source/cluster/wham/src-M-homology/CMakeLists.txt

   1 #
   2 # CMake project file for cluster analysis from WHAM for oligomeric proteins
   3 #
   4
   5 enable_language (Fortran C)
   6
   7 #================================
   8 # Set source file lists
   9 #================================
  10 set(UNRES_CLUSTER_WHAM_M_SRC0
  11         arcos.f
  12         cartprint.f
  13         chainbuild.f
  14         contact.f
  15         convert.f
  16         energy_p_new.F
  17         fitsq.f
  18         geomout.F
  19         gnmr1.f
  20         hc.f
  21         icant.f
  22         initialize_p.F
  23         intcor.f
  24         int_from_cart1.f
  25         main_clust.F
  26         matmult.f
  27         misc.f
  28         noyes.f
  29         parmread.F
  30         permut.f
  31         pinorm.f
  32         printmat.f
  33         probabl.F
  34         read_coords.F
  35         readpdb.f
  36         readrtns.F
  37         rescode.f
  38         setup_var.f
  39         srtclust.f
  40     ssMD.F
  41         timing.F
  42         track.F
  43         wrtclust.f
  44         work_partition.F
  45 )
  46
  47 set(UNRES_CLUSTER_WHAM_M_PP_SRC
  48         energy_p_new.F
  49         initialize_p.F
  50         geomout.F
  51         main_clust.F
  52         parmread.F
  53         probabl.F
  54         read_coords.F
  55         readrtns.F
  56     ssMD.F
  57         timing.F
  58         track.F
  59         work_partition.F
  60 )
  61
  62
  63 #================================================
  64 # Set comipiler flags for different sourcefiles
  65 #================================================
  66 if (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
  67   set(FFLAGS0 "-mcmodel=medium -shared-intel -ip -w -I. -I${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/include_unres"  )
  68 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "gfortran")
  69   set(FFLAGS0 "-std=legacy -mcmodel=medium -I. -I${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/include_unres" )
  70 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "pgf90")
  71   set(FFLAGS0 "-mcmodel=medium -Mlarge_arrays -I. -I${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/include_unres" )
  72 else ()
  73   set(FFLAGS0 "-mcmodel=medium -I. -I${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/include_unres" )
  74 endif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
  75
  76 #=========================================
  77 # Add MPI compiler flags
  78 #=========================================
  79 if(UNRES_WITH_MPI)
  80   set(FFLAGS0 "${FFLAGS0} -I${MPI_Fortran_INCLUDE_PATH}")
  81 endif(UNRES_WITH_MPI)
  82
  83 set_property(SOURCE ${UNRES_CLUSTER_WHAM_M_SRC0} PROPERTY COMPILE_FLAGS ${FFLAGS0} )
  84
  85 #=========================================
  86 #  Settings for GAB force field
  87 #=========================================
  88 if(UNRES_MD_FF STREQUAL "GAB" )
  89    # set preprocesor flags
  90    set(CPPFLAGS "PROCOR  -DSPLITELE -DCRYST_BOND  -DCRYST_THETA -DCRYST_SC  -DSCCORPDB" )
  91
  92 #=========================================
  93 #  Settings for E0LL2Y force field
  94 #=========================================
  95 elseif(UNRES_MD_FF STREQUAL "E0LL2Y")
  96    # set preprocesor flags
  97    set(CPPFLAGS "PROCOR  -DSPLITELE -DSCCORPDB" )
  98 elseif(UNRES_MD_FF STREQUAL "4P")
  99   set(CPPFLAGS "SPLITELE -DLANG0 -DCRYST_BOND -DCRYST_THETA -DCRYST_SC -DSCCORPDB" )
 100 endif(UNRES_MD_FF STREQUAL "GAB")
 101
 102 #=========================================
 103 # Additional flags
 104 #=========================================
 105 set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DUNRES -DISNAN")
 106
 107 #=========================================
 108 # Compiler specific flags
 109 #=========================================
 110 if (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 111   # Add ifort preprocessor flags
 112   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DPGI")
