source/cluster/wham/src-M/CMakeLists.txt

   1 #
   2 # CMake project file for cluster analysis from WHAM for oligomeric proteins
   3 #
   4
   5 enable_language (Fortran C)
   6
   7 #================================
   8 # Set source file lists
   9 #================================
  10 set(UNRES_CLUSTER_WHAM_M_SRC0
  11         arcos.f
  12         cartprint.f
  13         chainbuild.f
  14         contact.f
  15         convert.f
  16         energy_p_new.F
  17         fitsq.f
  18         geomout.F
  19         gnmr1.f
  20         hc.f
  21         icant.f
  22         initialize_p.F
  23         intcor.f
  24         int_from_cart1.f
  25         main_clust.F
  26         matmult.f
  27         misc.f
  28         noyes.f
  29         parmread.F
  30         permut.f
  31         pinorm.f
  32         printmat.f
  33         probabl.F
  34         read_coords.F
  35         readpdb.f
  36         readrtns.F
  37         rescode.f
  38         setup_var.f
  39         srtclust.f
  40         timing.F
  41         track.F
  42         wrtclust.f
  43         work_partition.F
  44 )
  45
  46 set(UNRES_CLUSTER_WHAM_M_PP_SRC
  47         energy_p_new.F
  48         initialize_p.F
  49         geomout.F
  50         main_clust.F
  51         parmread.F
  52         probabl.F
  53         read_coords.F
  54         readrtns.F
  55         timing.F
  56         track.F
  57         work_partition.F
  58 )
  59
  60
  61 #================================================
  62 # Set comipiler flags for different sourcefiles
  63 #================================================
  64 if (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
  65   set(FFLAGS0 "-ip -w -I. -I${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/include_unres"  )
  66 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "gfortran")
  67   set(FFLAGS0 "-std=legacy -I. -I${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/include_unres" )
  68 else ()
  69   set(FFLAGS0 "-I. -I${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/include_unres" )
  70 endif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
  71
  72 # Add MPI compiler flags
  73 if(UNRES_WITH_MPI)
  74   set(FFLAGS0 "${FFLAGS0} -I${MPIF_INCLUDE_DIRECTORIES}")
  75 endif(UNRES_WITH_MPI)
  76
  77 set_property(SOURCE ${UNRES_CLUSTER_WHAM_M_SRC0} PROPERTY COMPILE_FLAGS ${FFLAGS0} )
  78
  79 #=========================================
  80 #  Settings for GAB force field
  81 #=========================================
  82 if(UNRES_MD_FF STREQUAL "GAB" )
  83    # set preprocesor flags
  84    set(CPPFLAGS "PROCOR  -DSPLITELE -DCRYST_BOND  -DCRYST_THETA -DCRYST_SC  -DSCCORPDB" )
  85
  86 #=========================================
  87 #  Settings for E0LL2Y force field
  88 #=========================================
  89 elseif(UNRES_MD_FF STREQUAL "E0LL2Y")
  90    # set preprocesor flags
  91    set(CPPFLAGS "PROCOR  -DSPLITELE -DSCCORPDB" )
  92 endif(UNRES_MD_FF STREQUAL "GAB")
  93
  94 #=========================================
  95 # Additional flags
  96 #=========================================
  97 set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DUNRES -DISNAN")
  98
  99 #=========================================
 100 # Compiler specific flags
 101 #=========================================
 102 if (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 103   # Add ifort preprocessor flags
 104   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DPGI")
 105 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "f95")
