source/unres/src_MD/CMakeLists.txt

   1 #
   2 # CMake project file for UNRES with MD for single chains
   3 #
   4
   5 enable_language (Fortran)
   6
   7
   8 #================================
   9 # Set source file lists
  10 #================================
  11 set(UNRES_MD_SRC0
  12         add.f
  13         arcos.f
  14         banach.f
  15         blas.f
  16         bond_move.f
  17         cartder.F
  18         cartprint.f
  19         check_sc_distr.f
  20         check_bond.f
  21         chainbuild.F
  22         checkder_p.F
  23         compare_s1.F
  24         contact.f
  25         convert.f
  26         cored.f
  27         dihed_cons.F
  28         djacob.f
  29         econstr_local.F
  30         eigen.f
  31         elecont.f
  32         energy_split-sep.F
  33         entmcm.F
  34         fitsq.f
  35         gauss.f
  36         gen_rand_conf.F
  37         geomout.F
  38         gnmr1.f
  39         intcartderiv.F
  40         initialize_p.F
  41         int_to_cart.f
  42         intcor.f
  43         intlocal.f
  44         kinetic_lesyng.f
  45         lagrangian_lesyng.F
  46         local_move.f
  47         map.f
  48         matmult.f
  49         mc.F
  50         mcm.F
  51         MD_A-MTS.F
  52         minimize_p.F
  53         minim_mcmf.F
  54         misc.f
  55         moments.f
  56         MP.F
  57         MREMD.F
  58         muca_md.f
  59         parmread.F
  60         pinorm.f
  61         printmat.f
  62         prng_32.F
  63         q_measure.F
  64         randgens.f
  65         rattle.F
  66         readpdb.F
  67         readrtns.F
  68         refsys.f
  69         regularize.F
  70         rescode.f
  71         rmdd.f
  72         rmsd.F
  73         sc_move.F
  74         sort.f
  75         ssMD.F
  76         stochfric.F
  77         sumsld.f
  78         surfatom.f
  79         test.F
  80         timing.F
  81         thread.F
  82         unres.F
  83 )
  84
  85 set(UNRES_MD_SRC3
  86         energy_p_new_barrier.F
  87         energy_p_new-sep_barrier.F
  88         gradient_p.F )
  89
  90 set(UNRES_MD_PP_SRC
  91         cartder.F
  92         chainbuild.F
  93         checkder_p.F
  94         compare_s1.F
  95         dihed_cons.F
  96         econstr_local.F
  97         energy_p_new_barrier.F
  98         energy_p_new-sep_barrier.F
  99         energy_split-sep.F
 100         entmcm.F
 101         gen_rand_conf.F
 102         geomout.F
 103         gradient_p.F
 104         initialize_p.F
 105         intcartderiv.F
 106         lagrangian_lesyng.F
 107         mc.F
 108         mcm.F
 109         MD_A-MTS.F
 110         minimize_p.F
 111         minim_mcmf.F
 112         MP.F
 113         MREMD.F
 114         parmread.F
 115         prng_32.F
 116         q_measure1.F
 117         q_measure3.F
 118         q_measure.F
 119         rattle.F
 120         readpdb.F
 121         readrtns.F
 122         regularize.F
 123         rmsd.F
 124         sc_move.F
 125         ssMD.F
 126         stochfric.F
 127         test.F
 128         thread.F
 129         timing.F
 130         unres.F
 131         proc_proc.c
 132 )
 133
 134 #================================================
 135 # Set comipiler flags for different sourcefiles
 136 #================================================
 137 if (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 138   set(FFLAGS0 "-ip -w" )
 139   set(FFLAGS1 "-w -g -d2 -CA -CB" )
 140   set(FFLAGS2 "-w -g -00 ")
 141   #set(FFLAGS3 "-c -w -O3 -ipo -ipo_obj -opt_report" )
 142   set(FFLAGS3 "-w -ipo " )
 143 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "gfortran")
 144   set(FFLAGS0 "-std=legacy -I. " )
 145   set(FFLAGS1 "-std=legacy -g -I. " )
 146   set(FFLAGS2 "-std=legacy -I. ")
