examples/unres/new/REMD/with_constrains/Berendsen/ff_1l2y/1L2Y_REMD.out_GB000

   1 --------------------------------------------------------------------------------
   2                               FILE ASSIGNMENT
   3 --------------------------------------------------------------------------------
   4  Input file                      : 1L2Y_REMD.inp
   5  Output file                     : 1L2Y_REMD.out_GB000
   6
   7  Sidechain potential file        :
   8  /users/pk376/unres-git/unres/PARAM/scinter_GB.parm
   9  SCp potential file              : /users/pk376/unres-git/unres/PARAM/scp.parm
  10  Electrostatic potential file    :
  11  /users/pk376/unres-git/unres/PARAM/electr_631Gdp.parm
  12  Cumulant coefficient file       :
  13  /users/pk376/unres-git/unres/PARAM/fourier_opt.parm.1igd_hc_iter3_3
  14  Torsional parameter file        :
  15  /users/pk376/unres-git/unres/PARAM/torsion_631Gdp.parm
  16  Double torsional parameter file :
  17  /users/pk376/unres-git/unres/PARAM/torsion_double_631Gdp.parm
  18  SCCOR parameter file : /users/pk376/unres-git/unres/PARAM/sccor_pdb_shelly.dat
  19  Bond & inertia constant file    :
  20  /users/pk376/unres-git/unres/PARAM/bond_AM1.parm
  21  Bending parameter file          :
  22  /users/pk376/unres-git/unres/PARAM/theta_abinitio.parm
  23  Rotamer parameter file          :
  24  /users/pk376/unres-git/unres/PARAM/rotamers_AM1_aura.10022007.parm
  25  Threading database              :
  26  /users/pk376/unres-git/unres/PARAM/patterns.cart
  27 --------------------------------------------------------------------------------
  28 ********************************************************************************
  29 United-residue force field calculation - parallel job.
  30 ********************************************************************************
  31  ### LAST MODIFIED  03/28/12 23:29 by czarek
  32  ++++ Compile info ++++
  33  Version 2.5 build 303
  34  compiled Mon Jul 23 17:44:56 2012
  35  compiled by jal47@matrix.chem.cornell.edu
  36  OS name:    Linux
  37  OS release: 2.6.34.9-69.fc13.x86_64
  38  OS version: #1 SMP Tue May 3 09:23:03 UTC 2011
  39  flags:
  40  INSTALL_DIR = /users/software/mpich-1.2.7p1_int...
  41  FC= ifort
  42  OPT =  -g -ip -w -CB
  43  FFLAGS = -c ${OPT} -I$(INSTALL_DIR)/include
  44  FFLAGS1 = -c -w -g -d2 -CA -CB -I$(INSTALL_DIR)...
  45  FFLAGS2 = -c -w -g -O0 -I$(INSTALL_DIR)/include
  46  FFLAGSE = -c -w -O3 -ipo -ipo_obj  -opt_report ...
  47  LIBS = -L$(INSTALL_DIR)/lib -lmpich xdrf/libxdr...
  48  ARCH = LINUX
  49  PP = /lib/cpp -P
  50  object = unres.o arcos.o cartprint.o chainbuild...
  51  GAB: CPPFLAGS = -DPROCOR -DLINUX -DPGI -DUNRES ...
  52  GAB: BIN = ../../../bin/unres/MD/unres_ifort_MP...
  53  E0LL2Y: CPPFLAGS = -DPROCOR -DLINUX -DPGI -DUNR...
  54  E0LL2Y: BIN = ../../../bin/unres/MD/unres_ifort...
  55  ++++ End of compile info ++++
  56  Start reading THETA_PDB
  57  End reading THETA_PDB
  58
  59 Potential is GB , exponents are   6 12
  60
  61 Disulfide bridge parameters:
  62 S-S bridge energy:      -5.50
  63 d0cm:      3.78 akcm:     15.10
  64 akth:     11.00 akct:     12.00
  65 v1ss:     -1.08 v2ss:      7.61 v3ss:     13.70
  66  MPI: node=            0  iseed(4)=            0           0         -46
  67       -45086
  68  ran_num  6.422640197456531E-013
  69 RMSDBC =        3.0
  70 RMSDBC1 =        0.5
  71 RMSDBC1MAX =        1.5
  72 DRMS    =        0.1
  73 RMSDBCM =        3.0
  74 Time limit (min):     960.0
  75  RESCALE_MODE           2
  76 Library  routine used to diagonalize matrices.
  77
  78 =========================== Parameters of the MD run ===========================
  79
  80 The units are:
  81 positions: angstrom, time: 48.9 fs
  82 velocity: angstrom/(48.9 fs), acceleration: angstrom/(48.9 fs)**2
  83 energy: kcal/mol, temperature: K
  84
  85                                        Number of time steps:   1000000
  86                  Initial time step of numerical integration:   0.20000 natural units
  87                                                                9.78000 fs
  88 A-MTS algorithm used; initial time step for fast-varying short-range forces split into   1 steps.
  89 Short-range force cutoff 2.00 lambda 0.30
  90 Maximum acceleration threshold to reduce the time step/increase split number:  10.00000
  91 Maximum predicted energy drift to reduce the timestep/increase split number:  10.00000
  92             Maximum velocity threshold to reduce velocities:  20.00000
  93                                Frequency of property output:     10000
  94                              Frequency of coordinate output:     10000
  95 Berendsen bath calculation
  96                                                 Temperature: 300.00000
  97                                     Coupling constant (tau):   1.00000
  98 Momenta will be reset at zero every      1000 steps
  99 Velocities will be reset at random every     10000 steps
 100
 101 ============================== End of MD run setup =============================
 102
 103  REMD setup
 104  NREP=           16
 105  NSTEX=       100000
 106  SYNC=  T
 107  NSYN=       100000
 108  TRAJCACHE=            1
 109  tlist   250.000000000000        260.000000000000        270.000000000000
 110    280.000000000000        290.000000000000        300.000000000000
 111    310.000000000000        320.000000000000        330.000000000000
 112    340.000000000000        350.000000000000        360.000000000000
 113    370.000000000000        380.000000000000        390.000000000000
 114    400.000000000000
 115  mlist           1           1           1           1           1           1
 116            1           1           1           1           1           1
 117            1           1           1           1
 118  Total number of replicas           16
 119
 120 ============================== End of REMD run setup =============================
