source/cluster/wham/src/CMakeLists.txt

   1 #
   2 # CMake project file for cluster analysis from WHAM for single-chain proteins
   3 #
   4
   5 enable_language (Fortran)
   6
   7 #================================
   8 # Set source file lists
   9 #================================
  10 set(UNRES_CLUSTER_WHAM_SRC0
  11         arcos.f
  12         cartprint.f
  13         chainbuild.f
  14         contact.f
  15         convert.f
  16         energy_p_new.F
  17         fitsq.f
  18         geomout.F
  19         gnmr1.f
  20         hc.f
  21         icant.f
  22         initialize_p.F
  23         intcor.f
  24         int_from_cart1.f
  25         main_clust.F
  26         matmult.f
  27         misc.f
  28         noyes.f
  29         parmread.F
  30         pinorm.f
  31         probabl.F
  32         read_coords.F
  33         readpdb.f
  34         readrtns.F
  35         rescode.f
  36         setup_var.f
  37         srtclust.f
  38         ssMD.F
  39         timing.F
  40         track.F
  41         wrtclust.f
  42         work_partition.F
  43 )
  44
  45 set(UNRES_CLUSTER_WHAM_PP_SRC
  46         energy_p_new.F
  47         initialize_p.F
  48         geomout.F
  49         main_clust.F
  50         parmread.F
  51         probabl.F
  52         read_coords.F
  53         readrtns.F
  54         ssMD.F
  55         timing.F
  56         track.F
  57         work_partition.F
  58 )
  59
  60
  61 #================================================
  62 # Set comipiler flags for different sourcefiles
  63 #================================================
  64 if (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
  65   set(FFLAGS0 "-ip -w -I. -I${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/include_unres " )
  66 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "gfortran")
  67   set(FFLAGS0 "-std=legacy -I. -I${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/include_unres " )
  68 else ()
  69   set(FFLAGS0 "-I. -I${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/include_unres " )
  70 endif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
  71
  72 #=========================================
  73 # Add MPI compiler flags
  74 #=========================================
  75 if(UNRES_WITH_MPI)
  76   set(FFLAGS0 "${FFLAGS0} -I${MPI_Fortran_INCLUDE_PATH}")
  77 endif(UNRES_WITH_MPI)
  78
  79 set_property(SOURCE ${UNRES_CLUSTER_WHAM_SRC0} PROPERTY COMPILE_FLAGS ${FFLAGS0} )
  80
  81 #=========================================
  82 #  Settings for GAB force field
  83 #=========================================
  84 if(UNRES_MD_FF STREQUAL "GAB" )
  85    # set preprocesor flags
  86    set(CPPFLAGS "PROCOR  -DSPLITELE -DCRYST_BOND  -DCRYST_THETA -DCRYST_SC  -DSCCORPDB" )
  87
  88 #=========================================
  89 #  Settings for E0LL2Y force field
  90 #=========================================
  91 elseif(UNRES_MD_FF STREQUAL "E0LL2Y")
  92    # set preprocesor flags
  93    set(CPPFLAGS "PROCOR  -DSPLITELE -DSCCORPDB" )
  94 endif(UNRES_MD_FF STREQUAL "GAB")
  95
  96 #=========================================
  97 # Additional flags
  98 #=========================================
  99 set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DUNRES -DISNAN -DCLUST" )
 100
 101 #=========================================
 102 # Compiler specific flags
 103 #=========================================
 104 if (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 105   # Add ifort preprocessor flags
 106   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DPGI")
