source/unres/src_Eshel/geomout.F

   1       subroutine pdbout(etot,tytul,iunit)
   2       implicit real*8 (a-h,o-z)
   3       include 'DIMENSIONS'
   4       include 'COMMON.CHAIN'
   5       include 'COMMON.INTERACT'
   6       include 'COMMON.NAMES'
   7       include 'COMMON.IOUNITS'
   8       include 'COMMON.HEADER'
   9       include 'COMMON.SBRIDGE'
  10       include 'COMMON.DISTFIT'
  11       include 'COMMON.MD'
  12       character*50 tytul
  13       dimension ica(maxres)
  14       write (iunit,'(3a,1pe15.5)') 'REMARK ',tytul,' ENERGY ',etot
  15 cmodel      write (iunit,'(a5,i6)') 'MODEL',1
  16       if (nhfrag.gt.0) then
  17        do j=1,nhfrag
  18         iti=itype(hfrag(1,j))
  19         itj=itype(hfrag(2,j))
  20         if (j.lt.10) then
  21            write (iunit,'(a5,i5,1x,a1,i1,2x,a3,i7,2x,a3,i7,i3,t76,i5)')
  22      &           'HELIX',j,'H',j,
  23      &           restyp(iti),hfrag(1,j)-1,
  24      &           restyp(itj),hfrag(2,j)-1,1,hfrag(2,j)-hfrag(1,j)
  25         else
  26              write (iunit,'(a5,i5,1x,a1,i2,1x,a3,i7,2x,a3,i7,i3)')
  27      &           'HELIX',j,'H',j,
  28      &           restyp(iti),hfrag(1,j)-1,
  29      &           restyp(itj),hfrag(2,j)-1,1,hfrag(2,j)-hfrag(1,j)
  30         endif
  31        enddo
  32       endif
  33
  34       if (nbfrag.gt.0) then
  35
  36        do j=1,nbfrag
  37
  38         iti=itype(bfrag(1,j))
  39         itj=itype(bfrag(2,j)-1)
  40
  41         write (iunit,'(a5,i5,1x,a1,i1,i3,1x,a3,i6,2x,a3,i6,i3)')
  42      &           'SHEET',1,'B',j,2,
  43      &           restyp(iti),bfrag(1,j)-1,
  44      &           restyp(itj),bfrag(2,j)-2,0
  45
  46         if (bfrag(3,j).gt.bfrag(4,j)) then
  47
  48          itk=itype(bfrag(3,j))
  49          itl=itype(bfrag(4,j)+1)
  50
  51          write (iunit,'(a5,i5,1x,a1,i1,i3,1x,a3,i6,2x,a3,i6,i3,
  52      &              2x,a1,2x,a3,i6,3x,a1,2x,a3,i6)')
  53      &           'SHEET',2,'B',j,2,
  54      &           restyp(itl),bfrag(4,j),
  55      &           restyp(itk),bfrag(3,j)-1,-1,
  56      &           "N",restyp(itk),bfrag(3,j)-1,
  57      &           "O",restyp(iti),bfrag(1,j)-1
  58
  59         else
  60
  61          itk=itype(bfrag(3,j))
  62          itl=itype(bfrag(4,j)-1)
  63
  64
  65         write (iunit,'(a5,i5,1x,a1,i1,i3,1x,a3,i6,2x,a3,i6,i3,
  66      &              2x,a1,2x,a3,i6,3x,a1,2x,a3,i6)')
  67      &           'SHEET',2,'B',j,2,
  68      &           restyp(itk),bfrag(3,j)-1,
  69      &           restyp(itl),bfrag(4,j)-2,1,
  70      &           "N",restyp(itk),bfrag(3,j)-1,
  71      &           "O",restyp(iti),bfrag(1,j)-1
  72
  73
  74
  75         endif
  76
  77        enddo
  78       endif
  79
  80       if (nss.gt.0) then
  81         do i=1,nss
  82           write(iunit,'(a6,i4,1x,a3,i7,4x,a3,i7)')
  83      &         'SSBOND',i,'CYS',ihpb(i)-1-nres,
  84      &                    'CYS',jhpb(i)-1-nres
  85         enddo
  86       endif
  87
  88       iatom=0
  89       do i=nnt,nct
  90         ires=i-nnt+1
  91         iatom=iatom+1
  92         ica(i)=iatom
  93         iti=itype(i)
  94         write (iunit,10) iatom,restyp(iti),ires,(c(j,i),j=1,3)
  95         if (iti.ne.10) then
  96           iatom=iatom+1
  97           write (iunit,20) iatom,restyp(iti),ires,(c(j,nres+i),j=1,3)
  98         endif
  99       enddo
 100       write (iunit,'(a)') 'TER'
 101       do i=nnt,nct-1
 102         if (itype(i).eq.10) then
 103           write (iunit,30) ica(i),ica(i+1)
 104         else
 105           write (iunit,30) ica(i),ica(i+1),ica(i)+1
 106         endif
 107       enddo
 108       if (itype(nct).ne.10) then
 109         write (iunit,30) ica(nct),ica(nct)+1
 110       endif
 111       do i=1,nss
 112         write (iunit,30) ica(ihpb(i)-nres)+1,ica(jhpb(i)-nres)+1
 113       enddo
 114       write (iunit,'(a6)') 'ENDMDL'
 115   10  FORMAT ('ATOM',I7,'  CA  ',A3,I6,4X,3F8.3,f15.3)
 116   20  FORMAT ('ATOM',I7,'  CB  ',A3,I6,4X,3F8.3,f15.3)
 117   30  FORMAT ('CONECT',8I5)
 118       return
 119       end
 120 c------------------------------------------------------------------------------
 121       subroutine MOL2out(etot,tytul)