 121
 122
 123 Energy-term weights (unscaled):
 124
 125 WSCC=     1.000000 (SC-SC)
 126 WSCP=     1.233150 (SC-p)
 127 WELEC=    0.844760 (p-p electr)
 128 WVDWPP=   0.231730 (p-p VDW)
 129 WBOND=    1.000000 (stretching)
 130 WANG=     0.629540 (bending)
 131 WSCLOC=   0.105540 (SC local)
 132 WTOR=     1.843160 (torsional)
 133 WTORD=    1.265710 (double torsional)
 134 WSTRAIN=  1.000000 (SS bridges & dist. cnstr.)
 135 WEL_LOC=  0.373570 (multi-body 3-rd order)
 136 WCORR4=   0.192120 (multi-body 4th order)
 137 WCORR5=   0.000000 (multi-body 5th order)
 138 WCORR6=   0.000000 (multi-body 6th order)
 139 WSCCOR=   0.000000 (back-scloc correlation)
 140 WTURN3=   1.403230 (turns, 3rd order)
 141 WTURN4=   0.646730 (turns, 4th order)
 142 WTURN6=   0.000000 (turns, 6th order)
 143
 144 Hydrogen-bonding correlation between contact pairs of peptide groups
 145
 146 Scaling factor of 1,4 SC-p interactions:   0.400
 147 General scaling factor of SC-p interactions:   1.000
 148
 149 Energy-term weights (scaled):
 150
 151 WSCC=     1.000000 (SC-SC)
 152 WSCP=     1.233150 (SC-p)
 153 WELEC=    0.844760 (p-p electr)
 154 WVDWPP=   0.231730 (p-p VDW)
 155 WBOND=    1.000000 (stretching)
 156 WANG=     0.629540 (bending)
 157 WSCLOC=   0.105540 (SC local)
 158 WTOR=     1.843160 (torsional)
 159 WTORD=    1.265710 (double torsional)
 160 WSTRAIN=  1.000000 (SS bridges & dist. cnstr.)
 161 WEL_LOC=  0.373570 (multi-body 3-rd order)
 162 WCORR4=   0.192120 (multi-body 4th order)
 163 WCORR5=   0.000000 (multi-body 5th order)
 164 WCORR6=   0.000000 (multi-body 6th order)
 165 WSCCOR=   0.000000 (back-scloc correlatkion)
 166 WTURN3=   1.403230 (turns, 3rd order)
 167 WTURN4=   0.646730 (turns, 4th order)
 168 WTURN6=   0.000000 (turns, 6th order)
 169  Reference temperature for weights calculation:   300.000000000000
 170  Parameters of the SS-bond potential:
 171  D0CM   3.78000000000000       AKCM   15.1000000000000       AKTH
 172    11.0000000000000       AKCT   12.0000000000000
 173  V1SS  -1.08000000000000       V2SS   7.61000000000000       V3SS
 174    13.7000000000000
 175  EBR  -5.50000000000000
 176 PDB data will be read from file ../../../../1L2Y.pdb
 177  Nres:    21
 178 Backbone and SC coordinates as read from the PDB
 179   1 21  D    -9.841   4.399  -5.051       -9.841   4.399  -5.051
 180   2 14  ASN  -8.608   3.135  -1.618      -10.407   3.153  -2.437
 181   3  5  LEU  -4.923   4.002  -2.452       -4.618   6.091  -1.850
 182   4  8  TYR  -3.690   2.738   0.981       -1.959   3.143   3.797
 183   5  4  ILE  -5.857  -0.449   0.613       -7.484  -0.369   1.074
 184   6 13  GLN  -4.122  -1.167  -2.743       -5.089  -1.450  -4.853
 185   7  7  TRP  -0.716  -0.631  -0.993        1.727   0.440   1.450
 186   8  5  LEU  -1.641  -2.932   1.963       -2.244  -2.097   3.799
 187   9 19  LYS  -3.024  -5.791  -0.269       -3.820  -5.527  -3.146
 188  10 16  ASP   0.466  -6.016  -1.905        0.653  -5.125  -3.676
 189  11 10  GLY   2.060  -6.618   1.593        2.060  -6.618   1.593
 190  12 10  GLY   2.626  -2.967   2.723        2.626  -2.967   2.723
 191  13 20  PRO   6.333  -2.533   3.806        5.724  -2.372   5.058
 192  14 12  SER   7.049  -6.179   2.704        6.757  -6.938   3.675
 193  15 12  SER   6.389  -5.315  -1.015        5.245  -5.350  -1.546
 194  16 10  GLY   9.451  -3.116  -1.870        9.451  -3.116  -1.870
 195  17 18  ARG   7.289   0.084  -2.054        5.225  -1.826  -3.986
 196  18 20  PRO   6.782   3.088   0.345        7.458   3.741  -0.688
 197  19 20  PRO   3.287   4.031   1.686        4.025   4.206   2.856
 198  20 20  PRO   1.185   6.543  -0.353        0.358   5.421  -0.430
 199  21 12  SER   0.852  10.027   1.285        1.151  10.636   1.488
 200  22 21  D    -1.250  12.539  -0.754       -1.250  12.539  -0.754
 201 nsup= 20 nstart_sup=  2
 202  ITEL
 203            1          21           0
 204            2          14           1
 205            3           5           1
 206            4           8           1
 207            5           4           1
 208            6          13           1
 209            7           7           1
 210            8           5           1
 211            9          19           1
 212           10          16           1
 213           11          10           1
 214           12          10           2
 215           13          20           1
 216           14          12           1
 217           15          12           1
 218           16          10           1
 219           17          18           2
 220           18          20           2
 221           19          20           2
 222           20          20           1
 223           21          12           0
 224  ns=           0  iss:
 225 Boundaries in phi angle sampling:
 226 D      1    -180.0     180.0
 227 ASN    2    -180.0     180.0
 228 LEU    3    -180.0     180.0
 229 TYR    4    -180.0     180.0
 230 ILE    5    -180.0     180.0
 231 GLN    6    -180.0     180.0
 232 TRP    7    -180.0     180.0
 233 LEU    8    -180.0     180.0
 234 LYS    9    -180.0     180.0
 235 ASP   10    -180.0     180.0
 236 GLY   11    -180.0     180.0
 237 GLY   12    -180.0     180.0
 238 PRO   13    -180.0     180.0
 239 SER   14    -180.0     180.0
 240 SER   15    -180.0     180.0
 241 GLY   16    -180.0     180.0
 242 ARG   17    -180.0     180.0
 243 PRO   18    -180.0     180.0
 244 PRO   19    -180.0     180.0
 245 PRO   20    -180.0     180.0
 246 SER   21    -180.0     180.0
 247 D     22    -180.0     180.0
 248 nsup= 20
 249  nsup=          20  nstart_sup=           2  nstart_seq=           2
 250  NZ_START=           2  NZ_END=          21
 251  IZ_SC=           0
 252  Contact order:  0.308441558441558
 253  Shifting contacts:           2           2
 254            1  ILE            5  ASN            2
 255            2  TRP            7  TYR            4
 256            3  LEU            8  TYR            4
 257            4  LEU            8  ILE            5
 258            5  LYS            9  GLN            6
 259            6  GLY           12  TRP            7
 260            7  GLY           12  LEU            8
 261            8  SER           14  GLY           11
 262            9  SER           15  ASP           10
 263           10  SER           15  GLY           11
 264           11  PRO           19  TRP            7
 265           12  PRO           20  LEU            3
 266           13  PRO           20  TYR            4
 267           14  PRO           20  TRP            7
 268  j           2  k           3
 269 +dist.constr     1    2    3    3.88    3.70E-02
 270  j           2  k           4
 271 +dist.constr     2    2    4    5.58    2.68E-02
 272  j           2  k           5
 273 +dist.constr     3    2    5    5.04    3.01E-02
 274  j           2  k           6
 275 +dist.constr     4    2    6    6.32    2.25E-02
 276  j           2  k           7
 277 +dist.constr     5    2    7    8.77    1.07E-02
 278  j           2  k           8
 279 +dist.constr     6    2    8    9.91    7.02E-03
 280  j           2  k           9
 281 +dist.constr     7    2    9   10.61    5.25E-03
 282  j           2  k          10
 283 +dist.constr     8    2   10   12.89    1.80E-03
 284  j           3  k           4
 285 +dist.constr     9    3    4    3.86    3.71E-02
 286  j           3  k           5
 287 +dist.constr    10    3    5    5.48    2.74E-02
 288  j           3  k           6
 289 +dist.constr    11    3    6    5.24    2.89E-02
 290  j           3  k           7
 291 +dist.constr    12    3    7    6.43    2.19E-02
 292  j           3  k           8
 293 +dist.constr    13    3    8    8.85    1.04E-02
 294  j           3  k           9
 295 +dist.constr    14    3    9   10.21    6.21E-03
 296  j           3  k          10
 297 +dist.constr    15    3   10   11.39    3.74E-03
 298  j           4  k           5
 299 +dist.constr    16    4    5    3.87    3.70E-02
 300  j           4  k           6
 301 +dist.constr    17    4    6    5.41    2.78E-02
 302  j           4  k           7
 303 +dist.constr    18    4    7    4.91    3.09E-02
 304  j           4  k           8
 305 +dist.constr    19    4    8    6.11    2.37E-02
 306  j           4  k           9
 307 +dist.constr    20    4    9    8.65    1.12E-02
 308  j           4  k          10
 309 +dist.constr    21    4   10   10.11    6.47E-03
 310  j           5  k           6
 311 +dist.constr    22    5    6    3.85    3.72E-02
 312  j           5  k           7
 313 +dist.constr    23    5    7    5.39    2.80E-02
 314  j           5  k           8
 315 +dist.constr    24    5    8    5.08    2.99E-02
 316  j           5  k           9
 317 +dist.constr    25    5    9    6.11    2.37E-02
 318  j           5  k          10
 319 +dist.constr    26    5   10    8.79    1.07E-02
 320  j           6  k           7
 321 +dist.constr    27    6    7    3.87    3.71E-02
 322  j           6  k           8
 323 +dist.constr    28    6    8    5.61    2.67E-02
 324  j           6  k           9
 325 +dist.constr    29    6    9    5.36    2.82E-02
 326  j           6  k          10
 327 +dist.constr    30    6   10    6.73    2.02E-02
 328  j           7  k           8
 329 +dist.constr    31    7    8    3.86    3.71E-02
 330  j           7  k           9
 331 +dist.constr    32    7    9    5.70    2.61E-02
 332  j           7  k          10
 333 +dist.constr    33    7   10    5.59    2.68E-02
 334  j           8  k           9
 335 +dist.constr    34    8    9    3.88    3.70E-02
 336  j           8  k          10
 337 +dist.constr    35    8   10    5.38    2.80E-02
 338  j           9  k          10
 339 +dist.constr    36    9   10    3.86    3.71E-02
 340 +dist.constr     1    2    3    3.88    0.00 0       0.0
 341 +dist.constr     2    2    4    5.58    0.00 0       0.0
 342 +dist.constr     3    2    5    5.04    0.00 0       0.0
 343 +dist.constr     4    2    6    6.32    0.00 0       0.0
 344 +dist.constr     5    2    7    8.77    0.00 0       0.0
 345 +dist.constr     6    2    8    9.91    0.00 0       0.0
 346 +dist.constr     7    2    9   10.61    0.00 0       0.0
 347 +dist.constr     8    2   10   12.89    0.00 0       0.0
 348 +dist.constr     9    3    4    3.86    0.00 0       0.0
 349 +dist.constr    10    3    5    5.48    0.00 0       0.0
 350 +dist.constr    11    3    6    5.24    0.00 0       0.0
 351 +dist.constr    12    3    7    6.43    0.00 0       0.0
 352 +dist.constr    13    3    8    8.85    0.00 0       0.0
 353 +dist.constr    14    3    9   10.21    0.00 0       0.0
 354 +dist.constr    15    3   10   11.39    0.00 0       0.0
 355 +dist.constr    16    4    5    3.87    0.00 0       0.0
 356 +dist.constr    17    4    6    5.41    0.00 0       0.0
 357 +dist.constr    18    4    7    4.91    0.00 0       0.0
 358 +dist.constr    19    4    8    6.11    0.00 0       0.0
 359 +dist.constr    20    4    9    8.65    0.00 0       0.0
 360 +dist.constr    21    4   10   10.11    0.00 0       0.0
 361 +dist.constr    22    5    6    3.85    0.00 0       0.0
 362 +dist.constr    23    5    7    5.39    0.00 0       0.0
 363 +dist.constr    24    5    8    5.08    0.00 0       0.0
 364 +dist.constr    25    5    9    6.11    0.00 0       0.0
 365 +dist.constr    26    5   10    8.79    0.00 0       0.0
 366 +dist.constr    27    6    7    3.87    0.00 0       0.0
 367 +dist.constr    28    6    8    5.61    0.00 0       0.0
 368 +dist.constr    29    6    9    5.36    0.00 0       0.0
 369 +dist.constr    30    6   10    6.73    0.00 0       0.0
 370 +dist.constr    31    7    8    3.86    0.00 0       0.0
 371 +dist.constr    32    7    9    5.70    0.00 0       0.0
 372 +dist.constr    33    7   10    5.59    0.00 0       0.0
 373 +dist.constr    34    8    9    3.88    0.00 0       0.0
 374 +dist.constr    35    8   10    5.38    0.00 0       0.0
 375 +dist.constr    36    9   10    3.86    0.00 0       0.0
 376
 377 Geometry of the virtual chain.
 378   Res           d     Theta     Gamma       Dsc     Alpha      Beta
 379 D     1     0.000     0.000     0.000     0.000     0.000     0.000
 380 ASN   2     3.861     0.000     0.000     1.977    94.624  -178.093
 381 LEU   3     3.876    92.239     0.000     2.195   102.878   -79.236
 382 TYR   4     3.861    92.239  -180.000     3.330   163.195    -7.440
 383 ILE   5     3.871    90.357    45.849     1.692   144.011  -104.516
 384 GLN   6     3.846    89.090    55.194     2.338   170.986  -139.318
 385 TRP   7     3.867    88.657    49.396     3.617   123.650   -21.913
 386 LEU   8     3.859    93.032    48.298     2.105   151.723  -105.899
 387 LYS   9     3.882    94.826    46.843     2.997   106.974   -55.960
 388 ASP  10     3.861    87.966    59.623     1.991   153.447  -128.646
 389 GLY  11     3.891    89.908    56.679     0.000     0.000     0.000
 390 GLY  12     3.864   100.181   -87.304     0.000     0.000     0.000
 391 PRO  13     3.886   109.073  -127.499     1.402   101.771  -115.580
 392 SER  14     3.876    89.537     4.261     1.267   144.515  -129.218
 393 SER  15     3.875    91.815    66.108     1.262   161.047  -100.177
 394 GLY  16     3.866   101.784    70.140     0.000     0.000     0.000
 395 ARG  17     3.866    92.201  -108.949     3.411   139.846  -132.716
 396 PRO  18     3.878   133.225   103.824     1.397   115.610  -118.024
 397 PRO  19     3.860   121.502  -122.527     1.395   118.575  -122.417
 398 PRO  20     3.858   117.950   -90.285     1.396   118.959  -126.207
 399 SER  21     3.864   114.201  -108.328     0.708   128.925   -37.341
 400 D    22     3.858   114.201   180.000     0.000     0.000     0.000
 401
 402
 403 ********************************************************************************
 404                     Processor   0: end reading molecular data.
 405 ********************************************************************************
