source/cluster/wham/src-M/CMakeLists.txt

   1 #
   2 # CMake project file for cluster analysis from WHAM for oligomeric proteins
   3 #
   4
   5 enable_language (Fortran C)
   6
   7 #================================
   8 # Set source file lists
   9 #================================
  10 set(UNRES_CLUSTER_WHAM_M_SRC0
  11         arcos.f
  12         cartprint.f
  13         chainbuild.f
  14         contact.f
  15         convert.f
  16         energy_p_new.F
  17         fitsq.f
  18         geomout.F
  19         gnmr1.f
  20         hc.f
  21         icant.f
  22         initialize_p.F
  23         intcor.f
  24         int_from_cart1.f
  25         main_clust.F
  26         matmult.f
  27         misc.f
  28         noyes.f
  29         parmread.F
  30         permut.f
  31         pinorm.f
  32         printmat.f
  33         probabl.F
  34         read_coords.F
  35         readpdb.f
  36         readrtns.F
  37         rescode.f
  38         setup_var.f
  39         srtclust.f
  40         timing.F
  41         track.F
  42         wrtclust.f
  43         work_partition.F
  44 )
  45
  46 set(UNRES_CLUSTER_WHAM_M_PP_SRC
  47         energy_p_new.F
  48         initialize_p.F
  49         geomout.F
  50         main_clust.F
  51         parmread.F
  52         probabl.F
  53         read_coords.F
  54         readrtns.F
  55         timing.F
  56         track.F
  57         work_partition.F
  58 )
  59
  60
  61 #================================================
  62 # Set comipiler flags for different sourcefiles
  63 #================================================
  64 if (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
  65   set(FFLAGS0 "-mcmodel=medium -shared-intel -ip -w -I. -I${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/include_unres " )
  66 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "gfortran")
  67   set(FFLAGS0 "-std=legacy -mcmodel=medium -I. -I${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/include_unres " )
  68 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "pgf90")
  69   set(FFLAGS0 "-mcmodel=medium -Mlarge_arrays -I. -I${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/include_unres" )
  70 else ()
  71   set(FFLAGS0 "-mcmodel=medium -I. -I${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/include_unres " )
  72 endif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
  73
  74 #=========================================
  75 # Add MPI compiler flags
  76 #=========================================
  77 if(UNRES_WITH_MPI)
  78   set(FFLAGS0 "${FFLAGS0} -I${MPI_Fortran_INCLUDE_PATH}")
  79 endif(UNRES_WITH_MPI)
  80
  81 set_property(SOURCE ${UNRES_CLUSTER_WHAM_M_SRC0} PROPERTY COMPILE_FLAGS ${FFLAGS0} )
  82
  83 #=========================================
  84 #  Settings for GAB force field
  85 #=========================================
  86 if(UNRES_MD_FF STREQUAL "GAB" )
  87    # set preprocesor flags
  88    set(CPPFLAGS "PROCOR  -DSPLITELE -DCRYST_BOND  -DCRYST_THETA -DCRYST_SC  -DSCCORPDB" )
  89
  90 #=========================================
  91 #  Settings for E0LL2Y force field
  92 #=========================================
  93 elseif(UNRES_MD_FF STREQUAL "E0LL2Y")
  94    # set preprocesor flags
  95    set(CPPFLAGS "PROCOR  -DSPLITELE -DSCCORPDB" )
  96 elseif(UNRES_MD_FF STREQUAL "4P")
  97   set(CPPFLAGS "SPLITELE -DLANG0 -DCRYST_BOND -DCRYST_THETA -DCRYST_SC -DSCCORPDB" )
  98 endif(UNRES_MD_FF STREQUAL "GAB")
  99
 100 #=========================================
 101 # Additional flags
 102 #=========================================
 103 set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DUNRES -DISNAN")
 104
 105 #=========================================
 106 # Compiler specific flags
 107 #=========================================
 108 if (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 109   # Add ifort preprocessor flags
 110   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DPGI")
 111 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "f95")
 112   # Add new gfortran flags
 113   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DG77")
 114 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "gfortran")
 115   # Add old gfortran flags
 116   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DG77")
 117 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "pgf90")
 118   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DPGI")
 119   FILE(COPY ${CMAKE_SOURCE_DIR}/source/lib/isnan_pgi.f DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR} )
 120   list(APPEND UNRES_CLUSTER_WHAM_M_SRC0 ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/isnan_pgi.f)
 121 endif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 122
 123
 124 #=========================================
 125 # System specific flags
 126 #=========================================
 127 if(${CMAKE_SYSTEM_NAME} MATCHES "Linux")
 128   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DLINUX")
 129 endif(${CMAKE_SYSTEM_NAME} MATCHES "Linux")
 130
 131 #=========================================
 132 # Add MPI preprocessor flags
 133 #=========================================
 134 if (UNRES_WITH_MPI)
