
  51         MD_A-MTS.F
  52         minimize_p.F
  53         minim_mcmf.F
  54         misc.f
  55         moments.f
  56         MP.F
  57         MREMD.F
  58         muca_md.f
  59         parmread.F
  60         pinorm.f
  61         printmat.f
  62         q_measure.F
  63         randgens.f
  64         rattle.F
  65         readpdb.F
  66         readrtns.F
  67         refsys.f
  68         regularize.F
  69         rescode.f
  70         rmdd.f
  71         rmsd.F
  72         sc_move.F
  73         sort.f
  74         stochfric.F
  75         sumsld.f
  76         surfatom.f
  77         test.F
  78         timing.F
  79         thread.F
  80         unres.F
  81         ssMD.F
  82 )
  83
  84 if(Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
  85   set(UNRES_MD_SRC0 ${UNRES_MD_SRC0} prng.f )
  86 elseif(Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "mpif90")
  87   set(UNRES_MD_SRC0 ${UNRES_MD_SRC0} prng.f )
  88 elseif(Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "f95")
  89   set(UNRES_MD_SRC0 ${UNRES_MD_SRC0} prng.f )
  90 else()
  91   set(UNRES_MD_SRC0 ${UNRES_MD_SRC0} prng_32.F )
  92 endif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
  93
  94
  95 set(UNRES_MD_SRC3
  96         energy_p_new_barrier.F
  97         energy_p_new-sep_barrier.F
  98         gradient_p.F )
  99
 100 set(UNRES_MD_PP_SRC
 101         cartder.F
 102         chainbuild.F
 103         checkder_p.F
 104         compare_s1.F
 105         dihed_cons.F
 106         econstr_local.F
 107         energy_p_new_barrier.F
 108         energy_p_new-sep_barrier.F
 109         energy_split-sep.F
 110         entmcm.F
 111         gen_rand_conf.F
 112         geomout.F
 113         gradient_p.F
 114         initialize_p.F
 115         intcartderiv.F
 116         lagrangian_lesyng.F
 117         mc.F
 118         mcm.F
 119         MD_A-MTS.F
 120         minimize_p.F
 121         minim_mcmf.F
 122         MP.F
 123         MREMD.F
 124         parmread.F
 125         q_measure1.F
 126         q_measure3.F
 127         q_measure.F
 128         rattle.F
 129         readpdb.F
 130         readrtns.F
 131         regularize.F
 132         rmsd.F
 133         sc_move.F
 134         stochfric.F
 135         test.F
 136         thread.F
 137         timing.F
 138         unres.F
 139         proc_proc.c
 140 )
 141
 142
 143 if(NOT Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 144   set(UNRES_MD_PP_SRC ${UNRES_MD_PP_SRC} prng_32.F)
 145 endif(NOT Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 146
 147 #================================================
 148 # Set comipiler flags for different sourcefiles
 149 #================================================
 150 if (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 151   set(FFLAGS0 "-ip -w" )
 152   set(FFLAGS1 "-w -g -d2 -CA -CB" )
 153   set(FFLAGS2 "-w -g -00 ")
 154   #set(FFLAGS3 "-c -w -O3 -ipo -ipo_obj -opt_report" )
 155   set(FFLAGS3 "-w -ipo " )
 156 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "gfortran")
 157   set(FFLAGS0 "-std=legacy -I. " )
 158   set(FFLAGS1 "-std=legacy -g -I. " )
 159   set(FFLAGS2 "-std=legacy -I. ")
 160   #set(FFLAGS3 "-c -w -O3 -ipo -ipo_obj -opt_report" )
 161   set(FFLAGS3 "-std=legacy -I. " )
