source/unres/src_CSA/CMakeLists.txt

   1 #
   2 # CMake project file for UNRES CSA version
   3 #
   4
   5 enable_language (Fortran)
   6
   7 #================================
   8 # Set source file lists
   9 #================================
  10 set(UNRES_CSA_SRC0
  11         arcos.f
  12         banach.f
  13         bank.F
  14         cartder.F
  15         cartprint.f
  16         chainbuild.F
  17         checkder_p.F
  18         contact.f
  19         convert.f
  20         cored.f
  21         csa.F
  22         dfa.F
  23         diff12.f
  24         distfit.f
  25         djacob.f
  26         econstr_local.F
  27         elecont.f
  28         energy_p_new_barrier.F
  29         fitsq.f
  30         gen_rand_conf.F
  31         geomout_min.F
  32         gradient_p.F
  33         indexx.f
  34         initialize_p.F
  35         intcartderiv.F
  36         intcor.f
  37         intlocal.f
  38         int_to_cart.f
  39         local_move.f
  40         matmult.f
  41         minimize_p.F
  42         minim_jlee.F
  43         minim_mult.F
  44         misc.f
  45         MP.F
  46         newconf.F
  47         parmread.F
  48         pinorm.f
  49         printmat.f
  50         prng_32.F
  51         randgens.f
  52         ran.f
  53         readpdb.F
  54         readrtns_csa.F
  55         refsys.f
  56         rescode.f
  57         rmdd.f
  58         rmsd.F
  59         sc_move.F
  60         shift.F
  61         sumsld.f
  62         test.F
  63         timing.F
  64         TMscore_subroutine.f
  65         together.F
  66         unres_csa.F
  67         gnmr1.f
  68 )
  69
  70 set(UNRES_CSA_SRC3 energy_p_new_barrier.F gradient_p.F )
  71
  72 set(UNRES_CSA_PP_SRC
  73         bank.F
  74         cartder.F
  75         chainbuild.F
  76         checkder_p.F
  77         csa.F
  78         dfa.F
  79         econstr_local.F
  80         energy_p_new_barrier.F
  81         gen_rand_conf.F
  82         geomout_min.F
  83         gradient_p.F
  84         initialize_p.F
  85         intcartderiv.F
  86         minimize_p.F
  87         minim_jlee.F
  88         minim_mult.F
  89         MP.F
  90         newconf.F
  91         parmread.F
  92         prng_32.F
  93         readpdb.F
  94         readrtns_csa.F
  95         rmsd.F
  96         sc_move.F
  97         shift.F
  98         test.F
  99         timing.F
 100         together.F
 101         unres_csa.F
 102 )
 103
 104
 105 #================================================
 106 # Set comipiler flags for different sourcefiles
 107 #================================================
 108 if (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 109   set(FFLAGS0 "-c -ip -w" )
 110   set(FFLAGS1 "-c -w -g -d2 -CA -CB" )
 111   set(FFLAGS2 "-c -w -g -00 ")
 112   #set(FFLAGS3 "-c -w -O3 -ipo -ipo_obj -opt_report" )
 113   set(FFLAGS3 "-c -w -ipo " )
 114 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "gfortran")
 115   set(FFLAGS0 "-std=legacy -cpp -c -I. ")
 116   set(FFLAGS1 "-std=legacy -cpp -c -g -I. " )
 117   set(FFLAGS2 "-std=legacy -cpp -c -I. ")
 118   set(FFLAGS3 "-cpp -c -I. " )
 119 endif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 120
 121
 122 # Add MPI compiler flags
 123 if(UNRES_WITH_MPI)