 147   #set(FFLAGS3 "-c -w -O3 -ipo -ipo_obj -opt_report" )
 148   set(FFLAGS3 "-std=legacy -I. " )
 149 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "g77")
 150   set(FFLAGS0 "-I ${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR} " )
 151   set(FFLAGS1 "-g -I ${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR} " )
 152   set(FFLAGS2 "-I ${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR} ")
 153   set(FFLAGS3 "-I ${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR} " )
 154 endif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 155
 156
 157 # Add MPI compiler flags
 158 if(UNRES_WITH_MPI)
 159   set(FFLAGS0 "${FFLAGS0} -I${MPI_Fortran_INCLUDE_PATH}")
 160   set(FFLAGS1 "${FFLAGS1} -I${MPI_Fortran_INCLUDE_PATH}")
 161   set(FFLAGS2 "${FFLAGS2} -I${MPI_Fortran_INCLUDE_PATH}")
 162   set(FFLAGS3 "${FFLAGS3} -I${MPI_Fortran_INCLUDE_PATH}")
 163 endif(UNRES_WITH_MPI)
 164
 165 set_property(SOURCE ${UNRES_MD_SRC0} APPEND PROPERTY COMPILE_FLAGS ${FFLAGS0} )
 166 #set_property(SOURCE ${UNRES_MD_SRC1} PROPERTY COMPILE_FLAGS ${FFLAGS1} )
 167 #set_property(SOURCE ${UNRES_MD_SRC2} PROPERTY COMPILE_FLAGS ${FFLAGS2} )
 168 set_property(SOURCE ${UNRES_MD_SRC3} PROPERTY COMPILE_FLAGS ${FFLAGS3} )
 169
 170 #=========================================
 171 # Settings for GAB force field
 172 #=========================================
 173 if(UNRES_MD_FF STREQUAL "GAB" )
 174   # set preprocesor flags
 175   set(CPPFLAGS "PROCOR -DUNRES -DISNAN -DSPLITELE -DLANG0 -DCRYST_BOND -DCRYST_THETA -DCRYST_SC -DSCCORPDB" )
 176
 177 #=========================================
 178 #  Settings for E0LL2Y force field
 179 #=========================================
 180 elseif(UNRES_MD_FF STREQUAL "E0LL2Y")
 181   # set preprocesor flags
 182   set(CPPFLAGS "PROCOR -DUNRES -DISNAN -DSPLITELE -DLANG0 -DSCCORPDB" )
 183 endif(UNRES_MD_FF STREQUAL "GAB")
 184
 185 #=========================================
 186 # System specific flags
 187 #=========================================
 188 if(${CMAKE_SYSTEM_NAME} MATCHES "Linux")
 189   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DLINUX")
 190 endif(${CMAKE_SYSTEM_NAME} MATCHES "Linux")
 191
 192 #=========================================
 193 # Compiler specific flags
 194 #=========================================
 195
 196 if (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 197   # Add ifort preprocessor flags
 198   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DPGI")
 199 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "f95")
 200   # Add new gfortran flags
 201   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DG77")
 202 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "gfortran")
 203   # Add old gfortran flags
 204   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DG77")
 205 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "g77")
 206   # Add old gfortran flags
 207   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DG77")
 208 else(Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 209   # Default preprocessor flag
 210   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DPGI")
 211 endif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 212
 213 #=========================================
 214 # Add MPI preprocessor flags
 215 #=========================================
 216 if (UNRES_WITH_MPI)
 217   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DMP -DMPI")
 218 endif(UNRES_WITH_MPI)
 219
 220 #=========================================
 221 # Add 64-bit specific preprocessor flags
 222 #=========================================
 223 if (architektura STREQUAL "64")
 224   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DAMD64")
 225 endif (architektura STREQUAL "64")
 226
 227 #=========================================
