source/unres/src_MD-M/CMakeLists.txt

   1 #
   2 # CMake project file for UNRES with MD for single chains
   3 #
   4
   5 enable_language (Fortran)
   6
   7 #================================
   8 # build the xdrf library
   9 #================================
  10 add_subdirectory(xdrf)
  11
  12 #================================
  13 # Set source file lists
  14 #================================
  15 set(UNRES_MDM_SRC0
  16         add.f
  17         arcos.f
  18         banach.f
  19         bank.F
  20         blas.f
  21         bond_move.f
  22         cartder.F
  23         cartprint.f
  24         chainbuild.F
  25         check_bond.f
  26         checkder_p.F
  27         check_sc_distr.f
  28         compare_s1.F
  29         contact.f
  30         convert.f
  31         cored.f
  32         csa.f
  33         dihed_cons.F
  34         diff12.f
  35         distfit.f
  36         djacob.f
  37         econstr_local.F
  38         eigen.f
  39         elecont.f
  40         energy_split-sep.F
  41         entmcm.F
  42         fitsq.f
  43         gauss.f
  44         gen_rand_conf.F
  45         geomout.F
  46         gnmr1.f
  47         indexx.f
  48         initialize_p.F
  49         intcartderiv.F
  50         intcor.f
  51         intlocal.f
  52         int_to_cart.f
  53         kinetic_lesyng.f
  54         lagrangian_lesyng.F
  55         local_move.f
  56         map.f
  57         matmult.f
  58         mc.F
  59         mcm.F
  60         MD_A-MTS.F
  61         minimize_p.F
  62         minim_jlee.F
  63         minim_mcmf.F
  64         misc.f
  65         moments.f
  66         MP.F
  67         MREMD.F
  68         muca_md.f
  69         newconf.f
  70         parmread.F
  71         permut.F
  72         pinorm.f
  73         printmat.f
  74         prng_32.F
  75         q_measure.F
  76         ran.f
  77         randgens.f
  78         rattle.F
  79         readpdb.F
  80         readrtns_CSA.F
  81         refsys.f
  82         regularize.F
  83         rescode.f
  84         rmdd.f
  85         rmsd.F
  86         sc_move.F
  87         shift.F
  88         sort.f
  89         stochfric.F
  90         sumsld.f
  91         surfatom.f
  92         test.F
  93         thread.F
  94         timing.F
  95         together.F
  96         unres.F
  97 )
  98
  99 set(UNRES_MDM_SRC3 energy_p_new_barrier.F energy_p_new-sep_barrier.F gradient_p.F )
 100
 101 set(UNRES_MDM_PP_SRC
 102         bank.F
 103         cartder.F
 104         chainbuild.F
 105         checkder_p.F
 106         compare_s1.F
 107         cored.f
 108         csa.f
 109         dihed_cons.F
 110         diff12.f
 111         econstr_local.F
 112         energy_p_new.F
 113         energy_p_new_barrier.F
 114         energy_p_new-sep_barrier.F
 115         energy_split-sep.F
 116         entmcm.F
 117         gen_rand_conf.F
 118         geomout.F
 119         gradient_p.F
 120         intcor.f
 121         initialize_p.F
 122         intcartderiv.F
 123         lagrangian_lesyng.F
 124         matmult.f
 125         mc.F
 126         mcm.F
 127         MD_A-MTS.F
 128         minimize_p.F
 129         minim_jlee.F
 130         minim_mcmf.F
 131         MP.F
 132         MREMD.F
 133         newconf.f
 134         parmread.F
 135         permut.F
 136         prng_32.F
