source/cluster/wham/src/CMakeLists.txt

   1 #
   2 # CMake project file for cluster analysis from WHAM for single-chain proteins
   3 #
   4
   5 enable_language (Fortran)
   6
   7 #================================
   8 # Set source file lists
   9 #================================
  10 set(UNRES_CLUSTER_WHAM_SRC0
  11         arcos.f
  12         cartprint.f
  13         chainbuild.f
  14         contact.f
  15         convert.f
  16         energy_p_new.F
  17         fitsq.f
  18         geomout.F
  19         gnmr1.f
  20         hc.f
  21         icant.f
  22         initialize_p.F
  23         intcor.f
  24         int_from_cart1.f
  25         main_clust.F
  26         matmult.f
  27         misc.f
  28         noyes.f
  29         parmread.F
  30         pinorm.f
  31         probabl.F
  32         read_coords.F
  33         readpdb.f
  34         readrtns.F
  35         rescode.f
  36         setup_var.f
  37         srtclust.f
  38         timing.F
  39         track.F
  40         wrtclust.f
  41         work_partition.F
  42 )
  43
  44 set(UNRES_CLUSTER_WHAM_PP_SRC
  45         energy_p_new.F
  46         initialize_p.F
  47         geomout.F
  48         main_clust.F
  49         parmread.F
  50         probabl.F
  51         read_coords.F
  52         readrtns.F
  53         timing.F
  54         track.F
  55         work_partition.F
  56 )
  57
  58
  59 #================================================
  60 # Set comipiler flags for different sourcefiles
  61 #================================================
  62 if (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
  63   set(FFLAGS0 "-ip -w -I. -I${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/include_unres " )
  64 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "gfortran")
  65   set(FFLAGS0 "-std=legacy -I. -I${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/include_unres " )
  66 endif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
  67
  68 # Add MPI compiler flags
  69 if(UNRES_WITH_MPI)
  70   set(FFLAGS0 "${FFLAGS0} -I${MPIF_INCLUDE_DIRECTORIES}")
  71 endif(UNRES_WITH_MPI)
  72
  73 set_property(SOURCE ${UNRES_CLUSTER_WHAM_SRC0} PROPERTY COMPILE_FLAGS ${FFLAGS0} )
  74
  75 #=========================================
  76 #  Settings for GAB force field
  77 #=========================================
  78 if(UNRES_MD_FF STREQUAL "GAB" )
  79    # set preprocesor flags
  80    set(CPPFLAGS "PROCOR  -DSPLITELE -DCRYST_BOND  -DCRYST_THETA -DCRYST_SC  -DSCCORPDB" )
  81
  82 #=========================================
  83 #  Settings for E0LL2Y force field
  84 #=========================================
  85 elseif(UNRES_MD_FF STREQUAL "E0LL2Y")
  86    # set preprocesor flags
  87    set(CPPFLAGS "PROCOR  -DSPLITELE -DSCCORPDB" )
  88 endif(UNRES_MD_FF STREQUAL "GAB")
  89
  90 #=========================================
  91 # Additional flags
  92 #=========================================
  93 set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DUNRES -DISNAN" )
  94
  95 #=========================================
  96 # Compiler specific flags
  97 #=========================================
  98 if (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
  99   # Add ifort preprocessor flags
 100   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DPGI")
 101 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "f95")
 102   # Add new gfortran flags
 103   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DG77")
 104 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "gfortran")
 105   # Add old gfortran flags
 106   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DG77")
 107 endif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 108
 109
 110 #=========================================
 111 # System specific flags
 112 #=========================================
 113 if(${CMAKE_SYSTEM_NAME} MATCHES "Linux")
 114   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DLINUX")
 115 endif(${CMAKE_SYSTEM_NAME} MATCHES "Linux")
 116
 117 #=========================================
 118 # Add MPI preprocessor flags
 119 #=========================================
 120 if (UNRES_WITH_MPI)
 121   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DMP -DMPI")
 122 endif(UNRES_WITH_MPI)
 123
 124
 125 #=========================================
 126 # Apply preprocesor flags to *.F files
 127 #=========================================
 128 set_property(SOURCE ${UNRES_CLUSTER_WHAM_PP_SRC} PROPERTY COMPILE_DEFINITIONS ${CPPFLAGS} )
 129
 130
 131 #========================================
 132 #  Setting binary name
 133 #========================================
 134 set(UNRES_CLUSTER_WHAM_BIN "unres_clustMD.exe")
 135
 136 #=========================================
 137 # cinfo.f stupid workaround for cmake
 138 #  - shame on me ]:)
 139 #=========================================
 140 #set_property(SOURCE compinfo.c PROPERTY CMAKE_C_FLAGS "-c" )
 141 #add_executable(compinfo-wham-m compinfo.c)
 142 #set_target_properties(compinfo-wham-m PROPERTIES OUTPUT_NAME compinfo)
 143
 144 #set(UNRES_CINFO_DIR "${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}" )
