source/unres/src_MD/CMakeLists.txt

   1 #
   2 # CMake project file for UNRES with MD for single chains
   3 #
   4
   5 enable_language (Fortran)
   6
   7
   8 #================================
   9 # Set source file lists
  10 #================================
  11 set(UNRES_MD_SRC0
  12         add.f
  13         arcos.f
  14         banach.f
  15         blas.f
  16         bond_move.f
  17         cartder.F
  18         cartprint.f
  19         check_sc_distr.f
  20         check_bond.f
  21         chainbuild.F
  22         checkder_p.F
  23         compare_s1.F
  24         contact.f
  25         convert.f
  26         cored.f
  27         dihed_cons.F
  28         djacob.f
  29         econstr_local.F
  30         eigen.f
  31         elecont.f
  32         energy_split-sep.F
  33         entmcm.F
  34         fitsq.f
  35         gauss.f
  36         gen_rand_conf.F
  37         geomout.F
  38         gnmr1.f
  39         intcartderiv.F
  40         initialize_p.F
  41         int_to_cart.f
  42         intcor.f
  43         intlocal.f
  44         kinetic_lesyng.f
  45         lagrangian_lesyng.F
  46         local_move.f
  47         map.f
  48         matmult.f
  49         mc.F
  50         mcm.F
  51         MD_A-MTS.F
  52         minimize_p.F
  53         minim_mcmf.F
  54         misc.f
  55         moments.f
  56         MP.F
  57         MREMD.F
  58         muca_md.f
  59         parmread.F
  60         pinorm.f
  61         printmat.f
  62         q_measure.F
  63         randgens.f
  64         rattle.F
  65         readpdb.F
  66         readrtns.F
  67         refsys.f
  68         regularize.F
  69         rescode.f
  70         rmdd.f
  71         rmsd.F
  72         sc_move.F
  73         sort.f
  74         stochfric.F
  75         sumsld.f
  76         surfatom.f
  77         test.F
  78         timing.F
  79         thread.F
  80         unres.F
  81 )
  82
  83 if(Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
  84   set(UNRES_MD_SRC0 ${UNRES_MD_SRC0} prng.f )
  85 elseif(Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "mpif90")
  86   set(UNRES_MD_SRC0 ${UNRES_MD_SRC0} prng.f )
  87 else()
  88   set(UNRES_MD_SRC0 ${UNRES_MD_SRC0} prng_32.F )
  89 endif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
  90
  91
  92 set(UNRES_MD_SRC3
  93         energy_p_new_barrier.F
  94         energy_p_new-sep_barrier.F
  95         gradient_p.F )
  96
  97 set(UNRES_MD_PP_SRC
  98         cartder.F
  99         chainbuild.F
 100         checkder_p.F
 101         compare_s1.F
 102         dihed_cons.F
 103         econstr_local.F
 104         energy_p_new_barrier.F
 105         energy_p_new-sep_barrier.F
 106         energy_split-sep.F
 107         entmcm.F
 108         gen_rand_conf.F
 109         geomout.F
 110         gradient_p.F
 111         initialize_p.F
 112         intcartderiv.F
 113         lagrangian_lesyng.F
 114         mc.F
 115         mcm.F
 116         MD_A-MTS.F
 117         minimize_p.F
 118         minim_mcmf.F
 119         MP.F
 120         MREMD.F
 121         parmread.F
 122         q_measure1.F
 123         q_measure3.F
 124         q_measure.F
 125         rattle.F
 126         readpdb.F
 127         readrtns.F
 128         regularize.F
 129         rmsd.F
 130         sc_move.F
 131         stochfric.F
 132         test.F
 133         thread.F
 134         timing.F
 135         unres.F
 136         proc_proc.c
 137 )
 138
 139
 140 if(NOT Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 141   set(UNRES_MD_PP_SRC ${UNRES_MD_PP_SRC} prng_32.F)
