source/cluster/wham/src/CMakeLists.txt

   1 #
   2 # CMake project file for cluster analysis from WHAM for single-chain proteins
   3 #
   4
   5 enable_language (Fortran)
   6
   7 #================================
   8 # Set source file lists
   9 #================================
  10 set(UNRES_CLUSTER_WHAM_SRC0
  11         arcos.f
  12         cartprint.f
  13         chainbuild.f
  14         contact.f
  15         convert.f
  16         energy_p_new.F
  17         fitsq.f
  18         geomout.F
  19         gnmr1.f
  20         hc.f
  21         icant.f
  22         initialize_p.F
  23         intcor.f
  24         int_from_cart1.f
  25         main_clust.F
  26         matmult.f
  27         misc.f
  28         noyes.f
  29         parmread.F
  30         pinorm.f
  31         printmat.f
  32         probabl.F
  33         read_coords.F
  34         readpdb.f
  35         readrtns.F
  36         rescode.f
  37         setup_var.f
  38         srtclust.f
  39         ssMD.F
  40         timing.F
  41         track.F
  42         wrtclust.f
  43         work_partition.F
  44 )
  45
  46 set(UNRES_CLUSTER_WHAM_PP_SRC
  47         energy_p_new.F
  48         initialize_p.F
  49         geomout.F
  50         main_clust.F
  51         parmread.F
  52         probabl.F
  53         read_coords.F
  54         readrtns.F
  55         ssMD.F
  56         timing.F
  57         track.F
  58         work_partition.F
  59 )
  60
  61
  62 #================================================
  63 # Set comipiler flags for different sourcefiles
  64 #================================================
  65 if (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
  66   set(FFLAGS0 "-ip -w -I. -I${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/include_unres " )
  67 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "gfortran")
  68   set(FFLAGS0 "-std=legacy -I. -I${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/include_unres " )
  69 else ()
  70   set(FFLAGS0 "-I. -I${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/include_unres " )
  71 endif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
  72
  73 #=========================================
  74 # Add MPI compiler flags
  75 #=========================================
  76 if(UNRES_WITH_MPI)
  77   set(FFLAGS0 "${FFLAGS0} -I${MPI_Fortran_INCLUDE_PATH}")
  78 endif(UNRES_WITH_MPI)
  79
  80 set_property(SOURCE ${UNRES_CLUSTER_WHAM_SRC0} PROPERTY COMPILE_FLAGS ${FFLAGS0} )
  81
  82 #=========================================
  83 #  Settings for GAB force field
  84 #=========================================
  85 if(UNRES_MD_FF STREQUAL "GAB" )
  86    # set preprocesor flags
  87    set(CPPFLAGS "PROCOR  -DSPLITELE -DCRYST_BOND  -DCRYST_THETA -DCRYST_SC  -DSCCORPDB" )
  88
  89 #=========================================
  90 #  Settings for E0LL2Y force field
  91 #=========================================
  92 elseif(UNRES_MD_FF STREQUAL "E0LL2Y")
  93    # set preprocesor flags
  94    set(CPPFLAGS "PROCOR  -DSPLITELE -DSCCORPDB" )
  95 endif(UNRES_MD_FF STREQUAL "GAB")
  96
  97 #=========================================
  98 # Additional flags
  99 #=========================================
 100 set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DUNRES -DISNAN -DCLUST" )
 101
 102 #=========================================
 103 # Compiler specific flags
 104 #=========================================
 105 if (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 106   # Add ifort preprocessor flags
