source/pymol/show_UNRES.py

   1 # -*- coding: utf-8 -*-
   2 '''
   3 -------------------------------------------------------------------------------
   4   show_UNRES.py - UNRES model viewer v 1.0
   5 -------------------------------------------------------------------------------
   6
   7   Written by Dawid Jagieła (lightnir@chem.univ.gda.pl)  Feb 2013
   8
   9 '''
  10
  11 from chempy import cpv
  12 from pymol import cmd
  13 import cmd
  14 from pymol.cgo import *
  15
  16 from pymol.menu import *
  17 import pymol.menu
  18
  19 def __init__(self):
  20         # Add unres to known represtentations
  21         from pymol import constants
  22         constants.repres_sc.append('unres')
  23
  24
  25 def show_UNRES(sl='(all)'):
  26         # basic settings
  27         p_radius = 0.6
  28         e_size = 1.0
  29         # residue dictionary
  30         # resn = [color_Red, color_Green, color_Blue, ellipsoid_width, ellipsoid_length ]
  31         resdb = {       'CYS': [1.000, 1.000, 0.000, 1.33741, 2.96868],
  32                                 'MET': [0.000, 1.000, 0.000, 1.36694, 3.08863],
  33                                 'PHE': [0.000, 0.392, 0.000, 1.48323, 3.04238],
  34                                 'ILE': [0.000, 1.000, 0.000, 1.44098, 3.17389],
  35                                 'LEU': [0.000, 1.000, 0.000, 1.51054, 2.52078],
  36                                 'VAL': [0.000, 1.000, 0.000, 1.42072, 2.68924],
  37                                 'TRP': [0.000, 0.392, 0.000, 1.23867, 3.47403],
  38                                 'TYR': [0.596, 0.984, 0.596, 1.23060, 3.35434],
  39                                 'ALA': [0.000, 1.000, 0.000, 1.23266, 1.72686],
  40                                 'GLY': [1.000, 1.000, 1.000, 1.24626, 1.11383],
  41                                 'THR': [1.000, 0.000, 1.000, 1.28674, 2.59210],
  42                                 'SER': [1.000, 0.000, 1.000, 1.22820, 1.68800],
  43                                 'GLN': [1.000, 0.000, 1.000, 1.24239, 2.22201],
  44                                 'ASN': [1.000, 0.000, 1.000, 1.24447, 2.24946],
  45                                 'GLU': [1.000, 0.000, 0.000, 1.25448, 2.05551],
  46                                 'ASP': [1.000, 0.000, 0.000, 1.25417, 1.77556],
  47                                 'HIS': [1.000, 0.000, 1.000, 1.21103, 3.02627],
  48                                 'ARG': [0.000, 0.000, 1.000, 1.13573, 3.25143],
  49                                 'LYS': [0.000, 0.000, 1.000, 1.22604, 4.50054],
  50                                 'PRO': [0.000, 1.000, 1.000, 1.35131, 2.20525]
  51                         }
  52
  53
  54         # Get pseudo-peptide group positions
  55         atoms=cmd.get_model(sl+" & n. CA").atom
  56         p=[]
  57         for i in xrange(0,len(atoms)-1):
  58                 p.append( [atoms[i].coord[0]+(atoms[i+1].coord[0]-atoms[i].coord[0])/2, atoms[i].coord[1]+(atoms[i+1].coord[1]-atoms[i].coord[1])/2, atoms[i].coord[2]+(atoms[i+1].coord[2]-atoms[i].coord[2])/2 ] )
  59         obj=[]
  60         for i in xrange(0,len(p)):
  61                 obj.extend( [ COLOR, 0.643, 0.933, 0.960 ] )
  62                 obj.extend( [ SPHERE, p[i][0], p[i][1], p[i][2], p_radius ] )
  63
  64         # Get Sidechain elipsoids positions
  65         atoms=cmd.get_model(sl+" & n. CB").atom
  66         e=[]
  67         for i in xrange(0,len(atoms)):
  68                 ca=cmd.get_model(sl+" & n. CA & resn "+atoms[i].resn+" & resi "+atoms[i].resi).atom
  69                 e.append( [ atoms[i].resn, atoms[i].coord[0], atoms[i].coord[1], atoms[i].coord[2], atoms[i].coord[0]-ca[0].coord[0], atoms[i].coord[1]-ca[0].coord[1], atoms[i].coord[2]-ca[0].coord[2] ] )
  70
  71         obj.extend([NORMAL,  0.0,  1.0,  0.0])
  72         # This is from pymol devel example cgo07.py form http://pymol.sourcearchive.com/documentation/1.2r1/cgo07_8py-source.html
  73     #
  74         # [ ELLIPSOID, x_pos, y_pos, z_pos, size, x0, y0, z0, x1, y1, z2, x2, y2, z2 ]
  75         # where the xyz vectors are orthogonal and of length 1.0 or less.