 142 endif(NOT Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 143
 144 #================================================
 145 # Set comipiler flags for different sourcefiles
 146 #================================================
 147 if (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 148   set(FFLAGS0 "-ip -w" )
 149   set(FFLAGS1 "-w -g -d2 -CA -CB" )
 150   set(FFLAGS2 "-w -g -00 ")
 151   #set(FFLAGS3 "-c -w -O3 -ipo -ipo_obj -opt_report" )
 152   set(FFLAGS3 "-w -ipo " )
 153 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "gfortran")
 154   set(FFLAGS0 "-I. " )
 155   set(FFLAGS1 "-g -I. " )
 156   set(FFLAGS2 "-I. ")
 157   #set(FFLAGS3 "-c -w -O3 -ipo -ipo_obj -opt_report" )
 158   set(FFLAGS3 "-I. " )
 159 endif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 160
 161
 162 # Add MPI compiler flags
 163 if(UNRES_WITH_MPI)
 164   set(FFLAGS0 "${FFLAGS0} -I${MPIF_INCLUDE_DIRECTORIES}")
 165   set(FFLAGS1 "${FFLAGS1} -I${MPIF_INCLUDE_DIRECTORIES}")
 166   set(FFLAGS2 "${FFLAGS2} -I${MPIF_INCLUDE_DIRECTORIES}")
 167   set(FFLAGS3 "${FFLAGS3} -I${MPIF_INCLUDE_DIRECTORIES}")
 168 endif(UNRES_WITH_MPI)
 169
 170 set_property(SOURCE ${UNRES_MD_SRC0} APPEND PROPERTY COMPILE_FLAGS ${FFLAGS0} )
 171 #set_property(SOURCE ${UNRES_MD_SRC1} PROPERTY COMPILE_FLAGS ${FFLAGS1} )
 172 #set_property(SOURCE ${UNRES_MD_SRC2} PROPERTY COMPILE_FLAGS ${FFLAGS2} )
 173 set_property(SOURCE ${UNRES_MD_SRC3} PROPERTY COMPILE_FLAGS ${FFLAGS3} )
 174
 175 #=========================================
 176 # Settings for GAB force field
 177 #=========================================
 178 if(UNRES_MD_FF STREQUAL "GAB" )
 179   # set preprocesor flags
 180   set(CPPFLAGS "PROCOR -DUNRES -DISNAN -DSPLITELE -DLANG0 -DCRYST_BOND -DCRYST_THETA -DCRYST_SC" )
 181
 182 #=========================================
 183 #  Settings for E0LL2Y force field
 184 #=========================================
 185 elseif(UNRES_MD_FF STREQUAL "E0LL2Y")
 186   # set preprocesor flags
 187   set(CPPFLAGS "PROCOR -DUNRES -DISNAN -DSPLITELE -DLANG0" )
 188 endif(UNRES_MD_FF STREQUAL "GAB")
 189
 190 #=========================================
 191 # System specific flags
 192 #=========================================
 193 if(${CMAKE_SYSTEM_NAME} MATCHES "Linux")
 194   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DLINUX")
 195 endif(${CMAKE_SYSTEM_NAME} MATCHES "Linux")
 196
 197 #=========================================
 198 # Compiler specific flags
 199 #=========================================
 200
 201 if (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 202   # Add ifort preprocessor flags
 203   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DPGI")
 204 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "f95")
 205   # Add new gfortran flags
 206   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DG77")
 207 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "gfortran")
 208   # Add old gfortran flags
 209   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DG77")
 210 endif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 211
 212 #=========================================
 213 # Add MPI preprocessor flags
 214 #=========================================
 215 if (UNRES_WITH_MPI)
 216   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DMP -DMPI")
 217 endif(UNRES_WITH_MPI)
 218
 219 #=========================================
 220 # Apply preprocesor flags to *.F files
 221 #=========================================