 228 # Apply preprocesor flags to *.F files
 229 #=========================================
 230 set_property(SOURCE ${UNRES_MD_PP_SRC} PROPERTY COMPILE_DEFINITIONS ${CPPFLAGS} )
 231
 232
 233 #========================================
 234 #  Setting binary name
 235 #========================================
 236 if(UNRES_WITH_MPI)
 237   # binary with mpi
 238   set(UNRES_BIN "unresMD_${Fortran_COMPILER_NAME}_MPICH_${UNRES_MD_FF}.exe")
 239 else(UNRES_WITH_MPI)
 240   # binary without mpi
 241   set(UNRES_BIN "unresMD_${Fortran_COMPILER_NAME}_single_${UNRES_MD_FF}.exe")
 242 endif(UNRES_WITH_MPI)
 243
 244 #=========================================
 245 # cinfo.f workaround for cmake
 246 #=========================================
 247 # get the current date
 248 TODAY(DATE)
 249 # generate cinfo.f
 250
 251 set(CINFO "${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cinfo.f")
 252 FILE(WRITE ${CINFO}
 253 "C CMake generated file
 254        subroutine cinfo
 255        include 'COMMON.IOUNITS'
 256        write(iout,*)'++++ Compile info ++++'
 257        write(iout,*)'Version ${UNRES_MAJOR}.${UNRES_MINOR} build ${UNRES_PATCH}'
 258 ")
 259
 260 CINFO_FORMAT(${CINFO} "Compiled" "${DATE}" )
 261 CINFO_FORMAT(${CINFO} "Compiled by" "$ENV{USER}@$ENV{HOST}" )
 262 CINFO_FORMAT(${CINFO} "OS name:" "${CMAKE_SYSTEM_NAME}" )
 263 CINFO_FORMAT(${CINFO} "OS release:" "${CMAKE_SYSTEM}" )
 264 CINFO_FORMAT(${CINFO} "Fortran Compiler:" "${CMAKE_Fortran_COMPILER}" )
 265 CINFO_FORMAT(${CINFO} "MD Force field:" "${UNRES_MD_FF}" )
 266 CINFO_FORMAT(${CINFO} "CPPFLAGS =" "${CPPFLAGS}")
 267
 268 FILE(APPEND ${CINFO}
 269 "       write(iout,*)'++++ End of compile info ++++'
 270        return
 271        end ")
 272
 273 # add include path
 274 set_property(SOURCE ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cinfo.f PROPERTY COMPILE_FLAGS "${FFLAGS0} -I${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}")
 275
 276 #=========================================
 277 # Set full unres MD sources
 278 #=========================================
 279 set(UNRES_MD_SRCS ${UNRES_MD_SRC0} ${UNRES_MD_SRC3} ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cinfo.f )
 280
 281
 282 #=========================================
 283 # Build the binary
 284 #=========================================
 285 add_executable(UNRES_BIN-MD ${UNRES_MD_SRCS} )
 286 set_target_properties(UNRES_BIN-MD PROPERTIES OUTPUT_NAME ${UNRES_BIN})
 287 set_property(TARGET UNRES_BIN-MD PROPERTY RUNTIME_OUTPUT_DIRECTORY ${CMAKE_BINARY_DIR}/bin )
 288 #add_dependencies (${UNRES_BIN} ${UNRES_XDRFLIB})
 289
 290
 291 #=========================================
 292 # Link libraries
 293 #=========================================
 294 # link MPI library (libmpich.a)
 295 if(UNRES_WITH_MPI)
 296   target_link_libraries( UNRES_BIN-MD ${MPI_Fortran_LIBRARIES} )
 297 endif(UNRES_WITH_MPI)
 298 # link libxdrf.a
 299 #message("UNRES_XDRFLIB=${UNRES_XDRFLIB}")
 300 target_link_libraries( UNRES_BIN-MD xdrf )
 301
 302 #=========================================
 303 # Install Path
 304 #=========================================
 305 install(TARGETS UNRES_BIN-MD DESTINATION ${CMAKE_INSTALL_PREFIX}/unres/MD)
 306
 307 #=========================================
 308 # TESTS
 309 #=========================================
 310
 311 #-- Copy all the data files from the test directory into the source directory
 312 #SET(UNRES_TEST_FILES
 313 #       ala10.inp
 314 #    )
 315
 316 #FOREACH (UNRES_TEST_FILE ${UNRES_TEST_FILES})
 317 #      SET (unres_test_dest "${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/${UNRES_TEST_FILE}")
 318 #      MESSAGE (STATUS " Copying ${UNRES_TEST_FILE} from ${CMAKE_SOURCE_DIR}/examples/unres/MD/ff_gab/${UNRES_TEST_FILE} to ${unres_test_dest}")
