source/cluster/wham/src/CMakeLists.txt

   1 #
   2 # CMake project file for cluster analysis from WHAM for single-chain proteins
   3 #
   4
   5 enable_language (Fortran)
   6
   7 #================================
   8 # Set source file lists
   9 #================================
  10 set(UNRES_CLUSTER_WHAM_SRC0
  11         arcos.f
  12         cartprint.f
  13         chainbuild.f
  14         contact.f
  15         convert.f
  16         energy_p_new.F
  17         fitsq.f
  18         geomout.F
  19         gnmr1.f
  20         hc.f
  21         icant.f
  22         initialize_p.F
  23         intcor.f
  24         int_from_cart1.f
  25         main_clust.F
  26         matmult.f
  27         misc.f
  28         noyes.f
  29         parmread.F
  30         pinorm.f
  31         probabl.F
  32         read_coords.F
  33         readpdb.f
  34         readrtns.F
  35         rescode.f
  36         setup_var.f
  37         srtclust.f
  38         ssMD.F
  39         timing.F
  40         track.F
  41         wrtclust.f
  42         work_partition.F
  43 )
  44
  45 set(UNRES_CLUSTER_WHAM_PP_SRC
  46         energy_p_new.F
  47         initialize_p.F
  48         geomout.F
  49         main_clust.F
  50         parmread.F
  51         probabl.F
  52         read_coords.F
  53         readrtns.F
  54         ssMD.F
  55         timing.F
  56         track.F
  57         work_partition.F
  58 )
  59
  60
  61 #================================================
  62 # Set comipiler flags for different sourcefiles
  63 #================================================
  64 if (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
  65   set(FFLAGS0 "-ip -w -I. -I${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/include_unres " )
  66 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "gfortran")
  67   set(FFLAGS0 "-std=legacy -I. -I${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/include_unres " )
  68 endif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
  69
  70 # Add MPI compiler flags
  71 if(UNRES_WITH_MPI)
  72   set(FFLAGS0 "${FFLAGS0} -I${MPIF_INCLUDE_DIRECTORIES}")
  73 endif(UNRES_WITH_MPI)
  74
  75 set_property(SOURCE ${UNRES_CLUSTER_WHAM_SRC0} PROPERTY COMPILE_FLAGS ${FFLAGS0} )
  76
  77 #=========================================
  78 #  Settings for GAB force field
  79 #=========================================
  80 if(UNRES_MD_FF STREQUAL "GAB" )
  81    # set preprocesor flags
  82    set(CPPFLAGS "PROCOR  -DSPLITELE -DCRYST_BOND  -DCRYST_THETA -DCRYST_SC  -DSCCORPDB" )
  83
  84 #=========================================
  85 #  Settings for E0LL2Y force field
  86 #=========================================
  87 elseif(UNRES_MD_FF STREQUAL "E0LL2Y")
  88    # set preprocesor flags
  89    set(CPPFLAGS "PROCOR  -DSPLITELE -DSCCORPDB" )
  90 endif(UNRES_MD_FF STREQUAL "GAB")
  91
  92 #=========================================
  93 # Additional flags
  94 #=========================================
  95 set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DUNRES -DISNAN -DCLUST" )
  96
  97 #=========================================
  98 # Compiler specific flags
  99 #=========================================
 100 if (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 101   # Add ifort preprocessor flags
 102   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DPGI")
 103 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "f95")
 104   # Add new gfortran flags
 105   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DG77")
 106 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "gfortran")
 107   # Add old gfortran flags
 108   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DG77")
 109 endif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 110
 111
 112 #=========================================
 113 # System specific flags
 114 #=========================================
 115 if(${CMAKE_SYSTEM_NAME} MATCHES "Linux")
 116   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DLINUX")
 117 endif(${CMAKE_SYSTEM_NAME} MATCHES "Linux")
 118
 119 #=========================================
 120 # Add MPI preprocessor flags
 121 #=========================================
 122 if (UNRES_WITH_MPI)
 123   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DMP -DMPI")
 124 endif(UNRES_WITH_MPI)
 125
 126
 127 #=========================================
 128 # Apply preprocesor flags to *.F files
 129 #=========================================
 130 set_property(SOURCE ${UNRES_CLUSTER_WHAM_PP_SRC} PROPERTY COMPILE_DEFINITIONS ${CPPFLAGS} )
 131
 132
 133 #========================================
 134 #  Setting binary name
 135 #========================================
 136 set(UNRES_CLUSTER_WHAM_BIN "unres_clustMD.exe")
 137
 138 #=========================================
 139 # cinfo.f stupid workaround for cmake
 140 #  - shame on me ]:)
 141 #=========================================
 142 #set_property(SOURCE compinfo.c PROPERTY CMAKE_C_FLAGS "-c" )
 143 #add_executable(compinfo-wham-m compinfo.c)
 144 #set_target_properties(compinfo-wham-m PROPERTIES OUTPUT_NAME compinfo)
 145
 146 #set(UNRES_CINFO_DIR "${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}" )