 122 C Prints the Cartesian coordinates of the alpha-carbons in the Tripos mol2
 123 C format.
 124       implicit real*8 (a-h,o-z)
 125       include 'DIMENSIONS'
 126       include 'COMMON.CHAIN'
 127       include 'COMMON.INTERACT'
 128       include 'COMMON.NAMES'
 129       include 'COMMON.IOUNITS'
 130       include 'COMMON.HEADER'
 131       include 'COMMON.SBRIDGE'
 132       character*32 tytul,fd
 133       character*3 zahl
 134       character*6 res_num,pom,ucase
 135 #ifdef AIX
 136       call fdate_(fd)
 137 #elif (defined CRAY)
 138       call date(fd)
 139 #else
 140       call fdate(fd)
 141 #endif
 142       write (imol2,'(a)') '#'
 143       write (imol2,'(a)')
 144      & '#         Creating user name:           unres'
 145       write (imol2,'(2a)') '#         Creation time:                ',
 146      & fd
 147       write (imol2,'(/a)') '\@<TRIPOS>MOLECULE'
 148       write (imol2,'(a)') tytul
 149       write (imol2,'(5i5)') nct-nnt+1,nct-nnt+nss+1,nct-nnt+nss+1,0,0
 150       write (imol2,'(a)') 'SMALL'
 151       write (imol2,'(a)') 'USER_CHARGES'
 152       write (imol2,'(a)') '\@<TRIPOS>ATOM'
 153       do i=nnt,nct
 154         write (zahl,'(i3)') i
 155         pom=ucase(restyp(itype(i)))
 156         res_num = pom(:3)//zahl(2:)
 157         write (imol2,10) i,(c(j,i),j=1,3),i,res_num,0.0
 158       enddo
 159       write (imol2,'(a)') '\@<TRIPOS>BOND'
 160       do i=nnt,nct-1
 161         write (imol2,'(i5,2i6,i2)') i-nnt+1,i-nnt+1,i-nnt+2,1
 162       enddo
 163       do i=1,nss
 164         write (imol2,'(i5,2i6,i2)') nct-nnt+i,ihpb(i),jhpb(i),1
 165       enddo
 166       write (imol2,'(a)') '\@<TRIPOS>SUBSTRUCTURE'
 167       do i=nnt,nct
 168         write (zahl,'(i3)') i
 169         pom = ucase(restyp(itype(i)))
 170         res_num = pom(:3)//zahl(2:)
 171         write (imol2,30) i-nnt+1,res_num,i-nnt+1,0
 172       enddo
 173   10  FORMAT (I7,' CA      ',3F10.4,' C.3',I8,1X,A,F11.4,' ****')
 174   30  FORMAT (I7,1x,A,I14,' RESIDUE',I13,' ****  ****')
 175       return
 176       end
 177 c------------------------------------------------------------------------
 178       subroutine intout
 179       implicit real*8 (a-h,o-z)
 180       include 'DIMENSIONS'
 181       include 'COMMON.IOUNITS'
 182       include 'COMMON.CHAIN'
 183       include 'COMMON.VAR'
 184       include 'COMMON.LOCAL'
 185       include 'COMMON.INTERACT'
 186       include 'COMMON.NAMES'
 187       include 'COMMON.GEO'
 188       write (iout,'(/a)') 'Geometry of the virtual chain.'