 406
 407
 408 The following   36 distance constraints have been imposed
 409      1     2     3 0   3.87640   0.00000   0.03702
 410      2     2     4 0   5.57666   0.00000   0.02684
 411      3     2     5 0   5.03889   0.00000   0.03009
 412      4     2     6 0   6.31641   0.00000   0.02251
 413      5     2     7 0   8.76681   0.00000   0.01075
 414      6     2     8 0   9.90813   0.00000   0.00702
 415      7     2     9 0  10.61482   0.00000   0.00525
 416      8     2    10 0  12.89033   0.00000   0.00180
 417      9     3     4 0   3.86050   0.00000   0.03711
 418     10     3     5 0   5.48434   0.00000   0.02740
 419     11     3     6 0   5.23878   0.00000   0.02888
 420     12     3     7 0   6.42590   0.00000   0.02189
 421     13     3     8 0   8.85122   0.00000   0.01043
 422     14     3     9 0  10.21149   0.00000   0.00621
 423     15     3    10 0  11.38863   0.00000   0.00374
 424     16     4     5 0   3.87147   0.00000   0.03705
 425     17     4     6 0   5.41330   0.00000   0.02783
 426     18     4     7 0   4.90831   0.00000   0.03088
 427     19     4     8 0   6.10832   0.00000   0.02371
 428     20     4     9 0   8.64580   0.00000   0.01121
 429     21     4    10 0  10.11108   0.00000   0.00647
 430     22     5     6 0   3.84558   0.00000   0.03720
 431     23     5     7 0   5.38909   0.00000   0.02797
 432     24     5     8 0   5.07567   0.00000   0.02987
 433     25     5     9 0   6.11071   0.00000   0.02369
 434     26     5    10 0   8.79273   0.00000   0.01065
 435     27     6     7 0   3.86660   0.00000   0.03708
 436     28     6     8 0   5.60509   0.00000   0.02667
 437     29     6     9 0   5.35795   0.00000   0.02816
 438     30     6    10 0   6.72791   0.00000   0.02022
 439     31     7     8 0   3.85852   0.00000   0.03712
 440     32     7     9 0   5.69883   0.00000   0.02611
 441     33     7    10 0   5.58812   0.00000   0.02678
 442     34     8     9 0   3.88180   0.00000   0.03699
 443     35     8    10 0   5.37698   0.00000   0.02804
 444     36     9    10 0   3.86099   0.00000   0.03711
 445 Replica exchange molecular dynamics (REMD) calculation.
 446
 447 ********************************************************************************
 448
 449  Calling chainbuild
 450  Calling REMD
 451  MREMD          16 time before  5.078125000000000E-002
 452  NREP=          16
 453  i2rep      1      2      3      4      5      6      7      8      9     10
 454      11     12     13     14     15     16
 455  i2set      1      1      1      1      1      1      1      1      1      1
 456       1      1      1      1      1      1
 457  i,j,il,il1,i_index(i,j,il,il1)
 458 ifirst   1
 459   nupa   1:   2
 460 ndowna   1:
 461   nupa   2:   3
 462 ndowna   2:   1
 463   nupa   3:   4
 464 ndowna   3:   2
 465   nupa   4:   5
 466 ndowna   4:   3
 467   nupa   5:   6
 468 ndowna   5:   4
 469   nupa   6:   7
 470 ndowna   6:   5
 471   nupa   7:   8
 472 ndowna   7:   6
 473   nupa   8:   9
 474 ndowna   8:   7
 475   nupa   9:  10
 476 ndowna   9:   8
 477   nupa  10:  11
 478 ndowna  10:   9
 479   nupa  11:  12
 480 ndowna  11:  10
 481   nupa  12:  13
 482 ndowna  12:  11
 483   nupa  13:  14
 484 ndowna  13:  12
 485   nupa  14:  15
 486 ndowna  14:  13
 487   nupa  15:  16
 488 ndowna  15:  14
 489   nupa  16:
 490 ndowna  16:  15
 491                                            REMD Temperature: 250.00000
 492 ====================MD calculation start====================
 493  Initial velocities randomly generated
 494  Initial velocities
 495   0   0.02069   0.05735  -0.16550      0.00000   0.00000   0.00000
 496   1   0.00000   0.00000   0.00000      0.00000   0.00000   0.00000
 497   2  -0.32876  -0.20726  -0.00156     -0.06303  -0.02233   0.22619
 498   3   0.25246   0.18847   0.12917      0.23917   0.13789   0.08528
 499   4   0.09890  -0.10900   0.13430      0.09430  -0.08759   0.02991
 500   5   0.05293  -0.08192   0.07599      0.03541   0.02418  -0.13426
 501   6   0.01106   0.15012  -0.13429     -0.01486   0.10588  -0.15072
 502   7  -0.00922  -0.05032   0.03343     -0.17306   0.05869   0.04136
 503   8  -0.01642   0.12268  -0.04117      0.02116   0.09728   0.03398
 504   9  -0.24153  -0.01761   0.08700     -0.20570  -0.15587  -0.04194
 505  10   0.12837  -0.05524  -0.16763      0.18636  -0.14195  -0.15819
 506  11  -0.12912   0.12012  -0.00669      0.00000   0.00000   0.00000
 507  12   0.18024  -0.22147   0.01606      0.00000   0.00000   0.00000
 508  13  -0.13972   0.25567   0.06619      0.05987   0.13532   0.09181
 509  14   0.10136  -0.29158   0.14318     -0.02692  -0.08844   0.04927
 510  15   0.13268   0.09441  -0.21684     -0.12710   0.07259   0.06988
 511  16  -0.10926   0.13472   0.13695      0.00000   0.00000   0.00000
 512  17  -0.08222  -0.14474  -0.18471     -0.07262  -0.07774  -0.09353
 513  18   0.22036   0.08274   0.12819     -0.01893   0.09330   0.04480
 514  19  -0.13103  -0.06596  -0.26603     -0.11327  -0.06258  -0.02718
 515  20   0.26050   0.08237   0.51647      0.02143   0.14877   0.17591
 516  21   0.00000   0.00000   0.00000     -0.12529  -0.05874  -0.20044
 517  22   0.00000   0.00000   0.00000      0.00000   0.00000   0.00000
 518  Calling the zero-angular  momentum subroutine
 519  vcm right after adjustment:
 520   2.021371575869251E-017 -1.735521049988750E-018  1.041312629993250E-017
 521
 522
 523               alpha-carbon coordinates            centroid coordinates
 524              X           Y           Z          X           Y           Z
 525 D  (  1)     0.00000     0.00000     0.00000     0.00000     0.00000     0.00000
 526 ASN(  2)     3.86050     0.00000     0.00000     2.55159     1.47985     0.06557
 527 LEU(  3)     4.01193    -3.87344     0.00000     3.96088    -4.50305    -2.10206
 528 TYR(  4)     7.87243    -3.87344     0.00000    10.79652    -4.89021    -1.22632
 529 ILE(  5)     7.89655    -1.17680     2.77774     7.76075     0.44675     2.31935
 530 GLN(  6)     5.70141    -3.47509     4.94285     3.60888    -3.02771     5.88565
 531 TRP(  7)     8.16996    -6.36206     4.22016    10.77228    -8.29798     2.61912
 532 LEU(  8)    11.25658    -4.20989     5.07405    12.42370    -3.38205     3.52958
 533 LYS(  9)     9.76612    -2.79308     8.36640     6.86736    -2.82804     9.12493
 534 ASP( 10)     9.49962    -6.42561     9.64741     7.69328    -7.25489     9.53489
 535 GLY( 11)    13.31647    -6.90493     9.06335    13.31647    -6.90493     9.06335
 536 GLY( 12)    13.30671    -8.01769     5.36352    13.30671    -8.01769     5.36352
 537 PRO( 13)    15.31165   -11.32992     5.02827    16.17763   -10.48298     4.32295
 538 SER( 14)    15.75414   -11.41497     8.87760    16.77305   -10.71800     9.16233
 539 SER( 15)    11.95328   -11.92981     9.42670    11.12717   -10.97987     9.51528
 540 GLY( 16)    11.45094   -15.53878     8.13618    11.45094   -15.53878     8.13618
 541 ARG( 17)     9.54906   -14.31220     5.00147     7.79760   -12.40573     7.22288
 542 PRO( 18)    10.53690   -13.94710     1.26956     9.62009   -14.99504     1.15440
 543 PRO( 19)    10.30439   -10.55356    -0.55592    11.52337   -10.99526    -1.06954
 544 PRO( 20)     6.99735    -9.68439    -2.34313     7.03150    -8.66136    -1.39345
 545 SER( 21)     7.20688    -9.78655    -6.20031     7.28380   -10.16020    -6.79638
 546 D  ( 22)     3.89984    -8.91739    -7.98752     3.89984    -8.91739    -7.98752
 547
 548 Geometry of the virtual chain.
 549   Res           d     Theta     Gamma       Dsc     Alpha      Beta
 550 D     1     0.000     0.000     0.000     0.000     0.000     0.000
 551 ASN   2     3.861     0.000     0.000     1.977    94.624  -178.093
 552 LEU   3     3.876    92.239     0.000     2.195   102.878   -79.236
 553 TYR   4     3.861    92.239  -180.000     3.330   163.195    -7.440
 554 ILE   5     3.871    90.357    45.849     1.692   144.011  -104.516
 555 GLN   6     3.846    89.090    55.194     2.338   170.986  -139.318
 556 TRP   7     3.867    88.657    49.396     3.617   123.650   -21.913
 557 LEU   8     3.859    93.032    48.298     2.105   151.723  -105.899
 558 LYS   9     3.882    94.826    46.843     2.997   106.974   -55.960
 559 ASP  10     3.861    87.966    59.623     1.991   153.447  -128.646
 560 GLY  11     3.891    89.908    56.679     0.000   180.000   180.000
 561 GLY  12     3.864   100.181   -87.304     0.000   180.000   180.000
 562 PRO  13     3.886   109.073  -127.499     1.402   101.771  -115.580
 563 SER  14     3.876    89.537     4.261     1.267   144.515  -129.218
 564 SER  15     3.875    91.815    66.108     1.262   161.047  -100.177
 565 GLY  16     3.866   101.784    70.140     0.000   180.000   180.000
 566 ARG  17     3.866    92.201  -108.949     3.411   139.846  -132.716
 567 PRO  18     3.878   133.225   103.824     1.397   115.610  -118.024
 568 PRO  19     3.860   121.502  -122.527     1.395   118.575  -122.417
 569 PRO  20     3.858   117.950   -90.285     1.396   118.959  -126.207
 570 SER  21     3.864   114.201  -108.328     0.708   128.925   -37.341
 571 D    22     3.858   114.201   180.000     0.000   180.000   180.000
 572  Potential energy and its components
 573
 574 Virtual-chain energies:
 575
 576 EVDW=     -1.798849E+01 WEIGHT=    1.000000D+00 (SC-SC)
 577 EVDW2=     4.471415E+01 WEIGHT=    1.233150D+00 (SC-p)
 578 EES=      -9.165378E+01 WEIGHT=    9.459849D-01 (p-p)
 579 EVDWPP=   -3.362882E+01 WEIGHT=    2.317300D-01 (p-p VDW)
 580 ESTR=      5.659036E+01 WEIGHT=    1.000000D+00 (stretching)
 581 EBE=      -5.669935E+00 WEIGHT=    6.295400D-01 (bending)
 582 ESC=       1.734458E+02 WEIGHT=    1.055400D-01 (SC local)
 583 ETORS=     1.479510E+01 WEIGHT=    2.064020D+00 (torsional)
 584 ETORSD=    1.006444E+00 WEIGHT=    1.555350D+00 (double torsional)
 585 EHPB=      2.258117E-31 WEIGHT=    1.000000D+00 (SS bridges & dist. cnstr.)
 586 ECORR4=   -6.528803E+01 WEIGHT=    2.541120D-01 (multi-body)
 587 ECORR5=    0.000000E+00 WEIGHT=    0.000000D+00 (multi-body)
 588 ECORR6=    0.000000E+00 WEIGHT=    0.000000D+00 (multi-body)
 589 EELLO=    -4.012900E+00 WEIGHT=    4.590562D-01 (electrostatic-local)
 590 ETURN3=    1.829789E+01 WEIGHT=    1.724339D+00 (turns, 3rd order)
 591 ETURN4=    6.580750E-01 WEIGHT=    8.554124D-01 (turns, 4th order)
 592 ETURN6=    0.000000E+00 WEIGHT=    0.000000D+00 (turns, 6th order)
 593 ESCCOR=    0.000000E+00 WEIGHT=    0.000000D+00 (backbone-rotamer corr)
 594 EDIHC=     0.000000E+00 (dihedral angle constraints)
 595 ESS=       0.000000E+00 (disulfide-bridge intrinsic energy)
 596 UCONST=     0.000000E+00 (Constraint energy)
 597 ETOT=      5.976608E+01 (total)
 598
 599 Initial:
 600            Kinetic energy   2.56370E+01
 601          potential energy   5.97661E+01
 602              total energy   8.54031E+01
 603
 604     maximum acceleration    1.97137E+00
 605
 606  Setup time  5.468750000000000E-002
 607 Velocities reset to random values, time             1999.80
