source/unres/src_MD/CMakeLists.txt

   1 #
   2 # CMake project file for UNRES with MD for single chains
   3 #
   4
   5 enable_language (Fortran)
   6
   7
   8 #================================
   9 # Set source file lists
  10 #================================
  11 set(UNRES_MD_SRC0
  12         add.f
  13         arcos.f
  14         banach.f
  15         blas.f
  16         bond_move.f
  17         cartder.F
  18         cartprint.f
  19         check_sc_distr.f
  20         check_bond.f
  21         chainbuild.F
  22         checkder_p.F
  23         compare_s1.F
  24         contact.f
  25         convert.f
  26         cored.f
  27         dihed_cons.F
  28         djacob.f
  29         econstr_local.F
  30         eigen.f
  31         elecont.f
  32         energy_split-sep.F
  33         entmcm.F
  34         fitsq.f
  35         gauss.f
  36         gen_rand_conf.F
  37         geomout.F
  38         gnmr1.f
  39         intcartderiv.F
  40         initialize_p.F
  41         int_to_cart.f
  42         intcor.f
  43         intlocal.f
  44         kinetic_lesyng.f
  45         lagrangian_lesyng.F
  46         local_move.f
  47         map.f
  48         matmult.f
  49         mc.F
  50         mcm.F
  51         MD_A-MTS.F
  52         minimize_p.F
  53         minim_mcmf.F
  54         misc.f
  55         moments.f
  56         MP.F
  57         MREMD.F
  58         muca_md.f
  59         parmread.F
  60         pinorm.f
  61         printmat.f
  62         q_measure.F
  63         randgens.f
  64         rattle.F
  65         readpdb.F
  66         readrtns.F
  67         refsys.f
  68         regularize.F
  69         rescode.f
  70         rmdd.f
  71         rmsd.F
  72         sc_move.F
  73         sort.f
  74         stochfric.F
  75         sumsld.f
  76         surfatom.f
  77         test.F
  78         timing.F
  79         thread.F
  80         unres.F
  81         ssMD.F
  82 )
  83
  84 if(Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
  85   set(UNRES_MD_SRC0 ${UNRES_MD_SRC0} prng.f )
  86 elseif(Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "mpif90")
  87   set(UNRES_MD_SRC0 ${UNRES_MD_SRC0} prng.f )
  88 elseif(Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "f95")
  89   set(UNRES_MD_SRC0 ${UNRES_MD_SRC0} prng.f )
  90 elseif(Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "gfortran")
  91   set(UNRES_MD_SRC0 ${UNRES_MD_SRC0} prng.f )
  92 else()
  93   set(UNRES_MD_SRC0 ${UNRES_MD_SRC0} prng_32.F )
  94 endif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
  95
  96
  97 set(UNRES_MD_SRC3
  98         energy_p_new_barrier.F
  99         energy_p_new-sep_barrier.F
 100         gradient_p.F )
 101
 102 set(UNRES_MD_PP_SRC
 103         cartder.F
 104         chainbuild.F
 105         checkder_p.F
 106         compare_s1.F
 107         dihed_cons.F
 108         econstr_local.F
 109         energy_p_new_barrier.F
 110         energy_p_new-sep_barrier.F
 111         energy_split-sep.F
 112         entmcm.F
 113         gen_rand_conf.F
 114         geomout.F
 115         gradient_p.F
 116         initialize_p.F
 117         intcartderiv.F
 118         lagrangian_lesyng.F
 119         mc.F
 120         mcm.F
 121         MD_A-MTS.F
 122         minimize_p.F
 123         minim_mcmf.F
 124         MP.F
 125         MREMD.F
 126         parmread.F
 127         q_measure1.F
 128         q_measure3.F
 129         q_measure.F
 130         rattle.F
 131         readpdb.F
 132         readrtns.F
 133         regularize.F
 134         rmsd.F
 135         sc_move.F
 136         stochfric.F
 137         test.F
 138         thread.F
 139         timing.F
 140         unres.F
 141         proc_proc.c
 142 )
 143
 144
