source/cluster/wham/src/CMakeLists.txt

   1 #
   2 # CMake project file for cluster analysis from WHAM for single-chain proteins
   3 #
   4
   5 enable_language (Fortran)
   6
   7 #================================
   8 # Set source file lists
   9 #================================
  10 set(UNRES_CLUSTER_WHAM_SRC0
  11         arcos.f
  12         cartprint.f
  13         chainbuild.f
  14         contact.f
  15         convert.f
  16         energy_p_new.F
  17         fitsq.f
  18         geomout.F
  19         gnmr1.f
  20         hc.f
  21         icant.f
  22         initialize_p.F
  23         intcor.f
  24         int_from_cart1.f
  25         main_clust.F
  26         matmult.f
  27         misc.f
  28         noyes.f
  29         parmread.F
  30         pinorm.f
  31         printmat.f
  32         probabl.F
  33         read_coords.F
  34         readpdb.f
  35         readrtns.F
  36         rescode.f
  37         setup_var.f
  38         srtclust.f
  39         ssMD.F
  40         timing.F
  41         track.F
  42         wrtclust.f
  43         work_partition.F
  44 )
  45
  46 set(UNRES_CLUSTER_WHAM_PP_SRC
  47         energy_p_new.F
  48         initialize_p.F
  49         geomout.F
  50         main_clust.F
  51         parmread.F
  52         probabl.F
  53         read_coords.F
  54         readrtns.F
  55         ssMD.F
  56         timing.F
  57         track.F
  58         work_partition.F
  59 )
  60
  61
  62 #================================================
  63 # Set compiler flags for different sourcefiles
  64 #================================================
  65 if (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
  66   set(FFLAGS0 "-mcmodel=medium -shared-intel -ip -w -I. -I${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/include_unres " )
  67 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "gfortran")
  68   set(FFLAGS0 "-std=legacy -mcmodel=medium -I. -I${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/include_unres " )
  69 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "pgf90")
  70   set(FFLAGS0 "-mcmodel=medium -Mlarge_arrays -I. -I${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/include_unres" )
  71 else ()
  72   set(FFLAGS0 "-mcmodel=medium -I. -I${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/include_unres " )
  73 endif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
  74
  75 #=========================================
  76 # Add MPI compiler flags
  77 #=========================================
  78 if(UNRES_WITH_MPI)
  79   set(FFLAGS0 "${FFLAGS0} -I${MPI_Fortran_INCLUDE_PATH}")
  80 endif(UNRES_WITH_MPI)
  81
  82 set_property(SOURCE ${UNRES_CLUSTER_WHAM_SRC0} PROPERTY COMPILE_FLAGS ${FFLAGS0} )
  83
  84 #=========================================
  85 #  Settings for GAB force field
  86 #=========================================
  87 if(UNRES_MD_FF STREQUAL "GAB" )
  88    # set preprocesor flags
  89    set(CPPFLAGS "PROCOR  -DSPLITELE -DCRYST_BOND  -DCRYST_THETA -DCRYST_SC  -DSCCORPDB" )
  90
  91 #=========================================
  92 #  Settings for E0LL2Y force field
  93 #=========================================
  94 elseif(UNRES_MD_FF STREQUAL "E0LL2Y")
  95    # set preprocesor flags
  96    set(CPPFLAGS "PROCOR  -DSPLITELE -DSCCORPDB" )
  97 elseif(UNRES_MD_FF STREQUAL "4P")
  98   set(CPPFLAGS "SPLITELE -DLANG0 -DCRYST_BOND -DCRYST_THETA -DCRYST_SC -DSCCORPDB" )
  99 endif(UNRES_MD_FF STREQUAL "GAB")