 608 Velocities reset to random values, time             3999.80
 609 Velocities reset to random values, time             5999.80
 610 Velocities reset to random values, time             7999.80
 611 Velocities reset to random values, time             9999.80
 612 Velocities reset to random values, time            11999.80
 613 Velocities reset to random values, time            13999.80
 614 Velocities reset to random values, time            15999.80
 615 Velocities reset to random values, time            17999.80
 616 Velocities reset to random values, time            19999.80
 617  REMD synchro at      100000
 618          ntwx_cache       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1
 619  MIN ii_write=           1
 620  REMD gather times=   40.8046875000000       3.906250000000000E-003
 621  REMD writing rst time=  0.000000000000000E+000
 622  REMD writing traj time=  3.906250000000000E-003
 623  NREP          16
 624 ACC   1   250.00000     0.00000    1
 625 ACC   2   260.00000     1.00000    1
 626 ACC   3   270.00000     1.00000    1
 627 ACC   4   280.00000     0.00000    1
 628 ACC   5   290.00000     0.00000    1
 629 ACC   6   300.00000     1.00000    1
 630 ACC   7   310.00000     0.00000    1
 631 ACC   8   320.00000     1.00000    1
 632 ACC   9   330.00000     1.00000    1
 633 ACC  10   340.00000     1.00000    1
 634 ACC  11   350.00000     0.00000    1
 635 ACC  12   360.00000     1.00000    1
 636 ACC  13   370.00000     0.00000    1
 637 ACC  14   380.00000     1.00000    1
 638 ACC  15   390.00000     1.00000    1
 639  REMD scatter time=  0.000000000000000E+000
 640  REMD exchange time=  7.812500000000000E-003
 641 Velocities reset to random values, time            21999.80
 642 Velocities reset to random values, time            23999.80
 643 Velocities reset to random values, time            25999.80
 644 Velocities reset to random values, time            27999.80
 645 Velocities reset to random values, time            29999.80
 646 Velocities reset to random values, time            31999.80
 647 Velocities reset to random values, time            33999.80
 648 Velocities reset to random values, time            35999.80
 649 Velocities reset to random values, time            37999.80
 650 Velocities reset to random values, time            39999.80
 651  REMD synchro at      200000
 652          ntwx_cache       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1
 653  MIN ii_write=           1
 654  REMD gather times=   81.6015625000000       0.000000000000000E+000
 655  REMD writing rst time=  0.000000000000000E+000
 656  REMD writing traj time=  3.906250000000000E-003
 657  NREP          16
 658 ACC   1   250.00000     0.00000    2
 659 ACC   2   260.00000     0.50000    2
 660 ACC   3   270.00000     1.00000    2
 661 ACC   4   280.00000     0.50000    2
 662 ACC   5   290.00000     0.50000    2
 663 ACC   6   300.00000     1.00000    2
 664 ACC   7   310.00000     0.00000    2
 665 ACC   8   320.00000     0.50000    2
 666 ACC   9   330.00000     1.00000    2
 667 ACC  10   340.00000     1.00000    2
 668 ACC  11   350.00000     0.00000    2
 669 ACC  12   360.00000     1.00000    2
 670 ACC  13   370.00000     0.50000    2
 671 ACC  14   380.00000     1.00000    2
 672 ACC  15   390.00000     1.00000    2
 673  REMD scatter time=  0.000000000000000E+000
 674  REMD exchange time=  3.906250000000000E-003
 675 Velocities reset to random values, time            41999.80
 676 Velocities reset to random values, time            43999.80
 677 Velocities reset to random values, time            45999.80
 678 Velocities reset to random values, time            47999.80
 679 Velocities reset to random values, time            49999.80
 680 Velocities reset to random values, time            51999.80
 681 Velocities reset to random values, time            53999.80
 682 Velocities reset to random values, time            55999.80
 683 Velocities reset to random values, time            57999.80
 684 Velocities reset to random values, time            59999.80
 685  REMD synchro at      300000
 686          ntwx_cache       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1
 687  MIN ii_write=           1
 688  REMD gather times=   122.531250000000       0.000000000000000E+000
 689  REMD writing rst time=  3.906250000000000E-003
 690  REMD writing traj time=  3.906250000000000E-003
 691  NREP          16
 692 ACC   1   250.00000     0.33333    3
 693 ACC   2   260.00000     0.33333    3
 694 ACC   3   270.00000     1.00000    3
 695 ACC   4   280.00000     0.33333    3
 696 ACC   5   290.00000     0.66667    3
 697 ACC   6   300.00000     1.00000    3
 698 ACC   7   310.00000     0.00000    3
 699 ACC   8   320.00000     0.33333    3
 700 ACC   9   330.00000     1.00000    3
 701 ACC  10   340.00000     1.00000    3
 702 ACC  11   350.00000     0.33333    3
 703 ACC  12   360.00000     0.66667    3
 704 ACC  13   370.00000     0.66667    3
 705 ACC  14   380.00000     1.00000    3
 706 ACC  15   390.00000     1.00000    3
 707  REMD scatter time=  0.000000000000000E+000
 708  REMD exchange time=  7.812500000000000E-003
 709 Velocities reset to random values, time            61999.80
 710 Velocities reset to random values, time            63999.80
 711 Velocities reset to random values, time            65999.80
 712 Velocities reset to random values, time            67999.80
 713 Velocities reset to random values, time            69999.80
 714 Velocities reset to random values, time            71999.80
 715 Velocities reset to random values, time            73999.80
 716 Velocities reset to random values, time            75999.80