 145 if(NOT Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 146   set(UNRES_MD_PP_SRC ${UNRES_MD_PP_SRC} prng_32.F)
 147 endif(NOT Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 148
 149 #================================================
 150 # Set comipiler flags for different sourcefiles
 151 #================================================
 152 if (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 153   set(FFLAGS0 "-ip -w" )
 154   set(FFLAGS1 "-w -g -d2 -CA -CB" )
 155   set(FFLAGS2 "-w -g -00 ")
 156   #set(FFLAGS3 "-c -w -O3 -ipo -ipo_obj -opt_report" )
 157   set(FFLAGS3 "-w -ipo " )
 158 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "gfortran")
 159   set(FFLAGS0 "-std=legacy -I. " )
 160   set(FFLAGS1 "-std=legacy -g -I. " )
 161   set(FFLAGS2 "-std=legacy -I. ")
 162   #set(FFLAGS3 "-c -w -O3 -ipo -ipo_obj -opt_report" )
 163   set(FFLAGS3 "-std=legacy -I. " )
 164 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "g77")
 165   set(FFLAGS0 "-I ${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR} " )
 166   set(FFLAGS1 "-g -I ${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR} " )
 167   set(FFLAGS2 "-I ${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR} ")
 168   set(FFLAGS3 "-I ${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR} " )
 169 endif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 170
 171
 172 # Add MPI compiler flags
 173 if(UNRES_WITH_MPI)
 174   set(FFLAGS0 "${FFLAGS0} -I${MPIF_INCLUDE_DIRECTORIES}")
 175   set(FFLAGS1 "${FFLAGS1} -I${MPIF_INCLUDE_DIRECTORIES}")
 176   set(FFLAGS2 "${FFLAGS2} -I${MPIF_INCLUDE_DIRECTORIES}")
 177   set(FFLAGS3 "${FFLAGS3} -I${MPIF_INCLUDE_DIRECTORIES}")
 178 endif(UNRES_WITH_MPI)
 179
 180 set_property(SOURCE ${UNRES_MD_SRC0} APPEND PROPERTY COMPILE_FLAGS ${FFLAGS0} )
 181 #set_property(SOURCE ${UNRES_MD_SRC1} PROPERTY COMPILE_FLAGS ${FFLAGS1} )
 182 #set_property(SOURCE ${UNRES_MD_SRC2} PROPERTY COMPILE_FLAGS ${FFLAGS2} )
 183 set_property(SOURCE ${UNRES_MD_SRC3} PROPERTY COMPILE_FLAGS ${FFLAGS3} )
 184
 185 #=========================================
 186 # Settings for GAB force field
 187 #=========================================
 188 if(UNRES_MD_FF STREQUAL "GAB" )
 189   # set preprocesor flags
 190   set(CPPFLAGS "PROCOR -DUNRES -DISNAN -DSPLITELE -DLANG0 -DCRYST_BOND -DCRYST_THETA -DCRYST_SC" )
 191
 192 #=========================================
 193 #  Settings for E0LL2Y force field
 194 #=========================================
 195 elseif(UNRES_MD_FF STREQUAL "E0LL2Y")
 196   # set preprocesor flags
 197   set(CPPFLAGS "PROCOR -DUNRES -DISNAN -DSPLITELE -DLANG0" )
 198 endif(UNRES_MD_FF STREQUAL "GAB")
 199
 200 #=========================================
 201 # System specific flags
 202 #=========================================
 203 if(${CMAKE_SYSTEM_NAME} MATCHES "Linux")
 204   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DLINUX")
 205 endif(${CMAKE_SYSTEM_NAME} MATCHES "Linux")
 206
 207 #=========================================
 208 # Compiler specific flags
 209 #=========================================
 210
 211 if (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 212   # Add ifort preprocessor flags
 213   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DPGI")
 214 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "f95")
 215   # Add new gfortran flags
 216   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DG77")
 217 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "gfortran")
 218   # Add old gfortran flags
 219   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DG77")
 220 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "g77")
 221   # Add old gfortran flags
 222   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DG77")
 223 else(Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 224   # Default preprocessor flag