 145 #add_custom_command(OUTPUT ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cinfo.f
 146 #       COMMAND ${CMAKE_COMMAND} -E copy ${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/cinfo.f ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cinfo.f
 147 #       COMMAND ${CMAKE_COMMAND} -E copy ${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/COMMON.IOUNITS ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/COMMON.IOUNITS
 148 #       COMMAND ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/compinfo | true
 149 #       DEPENDS compinfo-wham-m )
 150 #set_property(SOURCE ${UNRES_CINFO_DIR}/cinfo.f PROPERTY COMPILE_FLAGS ${FFLAGS0} )
 151
 152 set_property(SOURCE proc_proc.c PROPERTY COMPILE_DEFINITIONS "LINUX -DPGI" )
 153
 154
 155
 156 #=========================================
 157 # Set full unres CLUSTER sources
 158 #=========================================
 159 set(UNRES_CLUSTER_WHAM_SRCS ${UNRES_CLUSTER_WHAM_SRC0} proc_proc.c)
 160
 161
 162
 163 #=========================================
 164 # Build the binary
 165 #=========================================
 166 add_executable(UNRES_CLUSTER_WHAM_BIN ${UNRES_CLUSTER_WHAM_SRCS} )
 167 set_target_properties(UNRES_CLUSTER_WHAM_BIN PROPERTIES OUTPUT_NAME ${UNRES_CLUSTER_WHAM_BIN})
 168
 169 #=========================================
 170 # Link libraries
 171 #=========================================
 172 # link MPI library (libmpich.a)
 173 if(UNRES_WITH_MPI)
 174   target_link_libraries( UNRES_CLUSTER_WHAM_BIN ${MPIF_LIBRARIES} )
 175 endif(UNRES_WITH_MPI)
 176 # link libxdrf.a
 177 target_link_libraries( UNRES_CLUSTER_WHAM_BIN xdrf )
 178
 179 #=========================================
 180 # TESTS
 181 #=========================================
 182
 183 #-- Copy all the data files from the test directory into the source directory
 184 #SET(UNRES_TEST_FILES
 185 #       ala10.inp
 186 #    )
 187
 188 #FOREACH (UNRES_TEST_FILE ${UNRES_TEST_FILES})
 189 #      SET (unres_test_dest "${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/${UNRES_TEST_FILE}")
 190 #      MESSAGE (STATUS " Copying ${UNRES_TEST_FILE} from ${CMAKE_SOURCE_DIR}/examples/unres/MD/ff_gab/${UNRES_TEST_FILE} to ${unres_test_dest}")
 191 #      ADD_CUSTOM_COMMAND (
 192 #          TARGET     ${UNRES_BIN}
 193 #          POST_BUILD
 194 #          COMMAND    ${CMAKE_COMMAND} -E copy ${CMAKE_SOURCE_DIR}/examples/unres/MD/ff_gab/${UNRES_TEST_FILE} ${unres_test_dest}
 195 #      )
 196 #ENDFOREACH (UNRES_TEST_FILE ${UNRES_TEST_FILES})
 197
 198 #=========================================
 199 # Generate data test files
 200 #=========================================
 201 #  test_single_ala.sh
 202 #=========================================
 203
 204 #FILE(WRITE ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/test_single_ala.sh
 205 #"#!/bin/sh
 206 #export POT=GB
 207 #export PREFIX=ala10
 208 #-----------------------------------------------------------------------------
 209 #UNRES_BIN=./${UNRES_BIN}
 210 #-----------------------------------------------------------------------------
 211 #DD=${CMAKE_SOURCE_DIR}/PARAM
 212 #export BONDPAR=$DD/bond.parm
 213 #export THETPAR=$DD/thetaml.5parm
 214 #export ROTPAR=$DD/scgauss.parm
 215 #export TORPAR=$DD/torsion_631Gdp.parm
 216 #export TORDPAR=$DD/torsion_double_631Gdp.parm
 217 #export ELEPAR=$DD/electr_631Gdp.parm
 218 #export SIDEPAR=$DD/sc_GB_opt.1gab_3S_qclass5no310-shan2-sc-16-10-8k
 219 #export FOURIER=$DD/fourier_opt.parm.1igd_hc_iter3_3
 220 #export SCPPAR=$DD/scp.parm
 221 #export SCCORPAR=$DD/rotcorr_AM1.parm
 222 #export PATTERN=$DD/patterns.cart
 223 #-----------------------------------------------------------------------------
 224 #$UNRES_BIN
 225 #")
 226
 227 #=========================================
 228 #  ala10.inp
 229 #=========================================
 230
 231 #file(WRITE ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/ala10.inp
 232 #"ala10 unblocked
 233 #SEED=-1111333 MD ONE_LETTER rescale_mode=2 PDBOUT
 234 #nstep=15000 ntwe=100 ntwx=1000 dt=0.1 lang=0 tbf t_bath=300 damax=1.0          &
 235 #reset_moment=1000 reset_vel=1000 MDPDB
 236 #WLONG=1.35279 WSCP=1.59304 WELEC=0.71534 WBOND=1.00000 WANG=1.13873            &
 237 #WSCLOC=0.16258 WTOR=1.98599 WTORD=1.57069 WCORRH=0.42887 WCORR5=0.00000        &
 238 #WCORR6=0.00000 WEL_LOC=0.16036 WTURN3=1.68722 WTURN4=0.66230 WTURN6=0.00000    &
 239 #WVDWPP=0.11371 WHPB=1.00000                                                    &
 240 #CUTOFF=7.00000 WCORR4=0.00000
 241 #12
 242 #XAAAAAAAAAAX
 243 # 0
 244 # 0
 245 #   90.0000   90.0000   90.0000  90.000   90.000   90.000   90.000   90.000
 246 #   90.0000   90.0000
 247 #  180.0000  180.0000  180.0000 180.000  180.000  180.000  180.000  180.000
 248 #  180.0000
 249 #  110.0000  110.0000  110.0000 100.000  110.000  100.000  110.000  110.000
 250 #  110.0000  110.0000
 251 # -120.0000 -120.0000 -120.000 -120.000 -120.000 -120.000 -120.000 -120.000
 252 # -120.0000 -120.0000
 253 #")
 254
 255
 256 # Add tests
 257
 258 #if(NOT UNRES_WITH_MPI)
 259
 260 #  add_test(NAME UNRES_MD_Ala10 COMMAND sh ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/test_single_ala.sh )
 261
 262 #endif(NOT UNRES_WITH_MPI)