 113 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "f95")
 114   # Add new gfortran flags
 115   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DG77")
 116 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "gfortran")
 117   # Add old gfortran flags
 118   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DG77")
 119 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "pgf90")
 120   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DPGI")
 121   FILE(COPY ${CMAKE_SOURCE_DIR}/source/lib/isnan_pgi.f DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR} )
 122   list(APPEND UNRES_CLUSTER_WHAM_M_SRC0 ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/isnan_pgi.f)
 123 endif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 124
 125
 126 #=========================================
 127 # System specific flags
 128 #=========================================
 129 if(${CMAKE_SYSTEM_NAME} MATCHES "Linux")
 130   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DLINUX")
 131 endif(${CMAKE_SYSTEM_NAME} MATCHES "Linux")
 132
 133 #=========================================
 134 # Add MPI preprocessor flags
 135 #=========================================
 136 if (UNRES_WITH_MPI)
 137   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DMP -DMPI")
 138 endif(UNRES_WITH_MPI)
 139
 140
 141 #=========================================
 142 # Apply preprocesor flags to *.F files
 143 #=========================================
 144 set_property(SOURCE ${UNRES_CLUSTER_WHAM_M_PP_SRC} PROPERTY COMPILE_DEFINITIONS ${CPPFLAGS} )
 145
 146 set_property(SOURCE proc_proc.c PROPERTY COMPILE_DEFINITIONS "LINUX -DPGI" )
 147
 148 #========================================
 149 #  Setting binary name
 150 #========================================
 151 set(UNRES_CLUSTER_WHAM_M_BIN "cluster_wham-mult_${Fortran_COMPILER_NAME}_MPI_${UNRES_MD_FF}.exe")
 152
 153 #=========================================
 154 # cinfo.f workaround for CMake
 155 #=========================================
 156 # get the current date
 157 TODAY(DATE)
 158 # generate cinfo.f
 159
 160 set(CINFO "${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cinfo.f")
 161 FILE(WRITE ${CINFO}
 162 "C CMake generated file
 163        subroutine cinfo
 164        include 'COMMON.IOUNITS'
 165        write(iout,*)'++++ Compile info ++++'
 166        write(iout,*)'Version ${UNRES_MAJOR}.${UNRES_MINOR} build ${UNRES_PATCH}'
 167 ")
 168
 169 CINFO_FORMAT(${CINFO} "Compiled" "${DATE}" )
 170 CINFO_FORMAT(${CINFO} "Compiled by" "$ENV{USER}@$ENV{HOST}" )
 171 CINFO_FORMAT(${CINFO} "OS name:" "${CMAKE_SYSTEM_NAME}" )
 172 CINFO_FORMAT(${CINFO} "OS release:" "${CMAKE_SYSTEM}" )
 173 CINFO_FORMAT(${CINFO} "Fortran Compiler:" "${CMAKE_Fortran_COMPILER}" )
 174 CINFO_FORMAT(${CINFO} "MD Force field:" "${UNRES_MD_FF}" )
 175 CINFO_FORMAT(${CINFO} "CPPFLAGS =" "${CPPFLAGS}")
 176
 177 FILE(APPEND ${CINFO}
 178 "       write(iout,*)'++++ End of compile info ++++'
 179        return
 180        end ")
 181
 182 # set include path
 183 set_property(SOURCE ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cinfo.f PROPERTY COMPILE_FLAGS "${FFLAGS0} -I${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}" )
 184
 185
 186 set_property(SOURCE proc_proc.c PROPERTY COMPILE_DEFINITIONS "LINUX -DPGI" )
 187
 188
 189 #=========================================
 190 # Set full unres CLUSTER sources
 191 #=========================================
 192 set(UNRES_CLUSTER_WHAM_M_SRCS ${UNRES_CLUSTER_WHAM_M_SRC0} ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cinfo.f proc_proc.c)
 193
 194 #=========================================
 195 # Build the binary
 196 #=========================================
 197 add_executable(UNRES_CLUSTER_WHAM_M_BIN ${UNRES_CLUSTER_WHAM_M_SRCS} )
 198 set_target_properties(UNRES_CLUSTER_WHAM_M_BIN PROPERTIES OUTPUT_NAME ${UNRES_CLUSTER_WHAM_M_BIN})
 199 set_property(TARGET UNRES_CLUSTER_WHAM_M_BIN PROPERTY RUNTIME_OUTPUT_DIRECTORY ${CMAKE_BINARY_DIR}/bin )
