source/unres/src_MD/CMakeLists.txt

   1 #
   2 # CMake project file for UNRES with MD for single chains
   3 #
   4
   5 enable_language (Fortran)
   6
   7
   8 #================================
   9 # Set source file lists
  10 #================================
  11 set(UNRES_MD_SRC0
  12         add.f
  13         arcos.f
  14         banach.f
  15         blas.f
  16         bond_move.f
  17         cartder.F
  18         cartprint.f
  19         check_sc_distr.f
  20         check_bond.f
  21         chainbuild.F
  22         checkder_p.F
  23         compare_s1.F
  24         contact.f
  25         convert.f
  26         cored.f
  27         dihed_cons.F
  28         djacob.f
  29         econstr_local.F
  30         eigen.f
  31         elecont.f
  32         energy_split-sep.F
  33         entmcm.F
  34         fitsq.f
  35         gauss.f
  36         gen_rand_conf.F
  37         geomout.F
  38         gnmr1.f
  39         intcartderiv.F
  40         initialize_p.F
  41         int_to_cart.f
  42         intcor.f
  43         intlocal.f
  44         kinetic_lesyng.f
  45         lagrangian_lesyng.F
  46         local_move.f
  47         map.f
  48         matmult.f
  49         mc.F
  50         mcm.F
  51         MD_A-MTS.F
  52         minimize_p.F
  53         minim_mcmf.F
  54         misc.f
  55         moments.f
  56         MP.F
  57         MREMD.F
  58         muca_md.f
  59         parmread.F
  60         pinorm.f
  61         printmat.f
  62         q_measure.F
  63         randgens.f
  64         rattle.F
  65         readpdb.F
  66         readrtns.F
  67         refsys.f
  68         regularize.F
  69         rescode.f
  70         rmdd.f
  71         rmsd.F
  72         sc_move.F
  73         sort.f
  74         stochfric.F
  75         sumsld.f
  76         surfatom.f
  77         test.F
  78         timing.F
  79         thread.F
  80         unres.F
  81         ssMD.F
  82 )
  83
  84 if(Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
  85   set(UNRES_MD_SRC0 ${UNRES_MD_SRC0} prng.f )
  86 else()
  87   set(UNRES_MD_SRC0 ${UNRES_MD_SRC0} prng_32.F )
  88 endif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
  89
  90
  91 set(UNRES_MD_SRC3
  92         energy_p_new_barrier.F
  93         energy_p_new-sep_barrier.F
  94         gradient_p.F )
  95
  96 set(UNRES_MD_PP_SRC
  97         cartder.F
  98         chainbuild.F
  99         checkder_p.F
 100         compare_s1.F
 101         dihed_cons.F
 102         econstr_local.F
 103         energy_p_new_barrier.F
 104         energy_p_new-sep_barrier.F
 105         energy_split-sep.F
 106         entmcm.F
 107         gen_rand_conf.F
 108         geomout.F
 109         gradient_p.F
 110         initialize_p.F
 111         intcartderiv.F
 112         lagrangian_lesyng.F
 113         mc.F
 114         mcm.F
 115         MD_A-MTS.F
 116         minimize_p.F
 117         minim_mcmf.F
 118         MP.F
 119         MREMD.F
 120         parmread.F
 121         q_measure1.F
 122         q_measure3.F
 123         q_measure.F
 124         rattle.F
 125         readpdb.F
 126         readrtns.F
 127         regularize.F
 128         rmsd.F
 129         sc_move.F
 130         stochfric.F
 131         test.F
 132         thread.F
 133         timing.F
 134         unres.F
 135         proc_proc.c
 136 )
 137
 138
 139 if(NOT Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 140   set(UNRES_MD_PP_SRC ${UNRES_MD_PP_SRC} prng_32.F)
 141 endif(NOT Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 142