 106   # Add new gfortran flags
 107   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DG77")
 108 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "gfortran")
 109   # Add old gfortran flags
 110   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DG77")
 111 endif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 112
 113
 114 #=========================================
 115 # System specific flags
 116 #=========================================
 117 if(${CMAKE_SYSTEM_NAME} MATCHES "Linux")
 118   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DLINUX")
 119 endif(${CMAKE_SYSTEM_NAME} MATCHES "Linux")
 120
 121 #=========================================
 122 # Add MPI preprocessor flags
 123 #=========================================
 124 if (UNRES_WITH_MPI)
 125   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DMP -DMPI")
 126 endif(UNRES_WITH_MPI)
 127
 128
 129 #=========================================
 130 # Apply preprocesor flags to *.F files
 131 #=========================================
 132 set_property(SOURCE ${UNRES_CLUSTER_WHAM_M_PP_SRC} PROPERTY COMPILE_DEFINITIONS ${CPPFLAGS} )
 133
 134 set_property(SOURCE proc_proc.c PROPERTY COMPILE_DEFINITIONS "LINUX -DPGI" )
 135
 136 #========================================
 137 #  Setting binary name
 138 #========================================
 139 set(UNRES_CLUSTER_WHAM_M_BIN "unres_clustMD.exe")
 140
 141 #=========================================
 142 # cinfo.f stupid workaround for cmake
 143 #  - shame on me ]:)
 144 #=========================================
 145 #set_property(SOURCE compinfo.c PROPERTY CMAKE_C_FLAGS "-c" )
 146 #add_executable(compinfo-wham-m compinfo.c)
 147 #set_target_properties(compinfo-wham-m PROPERTIES OUTPUT_NAME compinfo)
 148
 149 #set(UNRES_CINFO_DIR "${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}" )
 150 #add_custom_command(OUTPUT ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cinfo.f
 151 #       COMMAND ${CMAKE_COMMAND} -E copy ${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/cinfo.f ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cinfo.f
 152 #       COMMAND ${CMAKE_COMMAND} -E copy ${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/COMMON.IOUNITS ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/COMMON.IOUNITS
 153 #       COMMAND ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/compinfo | true
 154 #       DEPENDS compinfo-wham-m )
 155 #set_property(SOURCE ${UNRES_CINFO_DIR}/cinfo.f PROPERTY COMPILE_FLAGS ${FFLAGS0} )
 156
 157 #=========================================
 158 # Set full unres CLUSTER sources
 159 #=========================================
 160 set(UNRES_CLUSTER_WHAM_M_SRCS ${UNRES_CLUSTER_WHAM_M_SRC0} proc_proc.c)
 161
 162 #=========================================
 163 # Build the binary
 164 #=========================================
 165 add_executable(UNRES_CLUSTER_WHAM_M_BIN ${UNRES_CLUSTER_WHAM_M_SRCS} )
 166 set_target_properties(UNRES_CLUSTER_WHAM_M_BIN PROPERTIES OUTPUT_NAME ${UNRES_CLUSTER_WHAM_M_BIN})
 167
 168 #=========================================
 169 # Link libraries
 170 #=========================================
 171 # link MPI library (libmpich.a)
 172 if(UNRES_WITH_MPI)
 173   target_link_libraries( UNRES_CLUSTER_WHAM_M_BIN ${MPIF_LIBRARIES} )
 174 endif(UNRES_WITH_MPI)
 175 # link libxdrf.a
 176 target_link_libraries( UNRES_CLUSTER_WHAM_M_BIN xdrf )
 177
 178 #=========================================
 179 # TESTS
