New examples based on current version of UNRES.
[unres.git] / examples / unres / new / microcanonical / RESPA / ff_1l2y / 1L2Y_micro.out_GB000
1 --------------------------------------------------------------------------------
2                               FILE ASSIGNMENT
3 --------------------------------------------------------------------------------
4  Input file                      : 1L2Y_micro.inp
5  Output file                     : 1L2Y_micro.out_GB000
6  
7  Sidechain potential file        : 
8  /users/pk376/unres-git/unres/PARAM/scinter_GB.parm
9  SCp potential file              : /users/pk376/unres-git/unres/PARAM/scp.parm
10  Electrostatic potential file    : 
11  /users/pk376/unres-git/unres/PARAM/electr_631Gdp.parm
12  Cumulant coefficient file       : 
13  /users/pk376/unres-git/unres/PARAM/fourier_opt.parm.1igd_hc_iter3_3
14  Torsional parameter file        : 
15  /users/pk376/unres-git/unres/PARAM/torsion_631Gdp.parm
16  Double torsional parameter file : 
17  /users/pk376/unres-git/unres/PARAM/torsion_double_631Gdp.parm
18  SCCOR parameter file : /users/pk376/unres-git/unres/PARAM/sccor_pdb_shelly.dat
19  Bond & inertia constant file    : 
20  /users/pk376/unres-git/unres/PARAM/bond_AM1.parm
21  Bending parameter file          : 
22  /users/pk376/unres-git/unres/PARAM/theta_abinitio.parm
23  Rotamer parameter file          : 
24  /users/pk376/unres-git/unres/PARAM/rotamers_AM1_aura.10022007.parm
25  Threading database              : 
26  /users/pk376/unres-git/unres/PARAM/patterns.cart
27 --------------------------------------------------------------------------------
28 ********************************************************************************
29 United-residue force field calculation - parallel job.
30 ********************************************************************************
31  ### LAST MODIFIED  03/28/12 23:29 by czarek
32  ++++ Compile info ++++
33  Version 2.5 build 303
34  compiled Mon Jul 23 17:44:56 2012
35  compiled by jal47@matrix.chem.cornell.edu
36  OS name:    Linux 
37  OS release: 2.6.34.9-69.fc13.x86_64 
38  OS version: #1 SMP Tue May 3 09:23:03 UTC 2011 
39  flags:
40  INSTALL_DIR = /users/software/mpich-1.2.7p1_int...
41  FC= ifort
42  OPT =  -g -ip -w -CB 
43  FFLAGS = -c ${OPT} -I$(INSTALL_DIR)/include 
44  FFLAGS1 = -c -w -g -d2 -CA -CB -I$(INSTALL_DIR)...
45  FFLAGS2 = -c -w -g -O0 -I$(INSTALL_DIR)/include  
46  FFLAGSE = -c -w -O3 -ipo -ipo_obj  -opt_report ...
47  LIBS = -L$(INSTALL_DIR)/lib -lmpich xdrf/libxdr...
48  ARCH = LINUX
49  PP = /lib/cpp -P
50  object = unres.o arcos.o cartprint.o chainbuild...
