examples/unres/new/microcanonical/VTS/ff_gab/1L2Y_micro.out_GB000

   1 --------------------------------------------------------------------------------
   2                               FILE ASSIGNMENT
   3 --------------------------------------------------------------------------------
   4  Input file                      : 1L2Y_micro.inp
   5  Output file                     : 1L2Y_micro.out_GB000
   6
   7  Sidechain potential file        :
   8  /users/aks255/newUNRES/unres/PARAM/sc_GB_opt.1e0g-52-17k-2k-newclass-shan1e9_ga
   9  p8g-sc
  10  SCp potential file              : /users/aks255/newUNRES/unres/PARAM/scp.parm
  11  Electrostatic potential file    :
  12  /users/aks255/newUNRES/unres/PARAM/electr_631Gdp.parm
  13  Cumulant coefficient file       :
  14  /users/aks255/newUNRES/unres/PARAM/fourier_opt.parm.1igd_hc_iter3_3
  15  Torsional parameter file        :
  16  /users/aks255/newUNRES/unres/PARAM/torsion_631Gdp.parm
  17  Double torsional parameter file :
  18  /users/aks255/newUNRES/unres/PARAM/torsion_double_631Gdp.parm
  19  SCCOR parameter file : /users/aks255/newUNRES/unres/PARAM/sccor_pdb_shelly.dat
  20  Bond & inertia constant file    : /users/aks255/newUNRES/unres/PARAM/bond.parm
  21  Bending parameter file          :
  22  /users/aks255/newUNRES/unres/PARAM/thetaml.5parm
  23  Rotamer parameter file          :
  24  /users/aks255/newUNRES/unres/PARAM/scgauss.parm
  25  Threading database              :
  26  /users/aks255/newUNRES/unres/PARAM/patterns.cart
  27 --------------------------------------------------------------------------------
  28 ********************************************************************************
  29 United-residue force field calculation - parallel job.
  30 ********************************************************************************
  31  ### LAST MODIFIED  03/28/12 23:29 by czarek
  32  ++++ Compile info ++++
  33  Version 2.5 build 300
  34  compiled Thu Jul  5 03:59:46 2012
  35  compiled by aks255@matrix.chem.cornell.edu
  36  OS name:    Linux
  37  OS release: 2.6.34.9-69.fc13.x86_64
  38  OS version: #1 SMP Tue May 3 09:23:03 UTC 2011
  39  flags:
  40  INSTALL_DIR = /users/software/mpich-1.2.7p1_int...
  41  FC= ifort
  42  OPT =  -g -ip -w -CB
  43  FFLAGS = -c ${OPT} -I$(INSTALL_DIR)/include
  44  FFLAGS1 = -c -w -g -d2 -CA -CB -I$(INSTALL_DIR)...
  45  FFLAGS2 = -c -w -g -O0 -I$(INSTALL_DIR)/include
  46  FFLAGSE = -c -w -O3 -ipo -ipo_obj  -opt_report ...
  47  LIBS = -L$(INSTALL_DIR)/lib -lmpich xdrf/libxdr...
  48  ARCH = LINUX
  49  PP = /lib/cpp -P
  50  object = unres.o arcos.o cartprint.o chainbuild...
