source/unres/src_MD/CMakeLists.txt

   1 #
   2 # CMake project file for UNRES with MD for single chains
   3 #
   4
   5 enable_language (Fortran)
   6
   7
   8 #================================
   9 # Set source file lists
  10 #================================
  11 set(UNRES_MD_SRC0
  12         add.f
  13         arcos.f
  14         banach.f
  15         blas.f
  16         bond_move.f
  17         cartder.F
  18         cartprint.f
  19         check_sc_distr.f
  20         check_bond.f
  21         chainbuild.F
  22         checkder_p.F
  23         compare_s1.F
  24         contact.f
  25         convert.f
  26         cored.f
  27         dihed_cons.F
  28         djacob.f
  29         econstr_local.F
  30         eigen.f
  31         elecont.f
  32         energy_split-sep.F
  33         entmcm.F
  34         fitsq.f
  35         gauss.f
  36         gen_rand_conf.F
  37         geomout.F
  38         gnmr1.f
  39         intcartderiv.F
  40         initialize_p.F
  41         int_to_cart.f
  42         intcor.f
  43         intlocal.f
  44         kinetic_lesyng.f
  45         lagrangian_lesyng.F
  46         local_move.f
  47         map.f
  48         matmult.f
  49         mc.F
  50         mcm.F
  51         MD_A-MTS.F
  52         minimize_p.F
  53         minim_mcmf.F
  54         misc.f
  55         moments.f
  56         MP.F
  57         MREMD.F
  58         muca_md.f
  59         parmread.F
  60         pinorm.f
  61         printmat.f
  62         q_measure.F
  63         randgens.f
  64         rattle.F
  65         readpdb.F
  66         readrtns.F
  67         refsys.f
  68         regularize.F
  69         rescode.f
  70         rmdd.f
  71         rmsd.F
  72         sc_move.F
  73         sort.f
  74         stochfric.F
  75         sumsld.f
  76         surfatom.f
  77         test.F
  78         timing.F
  79         thread.F
  80         unres.F
  81         ssMD.F
  82 )
  83
  84 if(Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
  85   set(UNRES_MD_SRC0 ${UNRES_MD_SRC0} prng.f )
  86 elseif(Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "mpif90")
  87   set(UNRES_MD_SRC0 ${UNRES_MD_SRC0} prng.f )
  88 elseif(Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "f95")
  89   set(UNRES_MD_SRC0 ${UNRES_MD_SRC0} prng.f )
  90 elseif(Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "gfortran")
  91   set(UNRES_MD_SRC0 ${UNRES_MD_SRC0} prng.f )
  92 else()
  93   set(UNRES_MD_SRC0 ${UNRES_MD_SRC0} prng_32.F )
  94 endif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
  95
  96
  97 set(UNRES_MD_SRC3
  98         energy_p_new_barrier.F
  99         energy_p_new-sep_barrier.F
 100         gradient_p.F )
 101
 102 set(UNRES_MD_PP_SRC
 103         cartder.F
 104         chainbuild.F
 105         checkder_p.F
 106         compare_s1.F
 107         dihed_cons.F
 108         econstr_local.F
 109         energy_p_new_barrier.F
 110         energy_p_new-sep_barrier.F
 111         energy_split-sep.F
 112         entmcm.F
 113         gen_rand_conf.F
 114         geomout.F
 115         gradient_p.F
 116         initialize_p.F
 117         intcartderiv.F
 118         lagrangian_lesyng.F
 119         mc.F
 120         mcm.F
 121         MD_A-MTS.F
 122         minimize_p.F
 123         minim_mcmf.F
 124         MP.F
 125         MREMD.F
 126         parmread.F
 127         q_measure1.F
 128         q_measure3.F
 129         q_measure.F
 130         rattle.F
 131         readpdb.F
 132         readrtns.F
 133         regularize.F
 134         rmsd.F
 135         sc_move.F
 136         stochfric.F
 137         test.F
 138         thread.F
 139         timing.F
 140         unres.F
 141         proc_proc.c
 142 )
 143
 144
 145 if(NOT Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 146   set(UNRES_MD_PP_SRC ${UNRES_MD_PP_SRC} prng_32.F)