51  GAB: CPPFLAGS = -DPROCOR -DLINUX -DPGI -DUNRES ...
52  GAB: BIN = ../../../bin/unres/MD/unres_ifort_MP...
53  E0LL2Y: CPPFLAGS = -DPROCOR -DLINUX -DPGI -DUNR...
54  E0LL2Y: BIN = ../../../bin/unres/MD/unres_ifort...
55  ++++ End of compile info ++++
56  Start reading THETA_PDB
57  End reading THETA_PDB
58
59 Potential is GB , exponents are   6 12
60
61 Disulfide bridge parameters:
62 S-S bridge energy:      -5.50
63 d0cm:      3.78 akcm:     15.10
64 akth:     11.00 akct:     12.00
65 v1ss:     -1.08 v2ss:      7.61 v3ss:     13.70
66  MPI: node=            0  iseed(4)=            0           0         -46
67       -45086
68  ran_num  6.422640197456531E-013
69 RMSDBC =        3.0
70 RMSDBC1 =        0.5
71 RMSDBC1MAX =        1.5
72 DRMS    =        0.1
73 RMSDBCM =        3.0
74 Time limit (min):     960.0
75  RESCALE_MODE           2
76 Library  routine used to diagonalize matrices.
77  
78 =========================== Parameters of the MD run ===========================
79  
80 The units are:
81 positions: angstrom, time: 48.9 fs
82 velocity: angstrom/(48.9 fs), acceleration: angstrom/(48.9 fs)**2
83 energy: kcal/mol, temperature: K
84  
85                                        Number of time steps:   1000000
86                  Initial time step of numerical integration:   0.01000 natural units
87                                                                0.48900 fs
88 A-MTS algorithm used; initial time step for fast-varying short-range forces split into   1 steps.
89 Short-range force cutoff 2.00 lambda 0.30
90 Maximum acceleration threshold to reduce the time step/increase split number:  20.00000
91 Maximum predicted energy drift to reduce the timestep/increase split number:  10.00000
92             Maximum velocity threshold to reduce velocities:  20.00000
93                                Frequency of property output:     10000
94                              Frequency of coordinate output:     10000
95 Microcanonical mode calculation
96
97 ============================== End of MD run setup =============================
