source/cluster/wham/src/CMakeLists.txt

   1 #
   2 # CMake project file for cluster analysis from WHAM for single-chain proteins
   3 #
   4
   5 enable_language (Fortran)
   6
   7 #================================
   8 # Set source file lists
   9 #================================
  10 set(UNRES_CLUSTER_WHAM_SRC0
  11         arcos.f
  12         cartprint.f
  13         chainbuild.f
  14         contact.f
  15         convert.f
  16         energy_p_new.F
  17         fitsq.f
  18         geomout.F
  19         hc.f
  20         icant.f
  21         initialize_p.F
  22         intcor.f
  23         int_from_cart1.f
  24         main_clust.F
  25         matmult.f
  26         misc.f
  27         noyes.f
  28         parmread.F
  29         pinorm.f
  30         probabl.F
  31         read_coords.F
  32         readpdb.f
  33         readrtns.F
  34         rescode.f
  35         setup_var.f
  36         srtclust.f
  37         timing.F
  38         track.F
  39         wrtclust.f
  40         work_partition.F
  41 )
  42
  43 set(UNRES_CLUSTER_WHAM_PP_SRC
  44         energy_p_new.F
  45         initialize_p.F
  46         geomout.F
  47         main_clust.F
  48         parmread.F
  49         probabl.F
  50         read_coords.F
  51         readrtns.F
  52         timing.F
  53         track.F
  54         work_partition.F
  55 )
  56
  57
  58 #================================================
  59 # Set comipiler flags for different sourcefiles
  60 #================================================
  61 if (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
  62   set(FFLAGS0 "-ip -w -I. -I${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/include_unres " )
  63 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "gfortran")
  64   set(FFLAGS0 "-I. -I${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/include_unres " )
  65 endif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
  66
  67 # Add MPI compiler flags
  68 if(UNRES_WITH_MPI)
  69   set(FFLAGS0 "${FFLAGS0} -I${MPIF_INCLUDE_DIRECTORIES}")
  70 endif(UNRES_WITH_MPI)
  71
  72 set_property(SOURCE ${UNRES_CLUSTER_WHAM_SRC0} PROPERTY COMPILE_FLAGS ${FFLAGS0} )
  73
  74 set(CPPFLAGS "PROCOR -DSPLITELE -DPROCOR -DCRYST_BOND -DCRYST_THETA -DCRYST_SC" )
  75
  76 if (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
  77   # Add ifort preprocessor flags
  78   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DPGI")
  79 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "f95")
  80   # Add new gfortran flags
  81   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DG77")
  82 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "gfortran")
  83   # Add old gfortran flags
  84   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DG77")
  85 endif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
  86
  87
  88 #=========================================
  89 # System specific flags
  90 #=========================================
  91 if(${CMAKE_SYSTEM_NAME} MATCHES "Linux")
  92   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DLINUX")
  93 endif(${CMAKE_SYSTEM_NAME} MATCHES "Linux")
  94
  95 #=========================================
  96 # Add MPI preprocessor flags
  97 #=========================================
  98 if (UNRES_WITH_MPI)
  99   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DMP -DMPI")
 100 endif(UNRES_WITH_MPI)
 101
 102
 103 #=========================================
 104 # Apply preprocesor flags to *.F files
 105 #=========================================
 106 set_property(SOURCE ${UNRES_CLUSTER_WHAM_PP_SRC} PROPERTY COMPILE_DEFINITIONS ${CPPFLAGS} )
 107
 108
 109 #========================================
 110 #  Setting binary name
 111 #========================================
 112 set(UNRES_CLUSTER_WHAM_BIN "unres_clustMD.exe")
 113
 114 #=========================================
 115 # cinfo.f stupid workaround for cmake
 116 #  - shame on me ]:)
 117 #=========================================
 118 #set_property(SOURCE compinfo.c PROPERTY CMAKE_C_FLAGS "-c" )
 119 #add_executable(compinfo-wham-m compinfo.c)
 120 #set_target_properties(compinfo-wham-m PROPERTIES OUTPUT_NAME compinfo)
 121
 122 #set(UNRES_CINFO_DIR "${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}" )
 123 #add_custom_command(OUTPUT ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cinfo.f
 124 #       COMMAND ${CMAKE_COMMAND} -E copy ${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/cinfo.f ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cinfo.f
 125 #       COMMAND ${CMAKE_COMMAND} -E copy ${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/COMMON.IOUNITS ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/COMMON.IOUNITS
