source/unres/src_CSA/CMakeLists.txt

   1 #
   2 # CMake project file for UNRES CSA version
   3 #
   4
   5 enable_language (Fortran)
   6
   7 #================================
   8 # Set source file lists
   9 #================================
  10 set(UNRES_CSA_SRC0
  11         arcos.f
  12         banach.f
  13         bank.F
  14         cartder.F
  15         cartprint.f
  16         chainbuild.F
  17         checkder_p.F
  18         contact.f
  19         convert.f
  20         cored.f
  21         csa.F
  22         dfa.F
  23         diff12.f
  24         distfit.f
  25         djacob.f
  26         econstr_local.F
  27         elecont.f
  28         energy_p_new_barrier.F
  29         fitsq.f
  30         gen_rand_conf.F
  31         geomout_min.F
  32         gradient_p.F
  33         indexx.f
  34         initialize_p.F
  35         intcartderiv.F
  36         intcor.f
  37         intlocal.f
  38         int_to_cart.f
  39         local_move.f
  40         matmult.f
  41         minimize_p.F
  42         minim_jlee.F
  43         minim_mult.F
  44         misc.f
  45         MP.F
  46         newconf.F
  47         parmread.F
  48         pinorm.f
  49         printmat.f
  50         prng_32.F
  51         randgens.f
  52         ran.f
  53         readpdb.F
  54         readrtns_csa.F
  55         refsys.f
  56         rescode.f
  57         rmdd.f
  58         rmsd.F
  59         sc_move.F
  60         shift.F
  61         sumsld.f
  62         test.F
  63         timing.F
  64         TMscore_subroutine.f
  65         together.F
  66         unres_csa.F
  67 )
  68
  69 set(UNRES_CSA_SRC3 energy_p_new_barrier.F gradient_p.F )
  70
  71 set(UNRES_CSA_PP_SRC
  72         bank.F
  73         cartder.F
  74         chainbuild.F
  75         checkder_p.F
  76         csa.F
  77         dfa.F
  78         econstr_local.F
  79         energy_p_new_barrier.F
  80         gen_rand_conf.F
  81         geomout_min.F
  82         gradient_p.F
  83         initialize_p.F
  84         intcartderiv.F
  85         minimize_p.F
  86         minim_jlee.F
  87         minim_mult.F
  88         MP.F
  89         newconf.F
  90         parmread.F
  91         prng_32.F
  92         readpdb.F
  93         readrtns_csa.F
  94         rmsd.F
  95         sc_move.F
  96         shift.F
  97         test.F
  98         timing.F
  99         together.F
 100         unres_csa.F
 101 )
 102
 103
 104 #================================================
 105 # Set comipiler flags for different sourcefiles
 106 #================================================
 107 if (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 108   set(FFLAGS0 "-c -ip -w" )
 109   set(FFLAGS1 "-c -w -g -d2 -CA -CB" )
 110   set(FFLAGS2 "-c -w -g -00 ")
 111   #set(FFLAGS3 "-c -w -O3 -ipo -ipo_obj -opt_report" )
 112   set(FFLAGS3 "-c -w -ipo " )
 113 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "gfortran")
 114   set(FFLAGS0 "-std=legacy -cpp -c -I. ")
 115   set(FFLAGS1 "-std=legacy -cpp -c -g -I. " )
 116   set(FFLAGS2 "-std=legacy -cpp -c -I. ")
 117   set(FFLAGS3 "-cpp -c -I. " )
 118 else ()
 119   set(FFLAGS0 "-std=legacy " )
 120 endif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 121
 122
 123 # Add MPI compiler flags
 124 if(UNRES_WITH_MPI)