 225   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DPGI")
 226 endif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 227
 228 #=========================================
 229 # Add MPI preprocessor flags
 230 #=========================================
 231 if (UNRES_WITH_MPI)
 232   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DMP -DMPI")
 233 endif(UNRES_WITH_MPI)
 234
 235 #=========================================
 236 # Apply preprocesor flags to *.F files
 237 #=========================================
 238 set_property(SOURCE ${UNRES_MD_PP_SRC} PROPERTY COMPILE_DEFINITIONS ${CPPFLAGS} )
 239
 240
 241 #========================================
 242 #  Setting binary name
 243 #========================================
 244 if(UNRES_WITH_MPI)
 245   # binary with mpi
 246   set(UNRES_BIN "unres_${Fortran_COMPILER_NAME}_MPICH_${UNRES_MD_FF}.exe")
 247 else(UNRES_WITH_MPI)
 248   # binary without mpi
 249   set(UNRES_BIN "unres_${Fortran_COMPILER_NAME}_single_${UNRES_MD_FF}.exe")
 250 endif(UNRES_WITH_MPI)
 251
 252 #=========================================
 253 # cinfo.f workaround for cmake
 254 #=========================================
 255 # get the current date
 256 TODAY(DATE)
 257 # generate cinfo.f
 258
 259 set(CINFO "${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cinfo.f")
 260 FILE(WRITE ${CINFO}
 261 "C CMake generated file
 262        subroutine cinfo
 263        include 'COMMON.IOUNITS'
 264        write(iout,*)'++++ Compile info ++++'
 265        write(iout,*)'Version ${UNRES_MAJOR}.${UNRES_MINOR} build ${UNRES_PATCH}'
 266 ")
 267
 268 CINFO_FORMAT(${CINFO} "Compiled" "${DATE}" )
 269 CINFO_FORMAT(${CINFO} "Compiled by" "$ENV{USER}@$ENV{HOST}" )
 270 CINFO_FORMAT(${CINFO} "OS name:" "${CMAKE_SYSTEM_NAME}" )
 271 CINFO_FORMAT(${CINFO} "OS release:" "${CMAKE_SYSTEM}" )
 272 CINFO_FORMAT(${CINFO} "Fortran Compiler:" "${CMAKE_Fortran_COMPILER}" )
 273 CINFO_FORMAT(${CINFO} "MD Force field:" "${UNRES_MD_FF}" )
 274 CINFO_FORMAT(${CINFO} "CPPFLAGS =" "${CPPFLAGS}")
 275
 276 FILE(APPEND ${CINFO}
 277 "       write(iout,*)'++++ End of compile info ++++'
 278        return
 279        end ")
 280
 281 # add include path
 282 set_property(SOURCE ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cinfo.f PROPERTY COMPILE_FLAGS "${FFLAGS0} -I${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}")
 283
 284 #=========================================
 285 # Set full unres MD sources
 286 #=========================================
 287 set(UNRES_MD_SRCS ${UNRES_MD_SRC0} ${UNRES_MD_SRC3} ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cinfo.f )
 288
 289
 290 #=========================================
 291 # Build the binary
 292 #=========================================
 293 add_executable(UNRES_BIN-MD ${UNRES_MD_SRCS} )
 294 set_target_properties(UNRES_BIN-MD PROPERTIES OUTPUT_NAME ${UNRES_BIN})
 295 #set_property(TARGET ${UNRES_BIN} PROPERTY RUNTIME_OUTPUT_DIRECTORY ${CMAKE_BINARY_DIR}/bin/unres/MD )
 296 #add_dependencies (${UNRES_BIN} ${UNRES_XDRFLIB})
 297
 298
 299 #=========================================
 300 # Link libraries
 301 #=========================================
 302 # link MPI library (libmpich.a)
 303 if(UNRES_WITH_MPI)
 304   target_link_libraries( UNRES_BIN-MD ${MPIF_LIBRARIES} )
 305 endif(UNRES_WITH_MPI)
 306 # link libxdrf.a
 307 #message("UNRES_XDRFLIB=${UNRES_XDRFLIB}")
 308 target_link_libraries( UNRES_BIN-MD xdrf )
 309
 310 #=========================================
 311 # TESTS
 312 #=========================================
 313
 314 #-- Copy all the data files from the test directory into the source directory
 315 #SET(UNRES_TEST_FILES
 316 #       ala10.inp
 317 #    )
 318
 319 #FOREACH (UNRES_TEST_FILE ${UNRES_TEST_FILES})
