source/cluster/wham/src/CMakeLists.txt

   1 #
   2 # CMake project file for cluster analysis from WHAM for single-chain proteins
   3 #
   4
   5 enable_language (Fortran)
   6
   7 #================================
   8 # Set source file lists
   9 #================================
  10 set(UNRES_CLUSTER_WHAM_SRC0
  11         arcos.f
  12         cartprint.f
  13         chainbuild.f
  14         contact.f
  15         convert.f
  16         energy_p_new.F
  17         fitsq.f
  18         geomout.F
  19         gnmr1.f
  20         hc.f
  21         icant.f
  22         initialize_p.F
  23         intcor.f
  24         int_from_cart1.f
  25         main_clust.F
  26         matmult.f
  27         misc.f
  28         noyes.f
  29         parmread.F
  30         pinorm.f
  31         probabl.F
  32         read_coords.F
  33         readpdb.f
  34         readrtns.F
  35         rescode.f
  36         setup_var.f
  37         srtclust.f
  38         timing.F
  39         track.F
  40         wrtclust.f
  41         work_partition.F
  42 )
  43
  44 set(UNRES_CLUSTER_WHAM_PP_SRC
  45         energy_p_new.F
  46         initialize_p.F
  47         geomout.F
  48         main_clust.F
  49         parmread.F
  50         probabl.F
  51         read_coords.F
  52         readrtns.F
  53         timing.F
  54         track.F
  55         work_partition.F
  56 )
  57
  58
  59 #================================================
  60 # Set comipiler flags for different sourcefiles
  61 #================================================
  62 if (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
  63   set(FFLAGS0 "-ip -w -I. -I${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/include_unres " )
  64 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "gfortran")
  65   set(FFLAGS0 "-std=legacy -I. -I${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/include_unres " )
  66 endif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
  67
  68 # Add MPI compiler flags
  69 if(UNRES_WITH_MPI)
  70   set(FFLAGS0 "${FFLAGS0} -I${MPIF_INCLUDE_DIRECTORIES}")
  71 endif(UNRES_WITH_MPI)
  72
  73 set_property(SOURCE ${UNRES_CLUSTER_WHAM_SRC0} PROPERTY COMPILE_FLAGS ${FFLAGS0} )
  74
  75 #=========================================
  76 #  Settings for GAB force field
  77 #=========================================
  78 if(UNRES_MD_FF STREQUAL "GAB" )
  79    # set preprocesor flags
  80    set(CPPFLAGS "PROCOR  -DSPLITELE -DCRYST_BOND  -DCRYST_THETA -DCRYST_SC  -DSCCORPDB" )
  81
  82 #=========================================
  83 #  Settings for E0LL2Y force field
  84 #=========================================
  85 elseif(UNRES_MD_FF STREQUAL "E0LL2Y")
  86    # set preprocesor flags
  87    set(CPPFLAGS "PROCOR  -DSPLITELE -DSCCORPDB" )
  88 endif(UNRES_MD_FF STREQUAL "GAB")
  89
  90
  91 if (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
  92   # Add ifort preprocessor flags
  93   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DPGI")
  94 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "f95")
  95   # Add new gfortran flags
  96   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DG77")
  97 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "gfortran")
  98   # Add old gfortran flags
  99   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DG77")
 100 endif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 101
 102
 103 #=========================================
 104 # System specific flags
 105 #=========================================
 106 if(${CMAKE_SYSTEM_NAME} MATCHES "Linux")
 107   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DLINUX")
 108 endif(${CMAKE_SYSTEM_NAME} MATCHES "Linux")
 109
 110 #=========================================
 111 # Add MPI preprocessor flags
 112 #=========================================
 113 if (UNRES_WITH_MPI)
 114   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DMP -DMPI")
 115 endif(UNRES_WITH_MPI)
 116
 117
 118 #=========================================
 119 # Apply preprocesor flags to *.F files
 120 #=========================================
 121 set_property(SOURCE ${UNRES_CLUSTER_WHAM_PP_SRC} PROPERTY COMPILE_DEFINITIONS ${CPPFLAGS} )
 122
 123
 124 #========================================
 125 #  Setting binary name
 126 #========================================
 127 set(UNRES_CLUSTER_WHAM_BIN "unres_clustMD.exe")
 128
 129 #=========================================
 130 # cinfo.f stupid workaround for cmake
 131 #  - shame on me ]:)
 132 #=========================================
 133 #set_property(SOURCE compinfo.c PROPERTY CMAKE_C_FLAGS "-c" )
 134 #add_executable(compinfo-wham-m compinfo.c)
 135 #set_target_properties(compinfo-wham-m PROPERTIES OUTPUT_NAME compinfo)
 136
 137 #set(UNRES_CINFO_DIR "${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}" )
 138 #add_custom_command(OUTPUT ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cinfo.f
 139 #       COMMAND ${CMAKE_COMMAND} -E copy ${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/cinfo.f ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cinfo.f