 162 endif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 163
 164
 165 # Add MPI compiler flags
 166 if(UNRES_WITH_MPI)
 167   set(FFLAGS0 "${FFLAGS0} -I${MPIF_INCLUDE_DIRECTORIES}")
 168   set(FFLAGS1 "${FFLAGS1} -I${MPIF_INCLUDE_DIRECTORIES}")
 169   set(FFLAGS2 "${FFLAGS2} -I${MPIF_INCLUDE_DIRECTORIES}")
 170   set(FFLAGS3 "${FFLAGS3} -I${MPIF_INCLUDE_DIRECTORIES}")
 171 endif(UNRES_WITH_MPI)
 172
 173 set_property(SOURCE ${UNRES_MD_SRC0} APPEND PROPERTY COMPILE_FLAGS ${FFLAGS0} )
 174 #set_property(SOURCE ${UNRES_MD_SRC1} PROPERTY COMPILE_FLAGS ${FFLAGS1} )
 175 #set_property(SOURCE ${UNRES_MD_SRC2} PROPERTY COMPILE_FLAGS ${FFLAGS2} )
 176 set_property(SOURCE ${UNRES_MD_SRC3} PROPERTY COMPILE_FLAGS ${FFLAGS3} )
 177
 178 #=========================================
 179 # Settings for GAB force field
 180 #=========================================
 181 if(UNRES_MD_FF STREQUAL "GAB" )
 182   # set preprocesor flags
 183   set(CPPFLAGS "PROCOR -DUNRES -DISNAN -DSPLITELE -DLANG0 -DCRYST_BOND -DCRYST_THETA -DCRYST_SC" )
 184
 185 #=========================================
 186 #  Settings for E0LL2Y force field
 187 #=========================================
 188 elseif(UNRES_MD_FF STREQUAL "E0LL2Y")
 189   # set preprocesor flags
 190   set(CPPFLAGS "PROCOR -DUNRES -DISNAN -DSPLITELE -DLANG0" )
 191 endif(UNRES_MD_FF STREQUAL "GAB")
 192
 193 #=========================================
 194 # System specific flags
 195 #=========================================
 196 if(${CMAKE_SYSTEM_NAME} MATCHES "Linux")
 197   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DLINUX")
 198 endif(${CMAKE_SYSTEM_NAME} MATCHES "Linux")
 199
 200 #=========================================
 201 # Compiler specific flags
 202 #=========================================
 203
 204 if (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 205   # Add ifort preprocessor flags
 206   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DPGI")
 207 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "f95")
 208   # Add new gfortran flags
 209   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DG77")
 210 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "gfortran")
 211   # Add old gfortran flags
 212   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DG77")
 213 endif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 214
 215 #=========================================
 216 # Add MPI preprocessor flags
 217 #=========================================
 218 if (UNRES_WITH_MPI)
 219   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DMP -DMPI")
 220 endif(UNRES_WITH_MPI)
 221
 222 #=========================================
 223 # Apply preprocesor flags to *.F files
 224 #=========================================
 225 set_property(SOURCE ${UNRES_MD_PP_SRC} PROPERTY COMPILE_DEFINITIONS ${CPPFLAGS} )
 226
 227
 228 #========================================
 229 #  Setting binary name
 230 #========================================
 231 if(UNRES_WITH_MPI)
 232   # binary with mpi
 233   set(UNRES_BIN "unres_${Fortran_COMPILER_NAME}_MPICH_${UNRES_MD_FF}.exe")
 234 else(UNRES_WITH_MPI)
 235   # binary without mpi
 236   set(UNRES_BIN "unres_${Fortran_COMPILER_NAME}_single_${UNRES_MD_FF}.exe")