 137         q_measure1.F
 138         q_measure3.F
 139         q_measure.F
 140         ran.f
 141         rattle.F
 142         readpdb.F
 143         readrtns_CSA.F
 144         regularize.F
 145         rmdd.f
 146         rmsd.F
 147         sc_move.F
 148         shift.F
 149         stochfric.F
 150         sumsld.f
 151         test.F
 152         thread.F
 153         timing.F
 154         together.F
 155         unres.F
 156 )
 157
 158
 159 #================================================
 160 # Set comipiler flags for different sourcefiles
 161 #================================================
 162 if (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 163   set(FFLAGS0 "-c -ip -w" )
 164   set(FFLAGS1 "-c -w -g -d2 -CA -CB" )
 165   set(FFLAGS2 "-c -w -g -00 ")
 166   #set(FFLAGS3 "-c -w -O3 -ipo -ipo_obj -opt_report" )
 167   set(FFLAGS3 "-c -w -ipo " )
 168 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "gfortran")
 169   set(FFLAGS0 "-c -I. " )
 170   set(FFLAGS1 "-c -g -I. " )
 171   set(FFLAGS2 "-c -I. ")
 172   #set(FFLAGS3 "-c -w -O3 -ipo -ipo_obj -opt_report" )
 173   set(FFLAGS3 "-c -I. " )
 174 endif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 175
 176
 177 # Add MPI compiler flags
 178 if(UNRES_WITH_MPI)
 179   set(FFLAGS0 "${FFLAGS0} -I${MPIF_INCLUDE_DIRECTORIES}")
 180   set(FFLAGS1 "${FFLAGS1} -I${MPIF_INCLUDE_DIRECTORIES}")
 181   set(FFLAGS2 "${FFLAGS2} -I${MPIF_INCLUDE_DIRECTORIES}")
 182   set(FFLAGS3 "${FFLAGS3} -I${MPIF_INCLUDE_DIRECTORIES}")
 183 endif(UNRES_WITH_MPI)
 184
 185 set_property(SOURCE ${UNRES_MDM_SRC0} APPEND PROPERTY COMPILE_FLAGS ${FFLAGS0} )
 186 #set_property(SOURCE ${UNRES_MD_SRC1} PROPERTY COMPILE_FLAGS ${FFLAGS1} )
 187 #set_property(SOURCE ${UNRES_MD_SRC2} PROPERTY COMPILE_FLAGS ${FFLAGS2} )
 188 set_property(SOURCE ${UNRES_MDM_SRC3} PROPERTY COMPILE_FLAGS ${FFLAGS3} )
 189
 190 #=========================================
 191 # Settings for GAB force field
 192 #=========================================
 193 if(UNRES_FF STREQUAL "GAB" )
 194   # set preprocesor flags
 195   set(CPPFLAGS "PROCOR -DLINUX -DUNRES -DISNAN -DSPLITELE -DLANGO -DCRYST_BOND -DCRYST_THETA -DCRYST_SC" )
 196
 197   if (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 198     # Add ifort preprocessor flags
 199     set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DPGI")
 200   elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "f95")
 201     # Add gfortran flags
 202     set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DG77")
 203   elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "gfortran")
 204     # Add gfortran flags
 205     set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DG77")
 206   endif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 207
 208 #=========================================
 209 #  Settings for E0LL2Y force field
 210 #=========================================
 211 elseif(UNRES_FF STREQUAL "E0LL2Y")
 212   # set preprocesor flags
 213   set(CPPFLAGS "PROCOR -DLINUX -DUNRES -DISNAN -DSPLITELE -DLANG0" )
 214
 215   if (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 216     # Add ifort preprocessor flags
 217     set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DPGI")
 218   endif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 219
