source/cluster/wham/src-M/CMakeLists.txt

   1 #
   2 # CMake project file for cluster analysis from WHAM for oligomeric proteins
   3 #
   4
   5 enable_language (Fortran)
   6
   7 #================================
   8 # Set source file lists
   9 #================================
  10 set(UNRES_CLUSTER_WHAM_M_SRC0
  11         arcos.f
  12         cartprint.f
  13         chainbuild.f
  14         contact.f
  15         convert.f
  16         energy_p_new.F
  17         fitsq.f
  18         geomout.F
  19         gnmr1.f
  20         hc.f
  21         icant.f
  22         initialize_p.F
  23         intcor.f
  24         int_from_cart1.f
  25         main_clust.F
  26         matmult.f
  27         misc.f
  28         noyes.f
  29         parmread.F
  30         permut.f
  31         pinorm.f
  32         probabl.F
  33         read_coords.F
  34         readpdb.f
  35         readrtns.F
  36         rescode.f
  37         setup_var.f
  38         srtclust.f
  39         timing.F
  40         track.F
  41         wrtclust.f
  42         work_partition.F
  43 )
  44
  45 set(UNRES_CLUSTER_WHAM_M_PP_SRC
  46         energy_p_new.F
  47         initialize_p.F
  48         geomout.F
  49         main_clust.F
  50         parmread.F
  51         probabl.F
  52         read_coords.F
  53         readrtns.F
  54         timing.F
  55         track.F
  56         work_partition.F
  57         proc_proc.c
  58 )
  59
  60
  61 #================================================
  62 # Set comipiler flags for different sourcefiles
  63 #================================================
  64 if (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
  65   set(FFLAGS0 "-ip -w -I. -I${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/include_unres " )
  66 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "gfortran")
  67   set(FFLAGS0 "-I. -I${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/include_unres " )
  68 endif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
  69
  70 # Add MPI compiler flags
  71 if(UNRES_WITH_MPI)
  72   set(FFLAGS0 "${FFLAGS0} -I${MPIF_INCLUDE_DIRECTORIES}")
  73 endif(UNRES_WITH_MPI)
  74
  75 set_property(SOURCE ${UNRES_CLUSTER_WHAM_M_SRC0} PROPERTY COMPILE_FLAGS ${FFLAGS0} )
  76
  77 set(CPPFLAGS "PROCOR -DSPLITELE -DPROCOR -DCRYST_BOND -DCRYST_THETA -DCRYST_SC" )
  78
  79 if (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
  80   # Add ifort preprocessor flags
  81   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DPGI")
  82 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "f95")
  83   # Add new gfortran flags
  84   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DG77")
  85 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "gfortran")
  86   # Add old gfortran flags
  87   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DG77")
  88 endif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
  89
  90
  91 #=========================================
  92 # System specific flags
  93 #=========================================
  94 if(${CMAKE_SYSTEM_NAME} MATCHES "Linux")
  95   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DLINUX")
  96 endif(${CMAKE_SYSTEM_NAME} MATCHES "Linux")
  97
  98 #=========================================
  99 # Add MPI preprocessor flags
 100 #=========================================
 101 if (UNRES_WITH_MPI)
 102   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DMP -DMPI")
 103 endif(UNRES_WITH_MPI)
 104
 105
 106 #=========================================
 107 # Apply preprocesor flags to *.F files
 108 #=========================================
 109 set_property(SOURCE ${UNRES_CLUSTER_WHAM_M_PP_SRC} PROPERTY COMPILE_DEFINITIONS ${CPPFLAGS} )
 110
 111
 112 #========================================
 113 #  Setting binary name
 114 #========================================
 115 set(UNRES_CLUSTER_WHAM_M_BIN "unres_clustMD.exe")
 116
 117 #=========================================
 118 # cinfo.f stupid workaround for cmake
 119 #  - shame on me ]:)
 120 #=========================================
 121 #set_property(SOURCE compinfo.c PROPERTY CMAKE_C_FLAGS "-c" )
 122 #add_executable(compinfo-wham-m compinfo.c)
 123 #set_target_properties(compinfo-wham-m PROPERTIES OUTPUT_NAME compinfo)
 124
 125 #set(UNRES_CINFO_DIR "${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}" )
 126 #add_custom_command(OUTPUT ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cinfo.f
 127 #       COMMAND ${CMAKE_COMMAND} -E copy ${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/cinfo.f ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cinfo.f
 128 #       COMMAND ${CMAKE_COMMAND} -E copy ${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/COMMON.IOUNITS ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/COMMON.IOUNITS