 717 Velocities reset to random values, time            77999.80
 718 Velocities reset to random values, time            79999.80
 719  REMD synchro at      400000
 720          ntwx_cache       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1
 721  MIN ii_write=           1
 722  REMD gather times=   163.546875000000       0.000000000000000E+000
 723  REMD writing rst time=  3.906250000000000E-003
 724  REMD writing traj time=  0.000000000000000E+000
 725  NREP          16
 726 ACC   1   250.00000     0.50000    4
 727 ACC   2   260.00000     0.25000    4
 728 ACC   3   270.00000     0.75000    4
 729 ACC   4   280.00000     0.25000    4
 730 ACC   5   290.00000     0.75000    4
 731 ACC   6   300.00000     0.75000    4
 732 ACC   7   310.00000     0.00000    4
 733 ACC   8   320.00000     0.50000    4
 734 ACC   9   330.00000     1.00000    4
 735 ACC  10   340.00000     1.00000    4
 736 ACC  11   350.00000     0.50000    4
 737 ACC  12   360.00000     0.75000    4
 738 ACC  13   370.00000     0.50000    4
 739 ACC  14   380.00000     1.00000    4
 740 ACC  15   390.00000     1.00000    4
 741  REMD scatter time=  0.000000000000000E+000
 742  REMD exchange time=  3.906250000000000E-003
 743 Velocities reset to random values, time            81999.80
 744 Velocities reset to random values, time            83999.80
 745 Velocities reset to random values, time            85999.80
 746 Velocities reset to random values, time            87999.80
 747 Velocities reset to random values, time            89999.80
 748 Velocities reset to random values, time            91999.80
 749 Velocities reset to random values, time            93999.80
 750 Velocities reset to random values, time            95999.80
 751 Velocities reset to random values, time            97999.80
 752 Velocities reset to random values, time            99999.80
 753  REMD synchro at      500000
 754          ntwx_cache       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1
 755  MIN ii_write=           1
 756  REMD gather times=   204.277343750000       0.000000000000000E+000
 757  REMD writing rst time=  0.000000000000000E+000
 758  REMD writing traj time=  3.906250000000000E-003
 759  NREP          16
 760 ACC   1   250.00000     0.40000    5
 761 ACC   2   260.00000     0.40000    5
 762 ACC   3   270.00000     0.80000    5
 763 ACC   4   280.00000     0.40000    5
 764 ACC   5   290.00000     0.80000    5
 765 ACC   6   300.00000     0.60000    5
 766 ACC   7   310.00000     0.00000    5
 767 ACC   8   320.00000     0.60000    5
 768 ACC   9   330.00000     1.00000    5
 769 ACC  10   340.00000     1.00000    5
 770 ACC  11   350.00000     0.60000    5
 771 ACC  12   360.00000     0.80000    5
 772 ACC  13   370.00000     0.60000    5
 773 ACC  14   380.00000     1.00000    5
 774 ACC  15   390.00000     1.00000    5
 775  REMD scatter time=  0.000000000000000E+000
 776  REMD exchange time=  3.906250000000000E-003
 777 Velocities reset to random values, time           101999.80
 778 Velocities reset to random values, time           103999.80
 779 Velocities reset to random values, time           105999.80
 780 Velocities reset to random values, time           107999.80
 781 Velocities reset to random values, time           109999.80
 782 Velocities reset to random values, time           111999.80
 783 Velocities reset to random values, time           113999.80
 784 Velocities reset to random values, time           115999.80
 785 Velocities reset to random values, time           117999.80
 786 Velocities reset to random values, time           119999.80
 787  REMD synchro at      600000
 788          ntwx_cache       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1
 789  MIN ii_write=           1
 790  REMD gather times=   245.050781250000       0.000000000000000E+000
 791  REMD writing rst time=  3.906250000000000E-003
 792  REMD writing traj time=  3.906250000000000E-003
 793  NREP          16
 794 ACC   1   250.00000     0.33333    6
 795 ACC   2   260.00000     0.50000    6
 796 ACC   3   270.00000     0.66667    6
 797 ACC   4   280.00000     0.50000    6
 798 ACC   5   290.00000     0.83333    6
 799 ACC   6   300.00000     0.50000    6
 800 ACC   7   310.00000     0.00000    6
 801 ACC   8   320.00000     0.66667    6
 802 ACC   9   330.00000     1.00000    6
 803 ACC  10   340.00000     0.83333    6
 804 ACC  11   350.00000     0.50000    6
 805 ACC  12   360.00000     0.83333    6
 806 ACC  13   370.00000     0.66667    6
 807 ACC  14   380.00000     1.00000    6
 808 ACC  15   390.00000     1.00000    6
 809  REMD scatter time=  0.000000000000000E+000
 810  REMD exchange time=  7.812500000000000E-003
 811 Velocities reset to random values, time           121999.80
 812 Velocities reset to random values, time           123999.80
 813 Velocities reset to random values, time           125999.80
 814 Velocities reset to random values, time           127999.80
 815 Velocities reset to random values, time           129999.80
 816 Velocities reset to random values, time           131999.80
 817 Velocities reset to random values, time           133999.80
 818 Velocities reset to random values, time           135999.80
 819 Velocities reset to random values, time           137999.80
 820 Velocities reset to random values, time           139999.80
 821  REMD synchro at      700000
 822          ntwx_cache       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1
 823  MIN ii_write=           1
 824  REMD gather times=   287.152343750000       0.000000000000000E+000
 825  REMD writing rst time=  0.000000000000000E+000
 826  REMD writing traj time=  7.812500000000000E-003