 222 set_property(SOURCE ${UNRES_MD_PP_SRC} PROPERTY COMPILE_DEFINITIONS ${CPPFLAGS} )
 223
 224
 225 #========================================
 226 #  Setting binary name
 227 #========================================
 228 if(UNRES_WITH_MPI)
 229   # binary with mpi
 230   set(UNRES_BIN "unres_${Fortran_COMPILER_NAME}_MPICH_${UNRES_MD_FF}.exe")
 231 else(UNRES_WITH_MPI)
 232   # binary without mpi
 233   set(UNRES_BIN "unres_${Fortran_COMPILER_NAME}_single_${UNRES_MD_FF}.exe")
 234 endif(UNRES_WITH_MPI)
 235
 236 #=========================================
 237 # cinfo.f workaround for cmake
 238 #=========================================
 239 # get the current date
 240 TODAY(DATE)
 241 # generate cinfo.f
 242
 243 set(CINFO "${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cinfo.f")
 244 FILE(WRITE ${CINFO}
 245 "C CMake generated file
 246        subroutine cinfo
 247        include 'COMMON.IOUNITS'
 248        write(iout,*)'++++ Compile info ++++'
 249        write(iout,*)'Version ${UNRES_MAJOR}.${UNRES_MINOR} build ${UNRES_PATCH}'
 250 ")
 251
 252 CINFO_FORMAT(${CINFO} "Compiled" "${DATE}" )
 253 CINFO_FORMAT(${CINFO} "Compiled by" "$ENV{USER}@$ENV{HOST}" )
 254 CINFO_FORMAT(${CINFO} "OS name:" "${CMAKE_SYSTEM_NAME}" )
 255 CINFO_FORMAT(${CINFO} "OS release:" "${CMAKE_SYSTEM}" )
 256 CINFO_FORMAT(${CINFO} "Fortran Compiler:" "${CMAKE_Fortran_COMPILER}" )
 257 CINFO_FORMAT(${CINFO} "MD Force field:" "${UNRES_MD_FF}" )
 258 CINFO_FORMAT(${CINFO} "CPPFLAGS =" "${CPPFLAGS}")
 259
 260 FILE(APPEND ${CINFO}
 261 "       write(iout,*)'++++ End of compile info ++++'
 262        return
 263        end ")
 264
 265 #FILE(APPEND ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cinfo.f
 266 #       CINFO_FORMAT(CPPFLAGS)
 267 #)
 268 # add include path
 269 set_property(SOURCE ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cinfo.f PROPERTY COMPILE_FLAGS "${FFLAGS0} -I${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}")
 270
 271 #=========================================
 272 # Set full unres MD sources
 273 #=========================================
 274 set(UNRES_MD_SRCS ${UNRES_MD_SRC0} ${UNRES_MD_SRC3} ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cinfo.f )
 275
 276
 277 #=========================================
 278 # Build the binary
 279 #=========================================
 280 add_executable(UNRES_BIN-MD ${UNRES_MD_SRCS} )
 281 set_target_properties(UNRES_BIN-MD PROPERTIES OUTPUT_NAME ${UNRES_BIN})
 282 #set_property(TARGET ${UNRES_BIN} PROPERTY RUNTIME_OUTPUT_DIRECTORY ${CMAKE_BINARY_DIR}/bin/unres/MD )
 283 #add_dependencies (${UNRES_BIN} ${UNRES_XDRFLIB})
 284
 285
 286 #=========================================
 287 # Link libraries
 288 #=========================================
 289 # link MPI library (libmpich.a)
 290 if(UNRES_WITH_MPI)
 291   target_link_libraries( UNRES_BIN-MD ${MPIF_LIBRARIES} )
 292 endif(UNRES_WITH_MPI)
 293 # link libxdrf.a
 294 #message("UNRES_XDRFLIB=${UNRES_XDRFLIB}")
 295 target_link_libraries( UNRES_BIN-MD xdrf )
 296
 297 #=========================================
 298 # TESTS
 299 #=========================================
 300
 301 #-- Copy all the data files from the test directory into the source directory
 302 #SET(UNRES_TEST_FILES
 303 #       ala10.inp
 304 #    )
 305
 306 #FOREACH (UNRES_TEST_FILE ${UNRES_TEST_FILES})
 307 #      SET (unres_test_dest "${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/${UNRES_TEST_FILE}")
 308 #      MESSAGE (STATUS " Copying ${UNRES_TEST_FILE} from ${CMAKE_SOURCE_DIR}/examples/unres/MD/ff_gab/${UNRES_TEST_FILE} to ${unres_test_dest}")