 126 #       COMMAND ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/compinfo | true
 127 #       DEPENDS compinfo-wham-m )
 128 #set_property(SOURCE ${UNRES_CINFO_DIR}/cinfo.f PROPERTY COMPILE_FLAGS ${FFLAGS0} )
 129
 130 set_property(SOURCE proc_proc.c PROPERTY COMPILE_DEFINITIONS "LINUX -DPGI" )
 131
 132
 133
 134 #=========================================
 135 # Set full unres CLUSTER sources
 136 #=========================================
 137 set(UNRES_CLUSTER_WHAM_SRCS ${UNRES_CLUSTER_WHAM_SRC0} proc_proc.c)
 138
 139
 140
 141 #=========================================
 142 # Build the binary
 143 #=========================================
 144 add_executable(UNRES_CLUSTER_WHAM_BIN ${UNRES_CLUSTER_WHAM_SRCS} )
 145 set_target_properties(UNRES_CLUSTER_WHAM_BIN PROPERTIES OUTPUT_NAME ${UNRES_CLUSTER_WHAM_BIN})
 146
 147 #=========================================
 148 # Link libraries
 149 #=========================================
 150 # link MPI library (libmpich.a)
 151 if(UNRES_WITH_MPI)
 152   target_link_libraries( UNRES_CLUSTER_WHAM_BIN ${MPIF_LIBRARIES} )
 153 endif(UNRES_WITH_MPI)
 154 # link libxdrf.a
 155 target_link_libraries( UNRES_CLUSTER_WHAM_BIN xdrf )
 156
 157 #=========================================
 158 # TESTS
 159 #=========================================
 160
 161 #-- Copy all the data files from the test directory into the source directory
 162 #SET(UNRES_TEST_FILES
 163 #       ala10.inp
 164 #    )
 165
 166 #FOREACH (UNRES_TEST_FILE ${UNRES_TEST_FILES})
 167 #      SET (unres_test_dest "${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/${UNRES_TEST_FILE}")
 168 #      MESSAGE (STATUS " Copying ${UNRES_TEST_FILE} from ${CMAKE_SOURCE_DIR}/examples/unres/MD/ff_gab/${UNRES_TEST_FILE} to ${unres_test_dest}")
 169 #      ADD_CUSTOM_COMMAND (
 170 #          TARGET     ${UNRES_BIN}
 171 #          POST_BUILD
 172 #          COMMAND    ${CMAKE_COMMAND} -E copy ${CMAKE_SOURCE_DIR}/examples/unres/MD/ff_gab/${UNRES_TEST_FILE} ${unres_test_dest}
 173 #      )
 174 #ENDFOREACH (UNRES_TEST_FILE ${UNRES_TEST_FILES})
 175
 176 #=========================================
 177 # Generate data test files
 178 #=========================================
 179 #  test_single_ala.sh
 180 #=========================================
 181
 182 #FILE(WRITE ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/test_single_ala.sh
 183 #"#!/bin/sh
 184 #export POT=GB
 185 #export PREFIX=ala10
 186 #-----------------------------------------------------------------------------
 187 #UNRES_BIN=./${UNRES_BIN}
 188 #-----------------------------------------------------------------------------
 189 #DD=${CMAKE_SOURCE_DIR}/PARAM
 190 #export BONDPAR=$DD/bond.parm
 191 #export THETPAR=$DD/thetaml.5parm
 192 #export ROTPAR=$DD/scgauss.parm
 193 #export TORPAR=$DD/torsion_631Gdp.parm
 194 #export TORDPAR=$DD/torsion_double_631Gdp.parm
 195 #export ELEPAR=$DD/electr_631Gdp.parm
 196 #export SIDEPAR=$DD/sc_GB_opt.1gab_3S_qclass5no310-shan2-sc-16-10-8k
 197 #export FOURIER=$DD/fourier_opt.parm.1igd_hc_iter3_3
 198 #export SCPPAR=$DD/scp.parm
 199 #export SCCORPAR=$DD/rotcorr_AM1.parm
 200 #export PATTERN=$DD/patterns.cart
 201 #-----------------------------------------------------------------------------
 202 #$UNRES_BIN
 203 #")
 204
 205 #=========================================
 206 #  ala10.inp
 207 #=========================================
 208
 209 #file(WRITE ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/ala10.inp
 210 #"ala10 unblocked
 211 #SEED=-1111333 MD ONE_LETTER rescale_mode=2 PDBOUT
 212 #nstep=15000 ntwe=100 ntwx=1000 dt=0.1 lang=0 tbf t_bath=300 damax=1.0          &
 213 #reset_moment=1000 reset_vel=1000 MDPDB
 214 #WLONG=1.35279 WSCP=1.59304 WELEC=0.71534 WBOND=1.00000 WANG=1.13873            &
 215 #WSCLOC=0.16258 WTOR=1.98599 WTORD=1.57069 WCORRH=0.42887 WCORR5=0.00000        &
 216 #WCORR6=0.00000 WEL_LOC=0.16036 WTURN3=1.68722 WTURN4=0.66230 WTURN6=0.00000    &
 217 #WVDWPP=0.11371 WHPB=1.00000                                                    &
 218 #CUTOFF=7.00000 WCORR4=0.00000
 219 #12
 220 #XAAAAAAAAAAX
 221 # 0
 222 # 0
 223 #   90.0000   90.0000   90.0000  90.000   90.000   90.000   90.000   90.000
 224 #   90.0000   90.0000
 225 #  180.0000  180.0000  180.0000 180.000  180.000  180.000  180.000  180.000
 226 #  180.0000
 227 #  110.0000  110.0000  110.0000 100.000  110.000  100.000  110.000  110.000
 228 #  110.0000  110.0000
 229 # -120.0000 -120.0000 -120.000 -120.000 -120.000 -120.000 -120.000 -120.000
 230 # -120.0000 -120.0000
 231 #")
 232
 233
 234 # Add tests
 235
 236 #if(NOT UNRES_WITH_MPI)
 237
 238 #  add_test(NAME UNRES_MD_Ala10 COMMAND sh ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/test_single_ala.sh )
 239
 240 #endif(NOT UNRES_WITH_MPI)