 100
 101 #=========================================
 102 # Additional flags
 103 #=========================================
 104 set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DUNRES -DISNAN -DCLUST" )
 105
 106 #=========================================
 107 # Compiler specific flags
 108 #=========================================
 109 if (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 110   # Add ifort preprocessor flags
 111   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DPGI")
 112 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "f95")
 113   # Add new gfortran flags
 114   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DG77")
 115 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "gfortran")
 116   # Add old gfortran flags
 117   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DG77")
 118 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "pgf90")
 119   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DPGI")
 120   FILE(COPY ${CMAKE_SOURCE_DIR}/source/lib/isnan_pgi.f DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR} )
 121   list(APPEND UNRES_CLUSTER_WHAM_SRC0 ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/isnan_pgi.f)
 122   set(CMAKE_EXE_LINKER_FLAGS "-Bdynamic")
 123 endif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 124
 125
 126 #=========================================
 127 # System specific flags
 128 #=========================================
 129 if(${CMAKE_SYSTEM_NAME} MATCHES "Linux")
 130   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DLINUX")
 131 endif(${CMAKE_SYSTEM_NAME} MATCHES "Linux")
 132
 133 #=========================================
 134 # Add MPI preprocessor flags
 135 #=========================================
 136 if (UNRES_WITH_MPI)
 137   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DMP -DMPI")
 138 endif(UNRES_WITH_MPI)
 139
 140
 141 #=========================================
 142 # Apply preprocesor flags to *.F files
 143 #=========================================
 144 set_property(SOURCE ${UNRES_CLUSTER_WHAM_PP_SRC} PROPERTY COMPILE_DEFINITIONS ${CPPFLAGS} )
 145
 146
 147 #========================================
 148 #  Setting binary name
 149 #========================================
 150 set(UNRES_CLUSTER_WHAM_BIN "cluster_wham_${Fortran_COMPILER_NAME}_MPI_${UNRES_MD_FF}.exe")
 151
 152 set_property(SOURCE proc_proc.c PROPERTY COMPILE_DEFINITIONS "LINUX -DPGI" )
 153
 154 #=========================================
 155 # Set full unres CLUSTER sources
 156 #=========================================
 157 set(UNRES_CLUSTER_WHAM_SRCS ${UNRES_CLUSTER_WHAM_SRC0} proc_proc.c)
 158
 159 #=========================================
 160 # Build the binary
 161 #=========================================
 162 add_executable(UNRES_CLUSTER_WHAM_BIN ${UNRES_CLUSTER_WHAM_SRCS} )
 163 set_target_properties(UNRES_CLUSTER_WHAM_BIN PROPERTIES OUTPUT_NAME ${UNRES_CLUSTER_WHAM_BIN})
 164 set_property(TARGET UNRES_CLUSTER_WHAM_BIN PROPERTY RUNTIME_OUTPUT_DIRECTORY ${CMAKE_BINARY_DIR}/bin )
 165
 166 #=========================================
 167 # Link libraries
 168 #=========================================
 169 # link MPI libraries
 170 if(UNRES_WITH_MPI)
 171   target_link_libraries( UNRES_CLUSTER_WHAM_BIN ${MPI_Fortran_LIBRARIES} )
 172 endif(UNRES_WITH_MPI)
 173 # link libxdrf.a
 174 target_link_libraries( UNRES_CLUSTER_WHAM_BIN xdrf )
 175
 176 #=========================================