 125   set(FFLAGS0 "${FFLAGS0} -I${MPI_Fortran_INCLUDE_PATH}")
 126   set(FFLAGS1 "${FFLAGS1} -I${MPI_Fortran_INCLUDE_PATH}")
 127   set(FFLAGS2 "${FFLAGS2} -I${MPI_Fortran_INCLUDE_PATH}")
 128   set(FFLAGS3 "${FFLAGS3} -I${MPI_Fortran_INCLUDE_PATH}")
 129 endif(UNRES_WITH_MPI)
 130
 131 set_property(SOURCE ${UNRES_CSA_SRC0} PROPERTY COMPILE_FLAGS ${FFLAGS0} )
 132 set_property(SOURCE ${UNRES_CSA_SRC1} PROPERTY COMPILE_FLAGS ${FFLAGS1} )
 133 set_property(SOURCE ${UNRES_CSA_SRC2} PROPERTY COMPILE_FLAGS ${FFLAGS2} )
 134 set_property(SOURCE ${UNRES_CSA_SRC3} PROPERTY COMPILE_FLAGS ${FFLAGS3} )
 135
 136 #=========================================
 137 # Settings for CSA force fields
 138 #=========================================
 139
 140 if(UNRES_CSA_FF STREQUAL "CASP3" )
 141   set(CPPFLAGS "UNRES -DISNAN -DSPLITELE -DLANG0 -DMOMENT -DCRYST_BOND -DCRYST_THETA -DCRYST_SC -DCRYST_TOR" )
 142 elseif(UNRES_CSA_FF STREQUAL "ALPHA")
 143   set(CPPFLAGS "UNRES -DISNAN -DSPLITELE -DLANG0 -DMOMENT -DCRYST_BOND -DCRYST_THETA -DCRYST_SC" )
 144 elseif(UNRES_CSA_FF STREQUAL "BETA")
 145   set(CPPFLAGS "UNRES -DISNAN -DSPLITELE -DLANG0 -DMOMENT -DCRYST_BOND -DCRYST_THETA -DCRYST_SC" )
 146 elseif(UNRES_CSA_FF STREQUAL "ALPHABETA")
 147   set(CPPFLAGS "UNRES -DISNAN -DSPLITELE -DLANG0 -DMOMENT -DCRYST_BOND -DCRYST_THETA -DCRYST_SC" )
 148 elseif(UNRES_CSA_FF STREQUAL "CASP5")
 149   set(CPPFLAGS "UNRES -DISNAN -DSPLITELE -DLANG0 -DMOMENT -DCRYST_BOND -DCRYST_THETA -DCRYST_SC" )
 150 elseif(UNRES_CSA_FF STREQUAL "3P")
 151   set(CPPFLAGS "UNRES -DISNAN -DSPLITELE -DLANG0 -DCRYST_BOND -DCRYST_THETA -DCRYST_SC -DSCCORPDB" )
 152 elseif(UNRES_CSA_FF STREQUAL "4P")
 153   set(CPPFLAGS "UNRES -DISNAN -DSPLITELE -DLANG0 -DCRYST_BOND -DCRYST_THETA -DCRYST_SC -DSCCORPDB" )
 154 elseif(UNRES_CSA_FF STREQUAL "GAB" )
 155   set(CPPFLAGS "PROCOR -DUNRES -DISNAN -DSPLITELE -DLANG0 -DCRYST_BOND -DCRYST_THETA -DCRYST_SC" )
 156 elseif(UNRES_CSA_FF STREQUAL "E0LL2Y" )
 157   set(CPPFLAGS "PROCOR -DUNRES -DISNAN -DSPLITELE -DLANG0" )
 158 endif(UNRES_CSA_FF STREQUAL "CASP3")
 159
 160 #=========================================
 161 # System specific flags
 162 #=========================================
 163 if(${CMAKE_SYSTEM_NAME} MATCHES "Linux")
 164   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DLINUX")
 165 endif(${CMAKE_SYSTEM_NAME} MATCHES "Linux")
 166
 167 #=========================================
 168 # Compiler specific flags
 169 #=========================================
 170
 171 if (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 172   # Add ifort preprocessor flags
 173   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DPGI")
 174 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "f95")
 175   # Add new gfortran flags
 176   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DG77")
 177 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "gfortran")
 178   # Add old gfortran flags
 179   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DG77")
 180 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "pgf90")
 181   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DPGI")
 182   FILE(COPY ${CMAKE_SOURCE_DIR}/source/lib/isnan_pgi.f DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR} )