 107   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DPGI")
 108 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "f95")
 109   # Add new gfortran flags
 110   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DG77")
 111 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "gfortran")
 112   # Add old gfortran flags
 113   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DG77")
 114 endif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 115
 116
 117 #=========================================
 118 # System specific flags
 119 #=========================================
 120 if(${CMAKE_SYSTEM_NAME} MATCHES "Linux")
 121   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DLINUX")
 122 endif(${CMAKE_SYSTEM_NAME} MATCHES "Linux")
 123
 124 #=========================================
 125 # Add MPI preprocessor flags
 126 #=========================================
 127 if (UNRES_WITH_MPI)
 128   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DMP -DMPI")
 129 endif(UNRES_WITH_MPI)
 130
 131
 132 #=========================================
 133 # Apply preprocesor flags to *.F files
 134 #=========================================
 135 set_property(SOURCE ${UNRES_CLUSTER_WHAM_PP_SRC} PROPERTY COMPILE_DEFINITIONS ${CPPFLAGS} )
 136
 137
 138 #========================================
 139 #  Setting binary name
 140 #========================================
 141 set(UNRES_CLUSTER_WHAM_BIN "unres_clustMD.exe")
 142
 143 #=========================================
 144 # cinfo.f stupid workaround for cmake
 145 #  - shame on me ]:)
 146 #=========================================
 147 #set_property(SOURCE compinfo.c PROPERTY CMAKE_C_FLAGS "-c" )
 148 #add_executable(compinfo-wham-m compinfo.c)
 149 #set_target_properties(compinfo-wham-m PROPERTIES OUTPUT_NAME compinfo)
 150
 151 #set(UNRES_CINFO_DIR "${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}" )
 152 #add_custom_command(OUTPUT ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cinfo.f
 153 #       COMMAND ${CMAKE_COMMAND} -E copy ${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/cinfo.f ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cinfo.f
 154 #       COMMAND ${CMAKE_COMMAND} -E copy ${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/COMMON.IOUNITS ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/COMMON.IOUNITS
 155 #       COMMAND ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/compinfo | true
 156 #       DEPENDS compinfo-wham-m )
 157 #set_property(SOURCE ${UNRES_CINFO_DIR}/cinfo.f PROPERTY COMPILE_FLAGS ${FFLAGS0} )
 158
 159 set_property(SOURCE proc_proc.c PROPERTY COMPILE_DEFINITIONS "LINUX -DPGI" )
 160
 161
 162
 163 #=========================================
 164 # Set full unres CLUSTER sources
 165 #=========================================
 166 set(UNRES_CLUSTER_WHAM_SRCS ${UNRES_CLUSTER_WHAM_SRC0} proc_proc.c)
 167
 168
 169
 170 #=========================================
 171 # Build the binary
 172 #=========================================
 173 add_executable(UNRES_CLUSTER_WHAM_BIN ${UNRES_CLUSTER_WHAM_SRCS} )
 174 set_target_properties(UNRES_CLUSTER_WHAM_BIN PROPERTIES OUTPUT_NAME ${UNRES_CLUSTER_WHAM_BIN})
 175
 176 #=========================================
 177 # Link libraries
 178 #=========================================
 179 # link MPI libraries
 180 if(UNRES_WITH_MPI)
 181   target_link_libraries( UNRES_CLUSTER_WHAM_BIN ${MPI_Fortran_LIBRARIES} )
 182 endif(UNRES_WITH_MPI)
 183 # link libxdrf.a
 184 target_link_libraries( UNRES_CLUSTER_WHAM_BIN xdrf )
 185
 186 #=========================================