 220 endif(UNRES_FF STREQUAL "GAB")
 221
 222 # Add MPI preprocessor flags
 223 if (UNRES_WITH_MPI)
 224   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DMP -DMPI")
 225 endif(UNRES_WITH_MPI)
 226
 227 # Apply preprocesor flags to *.F files
 228 set_property(SOURCE ${UNRES_MDM_PP_SRC} PROPERTY COMPILE_DEFINITIONS ${CPPFLAGS} )
 229
 230 # Apply preprocesor flags to proc_proc.c
 231 set_property(SOURCE proc_proc.c APPEND PROPERTY COMPILE_DEFINITIONS "SGI" )
 232
 233
 234 #========================================
 235 #  Setting binary name
 236 #========================================
 237 if(UNRES_WITH_MPI)
 238   # binary with mpi
 239   set(UNRES_BIN "unres_${Fortran_COMPILER_NAME}_MPICH_${UNRES_FF}.exe")
 240 else(UNRES_WITH_MPI)
 241   # binary without mpi
 242   set(UNRES_BIN "unres_${Fortran_COMPILER_NAME}_single_${UNRES_FF}.exe")
 243 endif(UNRES_WITH_MPI)
 244
 245 #=========================================
 246 # cinfo.f stupid workaround for cmake
 247 #  - shame on me ]:)
 248 #=========================================
 249 set_property(SOURCE compinfo.c PROPERTY CMAKE_C_FLAGS "-c" )
 250 add_executable(compinfo-mdm compinfo.c)
 251 set_target_properties(compinfo-mdm PROPERTIES OUTPUT_NAME compinfo)
 252
 253 set(UNRES_CINFO_DIR "${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}" )
 254 add_custom_command(OUTPUT ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cinfo.f
 255         COMMAND ${CMAKE_COMMAND} -E copy ${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/cinfo.f ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cinfo.f
 256         COMMAND ${CMAKE_COMMAND} -E copy ${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/COMMON.IOUNITS ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/COMMON.IOUNITS
 257         COMMAND ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/compinfo | true
 258         DEPENDS ${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/cinfo.f )
 259 set_property(SOURCE ${UNRES_CINFO_DIR}/cinfo.f PROPERTY COMPILE_FLAGS ${FFLAGS0} )
 260
 261 #=========================================
 262 # Set full unres MD sources
 263 #=========================================
 264 set(UNRES_MDM_SRCS ${UNRES_MDM_SRC0} ${UNRES_MDM_SRC3} ${UNRES_CINFO_DIR}/cinfo.f proc_proc.c )
 265
 266
 267
 268 #=========================================
 269 # Build the binary
 270 #=========================================
 271 add_executable(UNRES_BIN-MD-M ${UNRES_MDM_SRCS} )
 272 set_target_properties(UNRES_BIN-MD-M PROPERTIES OUTPUT_NAME ${UNRES_BIN})
 273
 274 #set_property(TARGET ${UNRES_BIN} PROPERTY RUNTIME_OUTPUT_DIRECTORY ${CMAKE_BINARY_DIR}/bin/unres/MD )
 275 #add_dependencies (${UNRES_BIN} ${UNRES_XDRFLIB})
 276
 277 #=========================================
 278 # Link libraries
 279 #=========================================
 280 # link MPI library (libmpich.a)
 281 if(UNRES_WITH_MPI)
 282   target_link_libraries( UNRES_BIN-MD-M ${MPIF_LIBRARIES} )
 283 endif(UNRES_WITH_MPI)
 284 # link libxdrf.a
 285 #message("UNRES_XDRFLIB=${UNRES_XDRFLIB}")
 286 target_link_libraries( UNRES_BIN-MD-M xdrf-MD-M )
 287
 288 #=========================================
 289 # TESTS
 290 #=========================================
 291
 292 #-- Copy all the data files from the test directory into the source directory
 293 #SET(UNRES_TEST_FILES