 183   list(APPEND UNRES_CSA_SRC0 ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/isnan_pgi.f)
 184 endif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 185
 186 #=========================================
 187 # Add MPI preprocessor flags
 188 #=========================================
 189 set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DMP -DMPI")
 190
 191 #=========================================
 192 # add 64-bit specific preprocessor flags
 193 #=========================================
 194 if (architektura STREQUAL "64")
 195   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DAMD64")
 196 endif (architektura STREQUAL "64")
 197
 198 # Apply preprocesor flags to *.F files
 199 set_property(SOURCE ${UNRES_CSA_PP_SRC} PROPERTY COMPILE_DEFINITIONS ${CPPFLAGS} )
 200
 201
 202 #========================================
 203 #  Setting binary name
 204 #========================================
 205 set(UNRES_BIN "unresCSA_${Fortran_COMPILER_NAME}_MPI_${UNRES_CSA_FF}.exe")
 206
 207 #=========================================
 208 # cinfo.f workaround for CMake
 209 #=========================================
 210 # get the current date
 211 TODAY(DATE)
 212 # generate cinfo.f
 213
 214 set(CINFO "${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cinfo.f")
 215 FILE(WRITE ${CINFO}
 216 "C CMake generated file
 217        subroutine cinfo
 218        include 'COMMON.IOUNITS'
 219        write(iout,*)'++++ Compile info ++++'
 220        write(iout,*)'Version ${UNRES_MAJOR}.${UNRES_MINOR} build ${UNRES_PATCH}'
 221 ")
 222
 223 CINFO_FORMAT(${CINFO} "Compiled" "${DATE}" )
 224 CINFO_FORMAT(${CINFO} "Compiled by" "$ENV{USER}@$ENV{HOST}" )
 225 CINFO_FORMAT(${CINFO} "OS name:" "${CMAKE_SYSTEM_NAME}" )
 226 CINFO_FORMAT(${CINFO} "OS release:" "${CMAKE_SYSTEM}" )
 227 CINFO_FORMAT(${CINFO} "Fortran Compiler:" "${CMAKE_Fortran_COMPILER}" )
 228 CINFO_FORMAT(${CINFO} "MD Force field:" "${UNRES_MD_FF}" )
 229 CINFO_FORMAT(${CINFO} "CPPFLAGS =" "${CPPFLAGS}")
 230
 231 FILE(APPEND ${CINFO}
 232 "       write(iout,*)'++++ End of compile info ++++'
 233        return
 234        end ")
 235
 236 # set include path
 237 set_property(SOURCE ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cinfo.f PROPERTY COMPILE_FLAGS "${FFLAGS0} -I${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}" )
 238
 239 #=========================================
 240 # Set full unres CSA sources
 241 #=========================================
 242 set(UNRES_CSA_SRCS ${UNRES_CSA_SRC0} ${UNRES_CSA_SRC3} ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cinfo.f )
 243
 244 #=========================================
 245 # Build the binary
 246 #=========================================
 247 add_executable(UNRES_BIN-CSA ${UNRES_CSA_SRCS} )
 248 set_target_properties(UNRES_BIN-CSA PROPERTIES OUTPUT_NAME ${UNRES_BIN})
 249 set_property(TARGET UNRES_BIN-CSA PROPERTY RUNTIME_OUTPUT_DIRECTORY ${CMAKE_BINARY_DIR}/bin )
 250 #add_dependencies (${UNRES_BIN} ${UNRES_XDRFLIB})
 251
 252 #=========================================
 253 # Link libraries
 254 #=========================================
 255 # link MPI library (libmpich.a)
 256 target_link_libraries( UNRES_BIN-CSA ${MPI_Fortran_LIBRARIES} )
 257 # link libxdrf.a
 258 #target_link_libraries( ${UNRES_BIN} xdrf )