 143 #================================================
 144 # Set comipiler flags for different sourcefiles
 145 #================================================
 146 if (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 147   set(FFLAGS0 "-ip -w" )
 148   set(FFLAGS1 "-w -g -d2 -CA -CB" )
 149   set(FFLAGS2 "-w -g -00 ")
 150   #set(FFLAGS3 "-c -w -O3 -ipo -ipo_obj -opt_report" )
 151   set(FFLAGS3 "-w -ipo " )
 152 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "gfortran")
 153   set(FFLAGS0 "-I. " )
 154   set(FFLAGS1 "-g -I. " )
 155   set(FFLAGS2 "-I. ")
 156   #set(FFLAGS3 "-c -w -O3 -ipo -ipo_obj -opt_report" )
 157   set(FFLAGS3 "-I. " )
 158 endif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 159
 160
 161 # Add MPI compiler flags
 162 if(UNRES_WITH_MPI)
 163   set(FFLAGS0 "${FFLAGS0} -I${MPIF_INCLUDE_DIRECTORIES}")
 164   set(FFLAGS1 "${FFLAGS1} -I${MPIF_INCLUDE_DIRECTORIES}")
 165   set(FFLAGS2 "${FFLAGS2} -I${MPIF_INCLUDE_DIRECTORIES}")
 166   set(FFLAGS3 "${FFLAGS3} -I${MPIF_INCLUDE_DIRECTORIES}")
 167 endif(UNRES_WITH_MPI)
 168
 169 set_property(SOURCE ${UNRES_MD_SRC0} APPEND PROPERTY COMPILE_FLAGS ${FFLAGS0} )
 170 #set_property(SOURCE ${UNRES_MD_SRC1} PROPERTY COMPILE_FLAGS ${FFLAGS1} )
 171 #set_property(SOURCE ${UNRES_MD_SRC2} PROPERTY COMPILE_FLAGS ${FFLAGS2} )
 172 set_property(SOURCE ${UNRES_MD_SRC3} PROPERTY COMPILE_FLAGS ${FFLAGS3} )
 173
 174 #=========================================
 175 # Settings for GAB force field
 176 #=========================================
 177 if(UNRES_MD_FF STREQUAL "GAB" )
 178   # set preprocesor flags
 179   set(CPPFLAGS "PROCOR -DUNRES -DISNAN -DSPLITELE -DLANG0 -DCRYST_BOND -DCRYST_THETA -DCRYST_SC" )
 180
 181 #=========================================
 182 #  Settings for E0LL2Y force field
 183 #=========================================
 184 elseif(UNRES_MD_FF STREQUAL "E0LL2Y")
 185   # set preprocesor flags
 186   set(CPPFLAGS "PROCOR -DUNRES -DISNAN -DSPLITELE -DLANG0" )
 187 endif(UNRES_MD_FF STREQUAL "GAB")
 188
 189 #=========================================
 190 # System specific flags
 191 #=========================================
 192 if(${CMAKE_SYSTEM_NAME} MATCHES "Linux")
 193   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DLINUX")
 194 endif(${CMAKE_SYSTEM_NAME} MATCHES "Linux")
 195
 196 #=========================================
 197 # Compiler specific flags
 198 #=========================================
 199
 200 if (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 201   # Add ifort preprocessor flags
 202   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DPGI")
 203 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "f95")
 204   # Add new gfortran flags
 205   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DG77")
 206 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "gfortran")
 207   # Add old gfortran flags
 208   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DG77")
 209 endif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 210
 211 #=========================================
 212 # Add MPI preprocessor flags
 213 #=========================================
 214 if (UNRES_WITH_MPI)
 215   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DMP -DMPI")
 216 endif(UNRES_WITH_MPI)
 217
 218 #=========================================
 219 # Apply preprocesor flags to *.F files
 220 #=========================================
 221 set_property(SOURCE ${UNRES_MD_PP_SRC} PROPERTY COMPILE_DEFINITIONS ${CPPFLAGS} )