 124   set(FFLAGS0 "${FFLAGS0} -I${MPI_Fortran_INCLUDE_PATH}")
 125   set(FFLAGS1 "${FFLAGS1} -I${MPI_Fortran_INCLUDE_PATH}")
 126   set(FFLAGS2 "${FFLAGS2} -I${MPI_Fortran_INCLUDE_PATH}")
 127   set(FFLAGS3 "${FFLAGS3} -I${MPI_Fortran_INCLUDE_PATH}")
 128 endif(UNRES_WITH_MPI)
 129
 130 set_property(SOURCE ${UNRES_CSA_SRC0} PROPERTY COMPILE_FLAGS ${FFLAGS0} )
 131 set_property(SOURCE ${UNRES_CSA_SRC1} PROPERTY COMPILE_FLAGS ${FFLAGS1} )
 132 set_property(SOURCE ${UNRES_CSA_SRC2} PROPERTY COMPILE_FLAGS ${FFLAGS2} )
 133 set_property(SOURCE ${UNRES_CSA_SRC3} PROPERTY COMPILE_FLAGS ${FFLAGS3} )
 134
 135 #=========================================
 136 # Settings for CSA force fields
 137 #=========================================
 138
 139 if(UNRES_CSA_FF STREQUAL "CASP3" )
 140   set(CPPFLAGS "UNRES -DISNAN -DSPLITELE -DLANG0 -DMOMENT -DCRYST_BOND -DCRYST_THETA -DCRYST_SC -DCRYST_TOR" )
 141 elseif(UNRES_CSA_FF STREQUAL "ALPHA")
 142   set(CPPFLAGS "UNRES -DISNAN -DSPLITELE -DLANG0 -DMOMENT -DCRYST_BOND -DCRYST_THETA -DCRYST_SC" )
 143 elseif(UNRES_CSA_FF STREQUAL "BETA")
 144   set(CPPFLAGS "UNRES -DISNAN -DSPLITELE -DLANG0 -DMOMENT -DCRYST_BOND -DCRYST_THETA -DCRYST_SC" )
 145 elseif(UNRES_CSA_FF STREQUAL "ALPHABETA")
 146   set(CPPFLAGS "UNRES -DISNAN -DSPLITELE -DLANG0 -DMOMENT -DCRYST_BOND -DCRYST_THETA -DCRYST_SC" )
 147 elseif(UNRES_CSA_FF STREQUAL "CASP5")
 148   set(CPPFLAGS "UNRES -DISNAN -DSPLITELE -DLANG0 -DMOMENT -DCRYST_BOND -DCRYST_THETA -DCRYST_SC" )
 149 elseif(UNRES_CSA_FF STREQUAL "3P")
 150   set(CPPFLAGS "UNRES -DISNAN -DSPLITELE -DLANG0 -DCRYST_BOND -DCRYST_THETA -DCRYST_SC -DSCCORPDB" )
 151 elseif(UNRES_CSA_FF STREQUAL "4P")
 152   set(CPPFLAGS "UNRES -DISNAN -DSPLITELE -DLANG0 -DCRYST_BOND -DCRYST_THETA -DCRYST_SC -DSCCORPDB" )
 153 elseif(UNRES_CSA_FF STREQUAL "GAB" )
 154   set(CPPFLAGS "PROCOR -DUNRES -DISNAN -DSPLITELE -DLANG0 -DCRYST_BOND -DCRYST_THETA -DCRYST_SC" )
 155 elseif(UNRES_CSA_FF STREQUAL "E0LL2Y" )
 156   set(CPPFLAGS "PROCOR -DUNRES -DISNAN -DSPLITELE -DLANG0" )
 157 endif(UNRES_CSA_FF STREQUAL "CASP3")
 158
 159 #=========================================
 160 # System specific flags
 161 #=========================================
 162 if(${CMAKE_SYSTEM_NAME} MATCHES "Linux")
 163   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DLINUX")
 164 endif(${CMAKE_SYSTEM_NAME} MATCHES "Linux")
 165
 166 #=========================================
 167 # Compiler specific flags
 168 #=========================================
 169
 170 if (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 171   # Add ifort preprocessor flags
 172   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DPGI")
 173 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "f95")
 174   # Add new gfortran flags
 175   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DG77")
 176 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "gfortran")
 177   # Add old gfortran flags
 178   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DG77")
 179 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "pgf90")
 180   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DPGI")
 181   FILE(COPY ${CMAKE_SOURCE_DIR}/source/lib/isnan_pgi.f DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR} )