 140 #       COMMAND ${CMAKE_COMMAND} -E copy ${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/COMMON.IOUNITS ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/COMMON.IOUNITS
 141 #       COMMAND ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/compinfo | true
 142 #       DEPENDS compinfo-wham-m )
 143 #set_property(SOURCE ${UNRES_CINFO_DIR}/cinfo.f PROPERTY COMPILE_FLAGS ${FFLAGS0} )
 144
 145 set_property(SOURCE proc_proc.c PROPERTY COMPILE_DEFINITIONS "LINUX -DPGI" )
 146
 147
 148
 149 #=========================================
 150 # Set full unres CLUSTER sources
 151 #=========================================
 152 set(UNRES_CLUSTER_WHAM_SRCS ${UNRES_CLUSTER_WHAM_SRC0} proc_proc.c)
 153
 154
 155
 156 #=========================================
 157 # Build the binary
 158 #=========================================
 159 add_executable(UNRES_CLUSTER_WHAM_BIN ${UNRES_CLUSTER_WHAM_SRCS} )
 160 set_target_properties(UNRES_CLUSTER_WHAM_BIN PROPERTIES OUTPUT_NAME ${UNRES_CLUSTER_WHAM_BIN})
 161
 162 #=========================================
 163 # Link libraries
 164 #=========================================
 165 # link MPI library (libmpich.a)
 166 if(UNRES_WITH_MPI)
 167   target_link_libraries( UNRES_CLUSTER_WHAM_BIN ${MPIF_LIBRARIES} )
 168 endif(UNRES_WITH_MPI)
 169 # link libxdrf.a
 170 target_link_libraries( UNRES_CLUSTER_WHAM_BIN xdrf )
 171
 172 #=========================================
 173 # TESTS
 174 #=========================================
 175
 176 #-- Copy all the data files from the test directory into the source directory
 177 #SET(UNRES_TEST_FILES
 178 #       ala10.inp
 179 #    )
 180
 181 #FOREACH (UNRES_TEST_FILE ${UNRES_TEST_FILES})
 182 #      SET (unres_test_dest "${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/${UNRES_TEST_FILE}")
 183 #      MESSAGE (STATUS " Copying ${UNRES_TEST_FILE} from ${CMAKE_SOURCE_DIR}/examples/unres/MD/ff_gab/${UNRES_TEST_FILE} to ${unres_test_dest}")
 184 #      ADD_CUSTOM_COMMAND (
 185 #          TARGET     ${UNRES_BIN}
 186 #          POST_BUILD
 187 #          COMMAND    ${CMAKE_COMMAND} -E copy ${CMAKE_SOURCE_DIR}/examples/unres/MD/ff_gab/${UNRES_TEST_FILE} ${unres_test_dest}
 188 #      )
 189 #ENDFOREACH (UNRES_TEST_FILE ${UNRES_TEST_FILES})
 190
 191 #=========================================
 192 # Generate data test files
 193 #=========================================
 194 #  test_single_ala.sh
 195 #=========================================
 196
 197 #FILE(WRITE ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/test_single_ala.sh
 198 #"#!/bin/sh
 199 #export POT=GB
 200 #export PREFIX=ala10
 201 #-----------------------------------------------------------------------------
 202 #UNRES_BIN=./${UNRES_BIN}
 203 #-----------------------------------------------------------------------------
 204 #DD=${CMAKE_SOURCE_DIR}/PARAM
 205 #export BONDPAR=$DD/bond.parm
 206 #export THETPAR=$DD/thetaml.5parm
 207 #export ROTPAR=$DD/scgauss.parm
 208 #export TORPAR=$DD/torsion_631Gdp.parm
 209 #export TORDPAR=$DD/torsion_double_631Gdp.parm
 210 #export ELEPAR=$DD/electr_631Gdp.parm
 211 #export SIDEPAR=$DD/sc_GB_opt.1gab_3S_qclass5no310-shan2-sc-16-10-8k
 212 #export FOURIER=$DD/fourier_opt.parm.1igd_hc_iter3_3
 213 #export SCPPAR=$DD/scp.parm
 214 #export SCCORPAR=$DD/rotcorr_AM1.parm
 215 #export PATTERN=$DD/patterns.cart
 216 #-----------------------------------------------------------------------------
 217 #$UNRES_BIN
 218 #")
 219
 220 #=========================================
 221 #  ala10.inp
 222 #=========================================
 223
 224 #file(WRITE ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/ala10.inp
 225 #"ala10 unblocked
 226 #SEED=-1111333 MD ONE_LETTER rescale_mode=2 PDBOUT
 227 #nstep=15000 ntwe=100 ntwx=1000 dt=0.1 lang=0 tbf t_bath=300 damax=1.0          &
 228 #reset_moment=1000 reset_vel=1000 MDPDB
 229 #WLONG=1.35279 WSCP=1.59304 WELEC=0.71534 WBOND=1.00000 WANG=1.13873            &
 230 #WSCLOC=0.16258 WTOR=1.98599 WTORD=1.57069 WCORRH=0.42887 WCORR5=0.00000        &
 231 #WCORR6=0.00000 WEL_LOC=0.16036 WTURN3=1.68722 WTURN4=0.66230 WTURN6=0.00000    &
 232 #WVDWPP=0.11371 WHPB=1.00000                                                    &
 233 #CUTOFF=7.00000 WCORR4=0.00000
 234 #12
 235 #XAAAAAAAAAAX
 236 # 0
 237 # 0
 238 #   90.0000   90.0000   90.0000  90.000   90.000   90.000   90.000   90.000
 239 #   90.0000   90.0000
 240 #  180.0000  180.0000  180.0000 180.000  180.000  180.000  180.000  180.000
 241 #  180.0000
 242 #  110.0000  110.0000  110.0000 100.000  110.000  100.000  110.000  110.000
 243 #  110.0000  110.0000
 244 # -120.0000 -120.0000 -120.000 -120.000 -120.000 -120.000 -120.000 -120.000
 245 # -120.0000 -120.0000
 246 #")
 247
 248
 249 # Add tests
 250
 251 #if(NOT UNRES_WITH_MPI)
 252
 253 #  add_test(NAME UNRES_MD_Ala10 COMMAND sh ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/test_single_ala.sh )
 254
 255 #endif(NOT UNRES_WITH_MPI)