source/unres/src_MD-M/refsys.f

   1       subroutine refsys(fail)
   2 c This subroutine calculates unit vectors of a local reference system
   3 c defined by atoms (i2), (i3), and (i4). The x axis is the axis from
   4 c atom (i3) to atom (i2), and the xy plane is the plane defined by atoms
   5 c (i2), (i3), and (i4). z axis is directed according to the sign of the
   6 c vector product (i3)-(i2) and (i3)-(i4). Sets fail to .true. if atoms
   7 c (i2) and (i3) or (i3) and (i4) coincide or atoms (i2), (i3), and (i4)
   8 c form a linear fragment. Returns vectors e1, e2, and e3.
   9       implicit real*8 (a-h,o-z)
  10       include 'DIMENSIONS'
  11       logical fail
  12       double precision e1(3),e2(3),e3(3)
  13       double precision u(3),z(3)
  14       include 'COMMON.IOUNITS'
  15       include 'COMMON.CHAIN'
  16       double precision coinc/1.0D-13/,align /1.0D-13/
  17 c      print *,'just initialize'
  18       fail=.false.
  19 c      print *,fail
  20       s1=0.0
  21       s2=0.0
  22       print *,s1,s2
  23       do 1 i=1,3
  24       zi=c(i,i2)-c(i,i3)
  25       ui=c(i,i4)-c(i,i3)
  26       print *,zi,ui
  27       s1=s1+zi*zi
  28       s2=s2+ui*ui
  29       z(i)=zi
  30     1 u(i)=ui
  31       s1=sqrt(s1)
  32       s2=sqrt(s2)
  33       if (s1.gt.coinc) goto 2
  34       write (iout,1000) i2,i3,i1
  35       fail=.true.
  36 c     do 3 i=1,3
  37 c   3 c(i,i1)=0.0D0
  38       return
  39     2 if (s2.gt.coinc) goto 4
  40       write(iout,1000) i3,i4,i1
  41       fail=.true.
  42       do 5 i=1,3
  43     5 c(i,i1)=0.0D0
  44       return
  45       print *,'two if pass'
  46     4 s1=1.0/s1
  47       s2=1.0/s2
  48       v1=z(2)*u(3)-z(3)*u(2)
  49       v2=z(3)*u(1)-z(1)*u(3)
  50       v3=z(1)*u(2)-z(2)*u(1)
  51       anorm=dsqrt(v1*v1+v2*v2+v3*v3)
  52       if (anorm.gt.align) goto 6
  53       write (iout,1010) i2,i3,i4,i1
  54       fail=.true.
  55 c     do 7 i=1,3
  56 c   7 c(i,i1)=0.0D0
  57       return
  58     6 anorm=1.0D0/anorm
  59       e3(1)=v1*anorm
  60       e3(2)=v2*anorm
  61       e3(3)=v3*anorm
  62       e1(1)=z(1)*s1
  63       e1(2)=z(2)*s1
  64       e1(3)=z(3)*s1
  65       e2(1)=e1(3)*e3(2)-e1(2)*e3(3)
  66       e2(2)=e1(1)*e3(3)-e1(3)*e3(1)
  67       e2(3)=e1(2)*e3(1)-e1(1)*e3(2)
  68       print *,'just before leave'
  69  1000 format (/1x,' * * * Error - atoms',i4,' and',i4,' coincide.',
  70      1 'coordinates of atom',i4,' are set to zero.')
  71  1010 format (/1x,' * * * Error - atoms',2(i4,2h, ),i4,' form a linear',
  72      1 ' fragment. coordinates of atom',i4,' are set to zero.')
  73       return
  74       end