 177 # Install Path
 178 #=========================================
 179 install(TARGETS UNRES_CLUSTER_WHAM_BIN DESTINATION ${CMAKE_INSTALL_PREFIX}/cluster)
 180
 181
 182 #=========================================
 183 # TESTS
 184 #=========================================
 185
 186 #  MESSAGE (STATUS "${MPI_Fortran_LIBRARIES}")
 187   if ("${MPI_Fortran_LIBRARIES}"  MATCHES "lam")
 188      MESSAGE (STATUS "LAM MPI library detected")
 189      set (boot_lam "-boot")
 190   else()
 191      set (boot_lam "")
 192   endif()
 193
 194   if (UNRES_SRUN)
 195    set (np "-n")
 196    set (mpiexec "srun")
 197   elseif(UNRES_MPIRUN)
 198    set (np "-np")
 199    set (mpiexec "mpirun")
 200   else()
 201    set (np "-np")
 202    set (mpiexec "mpiexec")
 203   endif()
 204
 205 FILE(WRITE ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/scripts/cluster_wham_mpi_E0LL2Y.sh
 206 "#!/bin/sh
 207 export POT=GB
 208 export INPUT=$1
 209 export INTIN=1L2Y_wham
 210 export OUTPUT=1L2Y_clust
 211 export PDB=CART
 212 export COORD=CX
 213 export PRINTCOOR=PRINT_PDB
 214 #-----------------------------------------------------------------------------
 215 CLUSTER_WHAM_BIN=${CMAKE_BINARY_DIR}/bin/${UNRES_CLUSTER_WHAM_BIN}
 216 #-----------------------------------------------------------------------------
 217 DD=${CMAKE_SOURCE_DIR}/PARAM
 218 export BONDPAR=$DD/bond_AM1.parm
 219 export THETPAR=$DD/theta_abinitio.parm
 220 export ROTPAR=$DD/rotamers_AM1_aura.10022007.parm
 221 export TORPAR=$DD/torsion_631Gdp.parm
 222 export TORDPAR=$DD/torsion_double_631Gdp.parm
 223 export ELEPAR=$DD/electr_631Gdp.parm
 224 export SIDEPAR=$DD/scinter_$POT.parm
 225 export FOURIER=$DD/fourier_opt.parm.1igd_hc_iter3_3
 226 export SCPPAR=$DD/scp.parm
 227 export SCCORPAR=$DD/sccor_am1_pawel.dat
 228 export THETPARPDB=$DD/thetaml.5parm
 229 export ROTPARPDB=$DD/scgauss.parm
 230 export PATTERN=$DD/patterns.cart
 231 export CONTFUNC=GB
 232 export SIDEP=$DD/contact.3.parm
 233 export SCRATCHDIR=.
 234 #-----------------------------------------------------------------------------
 235 echo CTEST_FULL_OUTPUT
 236 ${mpiexec} ${boot_lam} ${np} $2 $CLUSTER_WHAM_BIN
 237 ./cluster_wham_check.sh $1
 238 ")
 239
 240 #
 241 # File permissions workaround
 242 #
 243 FILE(   COPY ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/scripts/cluster_wham_mpi_E0LL2Y.sh
 244         DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}
 245         FILE_PERMISSIONS OWNER_READ OWNER_WRITE OWNER_EXECUTE GROUP_READ GROUP_EXECUTE WORLD_READ WORLD_EXECUTE
 246 )
 247
 248 FILE(COPY ${CMAKE_SOURCE_DIR}/ctest/cluster_wham_check.sh
 249         DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}
 250         FILE_PERMISSIONS OWNER_READ OWNER_WRITE OWNER_EXECUTE GROUP_READ GROUP_EXECUTE WORLD_READ WORLD_EXECUTE
 251 )
 252
 253 FILE(COPY ${CMAKE_SOURCE_DIR}/ctest/1L2Y_clust.inp
 254         DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR} )
 255
 256 FILE(COPY ${CMAKE_SOURCE_DIR}/ctest/1L2Y_wham.cx
 257         DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR} )
 258
 259 FILE(COPY ${CMAKE_SOURCE_DIR}/ctest/1L2Y.pdb
 260         DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR} )
 261
 262
 263 if(UNRES_MD_FF STREQUAL "E0LL2Y")
 264     add_test(NAME CLUSTER_WHAM_remd COMMAND sh ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cluster_wham_mpi_E0LL2Y.sh 1L2Y_clust 2 )
 265 endif(UNRES_MD_FF STREQUAL "E0LL2Y")