 237 endif(UNRES_WITH_MPI)
 238
 239 #=========================================
 240 # cinfo.f workaround for cmake
 241 #=========================================
 242 # get the current date
 243 TODAY(DATE)
 244 # generate cinfo.f
 245
 246 set(CINFO "${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cinfo.f")
 247 FILE(WRITE ${CINFO}
 248 "C CMake generated file
 249        subroutine cinfo
 250        include 'COMMON.IOUNITS'
 251        write(iout,*)'++++ Compile info ++++'
 252        write(iout,*)'Version ${UNRES_MAJOR}.${UNRES_MINOR} build ${UNRES_PATCH}'
 253 ")
 254
 255 CINFO_FORMAT(${CINFO} "Compiled" "${DATE}" )
 256 CINFO_FORMAT(${CINFO} "Compiled by" "$ENV{USER}@$ENV{HOST}" )
 257 CINFO_FORMAT(${CINFO} "OS name:" "${CMAKE_SYSTEM_NAME}" )
 258 CINFO_FORMAT(${CINFO} "OS release:" "${CMAKE_SYSTEM}" )
 259 CINFO_FORMAT(${CINFO} "Fortran Compiler:" "${CMAKE_Fortran_COMPILER}" )
 260 CINFO_FORMAT(${CINFO} "MD Force field:" "${UNRES_MD_FF}" )
 261 CINFO_FORMAT(${CINFO} "CPPFLAGS =" "${CPPFLAGS}")
 262
 263 FILE(APPEND ${CINFO}
 264 "       write(iout,*)'++++ End of compile info ++++'
 265        return
 266        end ")
 267
 268 # add include path
 269 set_property(SOURCE ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cinfo.f PROPERTY COMPILE_FLAGS "${FFLAGS0} -I${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}")
 270
 271 #=========================================
 272 # Set full unres MD sources
 273 #=========================================
 274 set(UNRES_MD_SRCS ${UNRES_MD_SRC0} ${UNRES_MD_SRC3} ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cinfo.f )
 275
 276
 277 #=========================================
 278 # Build the binary
 279 #=========================================
 280 add_executable(UNRES_BIN-MD ${UNRES_MD_SRCS} )
 281 set_target_properties(UNRES_BIN-MD PROPERTIES OUTPUT_NAME ${UNRES_BIN})
 282 #set_property(TARGET ${UNRES_BIN} PROPERTY RUNTIME_OUTPUT_DIRECTORY ${CMAKE_BINARY_DIR}/bin/unres/MD )
 283 #add_dependencies (${UNRES_BIN} ${UNRES_XDRFLIB})
 284
 285
 286 #=========================================
 287 # Link libraries
 288 #=========================================
 289 # link MPI library (libmpich.a)
 290 if(UNRES_WITH_MPI)
 291   target_link_libraries( UNRES_BIN-MD ${MPIF_LIBRARIES} )
 292 endif(UNRES_WITH_MPI)
 293 # link libxdrf.a
 294 #message("UNRES_XDRFLIB=${UNRES_XDRFLIB}")
 295 target_link_libraries( UNRES_BIN-MD xdrf )
 296
 297 #=========================================
 298 # TESTS
 299 #=========================================
 300
 301 #-- Copy all the data files from the test directory into the source directory
 302 #SET(UNRES_TEST_FILES
 303 #       ala10.inp
 304 #    )
 305
 306 #FOREACH (UNRES_TEST_FILE ${UNRES_TEST_FILES})
 307 #      SET (unres_test_dest "${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/${UNRES_TEST_FILE}")
 308 #      MESSAGE (STATUS " Copying ${UNRES_TEST_FILE} from ${CMAKE_SOURCE_DIR}/examples/unres/MD/ff_gab/${UNRES_TEST_FILE} to ${unres_test_dest}")
 309 #      ADD_CUSTOM_COMMAND (
 310 #          TARGET     ${UNRES_BIN}
 311 #          POST_BUILD
 312 #          COMMAND    ${CMAKE_COMMAND} -E copy ${CMAKE_SOURCE_DIR}/examples/unres/MD/ff_gab/${UNRES_TEST_FILE} ${unres_test_dest}
 313 #      )