 200
 201 #=========================================
 202 # Link libraries
 203 #=========================================
 204 # link MPI libraries
 205 if(UNRES_WITH_MPI)
 206   target_link_libraries( UNRES_CLUSTER_WHAM_M_BIN ${MPI_Fortran_LIBRARIES} )
 207 endif(UNRES_WITH_MPI)
 208 # link libxdrf.a
 209 target_link_libraries( UNRES_CLUSTER_WHAM_M_BIN xdrf )
 210
 211
 212 #=========================================
 213 # Install Path
 214 #=========================================
 215 install(TARGETS UNRES_CLUSTER_WHAM_M_BIN DESTINATION ${CMAKE_INSTALL_PREFIX}/cluster)
 216
 217
 218 #=========================================
 219 # TESTS
 220 #=========================================
 221
 222 #  MESSAGE (STATUS "${MPI_Fortran_LIBRARIES}")
 223   if ("${MPI_Fortran_LIBRARIES}"  MATCHES "lam")
 224      MESSAGE (STATUS "LAM MPI library detected")
 225      set (boot_lam "-boot")
 226   else()
 227      set (boot_lam "")
 228   endif()
 229
 230   if (UNRES_SRUN)
 231    set (np "-n")
 232    set (mpiexec "srun")
 233   elseif(UNRES_MPIRUN)
 234    set (np "-np")
 235    set (mpiexec "mpirun")
 236   else()
 237    set (np "-np")
 238    set (mpiexec "mpiexec")
 239   endif()
 240
 241
 242 FILE(WRITE ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/scripts/cluster_wham_mpi_E0LL2Y.sh
 243 "#!/bin/sh
 244 export POT=GB
 245 export INPUT=$1
 246 export INTIN=1L2Y_wham
 247 export OUTPUT=1L2Y_clust
 248 export PDB=CART
 249 export COORD=CX
 250 export PRINTCOOR=PRINT_PDB
 251 #-----------------------------------------------------------------------------
 252 CLUSTER_WHAM_BIN=${CMAKE_BINARY_DIR}/bin/${UNRES_CLUSTER_WHAM_M_BIN}
 253 #-----------------------------------------------------------------------------
 254 DD=${CMAKE_SOURCE_DIR}/PARAM
 255 export BONDPAR=$DD/bond_AM1_ext_dum.parm
 256 export THETPAR=$DD/theta_abinitio_old_ext.parm
 257 export ROTPAR=$DD/rotamers_AM1_aura_ext.10022007.parm
 258 export TORPAR=$DD/torsion_631Gdp_old_ext.parm
 259 export TORDPAR=$DD/torsion_double_631Gdp_old_ext.parm
 260 export ELEPAR=$DD/electr_631Gdp_ext.parm
 261 export SIDEPAR=$DD/scinter_GB_ext_lip.parm
 262 export FOURIER=$DD/fourier_opt_ext.parm.1igd_hc_iter3_3
 263 export SCPPAR=$DD/scp_ext.parm
 264 export SCCORPAR=$DD/sccor_am1_pawel_ext.dat
 265 export THETPARPDB=$DD/thetaml_ext.5parm
 266 export ROTPARPDB=$DD/scgauss_ext.parm
 267 export PATTERN=$DD/patterns.cart
 268 export LIPTRANPAR=$DD/Lip_tran_initial_ext.parm
 269 export CONTFUNC=GB
 270 export SIDEP=$DD/contact_ext.3.parm
 271 export SCRATCHDIR=.
 272 #-----------------------------------------------------------------------------
 273 echo CTEST_FULL_OUTPUT
 274 ${mpiexec} ${boot_lam} ${np} $2 $CLUSTER_WHAM_BIN
 275 ./cluster_wham_check.sh $1
 276 ")
 277
 278 #
 279 # File permissions workaround
 280 #
 281 FILE(   COPY ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/scripts/cluster_wham_mpi_E0LL2Y.sh
 282         DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}
 283         FILE_PERMISSIONS OWNER_READ OWNER_WRITE OWNER_EXECUTE GROUP_READ GROUP_EXECUTE WORLD_READ WORLD_EXECUTE
 284 )
 285
 286 FILE(COPY ${CMAKE_SOURCE_DIR}/ctest/cluster_wham_check.sh
 287         DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}
 288         FILE_PERMISSIONS OWNER_READ OWNER_WRITE OWNER_EXECUTE GROUP_READ GROUP_EXECUTE WORLD_READ WORLD_EXECUTE
 289 )
 290
 291 FILE(COPY ${CMAKE_SOURCE_DIR}/ctest/1L2Y_clust.inp
 292         DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR} )
 293
 294 FILE(COPY ${CMAKE_SOURCE_DIR}/ctest/1L2Y_wham.cx
 295         DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR} )
 296
 297 FILE(COPY ${CMAKE_SOURCE_DIR}/ctest/1L2Y.pdb
 298         DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR} )
 299
 300
 301 if(UNRES_MD_FF STREQUAL "E0LL2Y")
 302     add_test(NAME CLUSTER_WHAM_M_remd COMMAND sh ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cluster_wham_mpi_E0LL2Y.sh 1L2Y_clust 2 )
 303 endif(UNRES_MD_FF STREQUAL "E0LL2Y")