  51  GAB: CPPFLAGS = -DPROCOR -DLINUX -DPGI -DUNRES ...
  52  GAB: BIN = ../../../bin/unres/MD/unres_ifort_MP...
  53  E0LL2Y: CPPFLAGS = -DPROCOR -DLINUX -DPGI -DUNR...
  54  E0LL2Y: BIN = ../../../bin/unres/MD/unres_ifort...
  55  ++++ End of compile info ++++
  56
  57 Potential is GB , exponents are   6 12
  58
  59 Disulfide bridge parameters:
  60 S-S bridge energy:      -5.50
  61 d0cm:      3.78 akcm:     15.10
  62 akth:     11.00 akct:     12.00
  63 v1ss:     -1.08 v2ss:      7.61 v3ss:     13.70
  64  MPI: node=            0  iseed(4)=            0           0         -46
  65       -45086
  66  ran_num  6.422640197456531E-013
  67 RMSDBC =        3.0
  68 RMSDBC1 =        0.5
  69 RMSDBC1MAX =        1.5
  70 DRMS    =        0.1
  71 RMSDBCM =        3.0
  72 Time limit (min):     960.0
  73  RESCALE_MODE           2
  74 Library  routine used to diagonalize matrices.
  75
  76 =========================== Parameters of the MD run ===========================
  77
  78 The units are:
  79 positions: angstrom, time: 48.9 fs
  80 velocity: angstrom/(48.9 fs), acceleration: angstrom/(48.9 fs)**2
  81 energy: kcal/mol, temperature: K
  82
  83                                        Number of time steps:   1000000
  84                  Initial time step of numerical integration:   0.01000 natural units
  85                                                                0.48900 fs
  86 Maximum acceleration threshold to reduce the time step/increase split number:  20.00000
  87 Maximum predicted energy drift to reduce the timestep/increase split number:  10.00000
  88             Maximum velocity threshold to reduce velocities:  20.00000
  89                                Frequency of property output:     10000
  90                              Frequency of coordinate output:     10000
  91 Microcanonical mode calculation
  92
  93 ============================== End of MD run setup =============================