 259
 260 #=========================================
 261 # Install Path
 262 #=========================================
 263 install(TARGETS UNRES_BIN-CSA DESTINATION ${CMAKE_INSTALL_PREFIX}/unres/CSA)
 264
 265
 266 #=========================================
 267 # TESTS
 268 #=========================================
 269
 270 if(UNRES_CSA_FF STREQUAL "4P")
 271
 272 FILE(COPY ${CMAKE_SOURCE_DIR}/ctest/1l2y_csa_4P.inp
 273         DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR} )
 274
 275 FILE(COPY ${CMAKE_SOURCE_DIR}/ctest/1l2y_csa_local_4P.inp
 276         DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR} )
 277
 278 FILE(COPY ${CMAKE_SOURCE_DIR}/ctest/1l2y_csa_local_4P.CSA.native.int
 279         DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR} )
 280
 281
 282 FILE(COPY ${CMAKE_SOURCE_DIR}/ctest/csa_energy_check.sh
 283         DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}
 284         FILE_PERMISSIONS OWNER_READ OWNER_WRITE OWNER_EXECUTE GROUP_READ GROUP_EXECUTE WORLD_READ WORLD_EXECUTE
 285 )
 286
 287
 288 #=========================================
 289 #  test_csa_4P.sh
 290 #=========================================
 291
 292 FILE(WRITE ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/scripts/test_csa_4P.sh
 293 "#!/bin/sh
 294 export POT=GB
 295 export FGPROCS=1
 296 export PREFIX=$1
 297 #-----------------------------------------------------------------------------
 298 UNRES_BIN=${CMAKE_BINARY_DIR}/bin/${UNRES_BIN}
 299 #-----------------------------------------------------------------------------
 300 DD=${CMAKE_SOURCE_DIR}/PARAM
 301 export BONDPAR=$DD/bond.parm
 302 export THETPAR=$DD/thetaml.5parm
 303 export ROTPAR=$DD/scgauss.parm
 304 export TORPAR=$DD/torsion_631Gdp.parm
 305 export TORDPAR=$DD/torsion_double_631Gdp.parm
 306 export ELEPAR=$DD/electr_631Gdp.parm
 307 export SIDEPAR=$DD/sc_GB_opt.4P5_iter33_3r
 308 export FOURIER=$DD/fourier_opt.parm.1igd_hc_iter3_3
 309 #export SCCORPAR=$DD/rotcorr_AM1.parm
 310 export SCCORPAR=$DD/sccor_am1_pawel.dat
 311 export SCPPAR=$DD/scp.parm
 312 export PATTERN=$DD/patterns.cart
 313 export PRINT_PARM=NO
 314 #-----------------------------------------------------------------------------
 315 echo CTEST_FULL_OUTPUT
 316 $UNRES_BIN
 317 ./csa_energy_check.sh $1
 318 ")
 319
 320 #
 321 # File permissions workaround
 322 #
 323 FILE(   COPY ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/scripts/test_csa_4P.sh
 324         DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}
 325         FILE_PERMISSIONS OWNER_READ OWNER_WRITE OWNER_EXECUTE GROUP_READ GROUP_EXECUTE WORLD_READ WORLD_EXECUTE
 326 )
 327 endif(UNRES_CSA_FF STREQUAL "4P")
 328
 329 if(UNRES_CSA_FF STREQUAL "E0LL2Y")
 330
 331 FILE(COPY ${CMAKE_SOURCE_DIR}/ctest/1l2y_csa.inp
 332         DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR} )
 333
 334 FILE(COPY ${CMAKE_SOURCE_DIR}/ctest/1l2y_csa_local.inp
 335         DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR} )
 336
 337 FILE(COPY ${CMAKE_SOURCE_DIR}/ctest/1l2y_csa_local.CSA.native.int
 338         DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR} )
 339
 340
 341 FILE(COPY ${CMAKE_SOURCE_DIR}/ctest/csa_energy_check.sh
 342         DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}