 135   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DMP -DMPI")
 136 endif(UNRES_WITH_MPI)
 137
 138
 139 #=========================================
 140 # Apply preprocesor flags to *.F files
 141 #=========================================
 142 set_property(SOURCE ${UNRES_CLUSTER_WHAM_M_PP_SRC} PROPERTY COMPILE_DEFINITIONS ${CPPFLAGS} )
 143
 144 set_property(SOURCE proc_proc.c PROPERTY COMPILE_DEFINITIONS "LINUX -DPGI" )
 145
 146 #========================================
 147 #  Setting binary name
 148 #========================================
 149 set(UNRES_CLUSTER_WHAM_M_BIN "cluster_wham-mult_${Fortran_COMPILER_NAME}_MPI_${UNRES_MD_FF}.exe")
 150
 151 #=========================================
 152 # Set full unres CLUSTER sources
 153 #=========================================
 154 set(UNRES_CLUSTER_WHAM_M_SRCS ${UNRES_CLUSTER_WHAM_M_SRC0} proc_proc.c)
 155
 156 #=========================================
 157 # Build the binary
 158 #=========================================
 159 add_executable(UNRES_CLUSTER_WHAM_M_BIN ${UNRES_CLUSTER_WHAM_M_SRCS} )
 160 set_target_properties(UNRES_CLUSTER_WHAM_M_BIN PROPERTIES OUTPUT_NAME ${UNRES_CLUSTER_WHAM_M_BIN})
 161 set_property(TARGET UNRES_CLUSTER_WHAM_M_BIN PROPERTY RUNTIME_OUTPUT_DIRECTORY ${CMAKE_BINARY_DIR}/bin )
 162
 163 #=========================================
 164 # Link libraries
 165 #=========================================
 166 # link MPI libraries
 167 if(UNRES_WITH_MPI)
 168   target_link_libraries( UNRES_CLUSTER_WHAM_M_BIN ${MPI_Fortran_LIBRARIES} )
 169 endif(UNRES_WITH_MPI)
 170 # link libxdrf.a
 171 target_link_libraries( UNRES_CLUSTER_WHAM_M_BIN xdrf )
 172
 173
 174 #=========================================
 175 # Install Path
 176 #=========================================
 177 install(TARGETS UNRES_CLUSTER_WHAM_M_BIN DESTINATION ${CMAKE_INSTALL_PREFIX}/cluster)
 178
 179
 180 #=========================================
 181 # TESTS
 182 #=========================================
 183
 184 #  MESSAGE (STATUS "${MPI_Fortran_LIBRARIES}")
 185   if ("${MPI_Fortran_LIBRARIES}"  MATCHES "lam")
 186      MESSAGE (STATUS "LAM MPI library detected")
 187      set (boot_lam "-boot")
 188   else()
 189      set (boot_lam "")
 190   endif()
 191
 192   if (UNRES_SRUN)
 193    set (np "-n")
 194    set (mpiexec "srun")
 195   elseif(UNRES_MPIRUN)
 196    set (np "-np")
 197    set (mpiexec "mpirun")
 198   else()
 199    set (np "-np")
 200    set (mpiexec "mpiexec")
 201   endif()
 202
 203
 204 FILE(WRITE ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/scripts/cluster_wham_mpi_E0LL2Y.sh
 205 "#!/bin/sh
 206 export POT=GB
 207 export INPUT=$1
 208 export INTIN=1L2Y_wham
 209 export OUTPUT=1L2Y_clust
 210 export PDB=CART
 211 export COORD=CX
 212 export PRINTCOOR=PRINT_PDB
 213 #-----------------------------------------------------------------------------
 214 CLUSTER_WHAM_BIN=${CMAKE_BINARY_DIR}/bin/${UNRES_CLUSTER_WHAM_M_BIN}
 215 #-----------------------------------------------------------------------------
 216 DD=${CMAKE_SOURCE_DIR}/PARAM
 217 export BONDPAR=$DD/bond_AM1.parm
 218 export THETPAR=$DD/theta_abinitio.parm
 219 export ROTPAR=$DD/rotamers_AM1_aura.10022007.parm
 220 export TORPAR=$DD/torsion_631Gdp.parm
 221 export TORDPAR=$DD/torsion_double_631Gdp.parm
 222 export ELEPAR=$DD/electr_631Gdp.parm
 223 export SIDEPAR=$DD/scinter_$POT.parm
 224 export FOURIER=$DD/fourier_opt.parm.1igd_hc_iter3_3
 225 export SCPPAR=$DD/scp.parm
 226 export SCCORPAR=$DD/sccor_am1_pawel.dat
 227 export THETPARPDB=$DD/thetaml.5parm
 228 export ROTPARPDB=$DD/scgauss.parm
 229 export PATTERN=$DD/patterns.cart
 230 export CONTFUNC=GB
 231 export SIDEP=$DD/contact.3.parm
 232 export SCRATCHDIR=.
 233 #-----------------------------------------------------------------------------
 234 echo CTEST_FULL_OUTPUT
 235 ${mpiexec} ${boot_lam} ${np} $2 $CLUSTER_WHAM_BIN
 236 ./cluster_wham_check.sh $1
 237 ")
 238
 239 #
 240 # File permissions workaround
 241 #
 242 FILE(   COPY ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/scripts/cluster_wham_mpi_E0LL2Y.sh
 243         DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}
 244         FILE_PERMISSIONS OWNER_READ OWNER_WRITE OWNER_EXECUTE GROUP_READ GROUP_EXECUTE WORLD_READ WORLD_EXECUTE
 245 )
 246
 247 FILE(COPY ${CMAKE_SOURCE_DIR}/ctest/cluster_wham_check.sh
 248         DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}
 249         FILE_PERMISSIONS OWNER_READ OWNER_WRITE OWNER_EXECUTE GROUP_READ GROUP_EXECUTE WORLD_READ WORLD_EXECUTE
 250 )
 251
 252 FILE(COPY ${CMAKE_SOURCE_DIR}/ctest/1L2Y_clust.inp
 253         DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR} )
 254
 255 FILE(COPY ${CMAKE_SOURCE_DIR}/ctest/1L2Y_wham.cx
 256         DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR} )
 257
 258 FILE(COPY ${CMAKE_SOURCE_DIR}/ctest/1L2Y.pdb
 259         DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR} )
 260
 261
 262 if(UNRES_MD_FF STREQUAL "E0LL2Y")
 263     add_test(NAME CLUSTER_WHAM_M_remd COMMAND sh ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cluster_wham_mpi_E0LL2Y.sh 1L2Y_clust 2 )
 264 endif(UNRES_MD_FF STREQUAL "E0LL2Y")