 182   list(APPEND UNRES_CSA_SRC0 ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/isnan_pgi.f)
 183 endif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 184
 185 #=========================================
 186 # Add MPI preprocessor flags
 187 #=========================================
 188 set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DMP -DMPI")
 189
 190 #=========================================
 191 # add 64-bit specific preprocessor flags
 192 #=========================================
 193 if (architektura STREQUAL "64")
 194   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DAMD64")
 195 endif (architektura STREQUAL "64")
 196
 197 # Apply preprocesor flags to *.F files
 198 set_property(SOURCE ${UNRES_CSA_PP_SRC} PROPERTY COMPILE_DEFINITIONS ${CPPFLAGS} )
 199
 200
 201 #========================================
 202 #  Setting binary name
 203 #========================================
 204 set(UNRES_BIN "unresCSA_${Fortran_COMPILER_NAME}_MPI_${UNRES_CSA_FF}.exe")
 205
 206 #=========================================
 207 # cinfo.f workaround for CMake
 208 #=========================================
 209 # get the current date
 210 TODAY(DATE)
 211 # generate cinfo.f
 212
 213 set(CINFO "${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cinfo.f")
 214 FILE(WRITE ${CINFO}
 215 "C CMake generated file
 216        subroutine cinfo
 217        include 'COMMON.IOUNITS'
 218        write(iout,*)'++++ Compile info ++++'
 219        write(iout,*)'Version ${UNRES_MAJOR}.${UNRES_MINOR} build ${UNRES_PATCH}'
 220 ")
 221
 222 CINFO_FORMAT(${CINFO} "Compiled" "${DATE}" )
 223 CINFO_FORMAT(${CINFO} "Compiled by" "$ENV{USER}@$ENV{HOST}" )
 224 CINFO_FORMAT(${CINFO} "OS name:" "${CMAKE_SYSTEM_NAME}" )
 225 CINFO_FORMAT(${CINFO} "OS release:" "${CMAKE_SYSTEM}" )
 226 CINFO_FORMAT(${CINFO} "Fortran Compiler:" "${CMAKE_Fortran_COMPILER}" )
 227 CINFO_FORMAT(${CINFO} "MD Force field:" "${UNRES_MD_FF}" )
 228 CINFO_FORMAT(${CINFO} "CPPFLAGS =" "${CPPFLAGS}")
 229
 230 FILE(APPEND ${CINFO}
 231 "       write(iout,*)'++++ End of compile info ++++'
 232        return
 233        end ")
 234
 235 # set include path
 236 set_property(SOURCE ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cinfo.f PROPERTY COMPILE_FLAGS "${FFLAGS0} -I${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}" )
 237
 238 #=========================================
 239 # Set full unres CSA sources
 240 #=========================================
 241 set(UNRES_CSA_SRCS ${UNRES_CSA_SRC0} ${UNRES_CSA_SRC3} ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cinfo.f )
 242
 243 #=========================================
 244 # Build the binary
 245 #=========================================
 246 add_executable(UNRES_BIN-CSA ${UNRES_CSA_SRCS} )
 247 set_target_properties(UNRES_BIN-CSA PROPERTIES OUTPUT_NAME ${UNRES_BIN})
 248 set_property(TARGET UNRES_BIN-CSA PROPERTY RUNTIME_OUTPUT_DIRECTORY ${CMAKE_BINARY_DIR}/bin )
 249 #add_dependencies (${UNRES_BIN} ${UNRES_XDRFLIB})
 250
 251 #=========================================
 252 # Link libraries
 253 #=========================================
 254 # link MPI library (libmpich.a)
 255 target_link_libraries( UNRES_BIN-CSA ${MPI_Fortran_LIBRARIES} )
 256 # link libxdrf.a
 257 #target_link_libraries( ${UNRES_BIN} xdrf )
 258