 314 #ENDFOREACH (UNRES_TEST_FILE ${UNRES_TEST_FILES})
 315
 316 #=========================================
 317 # Generate data test files
 318 #=========================================
 319 #  test_single_ala.sh
 320 #=========================================
 321
 322 FILE(WRITE ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/scripts/test_single_ala.sh
 323 "#!/bin/sh
 324 export POT=GB
 325 export PREFIX=ala10
 326 #-----------------------------------------------------------------------------
 327 UNRES_BIN=./${UNRES_BIN}
 328 #-----------------------------------------------------------------------------
 329 DD=${CMAKE_SOURCE_DIR}/PARAM
 330 export BONDPAR=$DD/bond.parm
 331 export THETPAR=$DD/thetaml.5parm
 332 export ROTPAR=$DD/scgauss.parm
 333 export TORPAR=$DD/torsion_631Gdp.parm
 334 export TORDPAR=$DD/torsion_double_631Gdp.parm
 335 export ELEPAR=$DD/electr_631Gdp.parm
 336 export SIDEPAR=$DD/sc_GB_opt.1gab_3S_qclass5no310-shan2-sc-16-10-8k
 337 export FOURIER=$DD/fourier_opt.parm.1igd_hc_iter3_3
 338 export SCPPAR=$DD/scp.parm
 339 export SCCORPAR=$DD/sccor_pdb_shelly.dat
 340 export PATTERN=$DD/patterns.cart
 341 #-----------------------------------------------------------------------------
 342 $UNRES_BIN
 343 ")
 344
 345 #
 346 # File permissions workaround
 347 #
 348 FILE(   COPY ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/scripts/test_single_ala.sh
 349         DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}
 350         FILE_PERMISSIONS OWNER_READ OWNER_WRITE OWNER_EXECUTE GROUP_READ GROUP_EXECUTE WORLD_READ WORLD_EXECUTE
 351 )
 352
 353
 354
 355 #=========================================
 356 #  ala10.inp
 357 #=========================================
 358
 359 file(WRITE ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/ala10.inp
 360 "ala10 unblocked
 361 SEED=-1111333 MD ONE_LETTER rescale_mode=2
 362 nstep=15000 ntwe=100 ntwx=1000 dt=0.1 lang=0 tbf t_bath=300 damax=1.0          &
 363 reset_moment=1000 reset_vel=1000
 364 WLONG=1.35279 WSCP=1.59304 WELEC=0.71534 WBOND=1.00000 WANG=1.13873            &
 365 WSCLOC=0.16258 WTOR=1.98599 WTORD=1.57069 WCORRH=0.42887 WCORR5=0.00000        &
 366 WCORR6=0.00000 WEL_LOC=0.16036 WTURN3=1.68722 WTURN4=0.66230 WTURN6=0.00000    &
 367 WVDWPP=0.11371 WHPB=1.00000                                                    &
 368 CUTOFF=7.00000 WCORR4=0.00000
 369 12
 370 XAAAAAAAAAAX
 371  0
 372  0
 373    90.0000   90.0000   90.0000  90.000   90.000   90.000   90.000   90.000
 374    90.0000   90.0000
 375   180.0000  180.0000  180.0000 180.000  180.000  180.000  180.000  180.000
 376   180.0000
 377   110.0000  110.0000  110.0000 100.000  110.000  100.000  110.000  110.000
 378   110.0000  110.0000
 379  -120.0000 -120.0000 -120.000 -120.000 -120.000 -120.000 -120.000 -120.000
 380  -120.0000 -120.0000
 381 ")
 382
 383
 384 # Add tests
 385
 386 if(NOT UNRES_WITH_MPI)
 387
 388   add_test(NAME UNRES_MD_Ala10 COMMAND sh ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/test_single_ala.sh )
 389
 390 else(NOT UNRES_WITH_MPI)
 391
 392
 393   add_test(NAME UNRES_MD_MPI_Ala10 COMMAND mpiexec -boot ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/test_single_ala.sh )
 394
 395 endif(NOT UNRES_WITH_MPI)
 396