 319 #      ADD_CUSTOM_COMMAND (
 320 #          TARGET     ${UNRES_BIN}
 321 #          POST_BUILD
 322 #          COMMAND    ${CMAKE_COMMAND} -E copy ${CMAKE_SOURCE_DIR}/examples/unres/MD/ff_gab/${UNRES_TEST_FILE} ${unres_test_dest}
 323 #      )
 324 #ENDFOREACH (UNRES_TEST_FILE ${UNRES_TEST_FILES})
 325
 326 #=========================================
 327 # Generate data test files
 328 #=========================================
 329 #  test_single_ala.sh
 330 #=========================================
 331 #
 332 # Set parmaeters depending on force field
 333 if(UNRES_MD_FF STREQUAL "GAB")
 334    set(UNRES_BONDPAR "bond.parm")
 335 elseif(UNRES_MD_FF STREQUAL "E0LL2Y")
 336    set(UNRES_BONDPAR "bond_AM1.parm")
 337 endif(UNRES_MD_FF STREQUAL "GAB")
 338
 339 FILE(WRITE ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/scripts/test_single_ala.sh
 340 "#!/bin/sh
 341 export POT=GB
 342 export PREFIX=ala10
 343 #-----------------------------------------------------------------------------
 344 UNRES_BIN=${CMAKE_BINARY_DIR}/bin/${UNRES_BIN}
 345 #-----------------------------------------------------------------------------
 346 DD=${CMAKE_SOURCE_DIR}/PARAM
 347 export BONDPAR=$DD/${UNRES_BONDPAR}
 348 export THETPAR=$DD/thetaml.5parm
 349 export ROTPAR=$DD/scgauss.parm
 350 export TORPAR=$DD/torsion_631Gdp.parm
 351 export TORDPAR=$DD/torsion_double_631Gdp.parm
 352 export ELEPAR=$DD/electr_631Gdp.parm
 353 export SIDEPAR=$DD/sc_GB_opt.1gab_3S_qclass5no310-shan2-sc-16-10-8k
 354 export FOURIER=$DD/fourier_opt.parm.1igd_hc_iter3_3
 355 export SCPPAR=$DD/scp.parm
 356 export SCCORPAR=$DD/sccor_pdb_shelly.dat
 357 export PATTERN=$DD/patterns.cart
 358 #-----------------------------------------------------------------------------
 359 $UNRES_BIN
 360 ")
 361
 362 #
 363 # File permissions workaround
 364 #
 365 FILE(   COPY ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/scripts/test_single_ala.sh
 366         DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}
 367         FILE_PERMISSIONS OWNER_READ OWNER_WRITE OWNER_EXECUTE GROUP_READ GROUP_EXECUTE WORLD_READ WORLD_EXECUTE
 368 )
 369
 370
 371
 372 #=========================================
 373 #  ala10.inp
 374 #=========================================
 375
 376 file(WRITE ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/ala10.inp
 377 "ala10 unblocked
 378 SEED=-1111333 MD ONE_LETTER rescale_mode=2
 379 nstep=15000 ntwe=100 ntwx=1000 dt=0.1 lang=0 tbf t_bath=300 damax=1.0          &
 380 reset_moment=1000 reset_vel=1000
 381 WLONG=1.35279 WSCP=1.59304 WELEC=0.71534 WBOND=1.00000 WANG=1.13873            &
 382 WSCLOC=0.16258 WTOR=1.98599 WTORD=1.57069 WCORRH=0.42887 WCORR5=0.00000        &
 383 WCORR6=0.00000 WEL_LOC=0.16036 WTURN3=1.68722 WTURN4=0.66230 WTURN6=0.00000    &
 384 WVDWPP=0.11371 WHPB=1.00000                                                    &
 385 CUTOFF=7.00000 WCORR4=0.00000
 386 12
 387 XAAAAAAAAAAX
 388  0
 389  0
 390    90.0000   90.0000   90.0000  90.000   90.000   90.000   90.000   90.000
 391    90.0000   90.0000
 392   180.0000  180.0000  180.0000 180.000  180.000  180.000  180.000  180.000
 393   180.0000
 394   110.0000  110.0000  110.0000 100.000  110.000  100.000  110.000  110.000
 395   110.0000  110.0000
 396  -120.0000 -120.0000 -120.000 -120.000 -120.000 -120.000 -120.000 -120.000
 397  -120.0000 -120.0000
 398 ")
 399
 400
 401 # Add tests
 402
 403 if(NOT UNRES_WITH_MPI)
 404
 405   add_test(NAME UNRES_MD_Ala10 COMMAND sh ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/test_single_ala.sh )
 406
 407 else(NOT UNRES_WITH_MPI)
 408
 409
 410   add_test(NAME UNRES_MD_MPI_Ala10 COMMAND mpiexec -boot ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/test_single_ala.sh )
 411
 412 endif(NOT UNRES_WITH_MPI)
 413