 222
 223
 224 #========================================
 225 #  Setting binary name
 226 #========================================
 227 if(UNRES_WITH_MPI)
 228   # binary with mpi
 229   set(UNRES_BIN "unres_${Fortran_COMPILER_NAME}_MPICH_${UNRES_MD_FF}.exe")
 230 else(UNRES_WITH_MPI)
 231   # binary without mpi
 232   set(UNRES_BIN "unres_${Fortran_COMPILER_NAME}_single_${UNRES_MD_FF}.exe")
 233 endif(UNRES_WITH_MPI)
 234
 235 #=========================================
 236 # cinfo.f workaround for cmake
 237 #=========================================
 238 # get the current date
 239 TODAY(DATE)
 240 # generate cinfo.f
 241
 242 set(CINFO "${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cinfo.f")
 243 FILE(WRITE ${CINFO}
 244 "C CMake generated file
 245        subroutine cinfo
 246        include 'COMMON.IOUNITS'
 247        write(iout,*)'++++ Compile info ++++'
 248        write(iout,*)'Version ${UNRES_MAJOR}.${UNRES_MINOR} build ${UNRES_PATCH}'
 249 ")
 250
 251 CINFO_FORMAT(${CINFO} "Compiled" "${DATE}" )
 252 CINFO_FORMAT(${CINFO} "Compiled by" "$ENV{USER}@$ENV{HOST}" )
 253 CINFO_FORMAT(${CINFO} "OS name:" "${CMAKE_SYSTEM_NAME}" )
 254 CINFO_FORMAT(${CINFO} "OS release:" "${CMAKE_SYSTEM}" )
 255 CINFO_FORMAT(${CINFO} "Fortran Compiler:" "${CMAKE_Fortran_COMPILER}" )
 256 CINFO_FORMAT(${CINFO} "MD Force field:" "${UNRES_MD_FF}" )
 257 CINFO_FORMAT(${CINFO} "CPPFLAGS =" "${CPPFLAGS}")
 258
 259 FILE(APPEND ${CINFO}
 260 "       write(iout,*)'++++ End of compile info ++++'
 261        return
 262        end ")
 263
 264 #FILE(APPEND ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cinfo.f
 265 #       CINFO_FORMAT(CPPFLAGS)
 266 #)
 267 # add include path
 268 set_property(SOURCE ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cinfo.f PROPERTY COMPILE_FLAGS "${FFLAGS0} -I${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}")
 269
 270 #=========================================
 271 # Set full unres MD sources
 272 #=========================================
 273 set(UNRES_MD_SRCS ${UNRES_MD_SRC0} ${UNRES_MD_SRC3} ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cinfo.f )
 274
 275
 276 #=========================================
 277 # Build the binary
 278 #=========================================
 279 add_executable(UNRES_BIN-MD ${UNRES_MD_SRCS} )
 280 set_target_properties(UNRES_BIN-MD PROPERTIES OUTPUT_NAME ${UNRES_BIN})
 281 #set_property(TARGET ${UNRES_BIN} PROPERTY RUNTIME_OUTPUT_DIRECTORY ${CMAKE_BINARY_DIR}/bin/unres/MD )
 282 #add_dependencies (${UNRES_BIN} ${UNRES_XDRFLIB})
 283
 284
 285 #=========================================
 286 # Link libraries
 287 #=========================================
 288 # link MPI library (libmpich.a)
 289 if(UNRES_WITH_MPI)
 290   target_link_libraries( UNRES_BIN-MD ${MPIF_LIBRARIES} )
 291 endif(UNRES_WITH_MPI)
 292 # link libxdrf.a
 293 #message("UNRES_XDRFLIB=${UNRES_XDRFLIB}")
 294 target_link_libraries( UNRES_BIN-MD xdrf )
 295
 296 #=========================================
 297 # TESTS
 298 #=========================================
 299
 300 #-- Copy all the data files from the test directory into the source directory
 301 #SET(UNRES_TEST_FILES
 302 #       ala10.inp
 303 #    )
 304
 305 #FOREACH (UNRES_TEST_FILE ${UNRES_TEST_FILES})
 306 #      SET (unres_test_dest "${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/${UNRES_TEST_FILE}")
 307 #      MESSAGE (STATUS " Copying ${UNRES_TEST_FILE} from ${CMAKE_SOURCE_DIR}/examples/unres/MD/ff_gab/${UNRES_TEST_FILE} to ${unres_test_dest}")