  94
  95
  96 Energy-term weights (unscaled):
  97
  98 WSCC=     1.352790 (SC-SC)
  99 WSCP=     1.593040 (SC-p)
 100 WELEC=    0.715340 (p-p electr)
 101 WVDWPP=   0.113710 (p-p VDW)
 102 WBOND=    1.000000 (stretching)
 103 WANG=     1.138730 (bending)
 104 WSCLOC=   0.162580 (SC local)
 105 WTOR=     1.985990 (torsional)
 106 WTORD=    1.570690 (double torsional)
 107 WSTRAIN=  1.000000 (SS bridges & dist. cnstr.)
 108 WEL_LOC=  0.160360 (multi-body 3-rd order)
 109 WCORR4=   0.428870 (multi-body 4th order)
 110 WCORR5=   0.000000 (multi-body 5th order)
 111 WCORR6=   0.000000 (multi-body 6th order)
 112 WSCCOR=   0.000000 (back-scloc correlation)
 113 WTURN3=   1.687220 (turns, 3rd order)
 114 WTURN4=   0.662300 (turns, 4th order)
 115 WTURN6=   0.000000 (turns, 6th order)
 116
 117 Hydrogen-bonding correlation between contact pairs of peptide groups
 118
 119 Scaling factor of 1,4 SC-p interactions:   0.400
 120 General scaling factor of SC-p interactions:   1.000
 121
 122 Energy-term weights (scaled):
 123
 124 WSCC=     1.352790 (SC-SC)
 125 WSCP=     1.593040 (SC-p)
 126 WELEC=    0.715340 (p-p electr)
 127 WVDWPP=   0.113710 (p-p VDW)
 128 WBOND=    1.000000 (stretching)
 129 WANG=     1.138730 (bending)
 130 WSCLOC=   0.162580 (SC local)
 131 WTOR=     1.985990 (torsional)
 132 WTORD=    1.570690 (double torsional)
 133 WSTRAIN=  1.000000 (SS bridges & dist. cnstr.)
 134 WEL_LOC=  0.160360 (multi-body 3-rd order)
 135 WCORR4=   0.428870 (multi-body 4th order)
 136 WCORR5=   0.000000 (multi-body 5th order)
 137 WCORR6=   0.000000 (multi-body 6th order)
 138 WSCCOR=   0.000000 (back-scloc correlatkion)
 139 WTURN3=   1.687220 (turns, 3rd order)
 140 WTURN4=   0.662300 (turns, 4th order)
 141 WTURN6=   0.000000 (turns, 6th order)
 142  Reference temperature for weights calculation:   300.000000000000
 143  Parameters of the SS-bond potential:
 144  D0CM   3.78000000000000       AKCM   15.1000000000000       AKTH
 145    11.0000000000000       AKCT   12.0000000000000
 146  V1SS  -1.08000000000000       V2SS   7.61000000000000       V3SS
 147    13.7000000000000
 148  EBR  -5.50000000000000
 149 PDB data will be read from file ../../../1L2Y.pdb
 150  Nres:    21
 151 Backbone and SC coordinates as read from the PDB
 152   1 21  D    -9.841   4.399  -5.051       -9.841   4.399  -5.051
 153   2 14  ASN  -8.608   3.135  -1.618      -10.407   3.153  -2.437
 154   3  5  LEU  -4.923   4.002  -2.452       -4.618   6.091  -1.850
 155   4  8  TYR  -3.690   2.738   0.981       -1.959   3.143   3.797
 156   5  4  ILE  -5.857  -0.449   0.613       -7.484  -0.369   1.074
 157   6 13  GLN  -4.122  -1.167  -2.743       -5.089  -1.450  -4.853
 158   7  7  TRP  -0.716  -0.631  -0.993        1.727   0.440   1.450
 159   8  5  LEU  -1.641  -2.932   1.963       -2.244  -2.097   3.799
 160   9 19  LYS  -3.024  -5.791  -0.269       -3.820  -5.527  -3.146
 161  10 16  ASP   0.466  -6.016  -1.905        0.653  -5.125  -3.676
 162  11 10  GLY   2.060  -6.618   1.593        2.060  -6.618   1.593
 163  12 10  GLY   2.626  -2.967   2.723        2.626  -2.967   2.723
 164  13 20  PRO   6.333  -2.533   3.806        5.724  -2.372   5.058
 165  14 12  SER   7.049  -6.179   2.704        6.757  -6.938   3.675
 166  15 12  SER   6.389  -5.315  -1.015        5.245  -5.350  -1.546
 167  16 10  GLY   9.451  -3.116  -1.870        9.451  -3.116  -1.870
 168  17 18  ARG   7.289   0.084  -2.054        5.225  -1.826  -3.986
 169  18 20  PRO   6.782   3.088   0.345        7.458   3.741  -0.688
 170  19 20  PRO   3.287   4.031   1.686        4.025   4.206   2.856
 171  20 20  PRO   1.185   6.543  -0.353        0.358   5.421  -0.430
 172  21 12  SER   0.852  10.027   1.285        1.151  10.636   1.488
 173  22 21  D    -1.250  12.539  -0.754       -1.250  12.539  -0.754
 174 nsup= 20 nstart_sup=  2
 175  ITEL
 176            1          21           0
 177            2          14           1
 178            3           5           1
 179            4           8           1
 180            5           4           1
 181            6          13           1
 182            7           7           1
 183            8           5           1
 184            9          19           1
 185           10          16           1
 186           11          10           1
 187           12          10           2
 188           13          20           1
 189           14          12           1
 190           15          12           1
 191           16          10           1
 192           17          18           2
 193           18          20           2
 194           19          20           2
 195           20          20           1
 196           21          12           0
 197  ns=           0  iss:
 198 Boundaries in phi angle sampling:
 199 D      1    -180.0     180.0
 200 ASN    2    -180.0     180.0
 201 LEU    3    -180.0     180.0
 202 TYR    4    -180.0     180.0
 203 ILE    5    -180.0     180.0
 204 GLN    6    -180.0     180.0
 205 TRP    7    -180.0     180.0
 206 LEU    8    -180.0     180.0
 207 LYS    9    -180.0     180.0
 208 ASP   10    -180.0     180.0
 209 GLY   11    -180.0     180.0
 210 GLY   12    -180.0     180.0
 211 PRO   13    -180.0     180.0
 212 SER   14    -180.0     180.0
 213 SER   15    -180.0     180.0
 214 GLY   16    -180.0     180.0
 215 ARG   17    -180.0     180.0
 216 PRO   18    -180.0     180.0
 217 PRO   19    -180.0     180.0
 218 PRO   20    -180.0     180.0
 219 SER   21    -180.0     180.0
 220 D     22    -180.0     180.0
 221 nsup= 20
 222  nsup=          20  nstart_sup=           2  nstart_seq=           2
 223  NZ_START=           2  NZ_END=          21
 224  IZ_SC=           0
 225  Contact order:  0.308441558441558
 226  Shifting contacts:           2           2
 227            1  ILE            5  ASN            2
 228            2  TRP            7  TYR            4
 229            3  LEU            8  TYR            4
 230            4  LEU            8  ILE            5
 231            5  LYS            9  GLN            6
 232            6  GLY           12  TRP            7
 233            7  GLY           12  LEU            8
 234            8  SER           14  GLY           11
 235            9  SER           15  ASP           10
 236           10  SER           15  GLY           11
 237           11  PRO           19  TRP            7
 238           12  PRO           20  LEU            3
 239           13  PRO           20  TYR            4
 240           14  PRO           20  TRP            7
 241
 242 Geometry of the virtual chain.
 243   Res           d     Theta     Gamma       Dsc     Alpha      Beta
 244 D     1     0.000     0.000     0.000     0.000     0.000     0.000
 245 ASN   2     3.861     0.000     0.000     1.977    94.624  -178.093
 246 LEU   3     3.876    92.239     0.000     2.195   102.878   -79.236
 247 TYR   4     3.861    92.239  -180.000     3.330   163.195    -7.440
 248 ILE   5     3.871    90.357    45.849     1.692   144.011  -104.516
 249 GLN   6     3.846    89.090    55.194     2.338   170.986  -139.318
 250 TRP   7     3.867    88.657    49.396     3.617   123.650   -21.913
 251 LEU   8     3.859    93.032    48.298     2.105   151.723  -105.899
 252 LYS   9     3.882    94.826    46.843     2.997   106.974   -55.960
 253 ASP  10     3.861    87.966    59.623     1.991   153.447  -128.646
 254 GLY  11     3.891    89.908    56.679     0.000     0.000     0.000
 255 GLY  12     3.864   100.181   -87.304     0.000     0.000     0.000
 256 PRO  13     3.886   109.073  -127.499     1.402   101.771  -115.580
 257 SER  14     3.876    89.537     4.261     1.267   144.515  -129.218
 258 SER  15     3.875    91.815    66.108     1.262   161.047  -100.177
 259 GLY  16     3.866   101.784    70.140     0.000     0.000     0.000
 260 ARG  17     3.866    92.201  -108.949     3.411   139.846  -132.716
 261 PRO  18     3.878   133.225   103.824     1.397   115.610  -118.024
 262 PRO  19     3.860   121.502  -122.527     1.395   118.575  -122.417
 263 PRO  20     3.858   117.950   -90.285     1.396   118.959  -126.207
 264 SER  21     3.864   114.201  -108.328     0.708   128.925   -37.341
 265 D    22     3.858   114.201   180.000     0.000     0.000     0.000
 266
 267
 268 ********************************************************************************
 269                     Processor   0: end reading molecular data.
 270 ********************************************************************************
 271
 272
 273 Mesoscopic molecular dynamics (MD) calculation.
 274
 275 ********************************************************************************
 276
 277  Calling chainbuild
 278 ====================MD calculation start====================
 279  Initial velocities randomly generated
 280  Initial velocities
 281   0   0.02267   0.06282  -0.18129      0.00000   0.00000   0.00000
 282   1   0.00000   0.00000   0.00000      0.00000   0.00000   0.00000
 283   2  -0.36014  -0.22705  -0.00171     -0.06904  -0.02446   0.24778
 284   3   0.27655   0.20645   0.14150      0.26200   0.15105   0.09342
 285   4   0.10834  -0.11941   0.14712      0.10330  -0.09595   0.03277
 286   5   0.05798  -0.08974   0.08325      0.03879   0.02648  -0.14707
 287   6   0.01211   0.16444  -0.14711     -0.01628   0.11599  -0.16511
 288   7  -0.01010  -0.05513   0.03662     -0.18958   0.06429   0.04531
 289   8  -0.01799   0.13439  -0.04510      0.02318   0.10657   0.03722
 290   9  -0.26458  -0.01929   0.09531     -0.22533  -0.17075  -0.04594
 291  10   0.14062  -0.06051  -0.18363      0.20415  -0.15549  -0.17329
 292  11  -0.14145   0.13159  -0.00733      0.00000   0.00000   0.00000
 293  12   0.19745  -0.24261   0.01759      0.00000   0.00000   0.00000
 294  13  -0.15305   0.28008   0.07251      0.06558   0.14824   0.10057
 295  14   0.11104  -0.31941   0.15684     -0.02949  -0.09688   0.05398
 296  15   0.14534   0.10342  -0.23754     -0.13923   0.07952   0.07655
 297  16  -0.11969   0.14757   0.15002      0.00000   0.00000   0.00000
 298  17  -0.09007  -0.15856  -0.20234     -0.07955  -0.08516  -0.10245
 299  18   0.24139   0.09063   0.14043     -0.02074   0.10220   0.04907
 300  19  -0.14354  -0.07226  -0.29143     -0.12408  -0.06855  -0.02978
 301  20   0.28536   0.09023   0.56577      0.02348   0.16297   0.19270
 302  21   0.00000   0.00000   0.00000     -0.13725  -0.06434  -0.21957
 303  22   0.00000   0.00000   0.00000      0.00000   0.00000   0.00000
 304  Calling the zero-angular  momentum subroutine
 305  vcm right after adjustment:
 306   4.226504204090251E-017 -1.020894735287500E-018 -4.083578941150001E-019
 307
 308
 309               alpha-carbon coordinates            centroid coordinates
 310              X           Y           Z          X           Y           Z
 311 D  (  1)     0.00000     0.00000     0.00000     0.00000     0.00000     0.00000
 312 ASN(  2)     3.86050     0.00000     0.00000     2.55159     1.47985     0.06557
 313 LEU(  3)     4.01193    -3.87344     0.00000     3.96088    -4.50305    -2.10206
 314 TYR(  4)     7.87243    -3.87344     0.00000    10.79652    -4.89021    -1.22632
 315 ILE(  5)     7.89655    -1.17680     2.77774     7.76075     0.44675     2.31935
 316 GLN(  6)     5.70141    -3.47509     4.94285     3.60888    -3.02771     5.88565
 317 TRP(  7)     8.16996    -6.36206     4.22016    10.77228    -8.29798     2.61912
 318 LEU(  8)    11.25658    -4.20989     5.07405    12.42370    -3.38205     3.52958
 319 LYS(  9)     9.76612    -2.79308     8.36640     6.86736    -2.82804     9.12493
 320 ASP( 10)     9.49962    -6.42561     9.64741     7.69328    -7.25489     9.53489
 321 GLY( 11)    13.31647    -6.90493     9.06335    13.31647    -6.90493     9.06335
 322 GLY( 12)    13.30671    -8.01769     5.36352    13.30671    -8.01769     5.36352
 323 PRO( 13)    15.31165   -11.32992     5.02827    16.17763   -10.48298     4.32295
 324 SER( 14)    15.75414   -11.41497     8.87760    16.77305   -10.71800     9.16233
 325 SER( 15)    11.95328   -11.92981     9.42670    11.12717   -10.97987     9.51528
 326 GLY( 16)    11.45094   -15.53878     8.13618    11.45094   -15.53878     8.13618
 327 ARG( 17)     9.54906   -14.31220     5.00147     7.79760   -12.40573     7.22288
 328 PRO( 18)    10.53690   -13.94710     1.26956     9.62009   -14.99504     1.15440
 329 PRO( 19)    10.30439   -10.55356    -0.55592    11.52337   -10.99526    -1.06954
 330 PRO( 20)     6.99735    -9.68439    -2.34313     7.03150    -8.66136    -1.39345
 331 SER( 21)     7.20688    -9.78655    -6.20031     7.28380   -10.16020    -6.79638
 332 D  ( 22)     3.89984    -8.91739    -7.98752     3.89984    -8.91739    -7.98752
 333
 334 Geometry of the virtual chain.
 335   Res           d     Theta     Gamma       Dsc     Alpha      Beta
 336 D     1     0.000     0.000     0.000     0.000     0.000     0.000
 337 ASN   2     3.861     0.000     0.000     1.977    94.624  -178.093
 338 LEU   3     3.876    92.239     0.000     2.195   102.878   -79.236
 339 TYR   4     3.861    92.239  -180.000     3.330   163.195    -7.440
 340 ILE   5     3.871    90.357    45.849     1.692   144.011  -104.516
 341 GLN   6     3.846    89.090    55.194     2.338   170.986  -139.318
 342 TRP   7     3.867    88.657    49.396     3.617   123.650   -21.913
 343 LEU   8     3.859    93.032    48.298     2.105   151.723  -105.899
 344 LYS   9     3.882    94.826    46.843     2.997   106.974   -55.960
 345 ASP  10     3.861    87.966    59.623     1.991   153.447  -128.646
 346 GLY  11     3.891    89.908    56.679     0.000   180.000   180.000