 147 endif(NOT Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 148
 149 #================================================
 150 # Set comipiler flags for different sourcefiles
 151 #================================================
 152 if (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 153   set(FFLAGS0 "-ip -w" )
 154   set(FFLAGS1 "-w -g -d2 -CA -CB" )
 155   set(FFLAGS2 "-w -g -00 ")
 156   #set(FFLAGS3 "-c -w -O3 -ipo -ipo_obj -opt_report" )
 157   set(FFLAGS3 "-w -ipo " )
 158 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "gfortran")
 159   set(FFLAGS0 "-std=legacy -I. " )
 160   set(FFLAGS1 "-std=legacy -g -I. " )
 161   set(FFLAGS2 "-std=legacy -I. ")
 162   #set(FFLAGS3 "-c -w -O3 -ipo -ipo_obj -opt_report" )
 163   set(FFLAGS3 "-std=legacy -I. " )
 164 <<<<<<< HEAD
 165 =======
 166 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "g77")
 167   set(FFLAGS0 "-I ${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR} " )
 168   set(FFLAGS1 "-g -I ${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR} " )
 169   set(FFLAGS2 "-I ${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR} ")
 170   set(FFLAGS3 "-I ${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR} " )
 171 >>>>>>> f3fb02dcb801d48f6bdc6f48c78bc8a3a2c7fb97
 172 endif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 173
 174
 175 # Add MPI compiler flags
 176 if(UNRES_WITH_MPI)
 177   set(FFLAGS0 "${FFLAGS0} -I${MPIF_INCLUDE_DIRECTORIES}")
 178   set(FFLAGS1 "${FFLAGS1} -I${MPIF_INCLUDE_DIRECTORIES}")
 179   set(FFLAGS2 "${FFLAGS2} -I${MPIF_INCLUDE_DIRECTORIES}")
 180   set(FFLAGS3 "${FFLAGS3} -I${MPIF_INCLUDE_DIRECTORIES}")
 181 endif(UNRES_WITH_MPI)
 182
 183 set_property(SOURCE ${UNRES_MD_SRC0} APPEND PROPERTY COMPILE_FLAGS ${FFLAGS0} )
 184 #set_property(SOURCE ${UNRES_MD_SRC1} PROPERTY COMPILE_FLAGS ${FFLAGS1} )
 185 #set_property(SOURCE ${UNRES_MD_SRC2} PROPERTY COMPILE_FLAGS ${FFLAGS2} )
 186 set_property(SOURCE ${UNRES_MD_SRC3} PROPERTY COMPILE_FLAGS ${FFLAGS3} )
 187
 188 #=========================================
 189 # Settings for GAB force field
 190 #=========================================
 191 if(UNRES_MD_FF STREQUAL "GAB" )
 192   # set preprocesor flags
 193   set(CPPFLAGS "PROCOR -DUNRES -DISNAN -DSPLITELE -DLANG0 -DCRYST_BOND -DCRYST_THETA -DCRYST_SC" )
 194
 195 #=========================================
 196 #  Settings for E0LL2Y force field
 197 #=========================================
 198 elseif(UNRES_MD_FF STREQUAL "E0LL2Y")
 199   # set preprocesor flags
 200   set(CPPFLAGS "PROCOR -DUNRES -DISNAN -DSPLITELE -DLANG0" )
 201 endif(UNRES_MD_FF STREQUAL "GAB")
 202
 203 #=========================================
 204 # System specific flags
 205 #=========================================
 206 if(${CMAKE_SYSTEM_NAME} MATCHES "Linux")
 207   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DLINUX")
 208 endif(${CMAKE_SYSTEM_NAME} MATCHES "Linux")
 209
 210 #=========================================
 211 # Compiler specific flags
 212 #=========================================
 213
 214 if (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 215   # Add ifort preprocessor flags
 216   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DPGI")
 217 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "f95")
 218   # Add new gfortran flags
 219   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DG77")
 220 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "gfortran")
 221   # Add old gfortran flags
 222   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DG77")
 223 <<<<<<< HEAD
 224 =======
 225 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "g77")
 226   # Add old gfortran flags
 227   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DG77")
 228 >>>>>>> f3fb02dcb801d48f6bdc6f48c78bc8a3a2c7fb97