 187 # TESTS
 188 #=========================================
 189
 190 #-- Copy all the data files from the test directory into the source directory
 191 #SET(UNRES_TEST_FILES
 192 #       ala10.inp
 193 #    )
 194
 195 #FOREACH (UNRES_TEST_FILE ${UNRES_TEST_FILES})
 196 #      SET (unres_test_dest "${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/${UNRES_TEST_FILE}")
 197 #      MESSAGE (STATUS " Copying ${UNRES_TEST_FILE} from ${CMAKE_SOURCE_DIR}/examples/unres/MD/ff_gab/${UNRES_TEST_FILE} to ${unres_test_dest}")
 198 #      ADD_CUSTOM_COMMAND (
 199 #          TARGET     ${UNRES_BIN}
 200 #          POST_BUILD
 201 #          COMMAND    ${CMAKE_COMMAND} -E copy ${CMAKE_SOURCE_DIR}/examples/unres/MD/ff_gab/${UNRES_TEST_FILE} ${unres_test_dest}
 202 #      )
 203 #ENDFOREACH (UNRES_TEST_FILE ${UNRES_TEST_FILES})
 204
 205 #=========================================
 206 # Generate data test files
 207 #=========================================
 208 #  test_single_ala.sh
 209 #=========================================
 210
 211 #FILE(WRITE ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/test_single_ala.sh
 212 #"#!/bin/sh
 213 #export POT=GB
 214 #export PREFIX=ala10
 215 #-----------------------------------------------------------------------------
 216 #UNRES_BIN=./${UNRES_BIN}
 217 #-----------------------------------------------------------------------------
 218 #DD=${CMAKE_SOURCE_DIR}/PARAM
 219 #export BONDPAR=$DD/bond.parm
 220 #export THETPAR=$DD/thetaml.5parm
 221 #export ROTPAR=$DD/scgauss.parm
 222 #export TORPAR=$DD/torsion_631Gdp.parm
 223 #export TORDPAR=$DD/torsion_double_631Gdp.parm
 224 #export ELEPAR=$DD/electr_631Gdp.parm
 225 #export SIDEPAR=$DD/sc_GB_opt.1gab_3S_qclass5no310-shan2-sc-16-10-8k
 226 #export FOURIER=$DD/fourier_opt.parm.1igd_hc_iter3_3
 227 #export SCPPAR=$DD/scp.parm
 228 #export SCCORPAR=$DD/rotcorr_AM1.parm
 229 #export PATTERN=$DD/patterns.cart
 230 #-----------------------------------------------------------------------------
 231 #$UNRES_BIN
 232 #")
 233
 234 #=========================================
 235 #  ala10.inp
 236 #=========================================
 237
 238 #file(WRITE ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/ala10.inp
 239 #"ala10 unblocked
 240 #SEED=-1111333 MD ONE_LETTER rescale_mode=2 PDBOUT
 241 #nstep=15000 ntwe=100 ntwx=1000 dt=0.1 lang=0 tbf t_bath=300 damax=1.0          &
 242 #reset_moment=1000 reset_vel=1000 MDPDB
 243 #WLONG=1.35279 WSCP=1.59304 WELEC=0.71534 WBOND=1.00000 WANG=1.13873            &
 244 #WSCLOC=0.16258 WTOR=1.98599 WTORD=1.57069 WCORRH=0.42887 WCORR5=0.00000        &
 245 #WCORR6=0.00000 WEL_LOC=0.16036 WTURN3=1.68722 WTURN4=0.66230 WTURN6=0.00000    &
 246 #WVDWPP=0.11371 WHPB=1.00000                                                    &
 247 #CUTOFF=7.00000 WCORR4=0.00000
 248 #12
 249 #XAAAAAAAAAAX
 250 # 0
 251 # 0
 252 #   90.0000   90.0000   90.0000  90.000   90.000   90.000   90.000   90.000
 253 #   90.0000   90.0000
 254 #  180.0000  180.0000  180.0000 180.000  180.000  180.000  180.000  180.000
 255 #  180.0000
 256 #  110.0000  110.0000  110.0000 100.000  110.000  100.000  110.000  110.000
 257 #  110.0000  110.0000
 258 # -120.0000 -120.0000 -120.000 -120.000 -120.000 -120.000 -120.000 -120.000
 259 # -120.0000 -120.0000
 260 #")
 261
 262
 263 # Add tests
 264
 265 #if(NOT UNRES_WITH_MPI)
 266
 267 #  add_test(NAME UNRES_MD_Ala10 COMMAND sh ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/test_single_ala.sh )
 268
 269 #endif(NOT UNRES_WITH_MPI)