98
99
100 Energy-term weights (unscaled):
101
102 WSCC=     1.000000 (SC-SC)
103 WSCP=     1.233150 (SC-p)
104 WELEC=    0.844760 (p-p electr)
105 WVDWPP=   0.231730 (p-p VDW)
106 WBOND=    1.000000 (stretching)
107 WANG=     0.629540 (bending)
108 WSCLOC=   0.105540 (SC local)
109 WTOR=     1.843160 (torsional)
110 WTORD=    1.265710 (double torsional)
111 WSTRAIN=  1.000000 (SS bridges & dist. cnstr.)
112 WEL_LOC=  0.373570 (multi-body 3-rd order)
113 WCORR4=   0.192120 (multi-body 4th order)
114 WCORR5=   0.000000 (multi-body 5th order)
115 WCORR6=   0.000000 (multi-body 6th order)
116 WSCCOR=   0.000000 (back-scloc correlation)
117 WTURN3=   1.403230 (turns, 3rd order)
118 WTURN4=   0.646730 (turns, 4th order)
119 WTURN6=   0.000000 (turns, 6th order)
120
121 Hydrogen-bonding correlation between contact pairs of peptide groups
122
123 Scaling factor of 1,4 SC-p interactions:   0.400
124 General scaling factor of SC-p interactions:   1.000
125
126 Energy-term weights (scaled):
127
128 WSCC=     1.000000 (SC-SC)
129 WSCP=     1.233150 (SC-p)
130 WELEC=    0.844760 (p-p electr)
131 WVDWPP=   0.231730 (p-p VDW)
132 WBOND=    1.000000 (stretching)
133 WANG=     0.629540 (bending)
134 WSCLOC=   0.105540 (SC local)
135 WTOR=     1.843160 (torsional)
136 WTORD=    1.265710 (double torsional)
137 WSTRAIN=  1.000000 (SS bridges & dist. cnstr.)
138 WEL_LOC=  0.373570 (multi-body 3-rd order)
139 WCORR4=   0.192120 (multi-body 4th order)
140 WCORR5=   0.000000 (multi-body 5th order)
141 WCORR6=   0.000000 (multi-body 6th order)
142 WSCCOR=   0.000000 (back-scloc correlatkion)
143 WTURN3=   1.403230 (turns, 3rd order)
144 WTURN4=   0.646730 (turns, 4th order)
145 WTURN6=   0.000000 (turns, 6th order)
146  Reference temperature for weights calculation:   300.000000000000     
147  Parameters of the SS-bond potential:
148  D0CM   3.78000000000000       AKCM   15.1000000000000       AKTH
149    11.0000000000000       AKCT   12.0000000000000     
150  V1SS  -1.08000000000000       V2SS   7.61000000000000       V3SS
151    13.7000000000000     
152  EBR  -5.50000000000000     
153 PDB data will be read from file ../../../1L2Y.pdb
154  Nres:    21
155 Backbone and SC coordinates as read from the PDB
156   1 21  D    -9.841   4.399  -5.051       -9.841   4.399  -5.051
157   2 14  ASN  -8.608   3.135  -1.618      -10.407   3.153  -2.437
158   3  5  LEU  -4.923   4.002  -2.452       -4.618   6.091  -1.850
159   4  8  TYR  -3.690   2.738   0.981       -1.959   3.143   3.797
160   5  4  ILE  -5.857  -0.449   0.613       -7.484  -0.369   1.074
161   6 13  GLN  -4.122  -1.167  -2.743       -5.089  -1.450  -4.853
162   7  7  TRP  -0.716  -0.631  -0.993        1.727   0.440   1.450
163   8  5  LEU  -1.641  -2.932   1.963       -2.244  -2.097   3.799
164   9 19  LYS  -3.024  -5.791  -0.269       -3.820  -5.527  -3.146
165  10 16  ASP   0.466  -6.016  -1.905        0.653  -5.125  -3.676
166  11 10  GLY   2.060  -6.618   1.593        2.060  -6.618   1.593
167  12 10  GLY   2.626  -2.967   2.723        2.626  -2.967   2.723
168  13 20  PRO   6.333  -2.533   3.806        5.724  -2.372   5.058
169  14 12  SER   7.049  -6.179   2.704        6.757  -6.938   3.675
170  15 12  SER   6.389  -5.315  -1.015        5.245  -5.350  -1.546
171  16 10  GLY   9.451  -3.116  -1.870        9.451  -3.116  -1.870
172  17 18  ARG   7.289   0.084  -2.054        5.225  -1.826  -3.986
173  18 20  PRO   6.782   3.088   0.345        7.458   3.741  -0.688
174  19 20  PRO   3.287   4.031   1.686        4.025   4.206   2.856
175  20 20  PRO   1.185   6.543  -0.353        0.358   5.421  -0.430
176  21 12  SER   0.852  10.027   1.285        1.151  10.636   1.488
177  22 21  D    -1.250  12.539  -0.754       -1.250  12.539  -0.754
178 nsup= 20 nstart_sup=  2
179  ITEL
180            1          21           0
181            2          14           1
182            3           5           1
183            4           8           1
184            5           4           1
185            6          13           1
186            7           7           1
187            8           5           1
188            9          19           1
189           10          16           1
190           11          10           1
191           12          10           2
192           13          20           1
193           14          12           1
194           15          12           1
195           16          10           1
196           17          18           2
197           18          20           2
198           19          20           2
199           20          20           1
200           21          12           0
201  ns=           0  iss:
202 Boundaries in phi angle sampling:
203 D      1    -180.0     180.0
204 ASN    2    -180.0     180.0
205 LEU    3    -180.0     180.0
206 TYR    4    -180.0     180.0
207 ILE    5    -180.0     180.0
208 GLN    6    -180.0     180.0
209 TRP    7    -180.0     180.0
210 LEU    8    -180.0     180.0
211 LYS    9    -180.0     180.0
212 ASP   10    -180.0     180.0
213 GLY   11    -180.0     180.0
214 GLY   12    -180.0     180.0
215 PRO   13    -180.0     180.0
216 SER   14    -180.0     180.0
217 SER   15    -180.0     180.0
218 GLY   16    -180.0     180.0
219 ARG   17    -180.0     180.0
220 PRO   18    -180.0     180.0
221 PRO   19    -180.0     180.0
222 PRO   20    -180.0     180.0
223 SER   21    -180.0     180.0
224 D     22    -180.0     180.0
225 nsup= 20
226  nsup=          20  nstart_sup=           2  nstart_seq=           2
227  NZ_START=           2  NZ_END=          21
228  IZ_SC=           0
229  Contact order:  0.308441558441558     
230  Shifting contacts:           2           2
231            1  ILE            5  ASN            2
232            2  TRP            7  TYR            4
233            3  LEU            8  TYR            4
234            4  LEU            8  ILE            5
235            5  LYS            9  GLN            6
236            6  GLY           12  TRP            7
237            7  GLY           12  LEU            8
238            8  SER           14  GLY           11
239            9  SER           15  ASP           10
240           10  SER           15  GLY           11
241           11  PRO           19  TRP            7
242           12  PRO           20  LEU            3
243           13  PRO           20  TYR            4
244           14  PRO           20  TRP            7
245
246 Geometry of the virtual chain.
247   Res           d     Theta     Gamma       Dsc     Alpha      Beta 
248 D     1     0.000     0.000     0.000     0.000     0.000     0.000
249 ASN   2     3.861     0.000     0.000     1.977    94.624  -178.093
250 LEU   3     3.876    92.239     0.000     2.195   102.878   -79.236
251 TYR   4     3.861    92.239  -180.000     3.330   163.195    -7.440
252 ILE   5     3.871    90.357    45.849     1.692   144.011  -104.516
253 GLN   6     3.846    89.090    55.194     2.338   170.986  -139.318
254 TRP   7     3.867    88.657    49.396     3.617   123.650   -21.913
255 LEU   8     3.859    93.032    48.298     2.105   151.723  -105.899
256 LYS   9     3.882    94.826    46.843     2.997   106.974   -55.960
257 ASP  10     3.861    87.966    59.623     1.991   153.447  -128.646
258 GLY  11     3.891    89.908    56.679     0.000     0.000     0.000
259 GLY  12     3.864   100.181   -87.304     0.000     0.000     0.000
260 PRO  13     3.886   109.073  -127.499     1.402   101.771  -115.580
261 SER  14     3.876    89.537     4.261     1.267   144.515  -129.218
262 SER  15     3.875    91.815    66.108     1.262   161.047  -100.177
263 GLY  16     3.866   101.784    70.140     0.000     0.000     0.000
264 ARG  17     3.866    92.201  -108.949     3.411   139.846  -132.716
265 PRO  18     3.878   133.225   103.824     1.397   115.610  -118.024
266 PRO  19     3.860   121.502  -122.527     1.395   118.575  -122.417
267 PRO  20     3.858   117.950   -90.285     1.396   118.959  -126.207
268 SER  21     3.864   114.201  -108.328     0.708   128.925   -37.341
269 D    22     3.858   114.201   180.000     0.000     0.000     0.000
270
271
272 ********************************************************************************
273                     Processor   0: end reading molecular data.
274 ********************************************************************************
275
276
277 Mesoscopic molecular dynamics (MD) calculation.
278
279 ********************************************************************************
280
281  Calling chainbuild
282 ====================MD calculation start====================
283  Initial velocities randomly generated
284  Initial velocities
285   0   0.02267   0.06282  -0.18129      0.00000   0.00000   0.00000
286   1   0.00000   0.00000   0.00000      0.00000   0.00000   0.00000
287   2  -0.36014  -0.22705  -0.00171     -0.06904  -0.02446   0.24778
288   3   0.27655   0.20645   0.14150      0.26200   0.15105   0.09342
289   4   0.10834  -0.11941   0.14712      0.10330  -0.09595   0.03277
290   5   0.05798  -0.08974   0.08325      0.03879   0.02648  -0.14707
291   6   0.01211   0.16444  -0.14711     -0.01628   0.11599  -0.16511
292   7  -0.01010  -0.05513   0.03662     -0.18958   0.06429   0.04531
293   8  -0.01799   0.13439  -0.04510      0.02318   0.10657   0.03722
294   9  -0.26458  -0.01929   0.09531     -0.22533  -0.17075  -0.04594
295  10   0.14062  -0.06051  -0.18363      0.20415  -0.15549  -0.17329
296  11  -0.14145   0.13159  -0.00733      0.00000   0.00000   0.00000
297  12   0.19745  -0.24261   0.01759      0.00000   0.00000   0.00000
298  13  -0.15305   0.28008   0.07251      0.06558   0.14824   0.10057
299  14   0.11104  -0.31941   0.15684     -0.02949  -0.09688   0.05398
300  15   0.14534   0.10342  -0.23754     -0.13923   0.07952   0.07655
301  16  -0.11969   0.14757   0.15002      0.00000   0.00000   0.00000
302  17  -0.09007  -0.15856  -0.20234     -0.07955  -0.08516  -0.10245
303  18   0.24139   0.09063   0.14043     -0.02074   0.10220   0.04907
304  19  -0.14354  -0.07226  -0.29143     -0.12408  -0.06855  -0.02978
305  20   0.28536   0.09023   0.56577      0.02348   0.16297   0.19270
306  21   0.00000   0.00000   0.00000     -0.13725  -0.06434  -0.21957
307  22   0.00000   0.00000   0.00000      0.00000   0.00000   0.00000
308  Calling the zero-angular  momentum subroutine
309  vcm right after adjustment:
310   4.226504204090251E-017 -1.020894735287500E-018 -4.083578941150001E-019
311
312
313               alpha-carbon coordinates            centroid coordinates
314              X           Y           Z          X           Y           Z
315 D  (  1)     0.00000     0.00000     0.00000     0.00000     0.00000     0.00000
316 ASN(  2)     3.86050     0.00000     0.00000     2.55159     1.47985     0.06557
317 LEU(  3)     4.01193    -3.87344     0.00000     3.96088    -4.50305    -2.10206
318 TYR(  4)     7.87243    -3.87344     0.00000    10.79652    -4.89021    -1.22632
319 ILE(  5)     7.89655    -1.17680     2.77774     7.76075     0.44675     2.31935
320 GLN(  6)     5.70141    -3.47509     4.94285     3.60888    -3.02771     5.88565
321 TRP(  7)     8.16996    -6.36206     4.22016    10.77228    -8.29798     2.61912
322 LEU(  8)    11.25658    -4.20989     5.07405    12.42370    -3.38205     3.52958
323 LYS(  9)     9.76612    -2.79308     8.36640     6.86736    -2.82804     9.12493
324 ASP( 10)     9.49962    -6.42561     9.64741     7.69328    -7.25489     9.53489
325 GLY( 11)    13.31647    -6.90493     9.06335    13.31647    -6.90493     9.06335
326 GLY( 12)    13.30671    -8.01769     5.36352    13.30671    -8.01769     5.36352
327 PRO( 13)    15.31165   -11.32992     5.02827    16.17763   -10.48298     4.32295
328 SER( 14)    15.75414   -11.41497     8.87760    16.77305   -10.71800     9.16233
329 SER( 15)    11.95328   -11.92981     9.42670    11.12717   -10.97987     9.51528
330 GLY( 16)    11.45094   -15.53878     8.13618    11.45094   -15.53878     8.13618
331 ARG( 17)     9.54906   -14.31220     5.00147     7.79760   -12.40573     7.22288
332 PRO( 18)    10.53690   -13.94710     1.26956     9.62009   -14.99504     1.15440
333 PRO( 19)    10.30439   -10.55356    -0.55592    11.52337   -10.99526    -1.06954
334 PRO( 20)     6.99735    -9.68439    -2.34313     7.03150    -8.66136    -1.39345
335 SER( 21)     7.20688    -9.78655    -6.20031     7.28380   -10.16020    -6.79638
336 D  ( 22)     3.89984    -8.91739    -7.98752     3.89984    -8.91739    -7.98752
337
338 Geometry of the virtual chain.
339   Res           d     Theta     Gamma       Dsc     Alpha      Beta 
340 D     1     0.000     0.000     0.000     0.000     0.000     0.000
341 ASN   2     3.861     0.000     0.000     1.977    94.624  -178.093
342 LEU   3     3.876    92.239     0.000     2.195   102.878   -79.236
343 TYR   4     3.861    92.239  -180.000     3.330   163.195    -7.440
344 ILE   5     3.871    90.357    45.849     1.692   144.011  -104.516
345 GLN   6     3.846    89.090    55.194     2.338   170.986  -139.318
346 TRP   7     3.867    88.657    49.396     3.617   123.650   -21.913
347 LEU   8     3.859    93.032    48.298     2.105   151.723  -105.899
348 LYS   9     3.882    94.826    46.843     2.997   106.974   -55.960
349 ASP  10     3.861    87.966    59.623     1.991   153.447  -128.646
350 GLY  11     3.891    89.908    56.679     0.000   180.000   180.000
351 GLY  12     3.864   100.181   -87.304     0.000   180.000   180.000
352 PRO  13     3.886   109.073  -127.499     1.402   101.771  -115.580