 189       write (iout,'(7a)') '  Res  ','         d','     Theta',
 190      & '     Gamma','       Dsc','     Alpha','      Beta '
 191       do i=1,nres
 192         iti=itype(i)
 193         write (iout,'(a3,i4,6f10.3)') restyp(iti),i,vbld(i),
 194      &     rad2deg*theta(i),rad2deg*phi(i),vbld(nres+i),rad2deg*alph(i),
 195      &     rad2deg*omeg(i)
 196       enddo
 197       return
 198       end
 199 c---------------------------------------------------------------------------
 200       subroutine briefout(it,ener)
 201       implicit real*8 (a-h,o-z)
 202       include 'DIMENSIONS'
 203       include 'COMMON.IOUNITS'
 204       include 'COMMON.CHAIN'
 205       include 'COMMON.VAR'
 206       include 'COMMON.LOCAL'
 207       include 'COMMON.INTERACT'
 208       include 'COMMON.NAMES'
 209       include 'COMMON.GEO'
 210       include 'COMMON.SBRIDGE'
 211 c     print '(a,i5)',intname,igeom
 212 #if defined(AIX) || defined(PGI)
 213       open (igeom,file=intname,position='append')
 214 #else
 215       open (igeom,file=intname,access='append')
 216 #endif
 217       IF (NSS.LE.9) THEN
 218         WRITE (igeom,180) IT,ENER,NSS,(IHPB(I),JHPB(I),I=1,NSS)
 219       ELSE
 220         WRITE (igeom,180) IT,ENER,NSS,(IHPB(I),JHPB(I),I=1,9)
 221         WRITE (igeom,190) (IHPB(I),JHPB(I),I=10,NSS)
 222       ENDIF
 223 c     IF (nvar.gt.nphi) WRITE (igeom,200) (RAD2DEG*THETA(I),I=3,NRES)
 224       WRITE (igeom,200) (RAD2DEG*THETA(I),I=3,NRES)
 225       WRITE (igeom,200) (RAD2DEG*PHI(I),I=4,NRES)
 226 c     if (nvar.gt.nphi+ntheta) then
 227         write (igeom,200) (rad2deg*alph(i),i=2,nres-1)
 228         write (igeom,200) (rad2deg*omeg(i),i=2,nres-1)
 229 c     endif
 230       close(igeom)
 231   180 format (I5,F12.3,I2,9(1X,2I3))
 232   190 format (3X,11(1X,2I3))
 233   200 format (8F10.4)
 234       return
 235       end
 236 #ifdef WINIFL
 237       subroutine fdate(fd)
 238       character*32 fd
 239       write(fd,'(32x)')
 240       return
 241       end
 242 #endif
 243 c----------------------------------------------------------------
 244 #ifdef NOXDR
 245       subroutine cartout(time)
 246 #else
 247       subroutine cartoutx(time)
 248 #endif
 249       implicit real*8 (a-h,o-z)
 250       include 'DIMENSIONS'
 251       include 'COMMON.CHAIN'
 252       include 'COMMON.INTERACT'
 253       include 'COMMON.NAMES'
 254       include 'COMMON.IOUNITS'
 255       include 'COMMON.HEADER'
 256       include 'COMMON.SBRIDGE'
 257       include 'COMMON.DISTFIT'
 258       include 'COMMON.MD'
 259       double precision time
 260 #if defined(AIX) || defined(PGI)
 261       open(icart,file=cartname,position="append")
 262 #else
 263       open(icart,file=cartname,access="append")
 264 #endif
 265       write (icart,'(e15.8,2e15.5,f12.5,$)') time,potE,uconst,t_bath
 266       write (icart,'(i4,$)')
 267      &   nss,(ihpb(j),jhpb(j),j=1,nss)
 268        write (icart,'(i4,20f7.4)') nfrag+npair+3*nfrag_back,
 269      & (qfrag(i),i=1,nfrag),(qpair(i),i=1,npair),
 270      & (utheta(i),ugamma(i),uscdiff(i),i=1,nfrag_back)
 271       write (icart,'(8f10.5)')
 272      & ((c(k,j),k=1,3),j=1,nres),
 273      & ((c(k,j+nres),k=1,3),j=nnt,nct)
 274       close(icart)
 275       return
 276       end
 277 c-----------------------------------------------------------------
 278 #ifndef NOXDR
 279       subroutine cartout(time)
 280       implicit real*8 (a-h,o-z)
 281       include 'DIMENSIONS'
 282 #ifdef MPI
 283       include 'mpif.h'
 284       include 'COMMON.SETUP'
 285 #else
 286       parameter (me=0)
 287 #endif
 288       include 'COMMON.CHAIN'
 289       include 'COMMON.INTERACT'
 290       include 'COMMON.NAMES'
 291       include 'COMMON.IOUNITS'
 292       include 'COMMON.HEADER'
 293       include 'COMMON.SBRIDGE'
 294       include 'COMMON.DISTFIT'
 295       include 'COMMON.MD'
 296       double precision time
 297       integer iret,itmp
 298       real xcoord(3,maxres2+2),prec