 259 #=========================================
 260 # Install Path
 261 #=========================================
 262 install(TARGETS UNRES_BIN-CSA DESTINATION ${CMAKE_INSTALL_PREFIX}/unres/CSA)
 263
 264
 265 #=========================================
 266 # TESTS
 267 #=========================================
 268
 269 if(UNRES_CSA_FF STREQUAL "4P")
 270
 271 FILE(COPY ${CMAKE_SOURCE_DIR}/ctest/1l2y_csa_4P.inp
 272         DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR} )
 273
 274 FILE(COPY ${CMAKE_SOURCE_DIR}/ctest/1l2y_csa_local_4P.inp
 275         DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR} )
 276
 277 FILE(COPY ${CMAKE_SOURCE_DIR}/ctest/1l2y_csa_local_4P.CSA.native.int
 278         DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR} )
 279
 280
 281 FILE(COPY ${CMAKE_SOURCE_DIR}/ctest/csa_energy_check.sh
 282         DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}
 283         FILE_PERMISSIONS OWNER_READ OWNER_WRITE OWNER_EXECUTE GROUP_READ GROUP_EXECUTE WORLD_READ WORLD_EXECUTE
 284 )
 285
 286
 287 #=========================================
 288 #  test_csa_4P.sh
 289 #=========================================
 290
 291 FILE(WRITE ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/scripts/test_csa_4P.sh
 292 "#!/bin/sh
 293 export POT=GB
 294 export FGPROCS=1
 295 export PREFIX=$1
 296 #-----------------------------------------------------------------------------
 297 UNRES_BIN=${CMAKE_BINARY_DIR}/bin/${UNRES_BIN}
 298 #-----------------------------------------------------------------------------
 299 DD=${CMAKE_SOURCE_DIR}/PARAM
 300 export BONDPAR=$DD/bond.parm
 301 export THETPAR=$DD/thetaml.5parm
 302 export ROTPAR=$DD/scgauss.parm
 303 export TORPAR=$DD/torsion_631Gdp.parm
 304 export TORDPAR=$DD/torsion_double_631Gdp.parm
 305 export ELEPAR=$DD/electr_631Gdp.parm
 306 export SIDEPAR=$DD/sc_GB_opt.4P5_iter33_3r
 307 export FOURIER=$DD/fourier_opt.parm.1igd_hc_iter3_3
 308 #export SCCORPAR=$DD/rotcorr_AM1.parm
 309 export SCCORPAR=$DD/sccor_am1_pawel.dat
 310 export SCPPAR=$DD/scp.parm
 311 export PATTERN=$DD/patterns.cart
 312 export PRINT_PARM=NO
 313 #-----------------------------------------------------------------------------
 314 echo CTEST_FULL_OUTPUT
 315 $UNRES_BIN
 316 ./csa_energy_check.sh $1
 317 ")
 318
 319 #
 320 # File permissions workaround
 321 #
 322 FILE(   COPY ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/scripts/test_csa_4P.sh
 323         DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}
 324         FILE_PERMISSIONS OWNER_READ OWNER_WRITE OWNER_EXECUTE GROUP_READ GROUP_EXECUTE WORLD_READ WORLD_EXECUTE
 325 )
 326 endif(UNRES_CSA_FF STREQUAL "4P")
 327
 328 if(UNRES_CSA_FF STREQUAL "E0LL2Y")
 329
 330 FILE(COPY ${CMAKE_SOURCE_DIR}/ctest/1l2y_csa.inp
 331         DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR} )
 332
 333 FILE(COPY ${CMAKE_SOURCE_DIR}/ctest/1l2y_csa_local.inp
 334         DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR} )
 335
 336 FILE(COPY ${CMAKE_SOURCE_DIR}/ctest/1l2y_csa_local.CSA.native.int
 337         DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR} )
 338
 339
 340 FILE(COPY ${CMAKE_SOURCE_DIR}/ctest/csa_energy_check.sh
 341         DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}