353 SER  14     3.876    89.537     4.261     1.267   144.515  -129.218
354 SER  15     3.875    91.815    66.108     1.262   161.047  -100.177
355 GLY  16     3.866   101.784    70.140     0.000   180.000   180.000
356 ARG  17     3.866    92.201  -108.949     3.411   139.846  -132.716
357 PRO  18     3.878   133.225   103.824     1.397   115.610  -118.024
358 PRO  19     3.860   121.502  -122.527     1.395   118.575  -122.417
359 PRO  20     3.858   117.950   -90.285     1.396   118.959  -126.207
360 SER  21     3.864   114.201  -108.328     0.708   128.925   -37.341
361 D    22     3.858   114.201   180.000     0.000   180.000   180.000
362  Potential energy and its components
363
364 Virtual-chain energies:
365
366 EVDW=     -1.798849E+01 WEIGHT=    1.000000D+00 (SC-SC)
367 EVDW2=     4.471415E+01 WEIGHT=    1.233150D+00 (SC-p)
368 EES=      -9.165378E+01 WEIGHT=    8.447600D-01 (p-p)
369 EVDWPP=   -3.362882E+01 WEIGHT=    2.317300D-01 (p-p VDW)
370 ESTR=      5.659036E+01 WEIGHT=    1.000000D+00 (stretching)
371 EBE=      -5.669935E+00 WEIGHT=    6.295400D-01 (bending)
372 ESC=       1.734458E+02 WEIGHT=    1.055400D-01 (SC local)
373 ETORS=     1.479510E+01 WEIGHT=    1.843160D+00 (torsional)
374 ETORSD=    1.006444E+00 WEIGHT=    1.265710D+00 (double torsional)
375 EHPB=      0.000000E+00 WEIGHT=    1.000000D+00 (SS bridges & dist. cnstr.)
376 ECORR4=   -6.528803E+01 WEIGHT=    1.921200D-01 (multi-body)
377 ECORR5=    0.000000E+00 WEIGHT=    0.000000D+00 (multi-body)
378 ECORR6=    0.000000E+00 WEIGHT=    0.000000D+00 (multi-body)
379 EELLO=    -4.012900E+00 WEIGHT=    3.735700D-01 (electrostatic-local)
380 ETURN3=    1.829789E+01 WEIGHT=    1.403230D+00 (turns, 3rd order)
381 ETURN4=    6.580750E-01 WEIGHT=    6.467300D-01 (turns, 4th order)
382 ETURN6=    0.000000E+00 WEIGHT=    0.000000D+00 (turns, 6th order)
383 ESCCOR=    0.000000E+00 WEIGHT=    0.000000D+00 (backbone-rotamer corr)
384 EDIHC=     0.000000E+00 (dihedral angle constraints)
385 ESS=       0.000000E+00 (disulfide-bridge intrinsic energy)
386 UCONST=     0.000000E+00 (Constraint energy)
387 ETOT=      6.386200E+01 (total)
388
389 Initial:
390            Kinetic energy   3.07644E+01
391          potential energy   6.38620E+01
392              total energy   9.46264E+01
393
394     maximum acceleration    1.97191E+00
395
396  acceleration/energy drift too large   24.8795828613454     
397   0.393622871058234       split increased to            2  itime       49077 
398   itsplit           1
399
400
401 ===================================  Timing  ===================================
402
403                   MD calculations setup:    3.90625E-03
404            Energy & gradient evaluation:    3.56734E+02
405                     Stochastic MD setup:    0.00000E+00
406                Stochastic MD step setup:    0.00000E+00
407                                MD steps:    3.91938E+02
408
409
410 ============================  End of MD calculation  ===========================
411 CG processor   0 is finishing work.
412  Total wall clock time   401.093750000000       sec