 294 #       ala10.inp
 295 #    )
 296
 297 #FOREACH (UNRES_TEST_FILE ${UNRES_TEST_FILES})
 298 #      SET (unres_test_dest "${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/${UNRES_TEST_FILE}")
 299 #      MESSAGE (STATUS " Copying ${UNRES_TEST_FILE} from ${CMAKE_SOURCE_DIR}/examples/unres/MD/ff_gab/${UNRES_TEST_FILE} to ${unres_test_dest}")
 300 #      ADD_CUSTOM_COMMAND (
 301 #          TARGET     ${UNRES_BIN}
 302 #          POST_BUILD
 303 #          COMMAND    ${CMAKE_COMMAND} -E copy ${CMAKE_SOURCE_DIR}/examples/unres/MD/ff_gab/${UNRES_TEST_FILE} ${unres_test_dest}
 304 #      )
 305 #ENDFOREACH (UNRES_TEST_FILE ${UNRES_TEST_FILES})
 306
 307 #=========================================
 308 # Generate data test files
 309 #=========================================
 310 #  test_single_ala.sh
 311 #=========================================
 312
 313 FILE(WRITE ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/test_single_ala.sh
 314 "#!/bin/sh
 315 export POT=GB
 316 export PREFIX=ala10
 317 #-----------------------------------------------------------------------------
 318 UNRES_BIN=./${UNRES_BIN}
 319 #-----------------------------------------------------------------------------
 320 DD=${CMAKE_SOURCE_DIR}/PARAM
 321 export BONDPAR=$DD/bond.parm
 322 export THETPAR=$DD/thetaml.5parm
 323 export ROTPAR=$DD/scgauss.parm
 324 export TORPAR=$DD/torsion_631Gdp.parm
 325 export TORDPAR=$DD/torsion_double_631Gdp.parm
 326 export ELEPAR=$DD/electr_631Gdp.parm
 327 export SIDEPAR=$DD/sc_GB_opt.1gab_3S_qclass5no310-shan2-sc-16-10-8k
 328 export FOURIER=$DD/fourier_opt.parm.1igd_hc_iter3_3
 329 export SCPPAR=$DD/scp.parm
 330 export SCCORPAR=$DD/rotcorr_AM1.parm
 331 export PATTERN=$DD/patterns.cart
 332 #-----------------------------------------------------------------------------
 333 $UNRES_BIN
 334 ")
 335
 336 #=========================================
 337 #  ala10.inp
 338 #=========================================
 339
 340 file(WRITE ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/ala10.inp
 341 "ala10 unblocked
 342 SEED=-1111333 MD ONE_LETTER rescale_mode=2 PDBOUT
 343 nstep=15000 ntwe=100 ntwx=1000 dt=0.1 lang=0 tbf t_bath=300 damax=1.0          &
 344 reset_moment=1000 reset_vel=1000 MDPDB
 345 WLONG=1.35279 WSCP=1.59304 WELEC=0.71534 WBOND=1.00000 WANG=1.13873            &
 346 WSCLOC=0.16258 WTOR=1.98599 WTORD=1.57069 WCORRH=0.42887 WCORR5=0.00000        &
 347 WCORR6=0.00000 WEL_LOC=0.16036 WTURN3=1.68722 WTURN4=0.66230 WTURN6=0.00000    &
 348 WVDWPP=0.11371 WHPB=1.00000                                                    &
 349 CUTOFF=7.00000 WCORR4=0.00000
 350 12
 351 XAAAAAAAAAAX
 352  0
 353  0
 354    90.0000   90.0000   90.0000  90.000   90.000   90.000   90.000   90.000
 355    90.0000   90.0000
 356   180.0000  180.0000  180.0000 180.000  180.000  180.000  180.000  180.000
 357   180.0000
 358   110.0000  110.0000  110.0000 100.000  110.000  100.000  110.000  110.000
 359   110.0000  110.0000
 360  -120.0000 -120.0000 -120.000 -120.000 -120.000 -120.000 -120.000 -120.000
 361  -120.0000 -120.0000
 362 ")
 363
 364
 365 # Add tests
 366
 367 if(NOT UNRES_WITH_MPI)
 368
 369   add_test(NAME UNRES_MD_Ala10 COMMAND sh ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/test_single_ala.sh )
 370
 371 endif(NOT UNRES_WITH_MPI)
 372