 342         FILE_PERMISSIONS OWNER_READ OWNER_WRITE OWNER_EXECUTE GROUP_READ GROUP_EXECUTE WORLD_READ WORLD_EXECUTE
 343 )
 344
 345
 346 #=========================================
 347 #  test_csa_E0LL2Y.sh
 348 #=========================================
 349
 350 FILE(WRITE ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/scripts/test_csa_E0LL2Y.sh
 351 "#!/bin/sh
 352 export POT=GB
 353 export FGPROCS=1
 354 export PREFIX=$1
 355 #-----------------------------------------------------------------------------
 356 UNRES_BIN=${CMAKE_BINARY_DIR}/bin/${UNRES_BIN}
 357 #-----------------------------------------------------------------------------
 358 DD=${CMAKE_SOURCE_DIR}/PARAM
 359 export BONDPAR=$DD/bond_AM1.parm
 360 export THETPAR=$DD/theta_abinitio.parm
 361 export ROTPAR=$DD/rotamers_AM1_aura.10022007.parm
 362 export THETPARPDB=$DD/thetaml.5parm
 363 export ROTPARPDB=$DD/scgauss.parm
 364 export TORPAR=$DD/torsion_631Gdp.parm
 365 export TORDPAR=$DD/torsion_double_631Gdp.parm
 366 export ELEPAR=$DD/electr_631Gdp.parm
 367 export SIDEPAR=$DD/scinter_$POT.parm
 368 export FOURIER=$DD/fourier_opt.parm.1igd_hc_iter3_3
 369 #export SCCORPAR=$DD/rotcorr_AM1.parm
 370 export SCCORPAR=$DD/sccor_am1_pawel.dat
 371 export SCPPAR=$DD/scp.parm
 372 export PATTERN=$DD/patterns.cart
 373 export PRINT_PARM=NO
 374 #-----------------------------------------------------------------------------
 375 echo CTEST_FULL_OUTPUT
 376 $UNRES_BIN
 377 ./csa_energy_check.sh $1
 378 ")
 379
 380 #
 381 # File permissions workaround
 382 #
 383 FILE(   COPY ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/scripts/test_csa_E0LL2Y.sh
 384         DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}
 385         FILE_PERMISSIONS OWNER_READ OWNER_WRITE OWNER_EXECUTE GROUP_READ GROUP_EXECUTE WORLD_READ WORLD_EXECUTE
 386 )
 387 endif(UNRES_CSA_FF STREQUAL "E0LL2Y")
 388
 389
 390
 391 # Add tests
 392
 393 #  MESSAGE (STATUS "${MPI_Fortran_LIBRARIES}")
 394   if ("${MPI_Fortran_LIBRARIES}"  MATCHES "lam")
 395      MESSAGE (STATUS "LAM MPI library detected")
 396      set (boot_lam "-boot")
 397   else()
 398      set (boot_lam "")
 399   endif()
 400
 401
 402   if (UNRES_SRUN)
 403    set (np "-n")
 404    set (mpiexec "srun")
 405   elseif(UNRES_MPIRUN)
 406    set (np "-np")
 407    set (mpiexec "mpirun")
 408   else()
 409    set (np "-np")
 410    set (mpiexec "mpiexec")
 411   endif()
 412
 413
 414 if(UNRES_CSA_FF STREQUAL "4P")
 415     add_test(NAME UNRES_CSA_global COMMAND ${mpiexec} ${boot_lam} ${np} 4 ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/test_csa_4P.sh 1l2y_csa_4P )
 416     add_test(NAME UNRES_CSA_local COMMAND ${mpiexec} ${boot_lam} ${np} 4 ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/test_csa_4P.sh 1l2y_csa_local_4P )
 417 endif(UNRES_CSA_FF STREQUAL "4P")
 418
 419 if(UNRES_CSA_FF STREQUAL "E0LL2Y")
 420     add_test(NAME UNRES_CSA_global_E0LL2Y COMMAND ${mpiexec} ${boot_lam} ${np} 4 ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/test_csa_E0LL2Y.sh 1l2y_csa )
 421     add_test(NAME UNRES_CSA_local_E0LL2Y COMMAND ${mpiexec} ${boot_lam} ${np} 4 ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/test_csa_E0LL2Y.sh 1l2y_csa_local )
 422 endif(UNRES_CSA_FF STREQUAL "E0LL2Y")
 423
 424