 107 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "f95")
 108   # Add new gfortran flags
 109   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DG77")
 110 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "gfortran")
 111   # Add old gfortran flags
 112   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DG77")
 113 endif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 114
 115
 116 #=========================================
 117 # System specific flags
 118 #=========================================
 119 if(${CMAKE_SYSTEM_NAME} MATCHES "Linux")
 120   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DLINUX")
 121 endif(${CMAKE_SYSTEM_NAME} MATCHES "Linux")
 122
 123 #=========================================
 124 # Add MPI preprocessor flags
 125 #=========================================
 126 if (UNRES_WITH_MPI)
 127   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DMP -DMPI")
 128 endif(UNRES_WITH_MPI)
 129
 130
 131 #=========================================
 132 # Apply preprocesor flags to *.F files
 133 #=========================================
 134 set_property(SOURCE ${UNRES_CLUSTER_WHAM_PP_SRC} PROPERTY COMPILE_DEFINITIONS ${CPPFLAGS} )
 135
 136
 137 #========================================
 138 #  Setting binary name
 139 #========================================
 140 set(UNRES_CLUSTER_WHAM_BIN "unres_clustMD.exe")
 141
 142 #=========================================
 143 # cinfo.f stupid workaround for cmake
 144 #  - shame on me ]:)
 145 #=========================================
 146 #set_property(SOURCE compinfo.c PROPERTY CMAKE_C_FLAGS "-c" )
 147 #add_executable(compinfo-wham-m compinfo.c)
 148 #set_target_properties(compinfo-wham-m PROPERTIES OUTPUT_NAME compinfo)
 149
 150 #set(UNRES_CINFO_DIR "${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}" )
 151 #add_custom_command(OUTPUT ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cinfo.f
 152 #       COMMAND ${CMAKE_COMMAND} -E copy ${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/cinfo.f ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cinfo.f
 153 #       COMMAND ${CMAKE_COMMAND} -E copy ${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/COMMON.IOUNITS ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/COMMON.IOUNITS
 154 #       COMMAND ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/compinfo | true
 155 #       DEPENDS compinfo-wham-m )
 156 #set_property(SOURCE ${UNRES_CINFO_DIR}/cinfo.f PROPERTY COMPILE_FLAGS ${FFLAGS0} )
 157
 158 set_property(SOURCE proc_proc.c PROPERTY COMPILE_DEFINITIONS "LINUX -DPGI" )
 159
 160
 161
 162 #=========================================
 163 # Set full unres CLUSTER sources
 164 #=========================================
 165 set(UNRES_CLUSTER_WHAM_SRCS ${UNRES_CLUSTER_WHAM_SRC0} proc_proc.c)
 166
 167
 168
 169 #=========================================
 170 # Build the binary
 171 #=========================================
 172 add_executable(UNRES_CLUSTER_WHAM_BIN ${UNRES_CLUSTER_WHAM_SRCS} )
 173 set_target_properties(UNRES_CLUSTER_WHAM_BIN PROPERTIES OUTPUT_NAME ${UNRES_CLUSTER_WHAM_BIN})
 174
 175 #=========================================
 176 # Link libraries
 177 #=========================================
 178 # link MPI libraries
 179 if(UNRES_WITH_MPI)
 180   target_link_libraries( UNRES_CLUSTER_WHAM_BIN ${MPI_Fortran_LIBRARIES} )
 181 endif(UNRES_WITH_MPI)
 182 # link libxdrf.a
 183 target_link_libraries( UNRES_CLUSTER_WHAM_BIN xdrf )
 184
 185 #=========================================