  76         for i in xrange(0,len(e)):
  77                 # vactor CB->CA
  78                 tmp0=[e[i][4], e[i][5], e[i][6]]
  79                 #l=cpv.length(tmp0)
  80                 # random vector
  81                 tmp1 = cpv.random_vector()
  82                 # orthogonal vector to tmp0 and tmp1
  83                 tmp2 = cpv.cross_product(tmp1, tmp0)
  84                 tmp3 = cpv.cross_product(tmp0, tmp2)
  85                 tmp0 = cpv.normalize(tmp0)
  86                 tmp2 = cpv.normalize(tmp2)
  87                 tmp3 = cpv.normalize(tmp3)
  88                 tmp0 = cpv.scale(tmp0,resdb[e[i][0]][4])
  89                 tmp2 = cpv.scale(tmp2,resdb[e[i][0]][3])
  90                 tmp3 = cpv.scale(tmp3,resdb[e[i][0]][3])
  91                 factor = 1.0 / max( cpv.length(tmp0), cpv.length(tmp2), cpv.length(tmp3))
  92                 tmp0 = cpv.scale(tmp0, factor)
  93                 tmp2 = cpv.scale(tmp2, factor)
  94                 tmp3 = cpv.scale(tmp3, factor)
  95                 obj.extend( [ COLOR, resdb[e[i][0]][0], resdb[e[i][0]][1], resdb[e[i][0]][2] ] )
  96                 obj.extend( [ ELLIPSOID, e[i][1], e[i][2], e[i][3], 1.0/factor, ] + tmp0 + tmp2 + tmp3 )
  97
  98         # Get Glicynes positions
  99         atoms=cmd.get_model(sl+' & n. CA & resn GLY').atom
 100         g=[]
 101         for i in xrange(0,len(atoms)):
 102                 g.append( [ atoms[i].resn, atoms[i].coord[0], atoms[i].coord[1], atoms[i].coord[2] ])
 103         # Draw the glicyne spheres
 104         for i in xrange(0, len(g)):
 105                 obj.extend( [ COLOR, resdb[g[i][0]][0], resdb[g[i][0]][1], resdb[g[i][0]][2] ] )
 106                 obj.extend( [ SPHERE, g[i][1], g[i][2], g[i][3], resdb[g[i][0]][3]])
 107
 108
 109         cmd.set('cgo_ellipsoid_quality', 2)
 110         cmd.load_cgo(obj,'UNRES_'+sl)
 111
 112
 113 # Hook up to PyMols show command
 114
 115 def myshow(representation="",selection="",_self=cmd):
 116         '''
 117 DESCRIPTION
 118
 119     "show" turns on representations for objects and selections.
 120
 121 USAGE
 122
 123     show [ representation [, selection ]]
 124
 125 ARGUMENTS
 126
 127     representation = lines, spheres, mesh, ribbon, cartoon, sticks,
 128     dots, surface, labels, extent, nonbonded, nb_spheres, slice,
 129     extent, slice, dashes, angles, dihedrals, cgo, cell, callback,
 130     unres or everything
 131
 132     selection = string: a selection-expression or name-pattern
 133
 134 NOTES
 135
 136     With no arguments, "show" alone turns on lines for all bonds and
 137     nonbonded for all atoms in all molecular objects.
 138
 139 EXAMPLES
 140
 141     show
 142     show ribbon
 143     show lines, (name ca or name c or name n)
 144
 145 SEE ALSO
 146
 147     hide, enable, disable
 148
 149 '''
 150
 151         if representation=='unres':
 152                 if selection=="":
 153                         show_UNRES('all')
 154                 else:
 155                         show_UNRES(selection)
 156         else:
 157                 cmd.show(representation, selection,_self)
 158
 159
 160 cmd.extend('show',myshow)