 180 #=========================================
 181
 182 #-- Copy all the data files from the test directory into the source directory
 183 #SET(UNRES_TEST_FILES
 184 #       ala10.inp
 185 #    )
 186
 187 #FOREACH (UNRES_TEST_FILE ${UNRES_TEST_FILES})
 188 #      SET (unres_test_dest "${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/${UNRES_TEST_FILE}")
 189 #      MESSAGE (STATUS " Copying ${UNRES_TEST_FILE} from ${CMAKE_SOURCE_DIR}/examples/unres/MD/ff_gab/${UNRES_TEST_FILE} to ${unres_test_dest}")
 190 #      ADD_CUSTOM_COMMAND (
 191 #          TARGET     ${UNRES_BIN}
 192 #          POST_BUILD
 193 #          COMMAND    ${CMAKE_COMMAND} -E copy ${CMAKE_SOURCE_DIR}/examples/unres/MD/ff_gab/${UNRES_TEST_FILE} ${unres_test_dest}
 194 #      )
 195 #ENDFOREACH (UNRES_TEST_FILE ${UNRES_TEST_FILES})
 196
 197 #=========================================
 198 # Generate data test files
 199 #=========================================
 200 #  test_single_ala.sh
 201 #=========================================
 202
 203 #FILE(WRITE ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/test_single_ala.sh
 204 #"#!/bin/sh
 205 #export POT=GB
 206 #export PREFIX=ala10
 207 #-----------------------------------------------------------------------------
 208 #UNRES_BIN=./${UNRES_BIN}
 209 #-----------------------------------------------------------------------------
 210 #DD=${CMAKE_SOURCE_DIR}/PARAM
 211 #export BONDPAR=$DD/bond.parm
 212 #export THETPAR=$DD/thetaml.5parm
 213 #export ROTPAR=$DD/scgauss.parm
 214 #export TORPAR=$DD/torsion_631Gdp.parm
 215 #export TORDPAR=$DD/torsion_double_631Gdp.parm
 216 #export ELEPAR=$DD/electr_631Gdp.parm
 217 #export SIDEPAR=$DD/sc_GB_opt.1gab_3S_qclass5no310-shan2-sc-16-10-8k
 218 #export FOURIER=$DD/fourier_opt.parm.1igd_hc_iter3_3
 219 #export SCPPAR=$DD/scp.parm
 220 #export SCCORPAR=$DD/rotcorr_AM1.parm
 221 #export PATTERN=$DD/patterns.cart
 222 #-----------------------------------------------------------------------------
 223 #$UNRES_BIN
 224 #")
 225
 226 #=========================================
 227 #  ala10.inp
 228 #=========================================
 229
 230 #file(WRITE ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/ala10.inp
 231 #"ala10 unblocked
 232 #SEED=-1111333 MD ONE_LETTER rescale_mode=2 PDBOUT
 233 #nstep=15000 ntwe=100 ntwx=1000 dt=0.1 lang=0 tbf t_bath=300 damax=1.0          &
 234 #reset_moment=1000 reset_vel=1000 MDPDB
 235 #WLONG=1.35279 WSCP=1.59304 WELEC=0.71534 WBOND=1.00000 WANG=1.13873            &
 236 #WSCLOC=0.16258 WTOR=1.98599 WTORD=1.57069 WCORRH=0.42887 WCORR5=0.00000        &
 237 #WCORR6=0.00000 WEL_LOC=0.16036 WTURN3=1.68722 WTURN4=0.66230 WTURN6=0.00000    &
 238 #WVDWPP=0.11371 WHPB=1.00000                                                    &
 239 #CUTOFF=7.00000 WCORR4=0.00000
 240 #12
 241 #XAAAAAAAAAAX
 242 # 0
 243 # 0
 244 #   90.0000   90.0000   90.0000  90.000   90.000   90.000   90.000   90.000
 245 #   90.0000   90.0000
 246 #  180.0000  180.0000  180.0000 180.000  180.000  180.000  180.000  180.000
 247 #  180.0000
 248 #  110.0000  110.0000  110.0000 100.000  110.000  100.000  110.000  110.000
 249 #  110.0000  110.0000
 250 # -120.0000 -120.0000 -120.000 -120.000 -120.000 -120.000 -120.000 -120.000
 251 # -120.0000 -120.0000
 252 #")
 253
 254
 255 # Add tests
 256
 257 #if(NOT UNRES_WITH_MPI)
 258
 259 #  add_test(NAME UNRES_MD_Ala10 COMMAND sh ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/test_single_ala.sh )
 260
 261 #endif(NOT UNRES_WITH_MPI)