 343         FILE_PERMISSIONS OWNER_READ OWNER_WRITE OWNER_EXECUTE GROUP_READ GROUP_EXECUTE WORLD_READ WORLD_EXECUTE
 344 )
 345
 346
 347 #=========================================
 348 #  test_csa_E0LL2Y.sh
 349 #=========================================
 350
 351 FILE(WRITE ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/scripts/test_csa_E0LL2Y.sh
 352 "#!/bin/sh
 353 export POT=GB
 354 export FGPROCS=1
 355 export PREFIX=$1
 356 #-----------------------------------------------------------------------------
 357 UNRES_BIN=${CMAKE_BINARY_DIR}/bin/${UNRES_BIN}
 358 #-----------------------------------------------------------------------------
 359 DD=${CMAKE_SOURCE_DIR}/PARAM
 360 export BONDPAR=$DD/bond_AM1.parm
 361 export THETPAR=$DD/theta_abinitio.parm
 362 export ROTPAR=$DD/rotamers_AM1_aura.10022007.parm
 363 export THETPARPDB=$DD/thetaml.5parm
 364 export ROTPARPDB=$DD/scgauss.parm
 365 export TORPAR=$DD/torsion_631Gdp.parm
 366 export TORDPAR=$DD/torsion_double_631Gdp.parm
 367 export ELEPAR=$DD/electr_631Gdp.parm
 368 export SIDEPAR=$DD/scinter_$POT.parm
 369 export FOURIER=$DD/fourier_opt.parm.1igd_hc_iter3_3
 370 #export SCCORPAR=$DD/rotcorr_AM1.parm
 371 export SCCORPAR=$DD/sccor_am1_pawel.dat
 372 export SCPPAR=$DD/scp.parm
 373 export PATTERN=$DD/patterns.cart
 374 export PRINT_PARM=NO
 375 #-----------------------------------------------------------------------------
 376 echo CTEST_FULL_OUTPUT
 377 $UNRES_BIN
 378 ./csa_energy_check.sh $1
 379 ")
 380
 381 #
 382 # File permissions workaround
 383 #
 384 FILE(   COPY ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/scripts/test_csa_E0LL2Y.sh
 385         DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}
 386         FILE_PERMISSIONS OWNER_READ OWNER_WRITE OWNER_EXECUTE GROUP_READ GROUP_EXECUTE WORLD_READ WORLD_EXECUTE
 387 )
 388 endif(UNRES_CSA_FF STREQUAL "E0LL2Y")
 389
 390
 391
 392 # Add tests
 393
 394 #  MESSAGE (STATUS "${MPI_Fortran_LIBRARIES}")
 395   if ("${MPI_Fortran_LIBRARIES}"  MATCHES "lam")
 396      MESSAGE (STATUS "LAM MPI library detected")
 397      set (boot_lam "-boot")
 398   else()
 399      set (boot_lam "")
 400   endif()
 401
 402
 403   if (UNRES_SRUN)
 404    set (np "-n")
 405    set (mpiexec "srun")
 406   elseif(UNRES_MPIRUN)
 407    set (np "-np")
 408    set (mpiexec "mpirun")
 409   else()
 410    set (np "-np")
 411    set (mpiexec "mpiexec")
 412   endif()
 413
 414
 415 if(UNRES_CSA_FF STREQUAL "4P")
 416     add_test(NAME UNRES_CSA_global COMMAND ${mpiexec} ${boot_lam} ${np} 4 ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/test_csa_4P.sh 1l2y_csa_4P )
 417     add_test(NAME UNRES_CSA_local COMMAND ${mpiexec} ${boot_lam} ${np} 4 ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/test_csa_4P.sh 1l2y_csa_local_4P )
 418 endif(UNRES_CSA_FF STREQUAL "4P")
 419
 420 if(UNRES_CSA_FF STREQUAL "E0LL2Y")
 421     add_test(NAME UNRES_CSA_global_E0LL2Y COMMAND ${mpiexec} ${boot_lam} ${np} 4 ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/test_csa_E0LL2Y.sh 1l2y_csa )
 422     add_test(NAME UNRES_CSA_local_E0LL2Y COMMAND ${mpiexec} ${boot_lam} ${np} 4 ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/test_csa_E0LL2Y.sh 1l2y_csa_local )
 423 endif(UNRES_CSA_FF STREQUAL "E0LL2Y")
 424
 425