 299
 300 #ifdef AIX
 301       call xdrfopen_(ixdrf,cartname, "a", iret)
 302       call xdrffloat_(ixdrf, real(time), iret)
 303       call xdrffloat_(ixdrf, real(potE), iret)
 304       call xdrffloat_(ixdrf, real(uconst), iret)
 305       call xdrffloat_(ixdrf, real(uconst_back), iret)
 306       call xdrffloat_(ixdrf, real(t_bath), iret)
 307       call xdrfint_(ixdrf, nss, iret)
 308       do j=1,nss
 309         call xdrfint_(ixdrf, ihpb(j), iret)
 310         call xdrfint_(ixdrf, jhpb(j), iret)
 311       enddo
 312       call xdrfint_(ixdrf, nfrag+npair+3*nfrag_back, iret)
 313       do i=1,nfrag
 314         call xdrffloat_(ixdrf, real(qfrag(i)), iret)
 315       enddo
 316       do i=1,npair
 317         call xdrffloat_(ixdrf, real(qpair(i)), iret)
 318       enddo
 319       do i=1,nfrag_back
 320         call xdrffloat_(ixdrf, real(utheta(i)), iret)
 321         call xdrffloat_(ixdrf, real(ugamma(i)), iret)
 322         call xdrffloat_(ixdrf, real(uscdiff(i)), iret)
 323       enddo
 324 #else
 325       call xdrfopen(ixdrf,cartname, "a", iret)
 326       call xdrffloat(ixdrf, real(time), iret)
 327       call xdrffloat(ixdrf, real(potE), iret)
 328       call xdrffloat(ixdrf, real(uconst), iret)
 329       call xdrffloat(ixdrf, real(uconst_back), iret)
 330       call xdrffloat(ixdrf, real(t_bath), iret)
 331       call xdrfint(ixdrf, nss, iret)
 332       do j=1,nss
 333         call xdrfint(ixdrf, ihpb(j), iret)
 334         call xdrfint(ixdrf, jhpb(j), iret)
 335       enddo
 336       call xdrfint(ixdrf, nfrag+npair+3*nfrag_back, iret)
 337       do i=1,nfrag
 338         call xdrffloat(ixdrf, real(qfrag(i)), iret)
 339       enddo
 340       do i=1,npair
 341         call xdrffloat(ixdrf, real(qpair(i)), iret)
 342       enddo
 343       do i=1,nfrag_back
 344         call xdrffloat(ixdrf, real(utheta(i)), iret)
 345         call xdrffloat(ixdrf, real(ugamma(i)), iret)
 346         call xdrffloat(ixdrf, real(uscdiff(i)), iret)
 347       enddo
 348 #endif
 349       prec=10000.0
 350       do i=1,nres
 351        do j=1,3
 352         xcoord(j,i)=c(j,i)
 353        enddo
 354       enddo
 355       do i=nnt,nct
 356        do j=1,3
 357         xcoord(j,nres+i-nnt+1)=c(j,i+nres)
 358        enddo
 359       enddo
 360
 361       itmp=nres+nct-nnt+1
 362 #ifdef AIX
 363       call xdrf3dfcoord_(ixdrf, xcoord, itmp, prec, iret)
 364       call xdrfclose_(ixdrf, iret)
 365 #else
 366       call xdrf3dfcoord(ixdrf, xcoord, itmp, prec, iret)
 367       call xdrfclose(ixdrf, iret)
 368 #endif
 369       return
 370       end
 371 #endif
 372 c-----------------------------------------------------------------
 373       subroutine statout(ifile,energia)
 374       implicit real*8 (a-h,o-z)
 375       include 'DIMENSIONS'
 376       include 'COMMON.CONTROL'
 377       include 'COMMON.CHAIN'
 378       include 'COMMON.INTERACT'
 379       include 'COMMON.NAMES'
 380       include 'COMMON.IOUNITS'
 381       include 'COMMON.HEADER'
 382       include 'COMMON.SBRIDGE'
 383       include 'COMMON.DISTFIT'
 384       include 'COMMON.MD'
 385       include 'COMMON.REMD'
 386       include 'COMMON.SETUP'
 387       include 'COMMON.ECOMPON'
 388       integer itime
 389       double precision energia(0:n_ene)
 390       double precision gyrate
 391       external gyrate
 392       common /gucio/ cm
 393       character*256 line1,line2
 394       character*4 format1,format2
 395       character*30 format
 396       integer ilen
 397 #ifdef AIX
 398       if(itime.eq.0) then
 399        open(istat,file=statname,position="append")
 400       endif
 401 #else
 402 #ifdef PGI
 403       open(istat,file=statname,position="append")
 404 #else
 405       open(istat,file=statname,access="append")
 406 #endif
 407 #endif
 408        write (istat,'("BEGIN DECOY ",a)')
 409      &    pdbname(ifile)(:ilen(pdbname(ifile)))
 410        if (refstr) then
 411          call rms_nac_nnc(rms,frac,frac_nn,co,.false.)