 309 #      ADD_CUSTOM_COMMAND (
 310 #          TARGET     ${UNRES_BIN}
 311 #          POST_BUILD
 312 #          COMMAND    ${CMAKE_COMMAND} -E copy ${CMAKE_SOURCE_DIR}/examples/unres/MD/ff_gab/${UNRES_TEST_FILE} ${unres_test_dest}
 313 #      )
 314 #ENDFOREACH (UNRES_TEST_FILE ${UNRES_TEST_FILES})
 315
 316 #=========================================
 317 # Generate data test files
 318 #=========================================
 319 #  test_single_ala.sh
 320 #=========================================
 321
 322 FILE(WRITE ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/scripts/test_single_ala.sh
 323 "#!/bin/sh
 324 export POT=GB
 325 export PREFIX=ala10
 326 #-----------------------------------------------------------------------------
 327 UNRES_BIN=./${UNRES_BIN}
 328 #-----------------------------------------------------------------------------
 329 DD=${CMAKE_SOURCE_DIR}/PARAM
 330 export BONDPAR=$DD/bond.parm
 331 export THETPAR=$DD/thetaml.5parm
 332 export ROTPAR=$DD/scgauss.parm
 333 export TORPAR=$DD/torsion_631Gdp.parm
 334 export TORDPAR=$DD/torsion_double_631Gdp.parm
 335 export ELEPAR=$DD/electr_631Gdp.parm
 336 export SIDEPAR=$DD/sc_GB_opt.1gab_3S_qclass5no310-shan2-sc-16-10-8k
 337 export FOURIER=$DD/fourier_opt.parm.1igd_hc_iter3_3
 338 export SCPPAR=$DD/scp.parm
 339 export SCCORPAR=$DD/rotcorr_AM1.parm
 340 export PATTERN=$DD/patterns.cart
 341 #-----------------------------------------------------------------------------
 342 $UNRES_BIN
 343 ")
 344
 345 #
 346 # File permissions workaround
 347 #
 348 FILE(   COPY ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/scripts/test_single_ala.sh
 349         DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}
 350         FILE_PERMISSIONS OWNER_READ OWNER_WRITE OWNER_EXECUTE GROUP_READ GROUP_EXECUTE WORLD_READ WORLD_EXECUTE
 351 )
 352
 353
 354
 355 #=========================================
 356 #  ala10.inp
 357 #=========================================
 358
 359 file(WRITE ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/ala10.inp
 360 "ala10 unblocked
 361 SEED=-1111333 MD ONE_LETTER rescale_mode=2
 362 nstep=15000 ntwe=100 ntwx=1000 dt=0.1 lang=0 tbf t_bath=300 damax=1.0          &
 363 reset_moment=1000 reset_vel=1000
 364 WLONG=1.35279 WSCP=1.59304 WELEC=0.71534 WBOND=1.00000 WANG=1.13873            &
 365 WSCLOC=0.16258 WTOR=1.98599 WTORD=1.57069 WCORRH=0.42887 WCORR5=0.00000        &
 366 WCORR6=0.00000 WEL_LOC=0.16036 WTURN3=1.68722 WTURN4=0.66230 WTURN6=0.00000    &
 367 WVDWPP=0.11371 WHPB=1.00000                                                    &
 368 CUTOFF=7.00000 WCORR4=0.00000
 369 12
 370 XAAAAAAAAAAX
 371  0
 372  0
 373    90.0000   90.0000   90.0000  90.000   90.000   90.000   90.000   90.000
 374    90.0000   90.0000
 375   180.0000  180.0000  180.0000 180.000  180.000  180.000  180.000  180.000
 376   180.0000
 377   110.0000  110.0000  110.0000 100.000  110.000  100.000  110.000  110.000
 378   110.0000  110.0000
 379  -120.0000 -120.0000 -120.000 -120.000 -120.000 -120.000 -120.000 -120.000
 380  -120.0000 -120.0000
 381 ")
 382
 383
 384 # Add tests
 385
 386 if(NOT UNRES_WITH_MPI)
 387
 388   add_test(NAME UNRES_MD_Ala10 COMMAND sh ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/test_single_ala.sh )
 389
 390 else(NOT UNRES_WITH_MPI)
 391
 392
 393   add_test(NAME UNRES_MD_MPI_Ala10 COMMAND mpiexec -boot ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/test_single_ala.sh )
 394
 395 endif(NOT UNRES_WITH_MPI)
 396