 129 #       COMMAND ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/compinfo | true
 130 #       DEPENDS compinfo-wham-m )
 131 #set_property(SOURCE ${UNRES_CINFO_DIR}/cinfo.f PROPERTY COMPILE_FLAGS ${FFLAGS0} )
 132
 133 #=========================================
 134 # Set full unres CLUSTER sources
 135 #=========================================
 136 set(UNRES_CLUSTER_WHAM_M_SRCS ${UNRES_CLUSTER_WHAM_M_SRC0} ${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/proc_proc.c)
 137
 138 #=========================================
 139 # Build the binary
 140 #=========================================
 141 add_executable(UNRES_CLUSTER_WHAM_M_BIN ${UNRES_CLUSTER_WHAM_M_SRCS} )
 142 set_target_properties(UNRES_CLUSTER_WHAM_M_BIN PROPERTIES OUTPUT_NAME ${UNRES_CLUSTER_WHAM_M_BIN})
 143
 144 #=========================================
 145 # Link libraries
 146 #=========================================
 147 # link MPI library (libmpich.a)
 148 if(UNRES_WITH_MPI)
 149   target_link_libraries( UNRES_CLUSTER_WHAM_M_BIN ${MPIF_LIBRARIES} )
 150 endif(UNRES_WITH_MPI)
 151 # link libxdrf.a
 152 target_link_libraries( UNRES_CLUSTER_WHAM_M_BIN xdrf )
 153
 154 #=========================================
 155 # TESTS
 156 #=========================================
 157
 158 #-- Copy all the data files from the test directory into the source directory
 159 #SET(UNRES_TEST_FILES
 160 #       ala10.inp
 161 #    )
 162
 163 #FOREACH (UNRES_TEST_FILE ${UNRES_TEST_FILES})
 164 #      SET (unres_test_dest "${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/${UNRES_TEST_FILE}")
 165 #      MESSAGE (STATUS " Copying ${UNRES_TEST_FILE} from ${CMAKE_SOURCE_DIR}/examples/unres/MD/ff_gab/${UNRES_TEST_FILE} to ${unres_test_dest}")
 166 #      ADD_CUSTOM_COMMAND (
 167 #          TARGET     ${UNRES_BIN}
 168 #          POST_BUILD
 169 #          COMMAND    ${CMAKE_COMMAND} -E copy ${CMAKE_SOURCE_DIR}/examples/unres/MD/ff_gab/${UNRES_TEST_FILE} ${unres_test_dest}
 170 #      )
 171 #ENDFOREACH (UNRES_TEST_FILE ${UNRES_TEST_FILES})
 172
 173 #=========================================
 174 # Generate data test files
 175 #=========================================
 176 #  test_single_ala.sh
 177 #=========================================
 178
 179 #FILE(WRITE ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/test_single_ala.sh
 180 #"#!/bin/sh
 181 #export POT=GB
 182 #export PREFIX=ala10
 183 #-----------------------------------------------------------------------------
 184 #UNRES_BIN=./${UNRES_BIN}
 185 #-----------------------------------------------------------------------------
 186 #DD=${CMAKE_SOURCE_DIR}/PARAM
 187 #export BONDPAR=$DD/bond.parm
 188 #export THETPAR=$DD/thetaml.5parm
 189 #export ROTPAR=$DD/scgauss.parm
 190 #export TORPAR=$DD/torsion_631Gdp.parm
 191 #export TORDPAR=$DD/torsion_double_631Gdp.parm
 192 #export ELEPAR=$DD/electr_631Gdp.parm
 193 #export SIDEPAR=$DD/sc_GB_opt.1gab_3S_qclass5no310-shan2-sc-16-10-8k
 194 #export FOURIER=$DD/fourier_opt.parm.1igd_hc_iter3_3
 195 #export SCPPAR=$DD/scp.parm
 196 #export SCCORPAR=$DD/rotcorr_AM1.parm
 197 #export PATTERN=$DD/patterns.cart
 198 #-----------------------------------------------------------------------------
 199 #$UNRES_BIN
 200 #")
 201
 202 #=========================================
 203 #  ala10.inp
 204 #=========================================
 205
 206 #file(WRITE ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/ala10.inp
 207 #"ala10 unblocked
 208 #SEED=-1111333 MD ONE_LETTER rescale_mode=2 PDBOUT
 209 #nstep=15000 ntwe=100 ntwx=1000 dt=0.1 lang=0 tbf t_bath=300 damax=1.0          &
 210 #reset_moment=1000 reset_vel=1000 MDPDB
 211 #WLONG=1.35279 WSCP=1.59304 WELEC=0.71534 WBOND=1.00000 WANG=1.13873            &
 212 #WSCLOC=0.16258 WTOR=1.98599 WTORD=1.57069 WCORRH=0.42887 WCORR5=0.00000        &
 213 #WCORR6=0.00000 WEL_LOC=0.16036 WTURN3=1.68722 WTURN4=0.66230 WTURN6=0.00000    &
 214 #WVDWPP=0.11371 WHPB=1.00000                                                    &
 215 #CUTOFF=7.00000 WCORR4=0.00000
 216 #12
 217 #XAAAAAAAAAAX
 218 # 0
 219 # 0
 220 #   90.0000   90.0000   90.0000  90.000   90.000   90.000   90.000   90.000
 221 #   90.0000   90.0000
 222 #  180.0000  180.0000  180.0000 180.000  180.000  180.000  180.000  180.000
 223 #  180.0000
 224 #  110.0000  110.0000  110.0000 100.000  110.000  100.000  110.000  110.000
 225 #  110.0000  110.0000
 226 # -120.0000 -120.0000 -120.000 -120.000 -120.000 -120.000 -120.000 -120.000
 227 # -120.0000 -120.0000
 228 #")
 229
 230
 231 # Add tests
 232
 233 #if(NOT UNRES_WITH_MPI)
 234
 235 #  add_test(NAME UNRES_MD_Ala10 COMMAND sh ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/test_single_ala.sh )
 236
 237 #endif(NOT UNRES_WITH_MPI)