 186 # TESTS
 187 #=========================================
 188
 189 #-- Copy all the data files from the test directory into the source directory
 190 #SET(UNRES_TEST_FILES
 191 #       ala10.inp
 192 #    )
 193
 194 #FOREACH (UNRES_TEST_FILE ${UNRES_TEST_FILES})
 195 #      SET (unres_test_dest "${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/${UNRES_TEST_FILE}")
 196 #      MESSAGE (STATUS " Copying ${UNRES_TEST_FILE} from ${CMAKE_SOURCE_DIR}/examples/unres/MD/ff_gab/${UNRES_TEST_FILE} to ${unres_test_dest}")
 197 #      ADD_CUSTOM_COMMAND (
 198 #          TARGET     ${UNRES_BIN}
 199 #          POST_BUILD
 200 #          COMMAND    ${CMAKE_COMMAND} -E copy ${CMAKE_SOURCE_DIR}/examples/unres/MD/ff_gab/${UNRES_TEST_FILE} ${unres_test_dest}
 201 #      )
 202 #ENDFOREACH (UNRES_TEST_FILE ${UNRES_TEST_FILES})
 203
 204 #=========================================
 205 # Generate data test files
 206 #=========================================
 207 #  test_single_ala.sh
 208 #=========================================
 209
 210 #FILE(WRITE ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/test_single_ala.sh
 211 #"#!/bin/sh
 212 #export POT=GB
 213 #export PREFIX=ala10
 214 #-----------------------------------------------------------------------------
 215 #UNRES_BIN=./${UNRES_BIN}
 216 #-----------------------------------------------------------------------------
 217 #DD=${CMAKE_SOURCE_DIR}/PARAM
 218 #export BONDPAR=$DD/bond.parm
 219 #export THETPAR=$DD/thetaml.5parm
 220 #export ROTPAR=$DD/scgauss.parm
 221 #export TORPAR=$DD/torsion_631Gdp.parm
 222 #export TORDPAR=$DD/torsion_double_631Gdp.parm
 223 #export ELEPAR=$DD/electr_631Gdp.parm
 224 #export SIDEPAR=$DD/sc_GB_opt.1gab_3S_qclass5no310-shan2-sc-16-10-8k
 225 #export FOURIER=$DD/fourier_opt.parm.1igd_hc_iter3_3
 226 #export SCPPAR=$DD/scp.parm
 227 #export SCCORPAR=$DD/rotcorr_AM1.parm
 228 #export PATTERN=$DD/patterns.cart
 229 #-----------------------------------------------------------------------------
 230 #$UNRES_BIN
 231 #")
 232
 233 #=========================================
 234 #  ala10.inp
 235 #=========================================
 236
 237 #file(WRITE ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/ala10.inp
 238 #"ala10 unblocked
 239 #SEED=-1111333 MD ONE_LETTER rescale_mode=2 PDBOUT
 240 #nstep=15000 ntwe=100 ntwx=1000 dt=0.1 lang=0 tbf t_bath=300 damax=1.0          &
 241 #reset_moment=1000 reset_vel=1000 MDPDB
 242 #WLONG=1.35279 WSCP=1.59304 WELEC=0.71534 WBOND=1.00000 WANG=1.13873            &
 243 #WSCLOC=0.16258 WTOR=1.98599 WTORD=1.57069 WCORRH=0.42887 WCORR5=0.00000        &
 244 #WCORR6=0.00000 WEL_LOC=0.16036 WTURN3=1.68722 WTURN4=0.66230 WTURN6=0.00000    &
 245 #WVDWPP=0.11371 WHPB=1.00000                                                    &
 246 #CUTOFF=7.00000 WCORR4=0.00000
 247 #12
 248 #XAAAAAAAAAAX
 249 # 0
 250 # 0
 251 #   90.0000   90.0000   90.0000  90.000   90.000   90.000   90.000   90.000
 252 #   90.0000   90.0000
 253 #  180.0000  180.0000  180.0000 180.000  180.000  180.000  180.000  180.000
 254 #  180.0000
 255 #  110.0000  110.0000  110.0000 100.000  110.000  100.000  110.000  110.000
 256 #  110.0000  110.0000
 257 # -120.0000 -120.0000 -120.000 -120.000 -120.000 -120.000 -120.000 -120.000
 258 # -120.0000 -120.0000
 259 #")
 260
 261
 262 # Add tests
 263
 264 #if(NOT UNRES_WITH_MPI)
 265
 266 #  add_test(NAME UNRES_MD_Ala10 COMMAND sh ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/test_single_ala.sh )
 267
 268 #endif(NOT UNRES_WITH_MPI)