 827  NREP          16
 828 ACC   1   250.00000     0.28571    7
 829 ACC   2   260.00000     0.57143    7
 830 ACC   3   270.00000     0.71429    7
 831 ACC   4   280.00000     0.42857    7
 832 ACC   5   290.00000     0.85714    7
 833 ACC   6   300.00000     0.42857    7
 834 ACC   7   310.00000     0.14286    7
 835 ACC   8   320.00000     0.57143    7
 836 ACC   9   330.00000     1.00000    7
 837 ACC  10   340.00000     0.85714    7
 838 ACC  11   350.00000     0.57143    7
 839 ACC  12   360.00000     0.85714    7
 840 ACC  13   370.00000     0.57143    7
 841 ACC  14   380.00000     1.00000    7
 842 ACC  15   390.00000     0.85714    7
 843  REMD scatter time=  0.000000000000000E+000
 844  REMD exchange time=  7.812500000000000E-003
 845 Velocities reset to random values, time           141999.80
 846 Velocities reset to random values, time           143999.80
 847 Velocities reset to random values, time           145999.80
 848 Velocities reset to random values, time           147999.80
 849 Velocities reset to random values, time           149999.80
 850 Velocities reset to random values, time           151999.80
 851 Velocities reset to random values, time           153999.80
 852 Velocities reset to random values, time           155999.80
 853 Velocities reset to random values, time           157999.80
 854 Velocities reset to random values, time           159999.80
 855  REMD synchro at      800000
 856          ntwx_cache       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1
 857  MIN ii_write=           1
 858  REMD gather times=   328.453125000000       0.000000000000000E+000
 859  REMD writing rst time=  3.906250000000000E-003
 860  REMD writing traj time=  3.906250000000000E-003
 861  NREP          16
 862 ACC   1   250.00000     0.25000    8
 863 ACC   2   260.00000     0.50000    8
 864 ACC   3   270.00000     0.62500    8
 865 ACC   4   280.00000     0.37500    8
 866 ACC   5   290.00000     0.87500    8
 867 ACC   6   300.00000     0.37500    8
 868 ACC   7   310.00000     0.12500    8
 869 ACC   8   320.00000     0.62500    8
 870 ACC   9   330.00000     1.00000    8
 871 ACC  10   340.00000     0.87500    8
 872 ACC  11   350.00000     0.50000    8
 873 ACC  12   360.00000     0.87500    8
 874 ACC  13   370.00000     0.62500    8
 875 ACC  14   380.00000     0.87500    8
 876 ACC  15   390.00000     0.87500    8
 877  REMD scatter time=  0.000000000000000E+000
 878  REMD exchange time=  7.812500000000000E-003
 879 Velocities reset to random values, time           161999.80
 880 Velocities reset to random values, time           163999.80
 881 Velocities reset to random values, time           165999.80
 882 Velocities reset to random values, time           167999.80
 883 Velocities reset to random values, time           169999.80
 884 Velocities reset to random values, time           171999.80
 885 Velocities reset to random values, time           173999.80
 886 Velocities reset to random values, time           175999.80
 887 Velocities reset to random values, time           177999.80
 888 Velocities reset to random values, time           179999.80
 889  REMD synchro at      900000
 890          ntwx_cache       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1
 891  MIN ii_write=           1
 892  REMD gather times=   369.187500000000       0.000000000000000E+000
 893  REMD writing rst time=  3.906250000000000E-003
 894  REMD writing traj time=  0.000000000000000E+000
 895  NREP          16
 896 ACC   1   250.00000     0.33333    9
 897 ACC   2   260.00000     0.44444    9
 898 ACC   3   270.00000     0.66667    9
 899 ACC   4   280.00000     0.33333    9
 900 ACC   5   290.00000     0.88889    9
 901 ACC   6   300.00000     0.44444    9
 902 ACC   7   310.00000     0.11111    9
 903 ACC   8   320.00000     0.55556    9
 904 ACC   9   330.00000     1.00000    9
 905 ACC  10   340.00000     0.88889    9
 906 ACC  11   350.00000     0.44444    9
 907 ACC  12   360.00000     0.88889    9
 908 ACC  13   370.00000     0.55556    9
 909 ACC  14   380.00000     0.88889    9
 910 ACC  15   390.00000     0.88889    9
 911  REMD scatter time=  0.000000000000000E+000
 912  REMD exchange time=  3.906250000000000E-003
 913 Velocities reset to random values, time           181999.80
 914 Velocities reset to random values, time           183999.80
 915 Velocities reset to random values, time           185999.80
 916 Velocities reset to random values, time           187999.80
 917 Velocities reset to random values, time           189999.80
 918 Velocities reset to random values, time           191999.80
 919 Velocities reset to random values, time           193999.80
 920 Velocities reset to random values, time           195999.80
 921 Velocities reset to random values, time           197999.80
 922 Velocities reset to random values, time           199999.80
 923  REMD synchro at     1000000
 924          ntwx_cache       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1
 925  MIN ii_write=           1
 926  writing restart at the end of run
 927
 928
 929 ===================================  Timing  ===================================
 930
 931                   MD calculations setup:    3.90625E-03
 932            Energy & gradient evaluation:    3.76590E+02
 933                     Stochastic MD setup:    0.00000E+00
 934                Stochastic MD step setup:    0.00000E+00
 935                                MD steps:    4.10020E+02
 936
 937
 938 ============================  End of MD calculation  ===========================
 939 CG processor   0 is finishing work.
 940  Total wall clock time   410.074218750000       sec