 347 GLY  12     3.864   100.181   -87.304     0.000   180.000   180.000
 348 PRO  13     3.886   109.073  -127.499     1.402   101.771  -115.580
 349 SER  14     3.876    89.537     4.261     1.267   144.515  -129.218
 350 SER  15     3.875    91.815    66.108     1.262   161.047  -100.177
 351 GLY  16     3.866   101.784    70.140     0.000   180.000   180.000
 352 ARG  17     3.866    92.201  -108.949     3.411   139.846  -132.716
 353 PRO  18     3.878   133.225   103.824     1.397   115.610  -118.024
 354 PRO  19     3.860   121.502  -122.527     1.395   118.575  -122.417
 355 PRO  20     3.858   117.950   -90.285     1.396   118.959  -126.207
 356 SER  21     3.864   114.201  -108.328     0.708   128.925   -37.341
 357 D    22     3.858   114.201   180.000     0.000   180.000   180.000
 358  Potential energy and its components
 359
 360 Virtual-chain energies:
 361
 362 EVDW=     -1.475487E+01 WEIGHT=    1.352790D+00 (SC-SC)
 363 EVDW2=     4.471415E+01 WEIGHT=    1.593040D+00 (SC-p)
 364 EES=      -9.165378E+01 WEIGHT=    7.153400D-01 (p-p)
 365 EVDWPP=   -3.362882E+01 WEIGHT=    1.137100D-01 (p-p VDW)
 366 ESTR=      6.750243E+02 WEIGHT=    1.000000D+00 (stretching)
 367 EBE=      -3.261471E+01 WEIGHT=    1.138730D+00 (bending)
 368 ESC=       5.789477E+01 WEIGHT=    1.625800D-01 (SC local)
 369 ETORS=     1.479510E+01 WEIGHT=    1.985990D+00 (torsional)
 370 ETORSD=    1.006444E+00 WEIGHT=    1.570690D+00 (double torsional)
 371 EHPB=      0.000000E+00 WEIGHT=    1.000000D+00 (SS bridges & dist. cnstr.)
 372 ECORR4=   -6.528803E+01 WEIGHT=    4.288700D-01 (multi-body)
 373 ECORR5=    0.000000E+00 WEIGHT=    0.000000D+00 (multi-body)
 374 ECORR6=    0.000000E+00 WEIGHT=    0.000000D+00 (multi-body)
 375 EELLO=    -4.012900E+00 WEIGHT=    1.603600D-01 (electrostatic-local)
 376 ETURN3=    1.829789E+01 WEIGHT=    1.687220D+00 (turns, 3rd order)
 377 ETURN4=    6.580750E-01 WEIGHT=    6.623000D-01 (turns, 4th order)
 378 ETURN6=    0.000000E+00 WEIGHT=    0.000000D+00 (turns, 6th order)
 379 ESCCOR=    0.000000E+00 WEIGHT=    0.000000D+00 (backbone-rotamer corr)
 380 EDIHC=     0.000000E+00 (dihedral angle constraints)
 381 ESS=       0.000000E+00 (disulfide-bridge intrinsic energy)
 382 UCONST=     0.000000E+00 (Constraint energy)
 383 ETOT=      6.628097E+02 (total)
 384
 385 Initial:
 386            Kinetic energy   3.07644E+01
 387          potential energy   6.62810E+02
 388              total energy   6.93574E+02
 389
 390     maximum acceleration    8.66045E+00
 391
 392
 393
 394 ===================================  Timing  ===================================
 395
 396                   MD calculations setup:    1.17188E-02
 397            Energy & gradient evaluation:    2.48965E+02
 398                     Stochastic MD setup:    0.00000E+00
 399                Stochastic MD step setup:    0.00000E+00
 400                                MD steps:    2.76316E+02
 401
 402
 403 ============================  End of MD calculation  ===========================
 404 CG processor   0 is finishing work.
 405  Total wall clock time   278.832031250000       sec