 229 else(Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 230   # Default preprocessor flag
 231   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DPGI")
 232 endif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 233
 234 #=========================================
 235 # Add MPI preprocessor flags
 236 #=========================================
 237 if (UNRES_WITH_MPI)
 238   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DMP -DMPI")
 239 endif(UNRES_WITH_MPI)
 240
 241 #=========================================
 242 # Apply preprocesor flags to *.F files
 243 #=========================================
 244 set_property(SOURCE ${UNRES_MD_PP_SRC} PROPERTY COMPILE_DEFINITIONS ${CPPFLAGS} )
 245
 246
 247 #========================================
 248 #  Setting binary name
 249 #========================================
 250 if(UNRES_WITH_MPI)
 251   # binary with mpi
 252   set(UNRES_BIN "unres_${Fortran_COMPILER_NAME}_MPICH_${UNRES_MD_FF}.exe")
 253 else(UNRES_WITH_MPI)
 254   # binary without mpi
 255   set(UNRES_BIN "unres_${Fortran_COMPILER_NAME}_single_${UNRES_MD_FF}.exe")
 256 endif(UNRES_WITH_MPI)
 257
 258 #=========================================
 259 # cinfo.f workaround for cmake
 260 #=========================================
 261 # get the current date
 262 TODAY(DATE)
 263 # generate cinfo.f
 264
 265 set(CINFO "${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cinfo.f")
 266 FILE(WRITE ${CINFO}
 267 "C CMake generated file
 268        subroutine cinfo
 269        include 'COMMON.IOUNITS'
 270        write(iout,*)'++++ Compile info ++++'
 271        write(iout,*)'Version ${UNRES_MAJOR}.${UNRES_MINOR} build ${UNRES_PATCH}'
 272 ")
 273
 274 CINFO_FORMAT(${CINFO} "Compiled" "${DATE}" )
 275 CINFO_FORMAT(${CINFO} "Compiled by" "$ENV{USER}@$ENV{HOST}" )
 276 CINFO_FORMAT(${CINFO} "OS name:" "${CMAKE_SYSTEM_NAME}" )
 277 CINFO_FORMAT(${CINFO} "OS release:" "${CMAKE_SYSTEM}" )
 278 CINFO_FORMAT(${CINFO} "Fortran Compiler:" "${CMAKE_Fortran_COMPILER}" )
 279 CINFO_FORMAT(${CINFO} "MD Force field:" "${UNRES_MD_FF}" )
 280 CINFO_FORMAT(${CINFO} "CPPFLAGS =" "${CPPFLAGS}")
 281
 282 FILE(APPEND ${CINFO}
 283 "       write(iout,*)'++++ End of compile info ++++'
 284        return
 285        end ")
 286
 287 # add include path
 288 set_property(SOURCE ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cinfo.f PROPERTY COMPILE_FLAGS "${FFLAGS0} -I${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}")
 289
 290 #=========================================
 291 # Set full unres MD sources
 292 #=========================================
 293 set(UNRES_MD_SRCS ${UNRES_MD_SRC0} ${UNRES_MD_SRC3} ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cinfo.f )
 294
 295
 296 #=========================================
 297 # Build the binary
 298 #=========================================
 299 add_executable(UNRES_BIN-MD ${UNRES_MD_SRCS} )
 300 set_target_properties(UNRES_BIN-MD PROPERTIES OUTPUT_NAME ${UNRES_BIN})
 301 #set_property(TARGET ${UNRES_BIN} PROPERTY RUNTIME_OUTPUT_DIRECTORY ${CMAKE_BINARY_DIR}/bin/unres/MD )
 302 #add_dependencies (${UNRES_BIN} ${UNRES_XDRFLIB})
 303
 304
 305 #=========================================
 306 # Link libraries
 307 #=========================================
 308 # link MPI library (libmpich.a)
 309 if(UNRES_WITH_MPI)
 310   target_link_libraries( UNRES_BIN-MD ${MPIF_LIBRARIES} )
 311 endif(UNRES_WITH_MPI)
 312 # link libxdrf.a
 313 #message("UNRES_XDRFLIB=${UNRES_XDRFLIB}")
 314 target_link_libraries( UNRES_BIN-MD xdrf )
 315
 316 #=========================================
 317 # TESTS
 318 #=========================================
 319
 320 #-- Copy all the data files from the test directory into the source directory
 321 #SET(UNRES_TEST_FILES
 322 #       ala10.inp
 323 #    )