 320 #      SET (unres_test_dest "${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/${UNRES_TEST_FILE}")
 321 #      MESSAGE (STATUS " Copying ${UNRES_TEST_FILE} from ${CMAKE_SOURCE_DIR}/examples/unres/MD/ff_gab/${UNRES_TEST_FILE} to ${unres_test_dest}")
 322 #      ADD_CUSTOM_COMMAND (
 323 #          TARGET     ${UNRES_BIN}
 324 #          POST_BUILD
 325 #          COMMAND    ${CMAKE_COMMAND} -E copy ${CMAKE_SOURCE_DIR}/examples/unres/MD/ff_gab/${UNRES_TEST_FILE} ${unres_test_dest}
 326 #      )
 327 #ENDFOREACH (UNRES_TEST_FILE ${UNRES_TEST_FILES})
 328
 329 #=========================================
 330 # Generate data test files
 331 #=========================================
 332 #  test_single_ala.sh
 333 #=========================================
 334
 335 FILE(WRITE ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/scripts/test_single_ala.sh
 336 "#!/bin/sh
 337 export POT=GB
 338 export PREFIX=ala10
 339 #-----------------------------------------------------------------------------
 340 UNRES_BIN=./${UNRES_BIN}
 341 #-----------------------------------------------------------------------------
 342 DD=${CMAKE_SOURCE_DIR}/PARAM
 343 export BONDPAR=$DD/bond.parm
 344 export THETPAR=$DD/thetaml.5parm
 345 export ROTPAR=$DD/scgauss.parm
 346 export TORPAR=$DD/torsion_631Gdp.parm
 347 export TORDPAR=$DD/torsion_double_631Gdp.parm
 348 export ELEPAR=$DD/electr_631Gdp.parm
 349 export SIDEPAR=$DD/sc_GB_opt.1gab_3S_qclass5no310-shan2-sc-16-10-8k
 350 export FOURIER=$DD/fourier_opt.parm.1igd_hc_iter3_3
 351 export SCPPAR=$DD/scp.parm
 352 export SCCORPAR=$DD/sccor_pdb_shelly.dat
 353 export PATTERN=$DD/patterns.cart
 354 #-----------------------------------------------------------------------------
 355 $UNRES_BIN
 356 ")
 357
 358 #
 359 # File permissions workaround
 360 #
 361 FILE(   COPY ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/scripts/test_single_ala.sh
 362         DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}
 363         FILE_PERMISSIONS OWNER_READ OWNER_WRITE OWNER_EXECUTE GROUP_READ GROUP_EXECUTE WORLD_READ WORLD_EXECUTE
 364 )
 365
 366
 367
 368 #=========================================
 369 #  ala10.inp
 370 #=========================================
 371
 372 file(WRITE ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/ala10.inp
 373 "ala10 unblocked
 374 SEED=-1111333 MD ONE_LETTER rescale_mode=2
 375 nstep=15000 ntwe=100 ntwx=1000 dt=0.1 lang=0 tbf t_bath=300 damax=1.0          &
 376 reset_moment=1000 reset_vel=1000
 377 WLONG=1.35279 WSCP=1.59304 WELEC=0.71534 WBOND=1.00000 WANG=1.13873            &
 378 WSCLOC=0.16258 WTOR=1.98599 WTORD=1.57069 WCORRH=0.42887 WCORR5=0.00000        &
 379 WCORR6=0.00000 WEL_LOC=0.16036 WTURN3=1.68722 WTURN4=0.66230 WTURN6=0.00000    &
 380 WVDWPP=0.11371 WHPB=1.00000                                                    &
 381 CUTOFF=7.00000 WCORR4=0.00000
 382 12
 383 XAAAAAAAAAAX
 384  0
 385  0
 386    90.0000   90.0000   90.0000  90.000   90.000   90.000   90.000   90.000
 387    90.0000   90.0000
 388   180.0000  180.0000  180.0000 180.000  180.000  180.000  180.000  180.000
 389   180.0000
 390   110.0000  110.0000  110.0000 100.000  110.000  100.000  110.000  110.000
 391   110.0000  110.0000
 392  -120.0000 -120.0000 -120.000 -120.000 -120.000 -120.000 -120.000 -120.000
 393  -120.0000 -120.0000
 394 ")
 395
 396
 397 # Add tests
 398
 399 if(NOT UNRES_WITH_MPI)
 400
 401   add_test(NAME UNRES_MD_Ala10 COMMAND sh ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/test_single_ala.sh )
 402
 403 else(NOT UNRES_WITH_MPI)
 404
 405
 406   add_test(NAME UNRES_MD_MPI_Ala10 COMMAND mpiexec -boot ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/test_single_ala.sh )
 407
 408 endif(NOT UNRES_WITH_MPI)
 409