 147 #add_custom_command(OUTPUT ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cinfo.f
 148 #       COMMAND ${CMAKE_COMMAND} -E copy ${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/cinfo.f ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cinfo.f
 149 #       COMMAND ${CMAKE_COMMAND} -E copy ${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/COMMON.IOUNITS ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/COMMON.IOUNITS
 150 #       COMMAND ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/compinfo | true
 151 #       DEPENDS compinfo-wham-m )
 152 #set_property(SOURCE ${UNRES_CINFO_DIR}/cinfo.f PROPERTY COMPILE_FLAGS ${FFLAGS0} )
 153
 154 set_property(SOURCE proc_proc.c PROPERTY COMPILE_DEFINITIONS "LINUX -DPGI" )
 155
 156
 157
 158 #=========================================
 159 # Set full unres CLUSTER sources
 160 #=========================================
 161 set(UNRES_CLUSTER_WHAM_SRCS ${UNRES_CLUSTER_WHAM_SRC0} proc_proc.c)
 162
 163
 164
 165 #=========================================
 166 # Build the binary
 167 #=========================================
 168 add_executable(UNRES_CLUSTER_WHAM_BIN ${UNRES_CLUSTER_WHAM_SRCS} )
 169 set_target_properties(UNRES_CLUSTER_WHAM_BIN PROPERTIES OUTPUT_NAME ${UNRES_CLUSTER_WHAM_BIN})
 170
 171 #=========================================
 172 # Link libraries
 173 #=========================================
 174 # link MPI library (libmpich.a)
 175 if(UNRES_WITH_MPI)
 176   target_link_libraries( UNRES_CLUSTER_WHAM_BIN ${MPIF_LIBRARIES} )
 177 endif(UNRES_WITH_MPI)
 178 # link libxdrf.a
 179 target_link_libraries( UNRES_CLUSTER_WHAM_BIN xdrf )
 180
 181 #=========================================
 182 # TESTS
 183 #=========================================
 184
 185 #-- Copy all the data files from the test directory into the source directory
 186 #SET(UNRES_TEST_FILES
 187 #       ala10.inp
 188 #    )
 189
 190 #FOREACH (UNRES_TEST_FILE ${UNRES_TEST_FILES})
 191 #      SET (unres_test_dest "${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/${UNRES_TEST_FILE}")
 192 #      MESSAGE (STATUS " Copying ${UNRES_TEST_FILE} from ${CMAKE_SOURCE_DIR}/examples/unres/MD/ff_gab/${UNRES_TEST_FILE} to ${unres_test_dest}")
 193 #      ADD_CUSTOM_COMMAND (
 194 #          TARGET     ${UNRES_BIN}
 195 #          POST_BUILD
 196 #          COMMAND    ${CMAKE_COMMAND} -E copy ${CMAKE_SOURCE_DIR}/examples/unres/MD/ff_gab/${UNRES_TEST_FILE} ${unres_test_dest}
 197 #      )
 198 #ENDFOREACH (UNRES_TEST_FILE ${UNRES_TEST_FILES})
 199
 200 #=========================================
 201 # Generate data test files
 202 #=========================================
 203 #  test_single_ala.sh
 204 #=========================================
 205
 206 #FILE(WRITE ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/test_single_ala.sh
 207 #"#!/bin/sh
 208 #export POT=GB
 209 #export PREFIX=ala10
 210 #-----------------------------------------------------------------------------
 211 #UNRES_BIN=./${UNRES_BIN}
 212 #-----------------------------------------------------------------------------
 213 #DD=${CMAKE_SOURCE_DIR}/PARAM
 214 #export BONDPAR=$DD/bond.parm
 215 #export THETPAR=$DD/thetaml.5parm
 216 #export ROTPAR=$DD/scgauss.parm
 217 #export TORPAR=$DD/torsion_631Gdp.parm
 218 #export TORDPAR=$DD/torsion_double_631Gdp.parm
 219 #export ELEPAR=$DD/electr_631Gdp.parm
 220 #export SIDEPAR=$DD/sc_GB_opt.1gab_3S_qclass5no310-shan2-sc-16-10-8k
 221 #export FOURIER=$DD/fourier_opt.parm.1igd_hc_iter3_3
 222 #export SCPPAR=$DD/scp.parm
 223 #export SCCORPAR=$DD/rotcorr_AM1.parm
 224 #export PATTERN=$DD/patterns.cart
 225 #-----------------------------------------------------------------------------
 226 #$UNRES_BIN
 227 #")
 228
 229 #=========================================
 230 #  ala10.inp
 231 #=========================================
 232
 233 #file(WRITE ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/ala10.inp
 234 #"ala10 unblocked
 235 #SEED=-1111333 MD ONE_LETTER rescale_mode=2 PDBOUT
 236 #nstep=15000 ntwe=100 ntwx=1000 dt=0.1 lang=0 tbf t_bath=300 damax=1.0          &
 237 #reset_moment=1000 reset_vel=1000 MDPDB
 238 #WLONG=1.35279 WSCP=1.59304 WELEC=0.71534 WBOND=1.00000 WANG=1.13873            &
 239 #WSCLOC=0.16258 WTOR=1.98599 WTORD=1.57069 WCORRH=0.42887 WCORR5=0.00000        &
 240 #WCORR6=0.00000 WEL_LOC=0.16036 WTURN3=1.68722 WTURN4=0.66230 WTURN6=0.00000    &
 241 #WVDWPP=0.11371 WHPB=1.00000                                                    &
 242 #CUTOFF=7.00000 WCORR4=0.00000
 243 #12
 244 #XAAAAAAAAAAX
 245 # 0
 246 # 0
 247 #   90.0000   90.0000   90.0000  90.000   90.000   90.000   90.000   90.000
 248 #   90.0000   90.0000
 249 #  180.0000  180.0000  180.0000 180.000  180.000  180.000  180.000  180.000
 250 #  180.0000
 251 #  110.0000  110.0000  110.0000 100.000  110.000  100.000  110.000  110.000
 252 #  110.0000  110.0000
 253 # -120.0000 -120.0000 -120.000 -120.000 -120.000 -120.000 -120.000 -120.000
 254 # -120.0000 -120.0000
 255 #")
 256
 257
 258 # Add tests
 259
 260 #if(NOT UNRES_WITH_MPI)
 261
 262 #  add_test(NAME UNRES_MD_Ala10 COMMAND sh ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/test_single_ala.sh )
 263
 264 #endif(NOT UNRES_WITH_MPI)