 324
 325 #FOREACH (UNRES_TEST_FILE ${UNRES_TEST_FILES})
 326 #      SET (unres_test_dest "${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/${UNRES_TEST_FILE}")
 327 #      MESSAGE (STATUS " Copying ${UNRES_TEST_FILE} from ${CMAKE_SOURCE_DIR}/examples/unres/MD/ff_gab/${UNRES_TEST_FILE} to ${unres_test_dest}")
 328 #      ADD_CUSTOM_COMMAND (
 329 #          TARGET     ${UNRES_BIN}
 330 #          POST_BUILD
 331 #          COMMAND    ${CMAKE_COMMAND} -E copy ${CMAKE_SOURCE_DIR}/examples/unres/MD/ff_gab/${UNRES_TEST_FILE} ${unres_test_dest}
 332 #      )
 333 #ENDFOREACH (UNRES_TEST_FILE ${UNRES_TEST_FILES})
 334
 335 #=========================================
 336 # Generate data test files
 337 #=========================================
 338 #  test_single_ala.sh
 339 #=========================================
 340
 341 FILE(WRITE ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/scripts/test_single_ala.sh
 342 "#!/bin/sh
 343 export POT=GB
 344 export PREFIX=ala10
 345 #-----------------------------------------------------------------------------
 346 UNRES_BIN=./${UNRES_BIN}
 347 #-----------------------------------------------------------------------------
 348 DD=${CMAKE_SOURCE_DIR}/PARAM
 349 export BONDPAR=$DD/bond.parm
 350 export THETPAR=$DD/thetaml.5parm
 351 export ROTPAR=$DD/scgauss.parm
 352 export TORPAR=$DD/torsion_631Gdp.parm
 353 export TORDPAR=$DD/torsion_double_631Gdp.parm
 354 export ELEPAR=$DD/electr_631Gdp.parm
 355 export SIDEPAR=$DD/sc_GB_opt.1gab_3S_qclass5no310-shan2-sc-16-10-8k
 356 export FOURIER=$DD/fourier_opt.parm.1igd_hc_iter3_3
 357 export SCPPAR=$DD/scp.parm
 358 export SCCORPAR=$DD/sccor_pdb_shelly.dat
 359 export PATTERN=$DD/patterns.cart
 360 #-----------------------------------------------------------------------------
 361 $UNRES_BIN
 362 ")
 363
 364 #
 365 # File permissions workaround
 366 #
 367 FILE(   COPY ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/scripts/test_single_ala.sh
 368         DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}
 369         FILE_PERMISSIONS OWNER_READ OWNER_WRITE OWNER_EXECUTE GROUP_READ GROUP_EXECUTE WORLD_READ WORLD_EXECUTE
 370 )
 371
 372
 373
 374 #=========================================
 375 #  ala10.inp
 376 #=========================================
 377
 378 file(WRITE ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/ala10.inp
 379 "ala10 unblocked
 380 SEED=-1111333 MD ONE_LETTER rescale_mode=2
 381 nstep=15000 ntwe=100 ntwx=1000 dt=0.1 lang=0 tbf t_bath=300 damax=1.0          &
 382 reset_moment=1000 reset_vel=1000
 383 WLONG=1.35279 WSCP=1.59304 WELEC=0.71534 WBOND=1.00000 WANG=1.13873            &
 384 WSCLOC=0.16258 WTOR=1.98599 WTORD=1.57069 WCORRH=0.42887 WCORR5=0.00000        &
 385 WCORR6=0.00000 WEL_LOC=0.16036 WTURN3=1.68722 WTURN4=0.66230 WTURN6=0.00000    &
 386 WVDWPP=0.11371 WHPB=1.00000                                                    &
 387 CUTOFF=7.00000 WCORR4=0.00000
 388 12
 389 XAAAAAAAAAAX
 390  0
 391  0
 392    90.0000   90.0000   90.0000  90.000   90.000   90.000   90.000   90.000
 393    90.0000   90.0000
 394   180.0000  180.0000  180.0000 180.000  180.000  180.000  180.000  180.000
 395   180.0000
 396   110.0000  110.0000  110.0000 100.000  110.000  100.000  110.000  110.000
 397   110.0000  110.0000
 398  -120.0000 -120.0000 -120.000 -120.000 -120.000 -120.000 -120.000 -120.000
 399  -120.0000 -120.0000
 400 ")
 401
 402
 403 # Add tests
 404
 405 if(NOT UNRES_WITH_MPI)
 406
 407   add_test(NAME UNRES_MD_Ala10 COMMAND sh ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/test_single_ala.sh )
 408
 409 else(NOT UNRES_WITH_MPI)
 410
 411
 412   add_test(NAME UNRES_MD_MPI_Ala10 COMMAND mpiexec -boot ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/test_single_ala.sh )
 413
 414 endif(NOT UNRES_WITH_MPI)
 415