 308 #      ADD_CUSTOM_COMMAND (
 309 #          TARGET     ${UNRES_BIN}
 310 #          POST_BUILD
 311 #          COMMAND    ${CMAKE_COMMAND} -E copy ${CMAKE_SOURCE_DIR}/examples/unres/MD/ff_gab/${UNRES_TEST_FILE} ${unres_test_dest}
 312 #      )
 313 #ENDFOREACH (UNRES_TEST_FILE ${UNRES_TEST_FILES})
 314
 315 #=========================================
 316 # Generate data test files
 317 #=========================================
 318 #  test_single_ala.sh
 319 #=========================================
 320
 321 FILE(WRITE ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/scripts/test_single_ala.sh
 322 "#!/bin/sh
 323 export POT=GB
 324 export PREFIX=ala10
 325 #-----------------------------------------------------------------------------
 326 UNRES_BIN=./${UNRES_BIN}
 327 #-----------------------------------------------------------------------------
 328 DD=${CMAKE_SOURCE_DIR}/PARAM
 329 export BONDPAR=$DD/bond.parm
 330 export THETPAR=$DD/thetaml.5parm
 331 export ROTPAR=$DD/scgauss.parm
 332 export TORPAR=$DD/torsion_631Gdp.parm
 333 export TORDPAR=$DD/torsion_double_631Gdp.parm
 334 export ELEPAR=$DD/electr_631Gdp.parm
 335 export SIDEPAR=$DD/sc_GB_opt.1gab_3S_qclass5no310-shan2-sc-16-10-8k
 336 export FOURIER=$DD/fourier_opt.parm.1igd_hc_iter3_3
 337 export SCPPAR=$DD/scp.parm
 338 export SCCORPAR=$DD/rotcorr_AM1.parm
 339 export PATTERN=$DD/patterns.cart
 340 #-----------------------------------------------------------------------------
 341 $UNRES_BIN
 342 ")
 343
 344 #
 345 # File permissions workaround
 346 #
 347 FILE(   COPY ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/scripts/test_single_ala.sh
 348         DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}
 349         FILE_PERMISSIONS OWNER_READ OWNER_WRITE OWNER_EXECUTE GROUP_READ GROUP_EXECUTE WORLD_READ WORLD_EXECUTE
 350 )
 351
 352
 353
 354 #=========================================
 355 #  ala10.inp
 356 #=========================================
 357
 358 file(WRITE ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/ala10.inp
 359 "ala10 unblocked
 360 SEED=-1111333 MD ONE_LETTER rescale_mode=2
 361 nstep=15000 ntwe=100 ntwx=1000 dt=0.1 lang=0 tbf t_bath=300 damax=1.0          &
 362 reset_moment=1000 reset_vel=1000
 363 WLONG=1.35279 WSCP=1.59304 WELEC=0.71534 WBOND=1.00000 WANG=1.13873            &
 364 WSCLOC=0.16258 WTOR=1.98599 WTORD=1.57069 WCORRH=0.42887 WCORR5=0.00000        &
 365 WCORR6=0.00000 WEL_LOC=0.16036 WTURN3=1.68722 WTURN4=0.66230 WTURN6=0.00000    &
 366 WVDWPP=0.11371 WHPB=1.00000                                                    &
 367 CUTOFF=7.00000 WCORR4=0.00000
 368 12
 369 XAAAAAAAAAAX
 370  0
 371  0
 372    90.0000   90.0000   90.0000  90.000   90.000   90.000   90.000   90.000
 373    90.0000   90.0000
 374   180.0000  180.0000  180.0000 180.000  180.000  180.000  180.000  180.000
 375   180.0000
 376   110.0000  110.0000  110.0000 100.000  110.000  100.000  110.000  110.000
 377   110.0000  110.0000
 378  -120.0000 -120.0000 -120.000 -120.000 -120.000 -120.000 -120.000 -120.000
 379  -120.0000 -120.0000
 380 ")
 381
 382
 383 # Add tests
 384
 385 if(NOT UNRES_WITH_MPI)
 386
 387   add_test(NAME UNRES_MD_Ala10 COMMAND sh ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/test_single_ala.sh )
 388
 389 else(NOT UNRES_WITH_MPI)
 390
 391
 392   add_test(NAME UNRES_MD_MPI_Ala10 COMMAND mpiexec -boot ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/test_single_ala.sh )
 393
 394 endif(NOT UNRES_WITH_MPI)
 395