 412          write (istat,'("total UNRES energy",1pe15.6," rmsd ",0pf12.3,
 413      &    " frac.nat. ",f12.3," frac.nnat. ",f12.3," rad.gyr",f7.2)')
 414      &     energia(0),rms,frac,frac_nn,gyrate()
 415        else
 416          write (istat,'("total UNRES energy ",e15.5)') energia(0)
 417        endif
 418        write(istat,'(a10,1pe15.6)')
 419      &  (ename(print_order(i)),energia(print_order(i)),i=1,nprint_ene)
 420        write (istat,'("EVDW components")')
 421        write (istat,'(5x,20(12x,a3))') (restyp(i),i=1,ntyp)
 422        do i=1,ntyp
 423          write (istat,'(a3,2x,20(1pe15.6))') restyp(i),
 424      &    (vdwcompon(i,j),j=1,ntyp)
 425        enddo
 426        write (istat,'("ETOR components")')
 427        write (istat,'(5x,20(12x,a3))') (restyp(i),i=1,ntyp)
 428        do i=1,ntyp
 429          write (istat,'(a3,2x,20(1pe15.6))') restyp(i),
 430      &    (torcompon(i,j),j=1,ntyp)
 431        enddo
 432        write (istat,'("ESCCOR components")')
 433        write (istat,'(5x,20(12x,a3))') (restyp(i),i=1,ntyp)
 434        do i=1,ntyp
 435          write (istat,'(a3,2x,20(1pe15.6))') restyp(i),
 436      &    (sccorcompon(i,j),j=1,ntyp)
 437        enddo
 438        write (istat,'("EVDW2 components")')
 439        do i=1,ntyp
 440          write (istat,'(a3,2x,1pe15.6)') restyp(i),vdw2compon(i)
 441        enddo
 442        write (istat,'("EBE components")')
 443        do i=1,ntyp
 444          write (istat,'(a3,2x,1pe15.6)') restyp(i),becompon(i)
 445        enddo
 446        write (istat,'("ESCLOC components")')
 447        do i=1,ntyp
 448          write (istat,'(a3,2x,1pe15.6)') restyp(i),sccompon(i)
 449        enddo
 450        write (istat,'("ETORD components")')
 451        do i=1,ntyp
 452          write (istat,'(a3,2x,1pe15.6)') restyp(i),tordcompon(i)
 453        enddo
 454        write (istat,'(2a)') "END DECOY ",
 455      &   pdbname(ifile)(:ilen(pdbname(ifile)))
 456 #if defined(AIX)
 457         call flush(istat)
 458 #else
 459         close(istat)
 460 #endif
 461        return
 462       end
 463 c---------------------------------------------------------------
 464       double precision function gyrate()
 465       implicit real*8 (a-h,o-z)
 466       include 'DIMENSIONS'
 467       include 'COMMON.INTERACT'
 468       include 'COMMON.CHAIN'
 469       double precision cen(3),rg
 470
 471       do j=1,3
 472        cen(j)=0.0d0
 473       enddo
 474
 475       do i=nnt,nct
 476           do j=1,3
 477             cen(j)=cen(j)+c(j,i)
 478           enddo
 479       enddo
 480       do j=1,3
 481             cen(j)=cen(j)/dble(nct-nnt+1)
 482       enddo
 483       rg = 0.0d0
 484       do i = nnt, nct
 485         do j=1,3
 486          rg = rg + (c(j,i)-cen(j))**2
 487         enddo
 488       end do
 489       gyrate = sqrt(rg/dble(nct-nnt+1))
 490       return
 491       end
 492